单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 37326 篇文献，本页显示第 8681 - 8700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8681 | 2025-10-05 |
A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf010
PMID:40795763
|
综述 | 本文系统综述了双聚类和聚类方法在不同类型单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能比较 | 首次系统评估5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的性能，并从六个维度量化数据集特性以推荐最适合的方法 | 仅评估了有限数量的方法（5种双聚类和21种聚类），且仅使用10个公开数据集，可能无法覆盖所有场景 | 评估当前无监督方法在单细胞RNA测序数据分析中的发展现状，总结各方法的优缺点和改进策略 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双聚类方法, 聚类方法 | 基因表达数据 | 10个公开真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8682 | 2025-10-05 |
A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf101
PMID:40910795
|
研究论文 | 开发并验证了一种基于激光显微切割的空间分辨RNA测序框架，用于挖掘胰腺癌异质性调控机制 | 提出优化的LMD-seq框架，在检测低表达基因方面优于单细胞RNA-seq方法，并首次绘制了PDAC形态生物型的调控网络图谱 | NA | 揭示胰腺导管腺癌肿瘤内异质性的分子机制和关键调控因子 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤组织 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序(RNA-seq), 激光显微切割(LMD) | NA | 空间分辨转录组数据 | NA | NA | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 激光显微切割测序(LMD-seq) |
| 8683 | 2025-10-05 |
Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究在单细胞和批量组织水平上探讨了活性氧对肺腺癌的影响机制 | 首次在单细胞和批量组织水平系统分析ROS对LUAD的多重影响，并开发了ROS相关基因特征 | 未明确说明样本来源和具体样本量 | 探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组测序 | LASSO回归，逐步多元回归 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8684 | 2025-10-05 |
Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework
2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384
PMID:39504287
|
研究论文 | 提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，用于检测和填补dropout事件 | 利用细胞/基因间的copula相关性构建图网络，通过变分图自编码器学习数据固有分布来预测dropout事件 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少dropout事件的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8685 | 2025-10-05 |
RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737
PMID:40799648
|
研究论文 | 本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症 | 首次发现RORα通过调控线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路的新机制 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究RORα在缺氧缺血性脑病中调控小胶质细胞神经炎症的分子机制 | HIE大鼠模型和体外培养的小胶质细胞 | 神经科学 | 缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA | 动物疾病模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 行为学数据 | HIE大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8686 | 2025-10-05 |
Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus
2024-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176556
PMID:38456511
|
研究论文 | 系统性红斑狼疮患者对BNT162b2 SARS-CoV-2疫苗的先天性和适应性免疫应答受损 | 首次全面分析SLE患者接种mRNA疫苗后的先天与适应性免疫应答缺陷，并通过单细胞RNA测序发现疫苗诱导单核细胞群减少 | 样本量较小（19例SLE患者），未评估不同免疫抑制方案的具体影响 | 评估自身免疫疾病患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答特性 | 19例系统性红斑狼疮患者与56例健康对照志愿者 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序，中和抗体检测，T细胞应答分析 | NA | 基因表达数据，免疫细胞计数数据 | 19例SLE患者，56例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8687 | 2025-10-05 |
A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2024-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175053
PMID:38290089
|
研究论文 | 本研究通过建立Son单倍体不足小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用 | 首次建立ZTTK综合征的小鼠模型，并系统阐明SON单倍体不足对多器官发育和造血谱系分化的影响机制 | 动物模型与人类疾病存在物种差异，部分病理机制仍需进一步验证 | 探究SON基因在器官发育和造血过程中的功能及其与ZTTK综合征的关联 | Son单倍体不足小鼠模型 | 发育生物学 | ZTTK综合征 | 单细胞转录组测序，表面标志物分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据，表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8688 | 2025-10-05 |
Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17
PMID:38819570
|
研究论文 | 本文比较分析了空间转录组学数据分析方法，重点关注10x Visium平台的分析流程 | 系统分解空间转录组学分析流程为四个关键步骤，并比较不同spot选择和基因组/转录组参考对分析结果的影响 | 仅聚焦于制造商提供的软件套件，未涵盖其他分析工具 | 阐明空间转录组学数据分析方法及其影响因素 | 空间转录组学数据分析流程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，RNA测序 | NA | 基因表达数据，显微镜图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 8689 | 2025-10-05 |
A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567732
PMID:38014320
|
研究论文 | 本研究通过建立ZTTK综合征小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用 | 首次建立SON单倍体不足小鼠模型，成功模拟人类ZTTK综合征症状，并通过单细胞转录组分析揭示了造血发育异常机制 | 未明确说明样本量大小，且为动物模型研究，结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能，探索ZTTK综合征的发病机制 | SON单倍体不足小鼠模型及其造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | ZTTK综合征 | 单细胞转录组测序，表面标志物分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据，表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8690 | 2025-10-05 |
An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering
2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaac004
PMID:36761434
|
研究论文 | 本文分析了经典多维标度法的理论性能，并应用于噪声数据聚类 | 建立了分析经典多维标度法嵌入样本质量的理论框架，提出了信噪比缩放条件 | NA | 分析经典多维标度法的统计性能，为下游统计分析奠定基础 | 经典多维标度法及其在聚类分析中的应用 | 机器学习 | 癌症 | 多维标度法，距离聚类算法 | 经典多维标度法 | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据，自然语言数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8691 | 2025-10-05 |
Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data
2021-Aug-17, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
综述 | 基于泛癌单细胞RNA测序数据研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性 | 通过整合多种癌症类型的单细胞RNA测序数据，发现内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞在不同癌症中可划分为共同亚型，且亚型组成与癌症特征和疗法响应相关 | NA | 研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性 | 多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8692 | 2025-10-05 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究首次描述了胰腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在治疗靶点 | 首次利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境的空间异质性特征 | 研究基于小鼠移植瘤模型，临床相关性需进一步验证 | 探究胰腺癌缺氧微环境的空间转录组特征及其临床意义 | 人胰腺导管腺癌（PDAC）在小鼠缺血后肢中的移植瘤 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠移植瘤模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8693 | 2025-10-05 |
Resolving the spatial and cellular architecture of intra-tumor heterogeneity by multi-region dissection of lung adenocarcinoma
2025-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.02.006
PMID:39993622
|
研究论文 | 通过多区域肺腺癌活检样本的空间转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示肿瘤内异质性的空间和细胞结构 | 首次系统描绘肺腺癌不同区域（核心、边缘、正常区域）中癌细胞亚群的空间分布特征及其与免疫细胞的共定位关系 | 研究样本数量有限，仅基于活检样本分析，未进行功能验证实验 | 解析肺腺癌肿瘤内异质性的空间结构和细胞组成 | 肺腺癌患者的多区域活检样本（肿瘤核心、肿瘤边缘、正常区域） | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多区域肺腺癌活检样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8694 | 2025-10-05 |
Dissecting key contributions of TH2 and TH17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology
2025-Sep, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007
PMID:40409379
|
研究论文 | 本研究通过细胞模型揭示TH2和IL-22细胞因子在特应性皮炎病理机制中的关键作用 | 首次系统比较TH2、TH17和TH22细胞因子对表皮表型的特异性影响，并发现TH2+IL-22组合最能模拟AD病理特征 | 研究基于体外细胞模型，可能与体内真实环境存在差异 | 解析特应性皮炎相关细胞因子如何驱动特异性表皮疾病标志 | 原代和永生化角质形成细胞来源的人表皮等效物 | 皮肤生物学 | 特应性皮炎 | 单细胞空间转录组学，转录组分析 | 细胞刺激模型 | 转录组数据，形态学数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 8695 | 2025-10-05 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Profiling of Penile Squamous Cell Carcinoma Reveals Dynamics of Tumor Differentiation and Immune Microenvironment
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500216
PMID:40470730
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组技术揭示阴茎鳞状细胞癌的肿瘤分化动态和免疫微环境特征 | 首次结合单核RNA测序和高分辨率空间转录组学解析PSCC的发育轨迹和肿瘤微环境，发现独立于HPV感染状态的肿瘤分化模式及具有干细胞特征的Tum_1亚型 | 研究样本量有限，主要聚焦于PSCC，部分结论需要其他鳞状细胞癌类型的进一步验证 | 探究阴茎鳞状细胞癌的发育轨迹和肿瘤微环境特征 | 阴茎鳞状细胞癌组织样本 | 数字病理学 | 阴茎癌 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8696 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Delineates Renal Anti-Fibrotic Mechanisms Mediated by TRPC6 Inhibition
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501175
PMID:40525246
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示TRPC6抑制介导的肾脏抗纤维化机制 | 首次通过单细胞RNA测序定义了TRPC6抑制剂SH045处理的肾脏保护性细胞组成和细胞类型特异性转录程序，并发现新型内皮细胞亚群ECRIN | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证 | 探究TRPC6抑制在慢性肾脏病中的抗纤维化机制 | 小鼠单侧输尿管梗阻模型、慢性缺血再灌注损伤模型及慢性肾脏病患者肾脏样本 | 单细胞组学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, Western blot | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质数据 | 小鼠疾病模型和慢性肾脏病患者肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8697 | 2025-10-05 |
NDRG1-Driven Lactate Accumulation Promotes Lung Adenocarcinoma Progression Through the Induction of an Immunosuppressive Microenvironment
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501238
PMID:40539245
|
研究论文 | 本研究揭示了NDRG1通过稳定LDHA促进乳酸积累，诱导免疫抑制微环境从而推动肺腺癌进展的机制 | 首次发现NDRG1通过抑制LDHA泛素化稳定其表达，促进乳酸积累和组蛋白H3K18乳酸化，驱动免疫抑制微环境形成 | 样本量相对有限，需要更多临床验证 | 探究NDRG1在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 肺腺癌患者样本和临床数据 | 癌症生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 临床数据分析 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 测序数据 | 30个LUAD样本（单细胞RNA测序），29,863例患者和55,586例对照（GWAS），220例LUAD患者（临床数据） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8698 | 2025-10-05 |
Metabolic Stress-Induced Choline Kinase α (CHKA) Activation in Endothelial Subpopulation Contributes to Diabetes-Associated Microvascular Dysfunction
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417045
PMID:40548950
|
研究论文 | 本研究探讨代谢应激诱导的胆碱激酶α在特定内皮细胞亚群中的激活对糖尿病相关微血管功能障碍的贡献机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定视网膜血管中三个不同的内皮细胞亚群，发现CHKA高表达亚群与血管生成活性增强相关，并揭示CHKA通过NAD-SIRT1-Notch信号通路调控内皮功能障碍的新机制 | NA | 阐明糖尿病微血管功能障碍的分子机制 | 内皮细胞亚群、糖尿病小鼠模型、临床样本 | 单细胞生物学 | 糖尿病微血管并发症 | 单细胞RNA测序、基因沉默、孟德尔随机化研究 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8699 | 2025-10-05 |
Spatial colocalization and molecular crosstalk of myofibroblastic CAFs and tumor cells shape lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011791
PMID:40906645
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了肌成纤维性癌症相关成纤维细胞与口腔鳞癌细胞的共定位及分子互作在淋巴结转移中的关键作用 | 首次发现myCAFs与OSCC细胞在侵袭前沿的空间共定位形成促进淋巴结转移的微环境，并鉴定出由ECM-CD44轴介导的分子互作机制 | 研究样本量相对有限，机制验证主要依赖体外实验和公共数据 | 探究口腔鳞癌淋巴结转移的分子机制 | 口腔鳞癌患者组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 口腔鳞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组分析, 免疫组织化学, 体外共培养 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 90例侵袭前沿样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 8700 | 2025-10-05 |
DISCO: A DIFFUSION MODEL FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS DATA COMPLETION
2025-Sep, Proceedings. International Conference on Image Processing
DOI:10.1109/icip55913.2025.11084277
PMID:40909878
|
研究论文 | 提出一种基于扩散模型的空间转录组数据补全框架DISCO | 首次将扩散模型应用于空间转录组数据补全，结合图神经网络编码器和双重扩散模块 | 未明确说明模型在极端数据缺失情况下的性能限制 | 解决空间转录组数据中大规模缺失区域的问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 扩散模型, 图神经网络 | 扩散模型, GNN | 空间基因表达数据 | 多个测序平台、物种和数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |