单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 35765 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2026-01-19 |
scCT-DB, an omnibus for cancer patient-derived paired pre- and post-treatment single-cell transcriptomes to reveal drug perturbation and drug resistance mechanisms
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1065
PMID:41160885
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scCT-DB的综合性数据库，该数据库专门收集癌症患者治疗前后配对的单细胞转录组数据，旨在揭示药物扰动和耐药机制 | 开发了首个全面整合癌症患者治疗前后配对单细胞转录组数据的数据库，并提供了统一的数据处理流程、结构化元数据以及多种在线分析工具 | NA | 为癌症药物耐药性研究提供一个易于访问、整合和重用的高质量单细胞转录组数据资源与分析平台 | 癌症患者的配对治疗前后单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 619万个细胞，来自1142个原始患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2026-01-19 |
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1117
PMID:41160880
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研究论文 | 本文介绍了DeepSpaceDB，一个用于交互式深入分析组织和组织微环境的下一代空间转录组学数据库 | DeepSpaceDB专注于10X Genomics Visium样本，提供高质量分析和增强工具，强调交互性和高级分析功能，支持跨样本比较和用户上传数据 | 当前版本主要聚焦于10X Genomics Visium样本，可能限制了其他平台数据的覆盖范围 | 开发一个交互式空间转录组学数据库，以促进对组织和疾病生物学的深入分析 | 空间转录组学数据，特别是来自10X Genomics Visium的组织切片样本 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium样本 |
| 863 | 2026-01-19 |
CellSNVReg: a multidimensional resource for SNV-mediated regulatory perturbations in single-cell and spatial omics
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1076
PMID:41171131
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研究论文 | 介绍CellSNVReg，一个多维资源，用于系统表征单细胞和空间组学中SNV介导的调控扰动 | 整合了460万个细胞剖面，在细胞类型和空间分辨率上系统表征SNV引起的调控扰动，涵盖六个维度，并提供定性注释和定量评分 | 未在摘要中明确提及具体限制，可能包括数据整合的复杂性或平台适用性范围 | 研究SNV如何通过多个分子层扰动基因调控，并探索其在正常和疾病背景下的功能影响 | 人类正常、肿瘤和其他疾病组织中的单细胞和空间组学数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq, spatial transcriptomics, scATAC-seq | NA | 单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据、单细胞ATAC-seq数据 | 460万个细胞剖面 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 864 | 2026-01-19 |
SEA version 4.0: a major expansion and update of the Super-Enhancer Archive
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1114
PMID:41171129
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研究论文 | 本文介绍了超级增强子数据库SEA版本4.0的重大扩展与更新，这是一个用于阐明超级增强子作用的系统性平台 | 新增了H3K4me1作为关键组蛋白标记，扩展至14个物种，引入了基于香农熵的算法识别特异性超级增强子，并提供了整合超级增强子、增强子、转录因子和邻近基因的交互式调控网络 | 未明确说明数据库覆盖的样本类型或疾病状态的全面性，以及算法在复杂疾病中的验证程度 | 构建一个系统性的超级增强子数据库平台，以解码超级增强子在发育和疾病中的调控机制 | 超级增强子、增强子及其相关的基因组调控元件 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、组蛋白修饰分析 | 基于香农熵的算法 | 基因组学数据、表观遗传学数据 | 12个癌症和正常样本的单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 865 | 2026-01-19 |
connectomeDB2025: a rigorously curated, multi-species resource of experimentally supported ligand-receptor interactions
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1108
PMID:41171146
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研究论文 | 本文介绍了经过严格更新的connectomeDB2025数据库，这是一个包含多物种、经实验验证的配体-受体相互作用的开放获取资源 | 通过AI辅助文献挖掘和人工筛选，移除了超过2900个错误分类或缺乏证据的相互作用，并新增了827对（其中264对为2020年后首次描述）其他数据库未收录的配体-受体对，拥有2359个独有的证据链接，成为目前基于原始实验证据最可靠的配体-受体数据库 | NA | 为单细胞RNA测序和空间转录组数据分析中的细胞间通讯网络推断提供高质量的参考目录 | 脊椎动物的配体-受体相互作用对 | 生物信息学 | NA | AI辅助文献挖掘、人工筛选 | NA | 文献数据、实验证据 | 3579对脊椎动物相互作用，源自2803篇研究文章，共包含5429个证据链接 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 866 | 2026-01-19 |
Spatial GWAS Atlas: a knowledgebase for decoding the genetic architecture of complex traits in spatial resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1103
PMID:41243976
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研究论文 | 本文介绍了Spatial GWAS Atlas，这是一个通过整合GWAS汇总统计数据和空间转录组数据，在单细胞分辨率下解析复杂性状遗传结构的首个综合性知识库 | 首次系统性地将GWAS汇总统计数据与空间转录组数据整合，构建了首个能够定位组织空间架构中遗传效应的综合性资源 | NA | 解码复杂性状在空间分辨率下的遗传结构 | 3854个经过整理的GWAS数据集（涵盖多种性状）和635个空间转录组数据集（涵盖多个物种、组织和平台） | 生物信息学 | 复杂性状与疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间坐标数据、GWAS汇总统计数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 867 | 2026-01-19 |
scGeneBank: cross-species screening of functional gene sets at single-cell resolution
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1137
PMID:41251182
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研究论文 | 介绍了一个名为scGeneBank的数据库和分析门户，用于在单细胞分辨率下进行基因集驱动的探索和跨物种比较 | 整合了来自136个物种、104.9百万个细胞的1134个单细胞转录组数据集，并提供了八个交互式分析模块，支持跨物种、器官和细胞类型的基因集活性比较 | NA | 为单细胞转录组数据的基因集分析和跨物种比较提供一个统一的框架 | 单细胞转录组数据、基因集、细胞类型、器官和物种 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 1134个数据集，总计104.9百万个细胞，来自136个物种，覆盖430个器官和1070个解剖区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 868 | 2026-01-19 |
NONCODE v7.0: updated lncRNA resource integrating scRNA-seq data encompassing immune baseline, development, and disease
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1132
PMID:41261731
|
研究论文 | 本文介绍了NONCODE v7.0数据库的更新，通过整合scRNA-seq数据，系统分析了lncRNA的表达，涵盖免疫基线、发育和疾病等多个方面 | 首次将大规模scRNA-seq数据整合到lncRNA数据库中，提供单细胞定制的功能模块，包括数据查询、交互可视化和比较分析，以识别细胞类型特异性差异表达的lncRNA | 数据库主要基于现有scRNA-seq数据集，可能未覆盖所有组织或疾病类型，且功能模块的深度分析可能受数据质量和注释限制 | 构建一个整合scRNA-seq数据的lncRNA资源数据库，以促进lncRNA在免疫、发育和疾病中的功能研究 | 人类长非编码RNA（lncRNA）及其在单细胞水平上的表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 2061个人类scRNA-seq样本，来自229个数据集，涵盖1400万高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 869 | 2026-01-19 |
PBMCpedia: a harmonized PBMC scRNA-seq database with unified mapping and enhanced celltype annotation
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1245
PMID:41277528
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研究论文 | PBMCpedia是一个统一的PBMC单细胞RNA测序数据库，通过标准化流程处理了来自24项研究的519个样本，提供增强的细胞类型注释和跨疾病比较功能 | 首次创建了一个透明、统一且疾病多样化的PBMC单细胞RNA测序资源库，整合了跨研究的转录组和蛋白质组数据，支持元数据感知的跨疾病、细胞类型、性别和年龄组比较 | 数据库主要基于公开可用数据，可能受原始研究的设计和质量限制，且样本覆盖的疾病类型和人口统计学特征可能不完全均衡 | 解决PBMC单细胞转录组研究中跨数据集整合的困难，为免疫状态分析提供一个标准化的资源平台 | 外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病、感染性疾病、神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、T细胞受体/B细胞受体库数据、表面蛋白测量数据 | 519个样本（超过430万个细胞），来自24项公开研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 870 | 2026-01-19 |
The 2026 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1427
PMID:41431842
|
综述 | 本文介绍了2026年《核酸研究》数据库特刊的内容，包括新数据库发布、现有数据库更新以及在线分子生物学数据库集合的维护情况 | 特刊首次收录了突破性论文，如JoGo（人类单倍型分层命名和情境化数据库）和So3D（真正的3D空间转录组学数据库），并引入了社区导向的新数据库如Open Enzyme Database和QSproteome | NA | 汇总和展示分子生物学及相关领域的最新数据库资源，促进数据共享和科学发现 | 分子生物学数据库，包括核酸、蛋白质结构、酶、空间转录组学等类型 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 数据库 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 871 | 2026-01-19 |
iFish: a comprehensive multi-omics database for fish genetics, transcriptional regulation, and epigenetic research
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1026
PMID:41091889
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研究论文 | 本文介绍了iFish，一个全面整合鱼类多组学数据的数据库，涵盖基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据 | 首次构建了一个涵盖88种鱼类、整合多组学数据的综合数据库，包括大规模变异识别、转录调控网络构建和跨物种保守性分析 | NA | 为鱼类遗传学、转录调控和表观遗传学研究提供全面的数据资源和工具平台 | 88种鱼类 | 生物信息学 | NA | 全基因组测序、RNA-seq、单细胞RNA-seq、miRNA-seq、表观遗传学测序、蛋白质组学 | NA | 基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组数据 | 涵盖884个全基因组测序数据集、9797个批量RNA-seq数据集、293个单细胞RNA-seq数据集、840个miRNA-seq数据集、1563个表观遗传学测序数据集和50个蛋白质组学项目 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 872 | 2026-01-19 |
LnCeVar 2.0: an updated resource and web tools for genomic variations disrupting ceRNA networks from single-cell/spatial transcriptomics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1009
PMID:41099605
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研究论文 | 本文介绍了LnCeVar 2.0，一个更新的数据库和网络工具，用于研究通过单细胞和空间转录组学数据破坏ceRNA网络的基因组变异 | 更新了数据库，增加了更多实验支持的癌症生物标志物、ceRNA相互作用和SNV-ceRNA事件，整合了单细胞RNA测序和空间转录组学数据集，并提供了新的推断工具来分析SNV对细胞类型、状态和功能的影响 | NA | 促进高分辨率研究SNV-ceRNA网络，并增进对复杂疾病生态系统中调控机制的理解 | 基因组变异、ceRNA网络、单细胞和空间转录组学数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、空间转录组学RNA测序 | NA | 基因组变异数据、转录组学数据 | 覆盖102种疾病、临床治疗和正常组织的812个单细胞RNA测序/空间转录组学RNA测序数据集，涉及2,673,603个细胞/斑点 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 873 | 2026-01-19 |
RNAPaceDB: a dedicated database to dissect RNA velocity across diverse cell types
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1045
PMID:41118514
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研究论文 | 本文介绍了RNAPaceDB，一个专门用于解析不同细胞类型中RNA速度的数据库 | 整合了来自144个数据集的单细胞RNA测序数据，涵盖超过210万个细胞，并提供了基于六种计算模型生成的4380个速度流图，首次构建了一个专门用于探索跨细胞类型RNA速度模式的综合数据库 | 数据库依赖于现有公开数据集的质量和注释，且RNA速度计算模型的准确性可能影响结果的解读 | 构建一个综合数据库以解析RNA速度模式，促进对基因表达动态时间逻辑的理解 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | 多种疾病（涵盖41种疾病） | 单细胞RNA测序 | 六种计算模型（未指定具体名称） | 单细胞RNA测序数据 | 超过210万个细胞，来自144个数据集，涵盖81种细胞类型和41种疾病 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 874 | 2026-01-19 |
ViMIC 2.0: an updated database of human disease-related viral mutations, integration sites, and multi-omics data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1106
PMID:41166154
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研究论文 | 本文介绍了ViMIC 2.0数据库的更新内容，该数据库整合了与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点和多组学数据 | 相较于前一版本，ViMIC 2.0显著扩展了数据规模（病毒类型从8种增至28种，病毒突变条目从31,712增至64,168，相关疾病从77种增至177种，文献从2,539篇增至6,433篇），并新增了单细胞转录组测序（scRNA-seq）和基因组结合/占据谱等数据类型，同时增强了可视化分析功能 | NA | 为病毒学研究社区提供一个用户友好、更新及时且维护良好的资源数据库 | 与人类疾病相关的病毒突变、病毒整合位点及多组学数据 | 生物信息学 | 病毒相关疾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、基因组结合/占据谱分析、ChIP-seq、ChIP-on-chip、ATAC-seq、甲基化分析 | NA | 多组学数据、序列数据、表达谱数据、甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 甲基化分析, ChIP-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 875 | 2026-01-19 |
CGRP/TSP1 Signaling Dampens Corneal Inflammation and Fibrosis by Targeting A2M During Corneal Stromal Wound Healing
2026-Jan-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.1.10
PMID:41533912
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研究论文 | 本研究探讨了血小板反应蛋白-1（TSP1）在角膜基质伤口愈合中的具体作用及其机制，揭示了CGRP/TSP1/A2M信号轴在调节炎症和纤维化中的关键角色 | 首次通过单细胞测序和转录组分析，确定了TSP1通过调控A2M表达来抑制角膜炎症和纤维化，并发现CGRP信号可诱导TSP1和A2M，为角膜修复提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类患者数据仅作为验证，样本量有限，且未深入探讨CGRP/TSP1/A2M轴在其他类型角膜损伤中的普适性 | 研究TSP1在角膜基质伤口愈合中的作用及其分子机制 | 小鼠角膜基质损伤模型、人类端粒酶永生化角膜细胞、以及碱烧伤或真菌感染导致角膜瘢痕的患者样本 | 数字病理 | 角膜疾病 | 单细胞测序、bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 野生型和Thbs1缺陷型小鼠模型、人类细胞系及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 876 | 2026-01-05 |
Single-cell RNA sequencing unveils enhanced antitumor immunity in colorectal cancer with PD-1 blockade and LINC00673 deletion
2026-Jan-03, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00888-7
PMID:41484808
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 877 | 2026-01-19 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2026-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白，在批量及单细胞转录组学数据中准确快速检测病毒序列的方法，能够检测超过10万种RNA病毒物种 | 该方法不依赖参考基因组，通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率，首次实现单细胞水平上病毒存在与宿主基因表达的并行分析 | 方法主要针对RNA病毒检测，可能不适用于DNA病毒；在单细胞水平预测病毒存在仍需进一步验证 | 开发一种新型病毒检测方法，用于病毒多样性监测和病毒-疾病相关性研究 | 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 高通量测序，单细胞转录组学 | NA | 转录组测序数据 | 来自患有埃博拉病毒病的恒河猴的外周血单个核细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 878 | 2026-01-19 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
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研究论文 | 本研究利用小鼠精密肝切片（PCLS）这一三维组织培养系统，探究了白细胞介素-4（IL-4）在肝脏细胞重编程中的作用，并通过纵向单细胞转录组学和蛋白质水平验证，揭示了IL-4的促再生潜力 | 首次在保持肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中，系统研究IL-4对肝脏细胞重编程的影响，并验证其在损伤肝脏组织中的促再生效果 | 研究基于小鼠模型，结果在人类肝脏中的适用性尚需进一步验证；三维培养系统虽能模拟体内环境，但仍与完整器官存在差异 | 探究IL-4在肝脏再生中的具体作用机制及其治疗潜力 | 小鼠精密肝切片（PCLS），包括正常和硫代乙酰胺诱导的肝坏死/纤维化模型 | 单细胞转录组学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序，免疫组织化学染色，细胞内ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 8至10周龄C57BL/6小鼠的肝切片，培养5天，包括IL-4处理组和对照组 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 879 | 2026-01-19 |
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
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研究论文 | 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布变化 | 首次结合时空测序和单细胞RNA测序技术，系统阐明了剪接因子在肝脏再生启动中的空间重塑和分子机制，并识别出HNRNPU作为关键因子 | 研究主要基于小鼠模型和类器官，人类样本验证相对有限，且具体信号通路细节有待进一步探索 | 探究肝脏再生启动的精确空间和分子变化，以开发肝病潜在治疗靶点 | 再生肝脏、肝细胞类器官（Hep-Orgs）、基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序 | 肝病 | 时空测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及再生肝脏、类器官和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 880 | 2026-01-19 |
Reduced Intestinal GLP-1+ Cell Numbers Are Associated With an Inflammation-related Epithelial Metabolic Signature
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101656
PMID:41047099
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研究论文 | 本研究探讨了肠道内分泌细胞（特别是GLP-1+细胞）在肠道炎症中的作用，发现其在克罗恩病小鼠模型和患者中数量减少，并与炎症相关的代谢变化相关 | 首次系统性地在小鼠模型和人类克罗恩病患者中证实GLP-1+细胞数量在炎症部位减少，并揭示了其与线粒体功能障碍和代谢改变的因果关系 | 研究主要基于动物模型和体外器官培养，人类样本验证相对有限，且具体分子机制仍需进一步探索 | 探究肠道内分泌细胞（特别是GLP-1+细胞）在肠道炎症中的角色及其潜在机制 | 小鼠模型（包括白细胞介素-10缺陷小鼠和ClpPΔIEC小鼠）、人类克罗恩病患者肠道活检样本、以及小鼠和人类肠道类器官 | 数字病理 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、器官培养 | NA | RNA测序数据、转录数据 | 4种不同的小鼠炎症模型、克罗恩病患者黏膜活检的公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |