单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8081	2024-09-26	Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs 2023-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02590-w PMID:37640912	研究论文	研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响	使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况	大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致	确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素	COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位	基因组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	孟德尔随机化（MR）	RNA	NA
8082	2024-09-26	Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN 2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.526939 PMID:36778387	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据	SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性	NA	开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性	跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据
8083	2024-09-26	Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107525 PMID:37646018	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性	首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型	NA	研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法	人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究
8084	2024-09-26	MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor 2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad550 PMID:37698995	研究论文	本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据	开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程	NA	开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析	分子级空间组学数据	生物信息学	NA	成像技术	NA	分子级数据	NA
8085	2024-09-26	Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model 2023-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010942 PMID:37703293	研究论文	提出了一种基于图自编码器的深度学习模型DeepRIG，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	DeepRIG模型通过构建先验调控图并利用图自编码器嵌入全局调控信息，能够准确重建基因调控网络并超越现有方法	NA	推断单细胞转录组数据中的基因调控网络	基因调控关系和多基因协作关联	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图自编码器	基因表达数据	涉及人类外周血单核细胞和三阴性乳腺癌样本
8086	2024-09-26	Omni-Seg: A Scale-Aware Dynamic Network for Renal Pathological Image Segmentation 2023-09, IEEE transactions on bio-medical engineering DOI:10.1109/TBME.2023.3260739 PMID:37030838	研究论文	提出了一种名为Omni-Seg的尺度感知动态网络，用于肾病理图像的语义分割	引入了一种新颖的尺度感知控制器，将动态神经网络从单尺度扩展到多尺度；采用半监督一致性正则化方法，将未标注组织类型的跨尺度相关性建模到一个端到端的训练范式中；展示了在人类肾脏图像上训练的模型可以直接应用于小鼠肾脏图像，无需重新训练	NA	解决肾病理图像中由于对象尺度异质性导致的分割难题	肾病理图像中的六种组织类型	计算机视觉	NA	NA	动态神经网络	图像	150,000个人类病理图像块，涵盖六种组织类型，三种不同分辨率
8087	2024-09-26	Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas 2023-09, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00876-x PMID:37697055	研究论文	本文介绍了一个跨条件的小鼠胰岛单细胞RNA测序图谱（MIA），整合了来自九个scRNA-seq数据集的超过30万个细胞，用于探索和计算查询	揭示了疾病进展中的新细胞状态以及先前提出的标记基因之间的跨出版物差异	NA	确定小鼠β细胞在一生中和糖尿病中的身份	小鼠胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过30万个细胞，来自56个样本，包括不同年龄、性别和糖尿病模型
8088	2024-09-26	Reconstruction of Single-Cell Trajectories Using Stochastic Tree Search 2023-01-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14020318 PMID:36833245	研究论文	本文提出了一种基于随机树搜索的单细胞轨迹重建方法	引入了一种基于惩罚似然框架的随机树搜索算法，旨在在大规模非凸树空间中寻找全局最优解	NA	提高单细胞轨迹重建的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机树搜索算法	基因表达数据	NA
8089	2024-09-26	A review on deep learning applications in highly multiplexed tissue imaging data analysis 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1159381 PMID:37564726	综述	本文综述了深度学习在高度多重组织成像数据分析中的应用及其对肿瘤学的影响	强调了使用高度多重图像（空间蛋白质组数据）相对于单染色传统组织病理学图像的优势，能够提供更深层次的机制性生物信息	未提及具体的技术局限性	探讨深度学习与空间组学技术结合在肿瘤学中的应用及其对临床决策和患者护理质量的影响	深度学习在生物医学图像分析中的应用，包括细胞分割、细胞表型识别、癌症预后和治疗预测	计算机视觉	肿瘤学	深度学习	NA	图像	NA
8090	2024-09-26	Cell type-specific interaction analysis using doublets in scRNA-seq 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad120 PMID:37745004	研究论文	本文开发了一种名为CIcADA的管道，用于在scRNA-seq数据中识别和分析具有生物学意义的二聚体	本文提出了一种新的方法CIcADA，用于分析scRNA-seq数据中的二聚体，揭示了这些二聚体在免疫反应基因表达上调中的作用	目前CIcADA方法的实现仅作为一个R包提供，尚未在CRAN上发布	研究scRNA-seq数据中的二聚体在细胞间信号和过程中的生物学意义	scRNA-seq数据中的二聚体及其在肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用	单细胞测序	肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-seq肿瘤数据集
8091	2024-09-26	EDClust: an EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing 2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac168 PMID:35561178	研究论文	本文提出了一种新的统计方法EDClust，用于多主体单细胞RNA测序数据的细胞聚类	EDClust通过混合Dirichlet-多项分布模型处理细胞类型异质性、主体异质性和聚类不确定性，并采用EM-MM混合算法进行数据似然最大化	NA	解决多主体单细胞RNA测序数据中的细胞聚类问题	多主体单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	混合模型	RNA测序数据	涉及四个真实单细胞RNA测序数据集，包含多种组织类型和物种
8092	2024-09-25	AFSC: A self-supervised augmentation-free spatial clustering method based on contrastive learning for identifying spatial domains 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.005 PMID:39310278	研究论文	提出了一种基于对比学习的无数据增强自监督空间聚类方法AFSC，用于识别空间域	设计了无负样本或数据增强的对比学习模块，并结合空间信息和基因表达进行潜在表示学习	未提及	改进空间聚类方法以识别空间域	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	对比学习	自监督学习模型	基因表达数据	多个不同分辨率的空间转录组数据集
8093	2024-09-25	UQCRB and LBH are correlated with Gleason score progression in prostate cancer: Spatial transcriptomics and experimental validation 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.026 PMID:39310280	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析前列腺癌组织中不同病理结构与Gleason评分进展的关系，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的作用	首次通过空间转录组学技术分析前列腺癌组织中Gleason评分进展相关的分子事件，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的关键作用	研究主要基于TCGA-PRAD数据集和实验验证，未来需在更多样本和临床数据中进一步验证	探讨前列腺癌中Gleason评分进展相关的分子机制	前列腺癌组织及其Gleason评分进展相关的基因	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	不同病理结构的前列腺癌组织样本
8094	2024-09-25	Deciphering the cellular and molecular landscapes of Wnt/β-catenin signaling in mouse embryonic kidney development 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.025 PMID:39310276	研究论文	研究探讨了Wnt/β-catenin信号通路在小鼠胚胎肾脏发育中的细胞和分子机制	首次详细分析了Wnt/β-catenin信号通路激活后在不同胚胎肾脏细胞类型中的基因表达变化，并鉴定了直接转录靶点	研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证	揭示Wnt/β-catenin信号通路在胚胎肾脏发育中的具体作用	小鼠胚胎肾脏细胞和基因表达	数字病理学	NA	RNA测序、单细胞RNA测序、ChIP-seq	NA	基因表达数据	使用了来自小鼠胚胎肾脏的多个数据集，包括GSE131240、GSE20325、GSE39583和GSE39837
8095	2024-09-25	Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell 2024-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359 PMID:39179089	研究论文	研究了小鼠滋养层干细胞向母体血管相关滋养层巨细胞分化的转录特征变化及关键转录因子	揭示了体外分化的小鼠滋养层干细胞与体内不同类型滋养层巨细胞之间的转录特征差异，并识别了关键转录因子ZMAT1、EGR1和MITF在分化过程中的作用	研究主要集中在体外模型，对体内情况的直接比较和验证有限	探讨滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞的转录机制及其与胎盘功能障碍相关疾病的关系	小鼠滋养层干细胞及其分化后的滋养层巨细胞	NA	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠滋养层干细胞及其分化后的滋养层巨细胞
8096	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis provides novel insights into the role of apoptosis-related genes in muscle aging 2024-10, Archives of gerontology and geriatrics IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.archger.2024.105499 PMID:38852373	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了22个与肌肉衰老相关的凋亡相关基因，并评估了它们的诊断价值	本研究仅基于GSE143704数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用及其潜在的诊断价值	肌肉衰老患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	肌肉衰老患者和年轻对照样本
8097	2024-09-25	Loss of AR-regulated AFF3 contributes to prostate cancer progression and reduces ferroptosis sensitivity by downregulating ACSL4 based on single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-01941-w PMID:38478171	研究论文	本研究通过单细胞测序分析探讨了AR调控的AFF3在前列腺癌进展中的作用及其对铁死亡敏感性的影响	首次揭示了AFF3通过下调ACSL4表达影响前列腺癌细胞的铁死亡敏感性	研究主要基于细胞系，缺乏临床样本验证	探讨AR调控的AFF3在前列腺癌进展和铁死亡敏感性中的作用	前列腺癌细胞及其代谢途径	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	前列腺癌细胞系
8098	2024-09-25	Mechanisms of radiation-induced tissue damage and response 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.725 PMID:39309694	综述	本文综述了辐射诱导组织损伤（RITI）的分子机制，并探讨了单细胞测序（Sc-seq）在揭示RITI分子机制和识别潜在预防靶点中的应用	利用单细胞测序技术深入解析了RITI的分子机制，并提出了基于Sc-seq的个性化治疗策略	NA	揭示辐射诱导组织损伤的分子机制，并探讨相应的预防和治疗策略	辐射诱导组织损伤及其分子机制	NA	NA	单细胞测序（Sc-seq）	NA	NA	NA
8099	2024-09-25	Investigation of the pharmacological mechanisms of Shenfu injection in acute pancreatitis through network pharmacology and experimental validation 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37491 PMID:39309824	研究论文	本研究通过网络药理学和实验验证探讨了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的药理机制	首次通过网络药理学和实验验证揭示了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的多成分、多靶点和多细胞特性	NA	探讨参附注射液在急性胰腺炎治疗中的潜在机制	参附注射液在急性胰腺炎中的作用机制	NA	急性胰腺炎	网络药理学、分子对接、单细胞转录组分析、HE染色、流式细胞术、Tunel染色、CCK-8检测、Western blot、ELISA	NA	基因、蛋白质、细胞	体外实验涉及多种细胞类型，体内实验涉及急性胰腺炎大鼠模型
8100	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the distinct features of colorectal cancer with or without Fusobacterium nucleatum infection in PD-L1 blockade therapy 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37511 PMID:39309908	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了在PD-L1阻断疗法下，有无Fusobacterium nucleatum感染的结直肠癌的特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了Fusobacterium nucleatum感染对PD-L1阻断疗法在结直肠癌中作用的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证结果	探讨PD-L1阻断疗法在结直肠癌中的作用机制，特别是Fusobacterium nucleatum感染的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞组成和功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的结直肠癌肿瘤样本