本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8221 | 2025-10-28 |
STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging
2025-Sep-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027
PMID:40532697
|
研究论文 | 开发了一种名为STAMP的新型单细胞分析方法,通过成像平台实现转录组和蛋白质组的多模态分析 | 通过成像而非测序进行单细胞分析,消除了测序成本,支持RNA、蛋白质和H&E的多模态分析,同时保留细胞结构和形态 | NA | 克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制 | 外周血单核细胞、细胞系和干细胞 | 数字病理学 | NA | 转录组成像、蛋白质组成像、多模态分析 | NA | 图像、转录组数据、蛋白质组数据 | 10,962,092个高质量细胞/细胞核和6,030,429,954个转录本 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 成像平台,支持多模态(RNA、蛋白质和H&E)分析 |
| 8222 | 2025-10-28 |
Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637149
PMID:39975274
|
研究论文 | 提出一种结合深度学习和统计原理的空间分子数据分析方法VIMA,用于识别与疾病相关的空间特征 | 将变分自编码器与多重检验控制相结合,通过定义数据依赖的'微生态位'来发现传统方法难以识别的疾病相关空间结构 | NA | 开发更灵活精确的空间分子数据分析方法,识别与疾病相关的关键空间结构 | 空间分子数据中的组织斑块和微生态位 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎,溃疡性结肠炎,痴呆 | 免疫荧光显微镜,CODEX,空间转录组学 | 变分自编码器 | 空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学,免疫荧光,CODEX | NA | NA |
| 8223 | 2025-10-28 |
CROPseq-multi: a universal solution for multiplexed perturbation in high-content pooled CRISPR screens
2025-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
|
研究论文 | 开发了一种名为CROPseq-multi的多重CRISPR筛选系统,用于在高质量集合筛选中实现通用多重扰动 | 开发了具有多功能读出兼容性的CROPseq-inspired慢病毒系统,支持单个和组合扰动,在条形码识别和扰动性能方面表现优异 | NA | 开发兼容多种筛选方法的多重CRISPR扰动系统 | CRISPR筛选系统和遗传扰动技术 | 基因编辑技术 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑,单细胞RNA测序,光学集合筛选 | NA | 基因表达数据,条形码序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,光学集合筛选 | NA | NA |
| 8224 | 2025-10-28 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
|
研究论文 | 本研究通过细胞增殖动力学分析揭示多刺小鼠复杂组织再生的特定细胞状态机制 | 首次发现基质细胞在损伤后快速重新进入细胞周期并维持严格的时空控制,识别出CRABP1+和αSMA+等与再生特异性相关的关键细胞类型 | 未明确说明样本规模,且对年轻小鼠中类似成纤维细胞无法促进再生的机制解释有限 | 探索哺乳动物复杂组织再生过程中的细胞增殖动力学和特定细胞状态 | 多刺小鼠(Acomys spp.)和实验室小鼠的耳组织再生过程 | 发育生物学 | 组织损伤修复 | 时间脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据、免疫染色图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8225 | 2025-07-17 |
Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy
2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03552-2
PMID:40665303
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8226 | 2025-10-27 |
Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis
2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj0430
PMID:40273250
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现中年小鼠内脏脂肪中出现独特的脂肪祖细胞亚群CP-A,揭示其通过白血病抑制因子受体信号驱动年龄依赖性脂肪重塑的机制 | 首次鉴定出年龄特异性富集的脂肪祖细胞亚群CP-A,并阐明其通过LIFR信号通路驱动中年期脂肪生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分 | 探究年龄依赖性脂肪组织重塑的细胞机制 | 小鼠脂肪祖细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,细胞移植,药理学和遗传学操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8227 | 2025-10-27 |
Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis
2024-Oct-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260
PMID:39328090
|
研究论文 | 本研究使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET成像技术,可视化免疫检查点抑制剂引起的动脉粥样硬化炎症反应 | 首次开发非侵入性方法检测ICI治疗引起的动脉粥样硬化炎症,揭示IFNγ信号在其中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体验证 | 探索免疫检查点抑制剂引起动脉粥样硬化的机制并开发可视化检测方法 | Apoe-/-和Ldlr-/-基因敲除小鼠 | 分子影像学 | 心血管疾病 | PET成像、单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术 | NA | 影像数据、分子数据、单细胞测序数据 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,PET成像 | NA | 64Cu-DOTA-ECL1i PET示踪剂 |
| 8228 | 2025-10-27 |
Single-cell transcriptomics of peripheral blood mononuclear cells indicates impaired immune and inflammatory responses in alcohol-associated hepatitis
2024-Jan, Human immunology
IF:3.1Q3
DOI:10.1016/j.humimm.2023.110735
PMID:38040543
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示酒精性肝炎患者外周血单个核细胞的免疫和炎症反应受损机制 | 首次结合单细胞转录组、细胞表面蛋白和淋巴细胞抗原受体分析,系统揭示AH患者PBMC中各细胞亚型的协同免疫应答异常 | 样本量有限,未包含不同疾病阶段的纵向数据 | 探究酒精性肝炎中免疫失调和炎症反应的分子机制 | 酒精性肝炎患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 酒精性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、抗原受体数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8229 | 2025-07-06 |
Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis
2025-Nov, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-025-00851-6
PMID:40615732
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8230 | 2025-10-26 |
Enzyme-converted O kidneys allow ABO-incompatible transplantation without hyperacute rejection in a human decedent model
2025-Oct-03, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01513-6
PMID:41044341
|
研究论文 | 本研究开发了一种供体导向的器官工程策略,通过酶转化将A型肾脏转化为O型肾脏,实现ABO血型不相容肾脏移植 | 首次提出供体导向的脱敏方案,在低温灌注期间通过酶处理去除肾脏A抗原,避免传统受体脱敏方案的并发症 | 研究仅在人类遗体模型中进行,观察时间仅2天,长期效果和安全性需要进一步验证 | 开发ABO血型不相容肾脏移植的新方法,提高器官分配的公平性和可及性 | 人类A型肾脏和O型脑死亡受体 | 器官移植工程 | 终末期肾病 | 酶转化技术,单细胞测序 | NA | 临床观察数据,基因表达数据 | 人类遗体模型研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8231 | 2025-10-26 |
Cholesterol metabolic reprogramming mediates microglia-induced chronic neuroinflammation and hinders neurorestoration following stroke
2025-Oct, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-025-01379-7
PMID:40987840
|
研究论文 | 本研究揭示了胆固醇代谢重编程介导小胶质细胞诱导的慢性神经炎症并阻碍脑卒中后神经修复的机制 | 首次发现缺血性损伤通过胆固醇代谢重编程诱导持续性小胶质细胞活化,并证明通过CYP46A1激活减轻胆固醇负荷可促进白质修复和功能恢复 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未验证在雌性动物中的效果 | 探究脑卒中后慢性神经炎症的机制及胆固醇代谢在其中的作用 | 雄性小鼠和小胶质细胞 | 神经科学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8232 | 2025-10-26 |
Redox Regulation of Microvascular Physiology and Pathophysiology: Insights into Therapeutic Strategies and Limitations
2025-Oct, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1177/15230864251372607
PMID:41020442
|
综述 | 探讨氧化还原机制在微血管生理和病理生理中的作用及其治疗策略 | 强调微血管与大血管对ROS/RNS反应的差异,并指出单细胞RNA测序研究揭示不同血管床内皮细胞的独特基因特征 | 技术挑战限制了可靠关联ROS/RNS水平变化与微血管结果的能力,且缺乏针对微血管氧化还原信号的特效疗法 | 阐明氧化还原机制在微血管功能调节和疾病发病机制中的作用 | 微血管系统及其内皮细胞 | 血管生物学 | 心血管疾病,自身免疫疾病,感染性疾病,血红蛋白病,炎症性疾病,血管炎,代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8233 | 2025-10-26 |
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix Domain Containing 1 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression by Regulating Transforming Growth Factor Beta Receptor 1 in the Tumor Immune Microenvironment
2025-Oct, Genetic testing and molecular biomarkers
IF:1.1Q4
DOI:10.1177/19450265251384161
PMID:41022542
|
研究论文 | 本研究探讨了CHCHD1通过调节TGF-β1信号通路促进肝细胞癌进展和免疫逃逸的机制 | 首次揭示CHCHD1在肝细胞癌中通过调节TGF-β受体1影响肿瘤免疫微环境的新功能 | 研究样本量相对有限,机制研究主要在细胞系中进行,需要更多体内实验验证 | 探究CHCHD1在肝细胞癌进展中的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 肝细胞癌组织样本和SMMC-7721细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,免疫浸润分析,蛋白质印迹,细胞迁移/侵袭实验 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,临床数据 | 272例HCC组织和50例正常肝组织 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | NA |
| 8234 | 2025-10-26 |
PPARγ accelerates OSCC progression via Th17 polarization and CEBPA/IL-17C signaling
2025-Sep-16, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06296-6
PMID:40954243
|
研究论文 | 本研究揭示了PPARγ通过调控Th17细胞分化和CEBPA/IL-17C信号通路促进口腔鳞状细胞癌进展的新机制 | 首次发现PPARγ/CEBPA/IL-17C/IL-17A信号轴在促进Th17分化及OSCC肿瘤相关炎症中的作用 | 研究主要基于4NQO诱导的OSCC模型,临床样本验证尚不充分 | 探索PPARγ在调节肿瘤微环境及影响OSCC进展中的作用 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞、CD4+T细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 口腔鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞共培养、动物模型 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8235 | 2025-10-26 |
Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy
2025-May, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0637
PMID:39495586
|
研究论文 | 本研究揭示了血管紧张素转换酶依赖性肾内血管紧张素II在糖尿病肾小管病变中导致PCYT2下调、线粒体膜破坏和活性氧过度生成的关键作用 | 首次发现ACE依赖性肾内AngII通过下调PCYT2破坏肾小管线粒体膜稳态并导致ROS过度生成的机制 | 研究主要基于动物模型,需要进一步临床验证;ACE抑制剂仅能部分改善肾小管损伤 | 探讨ACE依赖性肾内AngII在糖尿病肾小管损伤中的作用机制 | 2型糖尿病小鼠模型和肾小管细胞 | 肾脏病学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,肾动脉注射,酶活性检测 | NA | 基因表达数据,生化指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8236 | 2025-10-25 |
A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.531610
PMID:36993575
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq技术构建了水螅神经系统的分子、空间和调控图谱 | 首次对水螅神经系统进行了最全面的分子和空间表征,识别了8种神经元类型和15种转录亚型,并构建了基因调控网络 | NA | 揭示水螅神经系统发育、稳态和再生的分子机制 | 水螅(Hydra vulgaris)神经系统 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,ATAC-seq,轨迹推断 | NA | 单细胞转录组数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8237 | 2025-10-24 |
Engineering a Lipid Nanoparticle with Atypical Calcium Crystal Structure for Enhanced IFNβ-Mediated Immunotherapy
2025-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202419870
PMID:40605669
|
研究论文 | 本研究开发了一种具有非典型晶体结构的磷酸钙脂质体纳米材料,通过激活干扰素通路增强抗肿瘤免疫治疗 | 发现具有非典型晶体结构和pH响应特性的纳米材料NanoCa,通过Ca-calcineurin-NFATc2-PKCβ-IRF3信号通路激活干扰素,增强抗肿瘤免疫反应 | NA | 开发新型纳米材料以增强免疫检查点抑制剂的治疗效果 | 骨髓源性树突状细胞、CT26肿瘤模型、肿瘤引流淋巴结中的免疫细胞 | 纳米医学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8238 | 2025-10-24 |
Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141
PMID:40840441
|
研究论文 | 开发空间差异分析方法用于揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系 | 提出空间差异分析方法,能够检测选择性剪接和等位基因特异性表达,在神经元和肿瘤细胞分析中表现出优于现有工具的准确性和灵敏度 | NA | 开发新方法以更好地理解单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性和基因表达动态 | 神经元、肿瘤细胞、正常人类细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、全外显子组测序 | 空间差异分析方法 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 8239 | 2025-10-24 |
Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas
2025-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02285-0
PMID:40775269
|
研究论文 | 本研究构建了跨物种单细胞肾脏图谱并开发了CellSpectra计算工具,用于分析个体患者细胞类型特异性通路基因表达协调变化 | 开发了能量化基因表达协调变化的CellSpectra计算工具,创建了包含140个样本、超过100万细胞的跨物种单细胞肾脏图谱 | NA | 推进单细胞方法在临床精准医学中的应用,解决个体患者细胞类型特异性分子变化识别难题 | 人类和啮齿类动物的肾脏细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | CellSpectra计算工具 | 单细胞基因表达数据 | 140个样本,超过100万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8240 | 2025-10-23 |
MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626766
PMID:39677693
|
研究论文 | 开发用于图像空间转录组学数据质量控制的自动化计算工具MerQuaCo | 首个能够自动检测和量化空间转录组学数据缺陷的计算工具,无需人工输入 | 研究基于641个小鼠脑切片数据,主要针对Vizgen MERSCOPE平台 | 开发空间转录组学数据质量控制的自动化方法 | 641个新鲜冷冻成年小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组学 | NA | 空间转录组图像数据 | 641个小鼠脑切片 | Vizgen | 空间转录组学 | MERSCOPE | Vizgen MERSCOPE平台 |