单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-07-05	Integrated eQTL-pQTL Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal therapeutic targets in ovarian clear cell cancer 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03043-8 PMID:40593373	研究论文	本研究通过整合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，探索卵巢透明细胞癌（OCCC）的治疗靶点	首次结合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术筛选OCCC治疗靶点，并通过药物预测和分子对接验证靶点成药性	需进一步研究验证靶点作用机制	寻找卵巢透明细胞癌的新型治疗靶点	卵巢透明细胞癌（OCCC）患者遗传数据与肿瘤样本	生物信息学	卵巢癌	GWAS、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接	NA	基因组数据、单细胞测序数据	eQTLGen联盟和deCODE数据库的大规模GWAS队列数据
842	2025-07-05	Spatially resolved C1QC+ macrophage-CD4+ T cell niche in colorectal cancer microenvironment: implications for immunotherapy response 2025-Jul-01, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00811-2 PMID:40593467	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌微环境中C1QC+巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间互作机制及其对免疫治疗响应的影响	首次构建了包含314,774个细胞的空间免疫图谱，揭示了C1QC+组织驻留巨噬细胞与CD4+ T细胞共定位对免疫治疗响应的关键作用	样本量相对有限（空间转录组仅9例），且主要针对转移性结直肠癌患者	解析结直肠癌微环境的空间拓扑结构及其与免疫治疗响应的关系	接受免疫治疗的转移性结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、scRNA-seq、bulk RNA-seq	NA	空间多组学数据、单细胞测序数据	成像质谱流式50例、空间蛋白质组50例、空间转录组9例
843	2025-07-05	Production of live monkeys and their genetically matched embryonic stem cells from single embryos 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60694-5 PMID:40593544	研究论文	本研究通过胚胎分割技术成功培育出三只活体猴子及其基因匹配的自体胚胎干细胞（aESCs），并探讨了其在再生医学中的应用潜力	首次通过胚胎分割技术同时获得活体猴子及其基因匹配的aESCs，并比较了aESCs、iPSCs和ntESCs的转录组差异	研究样本量较小（仅三只猴子），且人类胚胎干细胞的应用潜力尚未经过临床验证	开发基因匹配的胚胎干细胞用于解决再生医学中的免疫排斥问题	非人灵长类动物（猴子）和人类胚胎	再生医学	NA	胚胎分割技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三只活体猴子及其衍生干细胞系
844	2025-07-05	An improved reference library and method for accurate cell-type deconvolution of bulk-tissue miRNA data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60521-x PMID:40593558	研究论文	本文提出了一种改进的miRNA表达参考库和解卷积工具，用于复杂组织的细胞类型组成估计	开发了一种新的miRNA表达参考库和解卷积工具，提高了细胞类型比例估计的准确性和鲁棒性	当前单细胞RNA-Seq协议在miRNA表达定量方面仍存在不足，且大多数miRNA分析样本缺乏匹配的mRNA表达或DNA甲基化数据	开发计算方法来估计批量组织miRNA数据的细胞类型比例	miRNA表达数据	生物信息学	人类癌症、COVID-19等传染病	miRNA表达分析、单细胞RNA-Seq	NA	miRNA表达数据	NA
845	2025-07-05	Different tumour-resident memory T-cell subsets regulate responses to anti-PD-1 and anti-CTLA-4 cancer immunotherapies 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60657-w PMID:40593647	研究论文	探讨肿瘤驻留记忆T细胞亚群在抗PD-1和抗CTLA-4癌症免疫治疗中的作用	揭示了CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞分别在抗PD-1和抗CTLA-4治疗中的关键作用，并发现CD49a+CD4+ T细胞可作为联合免疫治疗的预测生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明肿瘤驻留记忆T细胞亚群在免疫检查点抑制剂治疗中的调控机制	肿瘤驻留记忆T细胞亚群（CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞）	癌症免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	临床前小鼠模型和人类肿瘤浸润淋巴细胞样本
846	2025-07-05	GPerturb: Gaussian process modelling of single-cell perturbation data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61165-7 PMID:40593897	研究论文	介绍了一种基于高斯过程的稀疏扰动回归模型GPerturb，用于估计单细胞水平上的基因扰动效应	采用高斯过程模型分离信号与噪声，捕捉离散和连续响应的稀疏、可解释效应，并提供扰动效应存在及强度的不确定性估计	NA	揭示基因表达与扰动之间的复杂依赖关系，推进对单细胞水平基因调控的理解	单细胞RNA测序和CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	高斯过程模型	基因表达数据	模拟和真实数据集
847	2025-07-05	Systematic screening of metabolic pathways to identify two breast cancer subtypes with divergent immune characteristics 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05179-7 PMID:40594370	研究论文	通过系统筛选代谢途径，识别出两种具有不同免疫特征的乳腺癌亚型	建立了一种基于代谢途径分析的乳腺癌代谢分型系统（BCMSS），揭示了乳腺癌在代谢特征、免疫特性、临床预后和药物敏感性方面的异质性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	识别乳腺癌的代谢亚型，并探索其与免疫特征、临床预后和药物敏感性的关联	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, spRNA-seq	随机森林分类	转录组数据	TCGA BRCA发现队列（n=1094）和9个独立转录组队列（总n>4000）
848	2025-07-05	Single cell sequencing and computational findings reveal anti-estrogen receptor-positive breast cancer roles of formononetin 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06133-3 PMID:40594685	研究论文	本研究通过单细胞测序和计算生物学方法揭示了福莫特宁在抗雌激素受体阳性乳腺癌中的作用	首次在单细胞水平上使用系统生物学方法研究福莫特宁的作用靶点及其抗ER阳性乳腺癌机制	缺乏单细胞水平的药物发现研究	研究福莫特宁在ER阳性乳腺癌中的靶点和分子机制	ER阳性乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	单细胞测序	网络药理学	基因表达数据	多种ER阳性乳腺癌细胞类型（基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞）
849	2025-07-05	Causal effects of brain subregion gene expression on inflammatory bowel diseases revealed by Mendelian randomization and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08633-8 PMID:40594700	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示了脑部亚区基因表达对炎症性肠病(IBD)的因果影响	整合多组学数据(脑部、结肠eQTLs、单细胞RNA测序)揭示脑-肠轴在IBD发病机制中的作用，并识别出关键候选基因	eQTL样本量对显著关联检测有显著影响(r=0.53-0.90)，跨组织直接定量比较需谨慎解释	探究脑-肠轴在炎症性肠病发病机制中的作用	13个脑部亚区和结肠表达数量性状位点(eQTLs)	基因组学	炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克罗恩病)	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	基因组eQTLs数据、单细胞RNA测序数据	多个独立队列(IIBDGC、UKB和FinnGen)
850	2025-07-05	Single-cell RNA-seq analysis of mouse carotid artery under disturbed flow and human carotid plaques identifies key cell populations in atherosclerosis development 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07395-7 PMID:40594772	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠颈动脉在扰动血流和人类颈动脉斑块中的细胞群，揭示动脉粥样硬化发展的关键细胞群	首次系统地阐明了扰动血流下细胞群的功能变化，并识别了CD36阳性内皮细胞、VEGFA巨噬细胞和外膜成纤维细胞在动脉粥样硬化中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和处理方法的限制	探索扰动血流如何通过影响特定细胞群加剧动脉粥样硬化	小鼠颈动脉和人类颈动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, GSEA, GO, scFEA, CellChat, Cytosig	NA	单细胞RNA测序数据	来自GEO和SRA数据库的多个数据集（GSE159677, GSE43292, GSE163154, GSE41571, PRJNA722117）
851	2025-07-05	Identification of clusters related to programmed cell death and potential prognostic biomarkers for immunotherapy response in endometrial cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06672-9 PMID:40595063	research paper	该研究通过整合多种程序性细胞死亡（PCD）通路和多组学数据，识别了子宫内膜癌（EC）中与免疫治疗反应相关的潜在预后生物标志物	发现了两个具有不同预后、肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的EC亚组，并基于七个关键PCD相关基因构建了新的预后评分系统（RS）	当前预测免疫治疗反应和预后的方法和生物标志物仍然有限	探索子宫内膜癌中程序性细胞死亡通路的作用，并寻找预测免疫治疗反应和预后的生物标志物	子宫内膜癌（EC）患者	digital pathology	endometrial cancer	单细胞RNA测序分析，多组学数据分析	NA	multi-omics数据，单细胞RNA测序数据	来自TCGA-EC和GEO数据库的综合数据集
852	2025-07-05	Potential role of TNFRSF12A in linking glioblastoma and alzheimer's disease via shared tumour suppressor pathways 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08000-7 PMID:40595248	研究论文	该研究通过整合分析发现TNFRSF12A基因在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中均存在失调，并可能通过共同的肿瘤抑制通路连接这两种疾病	首次发现TNFRSF12A基因在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中的共同作用，并验证其与免疫相关通路及疾病相关转录程序的关联	仅进行了部分功能验证，需要进一步的机制研究	探索肿瘤抑制基因在神经退行性疾病和癌症中的共同分子机制	胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病	生物医学	胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病	孟德尔随机化、转录组分析（bulk和单细胞RNA-seq）、细胞间通讯推断和体外验证	NA	转录组数据	1,217个肿瘤抑制基因筛选
853	2025-07-05	Reprogramming of human urine cells into cardiomyocytes via a small molecule cocktail in xeno-free conditions 2025-Jul-01, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00963-y PMID:40595290	研究论文	该研究展示了在无外源条件下，使用小分子混合物将人类尿液细胞重编程为功能性心肌细胞样细胞（hCiCMs）的成功案例	首次在无外源条件下使用15种小分子混合物将人类尿液细胞直接重编程为心肌细胞样细胞，并展示了其在心肌梗死模型中的治疗潜力	重编程效率仍有提升空间（30天时达到15.08%），且需要进一步验证长期安全性和有效性	开发一种可扩展的自体细胞来源，用于心脏修复和再生治疗	人类尿液来源细胞（hUCs）及其重编程产物心肌细胞样细胞（hCiCMs）	再生医学	心肌梗死	免疫荧光、透射电子显微镜（TEM）、qPCR、单细胞RNA测序、膜片钳记录、细胞内Ca²+测量	NA	细胞生物学数据、电生理数据、基因表达数据	人类尿液细胞样本及小鼠和猪的心肌梗死模型
854	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals BMP4-BMPR2 signaling promotes radiation resistance in hematopoietic stem cells following injury 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60557-z PMID:40595466	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的作用	揭示了BMP4-BMPR2信号通路在造血干细胞辐射抗性中的新机制，并发现BMPR2 HSCs具有独特的表观遗传特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究造血干细胞在辐射损伤后的异质性及其抗性机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及骨髓微环境	单细胞转录组学	辐射损伤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠模型
855	2025-07-05	Single cell transcriptomics of human kidney organoid endothelium reveals vessel growth processes and arterial maturation upon transplantation 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00418-x PMID:40595660	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析人类肾脏类器官内皮细胞，揭示了移植后血管生长过程和动脉成熟的变化	首次在移植后的肾脏类器官内皮细胞中观察到显著的静脉到动脉表型转变，并鉴定了与血流和Notch信号相关的特定动脉内皮细胞群体	研究仅使用了鸡胚胎作为移植模型，可能无法完全模拟人体内的血管化过程	探索人类肾脏类器官内皮细胞在移植后的分子变化和血管化机制	人类诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官内皮细胞	单细胞转录组学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,000个类器官内皮细胞
856	2025-07-05	Unraveling the role of HIF2α in melanoma progression and epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02384-2 PMID:40595758	研究论文	本研究探讨了缺氧诱导因子2α（HIF2α）在黑色素瘤进展和上皮-间质转化（EMT）中的作用	揭示了HIF2α在黑色素瘤中的关键作用，特别是在调控肿瘤微环境和相关代谢途径方面	研究主要基于体外实验和转录组分析，缺乏体内实验验证	阐明HIF2α在黑色素瘤进展和EMT中的分子机制	黑色素瘤患者样本和A375细胞系	肿瘤生物学	黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、实时PCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	黑色素瘤患者样本和A375细胞系
857	2025-07-05	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of Postn(+) fibroblasts in promoting the progression of myocardial fibrosis after myocardial infarction 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04990-6 PMID:40595870	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了Postn(+)成纤维细胞在心肌梗死后心肌纤维化进展中的潜在作用	发现了一个高度增殖的成纤维细胞亚群C1 Postn+ Fibroblasts，并揭示了其通过特定信号通路与其他细胞相互作用促进心肌纤维化的机制	需要进一步的实验验证Tead1和Hdac2作为抑制心肌纤维化的潜在靶点	探究心肌梗死后心肌纤维化的细胞机制及其与心力衰竭的关系	心肌梗死后心脏中的成纤维细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
858	2025-07-05	Leveraging autoencoder models and data augmentation to uncover transcriptomic diversity of gingival keratinocytes in single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08027-w PMID:40596529	研究论文	本研究利用自编码器模型和数据增强技术探索牙龈角质形成细胞在单细胞水平上的转录组多样性	采用自编码器模型和数据增强技术揭示牙龈角质形成细胞的转录组多样性，发现其亚群和差异基因表达谱	仅使用GSE266897数据集，样本来源有限	深入了解牙龈角质形成细胞的转录组多样性及其在牙周健康和炎症反应中的作用	牙龈角质形成细胞	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序	自编码器（AE）、变分自编码器（VAE）、去噪自编码器（DAE）	RNA-seq数据	GSE266897数据集中的单细胞RNA测序数据
859	2025-07-05	A novel necroptosis related prognostic signature for skin cutaneous melanoma based on transcriptome and single cell sequencing analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07829-2 PMID:40596554	研究论文	基于转录组和单细胞测序分析，构建了一种新的与坏死性凋亡相关的皮肤黑色素瘤预后特征模型	首次在皮肤黑色素瘤中构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并验证了其预测能力	研究样本量有限，且仅基于公开数据库数据，需要进一步实验验证	研究坏死性凋亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其预后价值	皮肤黑色素瘤(SKCM)患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组测序, 单细胞测序, WGCNA, 实时PCR	COX和LASSO回归模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集(SKCM-TCGA, GSE65904, GSE215120)
860	2025-07-05	The Key Role of COA6 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Metabolic Reprogramming and Regulation of the Immune Microenvironment 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70685 PMID:40596639	研究论文	本文探讨了COA6在胰腺导管腺癌(PDAC)中的关键作用，特别是在代谢重编程和免疫微环境调控方面	首次揭示了COA6通过调节OXPHOS途径影响PDAC的肿瘤微环境并促进药物抵抗的新机制	需要进一步研究开发针对COA6的靶向治疗方法	探索COA6在PDAC代谢重编程和免疫微环境调控中的作用	胰腺导管腺癌细胞系SW1990和PANC-1	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、药物预测和分子对接	NA	基因表达数据、空间转录组数据	两种PDAC细胞系(SW1990和PANC-1)