单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 8121 - 8140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8121 | 2024-09-25 |
Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements
2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534017
PMID:37034704
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研究论文 | 本文描述了一种结合高多重扰动与单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因 | 本文创新性地将高多重CRISPRa扰动与单细胞RNA测序相结合，以识别细胞类型特异性的调控元件及其对邻近基因表达的影响 | 本文的局限性在于仅在K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元中进行了实验，未来需要在更多细胞类型中验证 | 研究目的是开发一种方法，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因 | 研究对象包括CRISPRa技术、单细胞RNA测序以及细胞类型特异性的调控元件 | 基因组学 | 神经发育障碍 | CRISPRa、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 493个gRNA，K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元 |
| 8122 | 2024-09-25 |
Directed Differentiation of Human Induced Pluripotent Stem Cells to Heart Valve Cells
2024-Apr-30, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文开发了一种高效的方法，通过激活特定的信号通路，将人类诱导多能干细胞（hiPSCs）定向分化为功能性的心脏瓣膜细胞 | 首次报道了一种高效策略，能够生成功能性的hiPSC衍生的瓣膜内皮样细胞和瓣膜间质样细胞，并阐明了分化轨迹和转录动力学 | NA | 解决当前心脏瓣膜疾病研究中高质量同质功能性心脏瓣膜细胞缺乏的问题 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其分化后的心脏瓣膜细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约70% CD144+细胞和30% CD144-细胞 |
| 8123 | 2024-08-07 |
Correction: Practical Compass of Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-Apr, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-024-00861-7
PMID:38372900
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8124 | 2024-09-25 |
Transcriptomic profiling of immune cells in murine polymicrobial sepsis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1347453
PMID:38343542
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠多微生物脓毒症中免疫细胞的转录组图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了脓毒症中免疫细胞的转录组特征，并识别了不同细胞类型的激活通路 | NA | 揭示脓毒症中免疫细胞的转录组特征，以增强对脓毒症病理生理学的理解 | 小鼠多微生物脓毒症中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本，包括脾脏和腹腔灌洗液 |
| 8125 | 2024-09-25 |
Single cell RNA-Sequencing Reveals Mast Cells Enhance Mononuclear Phagocytes Infiltration in Bladder Cancer Microenvironment
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.99554
PMID:39308672
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研究论文 | 研究膀胱癌微环境中肥大细胞与单核吞噬细胞的相互作用，以揭示潜在的免疫治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞在膀胱癌微环境中增强单核吞噬细胞浸润的作用 | 样本量较小，仅涉及12名膀胱癌患者 | 揭示膀胱癌微环境中肥大细胞与单核吞噬细胞的相互作用 | 肥大细胞和单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12名膀胱癌患者 |
| 8126 | 2024-09-25 |
Pan-cancer analysis of the role of α2C-adrenergic receptor (ADRA2C) in human tumors and validation in glioblastoma multiforme models
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.98240
PMID:39308687
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研究论文 | 本文通过RNA测序数据和生物信息学方法，全面分析了α2C-肾上腺素受体（ADRA2C）在多种癌症中的作用，并在胶质母细胞瘤模型中进行了验证 | 首次进行了全面的泛癌分析，揭示了ADRA2C在不同癌症中的表达水平及其与临床阶段、预后和免疫浸润细胞的关系 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，缺乏体内实验的长期随访数据 | 探讨ADRA2C在泛癌中的作用及其作为癌症诊断、预后和治疗靶点的潜力 | α2C-肾上腺素受体（ADRA2C）在多种癌症中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 脑癌 | RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及33种癌症类型，包括乳腺癌、食管腺癌、肾癌和肺癌等 |
| 8127 | 2024-09-24 |
A Novel Tumor-Associated Neutrophil-Related Risk Signature Based on Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Analyses Predicts the Prognosis and Immune Landscape of Breast Cancer
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.100338
PMID:39308692
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研究论文 | 本研究开发了一种基于单细胞和批量RNA测序分析的新型肿瘤相关中性粒细胞相关风险特征，用于预测乳腺癌的预后和免疫景观 | 首次基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据开发了肿瘤相关中性粒细胞相关风险特征，并验证了其在多个队列中的预后预测能力 | NA | 开发一种新型肿瘤相关中性粒细胞相关风险特征，用于预测乳腺癌的预后和免疫景观 | 乳腺癌患者的预后和免疫景观 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | Cox回归和LASSO回归 | RNA | 多个队列的乳腺癌患者样本 |
| 8128 | 2024-09-25 |
Comprehensive analysis of macrophage-associated inflammatory genes in AMI based on bulk combined with single-cell sequencing data
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17981
PMID:39308815
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研究论文 | 本研究通过结合bulk和单细胞测序数据，全面分析了AMI中与巨噬细胞相关的炎症基因 | 本研究首次结合bulk和单细胞测序数据，系统分析了AMI中巨噬细胞相关的炎症基因，并筛选出关键基因Saa3、Ms4a4c、Acp5和Fcgr4 | 本研究主要基于现有数据库和动物实验，尚未在人体样本中验证这些基因的表达和功能 | 探讨AMI后巨噬细胞在炎症反应中的作用，并筛选潜在的生物标志物 | AMI后巨噬细胞相关的炎症基因 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、bulk RNA-seq、qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 包括GSE163465、GSE236374、GSE183272和GSE114695数据集，以及AMI小鼠心肌组织 |
| 8129 | 2024-09-25 |
MCT1-mediated endothelial cell lactate shuttle as a target for promoting axon regeneration after spinal cord injury
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.96374
PMID:39310103
|
研究论文 | 研究探讨了脊髓损伤后内皮细胞乳酸穿梭对轴突再生的促进作用 | 首次揭示了脊髓损伤后内皮细胞乳酸穿梭与神经功能恢复之间的关联 | 研究仅在脊髓损伤小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨脊髓损伤后内皮细胞乳酸穿梭对神经组织重塑和功能恢复的影响 | 脊髓损伤后的内皮细胞和神经元 | NA | 脊髓损伤 | 代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 脊髓损伤小鼠 |
| 8130 | 2024-09-25 |
Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.98620
PMID:39310107
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研究论文 | 研究了DIS3L2核糖核酸酶在雄性小鼠生殖细胞发育中的作用，发现其在精子发生和雄性生育中的关键作用 | 首次揭示了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的作用，特别是其在精子发生和生育中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证DIS3L2的作用 | 探讨DIS3L2在雄性小鼠生殖细胞发育中的生物学功能及其对精子发生和生育的影响 | 雄性小鼠的生殖细胞和精子发生过程 | NA | NA | RNA-seq | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 8131 | 2024-09-25 |
Revelation of comprehensive cell profiling of primary and metastatic tumour ecosystems in oral squamous cell carcinoma by single-cell transcriptomic analysis
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.97404
PMID:39310253
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示口腔鳞状细胞癌原发和转移肿瘤生态系统的综合细胞图谱 | 发现了两种新型细胞类型（CD1C-CD141-树突状细胞和CD1C+_B树突状细胞），并确定了IL1RN和C15orf48作为新的标记物 | NA | 理解口腔鳞状细胞癌在单细胞水平上的细胞起源和基因表达特征 | 口腔鳞状细胞癌的原发和转移肿瘤组织中的细胞 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括来自口腔鳞状细胞癌患者的原发肿瘤、转移淋巴结、放射治疗后的第二原发肿瘤等多种组织样本 |
| 8132 | 2024-09-25 |
Comprehensive analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals Schlafen-5 (SLFN5) as a novel prognosis and immunity
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.97975
PMID:39310264
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了Schlafen家族基因在结直肠腺癌（COAD）中的诊断和预后潜力 | 首次揭示了SLFN5在COAD中的显著上调及其与不良预后和免疫反应的关系 | NA | 探索Schlafen家族基因在结直肠腺癌中的诊断和预后潜力 | Schlafen家族基因在结直肠腺癌中的表达及其与预后和免疫反应的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 结直肠癌患者和正常组织的样本 |
| 8133 | 2024-09-25 |
Investigation and Confirmation of PYCARD as a Potential Biomarker for the Management of Psoriasis Disease
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S468746
PMID:39310902
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研究论文 | 本文探讨了坏死性凋亡相关基因在银屑病中的分子机制，并筛选出PYCARD作为潜在的银屑病生物标志物 | 首次将PYCARD确定为银屑病的潜在生物标志物，并通过多种实验验证了其在银屑病发展中的重要作用 | NA | 探索银屑病中坏死性凋亡相关基因的分子机制，并筛选潜在的生物标志物 | 银屑病患者和银屑病样皮炎小鼠模型 | 生物信息学 | 银屑病 | 实时荧光定量PCR、Western blot、免疫组化、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及GSE13355和GSE14905数据集中的银屑病差异表达基因，以及临床样本和动物实验 |
| 8134 | 2024-09-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and intercellular communication of hepatic stellate cells and macrophages during liver fibrosis
2023-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.378
PMID:37724132
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化过程中的异质性和细胞间通讯 | 首次在单细胞水平上揭示了肝星状细胞和巨噬细胞在肝纤维化中的异质性和相互调节网络，并发现了一种促纤维化的Thbs1+巨噬细胞亚群 | 研究仅限于小鼠和人类样本，未涉及其他物种 | 揭示肝纤维化过程中肝星状细胞和巨噬细胞的异质性和细胞间通讯 | 肝星状细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自正常和纤维化小鼠肝脏的非实质细胞 |
| 8135 | 2024-09-25 |
Integrative analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq reveals heterogeneity of induced pluripotent stem cell-derived hepatic organoids
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107675
PMID:37680467
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析，揭示了诱导多能干细胞衍生的肝类器官的异质性 | 本文首次在单细胞水平上整合了RNA测序和ATAC测序数据，揭示了肝类器官在不同分化状态下的转录组和表观基因组特征 | 本文主要集中在肝类器官的研究，未涉及其他类型的类器官或组织 | 深入了解类器官的转录组和表观基因组特征，并探讨其在肝脏发育中的调控网络 | 诱导多能干细胞衍生的肝类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和表观基因组数据 | 两种状态的肝类器官（可扩展和更分化的） |
| 8136 | 2024-09-25 |
Determinants of Survival with Combined HER2 and PD-1 Blockade in Metastatic Esophagogastric Cancer
2023-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-3769
PMID:37406106
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研究论文 | 报告了在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的II期研究的更新临床结果，并结合了独立Memorial Sloan Kettering（MSK）队列的结果 | 通过89Zr-trastuzumab PET、scRNA-seq和连续ctDNA与CT成像，识别了治疗前患者内基因组异质性对无进展生存期（PFS）的负面影响，并发现了与治疗耐药性相关的基因表达特征 | NA | 评估在转移性食管胃癌中使用pembrolizumab、trastuzumab和化疗（PTC）的临床效果，并识别预测治疗反应和耐药性的生物标志物 | 转移性食管胃癌患者 | 数字病理学 | 食管胃癌 | PET成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、循环肿瘤DNA（ctDNA）分析 | NA | 基因组数据、影像数据 | 226名接受trastuzumab治疗的MSK患者 |
| 8137 | 2024-09-25 |
scPlant: A versatile framework for single-cell transcriptomic data analysis in plants
2023-09-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100631
PMID:37254480
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scPlant的多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析 | scPlant框架提供了一个端到端的解决方案，涵盖了从基本数据处理到高级分析任务的功能，并集成了多种可视化工具 | NA | 开发一个多功能框架，用于植物单细胞转录组数据的分析 | 植物单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8138 | 2024-09-25 |
Cell specialization and coordination in Arabidopsis leaves upon pathogenic attack revealed by scRNA-seq
2023-09-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100676
PMID:37644724
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术研究拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片在病原体攻击下的细胞特化和协调反应，并识别了不同细胞类型的转录重编程和调控因子 | 研究仅限于拟南芥叶片和特定的病原体Pseudomonas syringae DC3000，可能不适用于其他植物或病原体 | 探讨植物在病原体攻击下的防御反应中不同细胞类型的特化和协调机制 | 拟南芥叶片在病原体Pseudomonas syringae DC3000攻击下的细胞反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 三组独立的生物学重复样本 |
| 8139 | 2024-09-25 |
TISSUE: uncertainty-calibrated prediction of single-cell spatial transcriptomics improves downstream analyses
2023-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.25.538326
PMID:37162839
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TISSUE的通用框架，用于估计空间基因表达预测的不确定性，并提供不确定性感知的下游推理方法 | TISSUE框架能够提供校准良好的预测区间，并显著降低差异基因表达分析的假发现率，改善聚类和可视化效果，以及监督学习模型的性能 | NA | 解决单细胞空间转录组学中基因表达预测的不确定性问题，并提高下游分析的准确性 | 单细胞空间转录组学数据中的基因表达预测及其不确定性估计 | 数字病理学 | NA | 空间基因表达预测 | NA | 转录组数据 | 涉及11个基准数据集和一个MERFISH空间转录组数据集 |
| 8140 | 2024-09-25 |
The Deep Generative Decoder: MAP estimation of representations improves modelling of single-cell RNA data
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad497
PMID:37572301
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研究论文 | 本文介绍了一种名为深度生成解码器（DGD）的新模型，通过最大后验估计直接计算模型参数和表示，用于单细胞RNA数据的建模 | DGD模型能够处理复杂的参数化潜在分布，而变分自编码器通常使用固定的正态分布，因为添加其他类型的复杂性较高 | NA | 改进单细胞RNA数据的低维表示学习 | 单细胞RNA数据 | 机器学习 | NA | 最大后验估计 | 深度生成解码器（DGD） | 单细胞RNA数据 | 多个单细胞数据集 |