单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2024-12-11	MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets 2024-Nov-08, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00111g PMID:39513632	研究论文	本文介绍了一种名为MobiChIP的单细胞ChIP-seq文库构建方法，该方法基于现有的测序平台，能够高效捕获来自不同物种和组织的片段，并揭示染色质的调控景观	MobiChIP方法无需定制引物，提供了强大的核小体扩增和灵活的测序能力，并且在识别基因簇的表观遗传抑制方面优于ATAC-seq	NA	开发一种适用于单细胞应用的ChIP-seq文库构建方法，以揭示表观遗传异质性	外周血单核细胞（PBMCs）中的活性（H3K27ac）和抑制性（H3K27me3）组蛋白修饰	表观遗传学	NA	ChIP-seq	NA	基因组数据	来自不同组织或物种的样本
822	2024-12-11	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	研究通过YTHDF1依赖的m6A修饰调控Piezo2 mRNA在心脏纤维化中的表观转录组调控机制	首次揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控Piezo2表达，进而影响心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新型表观转录组机制	实验主要在动物模型中进行，尚未在人体中验证	探讨Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制	Piezo2在心脏纤维化中的作用及其调控机制	NA	心血管疾病	RNA测序、单细胞测序、组织学和生化分析	NA	RNA	使用ISO/Ang-II/TAC处理的小鼠模型，以及YTHDF1和Piezo2基因敲除的小鼠
823	2024-12-11	Prenatal p25-activated Cdk5 induces pituitary tumorigenesis through MCM2 phosphorylation-mediated cell proliferation 2024-11, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101054 PMID:39366214	研究论文	研究揭示了产前p25激活的Cdk5通过MCM2磷酸化介导的细胞增殖诱导垂体肿瘤发生	首次揭示了Cdk5和Mcm2在垂体腺瘤肿瘤发生中的新作用，并提供了一种新的中间叶来源的垂体腺瘤小鼠模型	NA	探讨Cdk5在垂体肿瘤发生中的作用及其机制	Cdk5、Mcm2以及中间叶来源的垂体肿瘤	NA	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和293T细胞系
824	2024-12-11	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid directly induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.616103 PMID:39569141	研究论文	研究探讨了天疱疮（BP）中的IgG自身抗体如何直接诱导角质形成细胞中的病理性MyD88依赖性促炎反应	首次揭示了BP-IgG自身抗体依赖的角质形成细胞反应在天疱疮病理中的作用，并证明了MyD88在BP-IgG诱导的炎症反应中的关键作用	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现在人类中的直接应用	探讨天疱疮中IgG自身抗体对角质形成细胞的直接影响及其在疾病病理中的作用	天疱疮患者的IgG自身抗体、角质形成细胞、MyD88信号通路	NA	天疱疮	多重免疫分析、bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	RNA	包括天疱疮患者和对照组的IgG处理过的原代角质形成细胞，以及患病和对照皮肤样本
825	2024-12-11	Graph-Regularized Non-Negative Matrix Factorization for Single-Cell Clustering in scRNA-Seq Data 2024-08, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3400050 PMID:38787664	研究论文	本文提出了一种基于图正则化的非负矩阵分解方法（Sc-GNNMF），用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	创新点在于采用图正则化的非负矩阵分解算法（GNNMF），通过拉普拉斯核和p-最近邻图估计细胞间和基因间的稀疏相似性，并使用加权p-最近已知邻居优化单细胞RNA测序数据	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性，揭示细胞异质性的潜在机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图正则化非负矩阵分解（GNNMF）	基因表达数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
826	2024-12-11	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于检测多类生物标志物，并整合多个bulk或单细胞转录组学研究	创新点在于提出了MICA方法，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究	文章未提及具体的局限性	旨在开发一种新的统计方法，用于检测多类生物标志物并整合多个转录组学研究	研究对象包括来自多个疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本，以及单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多个研究的数据集，具体样本量未详细说明
827	2024-12-11	Holliday junction recognition protein (HJURP) could reflect the clinical outcomes of lung adenocarcinoma patients, and impact the choice of precision therapy 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1475511 PMID:39649097	研究论文	本文研究了HJURP蛋白在肺腺癌患者中的表达及其对临床结果和精准治疗选择的影响	首次揭示了HJURP作为肺腺癌的可靠预后生物标志物，并探讨了其在精准治疗中的潜在作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	识别肺腺癌的可靠预后生物标志物和潜在治疗靶点，以改善患者预后	HJURP蛋白在肺腺癌中的表达及其与临床结果、遗传改变、免疫细胞浸润和治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	共1507例肺腺癌患者（TCGA-LUAD: 453例，GSE31210: 226例，GSE68465: 442例，GSE72094: 386例）
828	2024-12-11	CD8+ lymphocytes are critical for early control of tuberculosis in macaques 2023-12-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230707 PMID:37843832	研究论文	研究探讨了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的关键作用	首次通过实验证明CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的重要性，并揭示了其在肺部和淋巴结中的作用机制	实验仅在猕猴模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能	猕猴体内的CD8+淋巴细胞及其在结核病早期控制中的作用	免疫学	结核病	流式细胞术、单细胞RNA测序、配体-受体分析	NA	细胞、基因表达数据	猕猴样本
829	2024-12-11	Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear cell renal cell carcinoma tumor microenvironment 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.16.567457 PMID:38014063	研究论文	研究探讨了免疫治疗抵抗的透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中整合素和IV型胶原蛋白的空间耦合增加	首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，结合空间基因集富集分析和自相关分析，揭示了免疫治疗暴露的肿瘤微环境中整合素和IV型胶原蛋白的高表达耦合	研究样本量较小，仅包括21个患者样本，可能影响结果的普适性	探讨免疫治疗抵抗的透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中分子机制	透明细胞肾细胞癌肿瘤及其微环境中的整合素和IV型胶原蛋白	数字病理学	肾癌	空间转录组学、空间分子成像、多重免疫荧光	NA	转录组数据、蛋白质组数据	21个患者样本
830	2024-12-11	Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.03.560700 PMID:37873349	研究论文	本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中缺氧诱导因子脯氨酰羟化酶（PHD）的失活如何通过诱导糖酵解促进不良肾脏修复	首次揭示了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活通过诱导糖酵解促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过靶向内皮细胞缺氧驱动的糖酵解/MCT4轴来阻止AKI向慢性肾病（CKD）转化的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞功能障碍的机制及其对肾脏修复的影响	内皮细胞中的PHD1、PHD2和PHD3酶及其在缺血性急性肾损伤后的作用	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类肾脏样本
831	2024-12-11	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新的表型	本文首次通过单细胞RNA测序揭示了鼻黏膜IgE抗体分泌细胞的新表型，并发现其与IgD和记忆B细胞的发育关系	研究样本量较小，仅包括3名患者，可能影响结果的普遍性	研究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	3名过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉样本
832	2024-12-11	Pharmacologic targeting of Nedd8-activating enzyme reinvigorates T-cell responses in lymphoid neoplasia 2023-06, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-023-01889-x PMID:37031300	研究论文	本文研究了Nedd8激活酶（NAE）抑制剂pevonedistat在淋巴瘤中的治疗作用，特别是其对CD8 T细胞反应的重新激活	首次展示了NAE抑制剂pevonedistat能够直接作用于CD8 T细胞，增强其细胞毒性和细胞因子表达，并在淋巴瘤模型中延缓肿瘤进展	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其效果	探讨NAE抑制剂在淋巴瘤治疗中的潜在作用及其对T细胞反应的影响	CD8 T细胞、淋巴瘤模型、淋巴瘤患者	NA	淋巴瘤	NA	NA	单细胞RNA测序数据	NA
833	2024-12-11	Targeting lymphoid-derived IL-17 signaling to delay skin aging 2023-Jun, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00431-z PMID:37291218	研究论文	本文研究了皮肤老化过程中IL-17信号通路的作用，并探讨了通过靶向IL-17信号来延缓皮肤老化的可能性	首次通过单细胞RNA测序揭示了老年皮肤中T辅助细胞、γδ T细胞和先天淋巴细胞向IL-17表达表型的偏移，并证明了IL-17信号通路的阻断可以减少皮肤炎症并延缓老化特征的出现	研究仅在老鼠模型上进行，尚未在人类中验证其效果	探讨皮肤老化过程中炎症信号的作用，并寻找延缓皮肤老化的方法	皮肤老化过程中的IL-17信号通路及其对皮肤炎症和功能的影响	NA	皮肤老化	单细胞RNA测序	NA	RNA	老鼠皮肤样本
834	2024-12-11	Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors 2022-11-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7219 PMID:36417510	研究论文	研究通过过表达特定的转录因子，在成年小鼠视网膜中重新编程Müller胶质细胞以再生类似神经节细胞的细胞	首次展示了通过靶向过表达发育性视网膜神经节细胞转录因子，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的能力	研究仅在成年小鼠视网膜中进行，尚未在其他物种或神经系统中验证	探索通过转录因子调控在成年哺乳动物视网膜中再生特定类型神经元的可能性	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和神经节样细胞	神经科学	NA	免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序和电生理学	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据和电生理数据	成年小鼠视网膜样本
835	2024-12-11	Multiscale PHATE identifies multimodal signatures of COVID-19 2022-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01186-x PMID:35228707	研究论文	本文介绍了一种名为Multiscale PHATE的方法，通过扫描数据的所有粒度级别来学习直接预测疾病结果的抽象生物特征	提出了Multiscale PHATE方法，结合扩散凝聚过程，能够在不同分辨率下分析数据拓扑结构，从而提取生物学见解	NA	开发一种能够处理复杂和高维数据的计算工具，以提取生物学见解	COVID-19患者的细胞数据，包括5400万细胞来自168名住院患者	生物信息学	COVID-19	Multiscale PHATE, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单细胞转座酶可及染色质测序 (scATAC-seq)	NA	细胞数据	5400万细胞来自168名住院患者
836	2024-12-11	SARS-CoV-2 exacerbates proinflammatory responses in myeloid cells through C-type lectin receptors and Tweety family member 2 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.006 PMID:34048708	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2通过C型凝集素受体和Tweety家族成员2在髓系细胞中加剧促炎反应的机制	首次识别出SARS-CoV-2刺突蛋白的多个C型凝集素受体和TTYH2作为糖依赖性结合伙伴，并发现这些受体在髓系细胞中的表达与COVID-19严重程度相关	研究主要集中在髓系细胞的受体上，未涵盖其他免疫细胞类型	探讨SARS-CoV-2如何通过特定受体在髓系细胞中引发促炎反应，并寻找潜在的治疗靶点	SARS-CoV-2刺突蛋白与髓系细胞受体的相互作用及其引发的炎症反应	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COVID-19患者的肺部细胞
837	2024-12-10	Heterogeneity of mature oligodendrocytes in the central nervous system 2025-May-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00055 PMID:38934385	研究论文	本文探讨了中枢神经系统中成熟少突胶质细胞的异质性	本文通过回顾早期研究并结合现代分子技术，揭示了成熟少突胶质细胞在中枢神经系统中的多样性及其在不同疾病状态下的变化	由于研究的时间限制，对成熟少突胶质细胞的亚分类需谨慎，未来研究需利用更先进的技术	研究成熟少突胶质细胞在中枢神经系统中的异质性及其在疾病中的变化	中枢神经系统中的成熟少突胶质细胞	NA	多发性硬化症、阿尔茨海默病、精神疾病	单细胞/核RNA测序	NA	RNA	至少六个成熟少突胶质细胞亚群
838	2024-12-10	Local ablation disrupts immune evasion in pancreatic cancer 2025-Jan-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217327 PMID:39580047	研究论文	研究局部消融技术在胰腺癌中打破免疫逃逸的作用	首次探讨了局部消融技术在胰腺癌中激活宿主免疫系统并克服免疫治疗抵抗的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类样本，需要进一步的临床试验验证	探讨局部消融技术在胰腺癌中的免疫调节作用及其与免疫治疗的协同效应	胰腺癌模型、人类胰腺癌样本	数字病理学	胰腺癌	局部消融技术	NA	空间转录组学、组织学技术	小鼠模型、人类样本
839	2024-12-10	[Research progress of single-cell RNA sequencing in ophthalmology] 2024-Dec-11, [Zhonghua yan ke za zhi] Chinese journal of ophthalmology DOI:10.3760/cma.j.cn112142-20240112-00024 PMID:39648033	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在眼科领域的最新进展	单细胞RNA测序技术提供了研究细胞间基因表达和功能特征差异的强大工具	本文未提及具体的局限性	提供关于眼科疾病发病机制的新见解，并改进诊断和治疗策略	眼科疾病的发病机制和诊断治疗策略	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
840	2024-12-10	DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells 2024-Dec-08, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12265 PMID:39648301	研究论文	研究探讨了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的表达及其对Src激活和血管生成功能的影响	首次揭示了DRIM在血管内皮细胞中的双重定位及其对Src激活的关键作用	研究主要集中在体外细胞实验，缺乏体内实验验证	探讨DRIM在血管内皮细胞中的功能及其对Src激活的影响	DRIM蛋白在血管内皮细胞中的表达及其对Src激活和血管生成功能的影响	NA	NA	蛋白质组学分析	NA	蛋白质	人类血管内皮细胞