单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23993 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2024-12-11 |
Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear-cell renal-cell carcinoma tumor microenvironment
2024-Dec-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03435-z
PMID:39639369
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研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中整合素和胶原蛋白IV的空间耦合，以更好地理解免疫治疗耐药性 | 本文首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，分析了免疫治疗前后ccRCC肿瘤微环境中的分子变化，并发现免疫治疗后肿瘤中胶原蛋白IV和整合素αV的表达显著增加 | 本文仅分析了21个肿瘤样本，样本量较小，且未探讨潜在的治疗策略 | 研究透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中免疫治疗耐药性的分子机制 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤及其微环境 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学 | NA | 空间分子图像 | 21个ccRCC肿瘤样本 |
| 802 | 2024-12-11 |
Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis
2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice
DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015
PMID:38768900
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研究论文 | 本文研究了非上皮基因表达与嗜酸性食管炎（EoE）症状严重程度之间的相关性 | 首次揭示了非上皮细胞（如成纤维细胞）在EoE症状严重程度中的潜在作用 | 样本量有限，且仅限于成人患者 | 探讨EoE症状严重程度与食管基因表达之间的关系 | 嗜酸性食管炎患者的食管基因表达与症状严重程度 | NA | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 146名成人EoE患者 |
| 803 | 2024-12-11 |
Single-cell transcriptome analysis of the mouse lungs during the injury and recovery periods after lipopolysaccharide administration
2024-Dec, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-024-01951-z
PMID:39377802
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了脂多糖诱导的急性肺损伤（ALI）期间细胞间相互作用及Dpp4在其中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨急性肺损伤（ALI）期间细胞和分子变化，并寻找有效的治疗靶点 | 小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自损伤（第3天）和恢复（第6天）小鼠的肺泡组织样本 |
| 804 | 2024-12-11 |
Doxorubicin resistance involves modulation of interferon signaling, transcriptional bursting, and gene co-expression patterns of U-ISGF3-related genes
2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101071
PMID:39405604
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研究论文 | 研究了多柔比星（DOX）在人结肠癌细胞中诱导的转录组变化，揭示了与U-ISGF3相关基因的表达变化及其在化疗耐药中的潜在作用 | 首次揭示了U-ISGF3相关基因在多柔比星耐药中的作用，并发现HSH2D作为不良预后标志物在耐药细胞中的高表达 | 研究仅限于人结肠癌细胞，未探讨其他癌症类型中的适用性 | 探讨多柔比星诱导的化疗耐药机制及其潜在治疗靶点 | 人结肠癌细胞在亚毒性多柔比星处理后的转录组变化 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | 转录组数据 | 人结肠癌细胞 |
| 805 | 2024-12-11 |
Systematic analysis of human colorectal cancer scRNA-seq revealed limited pro-tumoral IL-17 production potential in gamma delta T cells
2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101072
PMID:39454432
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研究论文 | 本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限 | 首次系统分析了人类结直肠癌中单细胞RNA测序数据，发现γδ T细胞在肿瘤微环境中主要表现为细胞毒性效应细胞，而非IL-17产生细胞 | 研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证 | 探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的作用 | γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 165名结直肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞 |
| 806 | 2024-12-11 |
Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis
2024-Dec, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2024.103401
PMID:39471640
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了骨髓来源的中性粒细胞在II型胶原诱导的关节炎模型中的表型特征，揭示了ROS在免疫启动中的保护作用及其对关节炎发展的影响 | 首次系统性地揭示了ROS调控下中性粒细胞的功能和炎症表型特征，并发现了Ncf1缺陷中性粒细胞的代谢重编程与关节炎发展的关联 | 研究主要基于小鼠模型，结果的外推性和临床应用尚需进一步验证 | 探讨中性粒细胞在类风湿性关节炎发展中的作用及其分子机制 | 骨髓来源的中性粒细胞在II型胶原诱导的关节炎模型中的表型特征 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | 包括免疫启动和加强的小鼠模型中的中性粒细胞样本 |
| 807 | 2024-12-11 |
Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells
2024-Dec, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-024-01087-5
PMID:39508863
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研究论文 | 本文构建了一个包含超过210,000个来自24种人类组织38个区域的血管内皮细胞的单细胞转录组图谱，揭示了不同组织中血管内皮细胞的转录组、表型、代谢和转录调控的显著差异 | 首次系统性地揭示了人类器官特异性血管内皮细胞的独特转录组特征，并展示了这些细胞在不同组织和血管床中的疾病关联性 | 研究主要集中在转录组层面，未涉及功能性实验验证 | 揭示人类不同组织中血管内皮细胞的异质性及其与特定疾病的关联 | 来自24种人类组织38个区域的血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过210,000个血管内皮细胞样本 |
| 808 | 2024-12-11 |
Elucidating tobacco smoke-induced craniofacial deformities: Biomarker and MAPK signaling dysregulation unraveled by cross-species multi-omics analysis
2024-Dec, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117343
PMID:39549573
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研究论文 | 本研究使用斑马鱼幼体模型，通过多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形与MAPK信号通路失调之间的关系 | 首次通过跨物种多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形相关的新型生物标志物和MAPK信号通路的失调 | 研究主要基于斑马鱼模型和人类胚胎腭间充质细胞，可能需要进一步的人体临床研究验证 | 揭示烟草烟雾引起的颅面畸形的发生机制，并寻找相关的生物标志物和信号通路 | 斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞 | NA | NA | 多组学分析（mRNA-miRNA分析、单细胞转录组学、定量实时PCR） | NA | 基因、蛋白质、代谢物 | 斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞 |
| 809 | 2024-12-11 |
Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout
2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.29.626110
PMID:39651204
|
研究论文 | 研究了矿皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响 | 首次通过空间转录组学方法揭示了MR缺失导致CA2神经元获得类似CA1的分子表型 | 研究仅限于小鼠模型，未探讨MR敲除对人类CA2神经元的影响 | 探讨MR条件性敲除对CA2神经元命运或状态的影响 | 海马CA2区神经元及其在MR敲除后的变化 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 810 | 2024-12-11 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2024-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.26.625488
PMID:39651240
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了三刺鱼中减数分裂性染色体失活（MSCI）现象的存在与否 | 首次在三刺鱼中发现MSCI现象不存在，并揭示了Y染色体基因在精子发生多个阶段的表达模式与哺乳动物不同 | 研究仅限于三刺鱼，未涉及其他鱼类物种 | 探讨三刺鱼中减数分裂性染色体失活现象的存在与否 | 三刺鱼的X和Y染色体在减数分裂中的基因表达模式 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 811 | 2024-12-11 |
PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations
2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625696
PMID:39651206
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研究论文 | 本文研究了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVM）中的过度表达及其作用 | 首次揭示了PIEZO1在HHT2中的过度表达及其信号传导对AVM形成的关键作用，并提出了通过阻断PIEZO1来预防AVM的潜在治疗方法 | 研究主要基于小鼠模型和人类病变样本，尚未在临床试验中验证PIEZO1阻断疗法的有效性 | 探讨ALK1突变相关的血管疾病机制，并寻找预防AVM形成的新疗法 | 遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）患者及其动静脉畸形（AVM） | NA | 遗传性出血性毛细血管扩张症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠视网膜的单细胞RNA测序数据及人类HHT病变样本 |
| 812 | 2024-12-11 |
Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells
2024-Nov-27, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666
PMID:39602512
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研究论文 | 本文利用空间转录组技术生成儿童期狼疮性肾炎（cLN）患者肾脏组织的空间分辨单细胞图谱，揭示了肾脏间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用 | 首次通过空间转录组技术解析了cLN患者肾脏组织中免疫细胞的空间分布及其与肾脏间质细胞的相互作用 | 组织学评分与单个肾小球细胞转录组特征之间的相关性较低 | 研究儿童期狼疮性肾炎中肾脏间质与浸润免疫细胞之间的相互作用 | 儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织 | NA | 自身免疫性疾病 | 空间转录组 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名cLN患者和4名对照个体 |
| 813 | 2024-12-11 |
Post-ischemic inactivation of HIF Prolyl Hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176207
PMID:39621585
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研究论文 | 本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中缺氧诱导因子脯氨酰羟化酶（PHD）的失活如何通过诱导糖酵解促进不良的肾脏修复 | 首次揭示了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的同时失活通过诱导糖酵解和上调SLC16A3基因编码的乳酸转运蛋白MCT4，促进不良肾脏修复的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证 | 探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞功能障碍的机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 内皮细胞中的PHD1、PHD2和PHD3酶及其在缺血性急性肾损伤后的作用 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类肾脏样本 |
| 814 | 2024-12-11 |
OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625000
PMID:39651293
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研究论文 | 本文介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量控制的人类同源转换 | OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码即可实现服务器间的交互，并能高效转换单细胞、单核和空间转录组数据 | NA | 开发一个工具，将非人类临床前研究中的基因表达数据转换为人类同源数据，以便利用现有的人类注释数据库进行功能性小分子预测 | 单细胞、单核和空间转录组数据，来自常见临床前模型，如髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包括髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型 |
| 815 | 2024-12-11 |
iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.29.24305092
PMID:39649598
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研究论文 | 本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于推断单细胞转录组学中的生物学机制 | iGTP框架结合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用，能够生成具有生物学意义的潜在空间，并在功能富集任务中超越其他深度学习模型和传统生物信息学方法 | NA | 开发一种能够推断单细胞转录组学中生物学机制的可解释模型 | 单细胞转录组数据及其生物学机制 | 机器学习 | NA | 深度学习模型（如变分自编码器）和图神经网络 | 变分自编码器（VAE）和图神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 816 | 2024-12-11 |
Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.22.624939
PMID:39651139
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研究论文 | 本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力 | 本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力 | 本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果 | 揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用 | TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | 细胞模型 |
| 817 | 2024-12-11 |
An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.23.619172
PMID:39651157
|
研究论文 | 本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系 | 首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制 | 研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验 | 探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制 | 激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序，多重免疫荧光 | NA | 转录组数据，免疫荧光图像 | 来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系 |
| 818 | 2024-12-11 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CosGeneGate的新模型，用于选择多功能的可信生物标志物，以提高单细胞分析中的标记基因选择效果 | CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优势，以选择更具代表性的标记基因 | NA | 提高单细胞测序分析中标记基因选择的有效性 | 单细胞测序分析中的标记基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | CosGeneGate | 基因表达数据 | 包括公共数据集和新测序数据集 |
| 819 | 2024-12-11 |
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624469
PMID:39605457
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研究论文 | 研究PLSCR1在流感病毒感染中通过调节IFN-λ信号通路的作用 | 首次揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ受体1（Ifn-λr1）表达和下游ISGs的表达来保护宿主免受流感病毒感染，并通过蛋白-蛋白相互作用调节IFN-λ信号通路 | 仅在有限的小鼠模型中进行了研究，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平上的作用机制 | 探讨PLSCR1在流感病毒感染中的抗病毒机制及其对IFN-λ信号通路的调节作用 | PLSCR1在流感病毒感染中的作用及其对IFN-λ信号通路的调节 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型，包括Plscr1敲除小鼠和纤毛上皮细胞特异性Plscr1过表达小鼠 |
| 820 | 2024-12-11 |
Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts
2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623270
PMID:39605411
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研究论文 | 研究探讨了单核细胞基因表达特征对急性感染期间开始抗逆转录病毒治疗（ART）的HIV-1潜伏库大小的影响 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了单核细胞活动与HIV-1潜伏库大小之间的关联，并验证了这种关联在不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列中的存在 | 研究仅限于急性感染期间开始ART的个体，且样本量相对较小 | 探讨宿主基因表达差异是否调节HIV-1潜伏库大小 | 外周血单核细胞（PBMC）中的单核细胞基因表达 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 14名急性感染期间开始ART的个体和38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列 |