单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 8081 - 8100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8081 | 2024-10-06 |
SARS-CoV-2 cellular tropism and direct multiorgan failure in COVID-19 patients: Bioinformatic predictions, experimental observations, and open questions
2023-Feb, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.11928
PMID:36229927
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综述 | 本文综述了SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性及其在COVID-19患者中引发多器官衰竭的可能机制 | 首次广泛使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基因表达数据集来预测SARS-CoV-2的细胞趋向性 | 并非所有预测的易感细胞在COVID-19患者中都会被感染 | 探讨SARS-CoV-2病毒的传播途径及其在COVID-19患者中引发多器官衰竭的原因 | SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性及其与早期感染和多器官衰竭的关联 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8082 | 2024-10-06 |
Human antibody BD-218 has broad neutralizing activity against concerning variants of SARS-CoV-2
2023-Feb-01, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2022.12.120
PMID:36528147
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研究论文 | 本文报道了一种名为BD-218的人类抗体，具有广泛的SARS-CoV-2变种中和活性 | BD-218抗体能够与SARS-CoV-2刺突蛋白的受体结合域上的新表位结合，显示出对多种变种（包括beta、delta和omicron变种）的广泛中和活性 | NA | 研究SARS-CoV-2变种的中和抗体，以提高现有抗COVID疗法的有效性 | BD-218抗体及其对SARS-CoV-2变种的中和活性 | NA | NA | 单细胞测序、生物化学方法、伪型病毒中和实验、冷冻电镜结构分析 | NA | 结构数据 | 从早期康复患者中筛选出的抗体 |
| 8083 | 2024-10-06 |
Epstein-Barr virus perpetuates B cell germinal center dynamics and generation of autoimmune-associated phenotypes in vitro
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.1001145
PMID:36248899
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研究论文 | 研究EB病毒如何通过体外实验维持B细胞生发中心动态并产生与自身免疫相关表型 | 首次通过单细胞方法揭示EB病毒感染和LCLs中的B细胞异质性，并提出EB病毒持续驱动B细胞进入、通过和退出生发中心反应的模型 | 研究主要在体外进行，缺乏体内实验验证 | 探讨EB病毒如何影响B细胞的动态变化及其与自身免疫疾病的关系 | EB病毒感染的B细胞及其在生发中心中的动态变化 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从LCLs中分离的多个亚群B细胞 |
| 8084 | 2024-10-06 |
Loss of OTUD6B Stimulates Angiogenesis and Promotes Diabetic Atherosclerosis
2022, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S380986
PMID:36200061
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研究论文 | 研究OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的影响 | 首次探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中对血管生成的调控作用 | 仅限于动物模型和人类样本的初步研究，需要进一步的临床验证 | 探讨OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用机制 | OTUD6B在糖尿病性动脉粥样硬化斑块中的表达及其对血管生成的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和RNA测序 (RNA-seq) | NA | RNA | 包括糖尿病截肢患者的人类前胫动脉样本和ApoE-/-小鼠模型 |
| 8085 | 2024-10-06 |
NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency
2021-09-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.006
PMID:34358451
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研究论文 | 研究通过神经生成素2（NGN2）过表达从人诱导多能干细胞（iPSCs）中诱导出多种神经元类型 | 使用单细胞转录组学分析了NGN2过表达过程中从多能性到神经元功能成熟的时间进程中的细胞状态，揭示了生成的神经元类型的分子异质性 | 神经元分化路径和异质性尚未完全探索 | 研究神经元分化机制和神经退行性疾病的建模 | 人诱导多能干细胞（iPSCs）和神经生成素2（NGN2）过表达诱导的神经元 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个iPSC克隆和来自不同个体的细胞系 |
| 8086 | 2024-10-06 |
Assessing the replicability of spatial gene expression using atlas data from the adult mouse brain
2021-07, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001341
PMID:34280183
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研究论文 | 本文评估了成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性，特别是通过比较Allen脑图谱和空间转录组学数据集 | 首次使用可行的空间技术对Allen脑图谱的全脑、全转录组空间表达数据进行基准测试，并与第二个独立数据集进行比较 | 模型在不同数据集之间的双向分类性能无法重现，表明跨平台分类不够稳健 | 评估成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性 | 成年小鼠大脑的空间基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | LASSO回归、线性回归和基于相关性的特征选择 | 基因表达数据 | 成年小鼠大脑的全脑、全转录组数据 |
| 8087 | 2024-10-05 |
Optimization of hybridization chain reaction for imaging single RNA molecules in Drosophila larvae
2024-Dec, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2024.2409968
PMID:39351922
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研究论文 | 本文优化了用于果蝇幼虫中单个RNA分子成像的杂交链反应技术 | 提出了优化的杂交链反应（HCR）管道，包括用于优化探针设计的开源代码，实现了高特异性和灵敏度，并降低了实验成本和时间 | NA | 优化杂交链反应技术以实现单个RNA分子的成像 | 果蝇幼虫中的单个RNA分子 | 生物技术 | NA | 杂交链反应（HCR） | NA | RNA | NA |
| 8088 | 2024-10-05 |
Integrated Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Identify Diagnostic Biomarkers for Postmenopausal Osteoporosis
2024-Oct-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物，并构建了诊断模型 | NA | 探索绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物 | 绝经后骨质疏松症 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析、基因集富集分析 | NA | RNA | NA |
| 8089 | 2024-10-05 |
Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction
2024-Oct, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10764-w
PMID:39028417
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研究论文 | 研究探讨了先兆子痫和胎儿生长受限中滋养层细胞侧群标记物的失调情况 | 首次鉴定了在先兆子痫和胎儿生长受限中滋养层细胞侧群标记物的异常表达 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 研究滋养层细胞侧群标记物在先兆子痫和胎儿生长受限中的表达变化 | 人类胎盘中的滋养层细胞侧群标记物 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 78例先兆子痫，30例胎儿生长受限，18例孕龄匹配的对照组 |
| 8090 | 2024-10-05 |
CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition
2024-Oct, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01360-z
PMID:39164456
|
研究论文 | 研究通过单细胞测序分析胃腺癌患者的恶性上皮细胞，揭示了胃腺癌的异质性，并发现CCKBR+干细胞样癌细胞与不良分化和预后较差相关 | 首次揭示了FOXO抑制剂在减少CCKBR+胃腺癌器官形成和阻碍肿瘤进展中的作用，并阐明了FOXO-唾液酸转移酶轴在维持CCKBR+肿瘤细胞稳态和生长中的机制 | 研究样本量较小，仅涉及5名患者，可能影响结果的普适性 | 探讨胃腺癌的异质性及其与CCKBR+干细胞样癌细胞的关系，并研究FOXO抑制剂在治疗中的潜在作用 | 胃腺癌患者的恶性上皮细胞和CCKBR+干细胞样癌细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序（scRNA-seq）、CUT&Tag测序、Lectin pulldown | NA | 转录组 | 5名胃腺癌患者，40个单细胞转录组样本 |
| 8091 | 2024-10-05 |
Advanced machine learning unveils CD8 + T cell genetic markers enhancing prognosis and immunotherapy efficacy in breast cancer
2024-Oct-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12952-w
PMID:39354417
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，识别出与乳腺癌预后和免疫治疗效果相关的CD8+ T细胞基因标记 | 开发了一种新的CD8+ T细胞相关基因预后签名（CTRGPS），并验证了其在多个独立数据集中的预后价值 | NA | 探索CD8+ T细胞在乳腺癌中的作用，识别新的生物标志物以改善预后和治疗策略 | CD8+ T细胞基因标记及其在乳腺癌中的预后和治疗效果 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因数据 | 涉及七个独立公共数据集 |
| 8092 | 2024-10-05 |
Exploring the potential mechanism of Radix Bupleuri in the treatment of sepsis: a study based on network pharmacology and molecular docking
2024-Oct-01, BMC complementary medicine and therapies
IF:3.3Q1
DOI:10.1186/s12906-024-04637-5
PMID:39354431
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研究论文 | 本研究利用网络药理学和分子对接技术探讨柴胡治疗脓毒症的潜在机制 | 首次结合网络药理学和RNA-seq技术，系统分析了柴胡在脓毒症治疗中的活性成分和潜在靶点，并通过分子对接和分子动力学模拟验证了关键靶点的结合能力 | 样本量较小，且仅基于公共数据库的数据进行分析，缺乏临床试验验证 | 探讨柴胡治疗脓毒症的潜在机制 | 柴胡的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点 | 网络药理学 | 脓毒症 | RNA-seq | 分子对接 | 基因表达数据 | 23名脓毒症患者和10名健康参与者 |
| 8093 | 2024-10-05 |
Superior antitumor immune response achieved with proton over photon immunoradiotherapy is amplified by the nanoradioenhancer NBTXR3
2024-Oct-01, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-02855-0
PMID:39354474
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研究论文 | 比较了光子放疗（XRT）和质子放疗（PRT）结合免疫检查点阻断（αPD1）在免疫放疗（IRT）中的疗效，并评估了纳米颗粒放射增敏剂NBTXR3的影响 | 发现质子放疗结合NBTXR3在治疗αPD1耐药肺癌中表现出优于光子放疗的效果，并能增强记忆性抗肿瘤免疫反应 | 研究仅限于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证 | 探讨质子放疗与光子放疗在免疫放疗中的相对疗效，并评估NBTXR3的增效作用 | αPD1耐药的肺癌（344SQR）小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 涉及多个小鼠模型和三种不同的肺癌细胞系 |
| 8094 | 2024-10-05 |
Expression, DNA methylation pattern and transcription factor EPB41L3 in gastric cancer: a study of 262 cases
2024-Oct-01, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01849-7
PMID:39354571
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研究论文 | 研究胃癌中EPB41L3基因的表达、DNA甲基化模式及转录因子调控 | 揭示了EPB41L3基因非CpG甲基化与胃癌进展的关联，并识别了关键的转录因子和下游分子 | NA | 阐明EPB41L3在胃癌中的表达和甲基化，识别调控转录因子及受影响的下游通路 | 胃癌组织中的EPB41L3基因及其甲基化模式 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组化、高吞吐量亚硫酸氢盐测序、染色质免疫沉淀-定量PCR、荧光素酶报告基因检测、RNA测序 | NA | 组织样本 | 262例胃癌患者 |
| 8095 | 2024-10-05 |
Application of a single-cell-RNA-based biological-inspired graph neural network in diagnosis of primary liver tumors
2024-Oct-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05670-1
PMID:39354613
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的生物启发图神经网络框架，用于原发性肝肿瘤的分子诊断 | 该框架利用细胞间通信网络的生物合理性，通过整合细胞簇内的通路激活特征和建模单向细胞间通信，实现了对恶性肿瘤和良性肿瘤的稳健区分 | NA | 开发一种新的诊断方法，利用单细胞RNA测序数据进行原发性肝肿瘤的分子诊断 | 原发性肝肿瘤，包括肝细胞癌（HCC）、肝内胆管癌（iCCA）和局灶性结节性增生（FNH） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 8096 | 2024-10-05 |
Novel FABP4+C1q+ macrophages enhance antitumor immunity and associated with response to neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in NSCLC via AMPK/JAK/STAT axis
2024-Oct-01, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-07074-x
PMID:39353883
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研究论文 | 研究了新型FABP4+C1q+巨噬细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）患者中增强抗肿瘤免疫的作用及其与新辅助派姆单抗和化疗（NAPC）疗效的关系 | 发现了与新辅助化疗免疫疗法疗效相关的新型FABP4C1q巨噬细胞亚型，并揭示了其通过AMPK/JAK/STAT轴增强抗炎和吞噬能力的机制 | NA | 探讨新辅助派姆单抗和化疗在非小细胞肺癌中的疗效机制及预测标志物 | 非小细胞肺癌患者及其肿瘤组织和淋巴结中的巨噬细胞亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 8097 | 2024-10-05 |
SAE-Impute: imputation for single-cell data via subspace regression and auto-encoders
2024-Oct-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05944-x
PMID:39354334
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAE-Impute的新计算方法，通过结合子空间回归和自动编码器来提高单细胞数据插补的准确性和可靠性 | SAE-Impute通过子空间回归评估样本相关性，并在自动编码器框架内利用这些预测进行插值，从而解决了现有方法忽略样本间相关性的问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高数据分析的准确性和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集 |
| 8098 | 2024-10-05 |
ScRNAbox: empowering single-cell RNA sequencing on high performance computing systems
2024-Oct-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05935-y
PMID:39354372
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研究论文 | 介绍了一种名为scRNAbox的创新性单细胞RNA测序分析管道，专为高性能计算系统设计 | scRNAbox是一个端到端的解决方案，通过SLURM工作负载管理器高效处理标准和Hashtag样本的原始数据，并集成了质量控制过滤、样本整合、聚类、聚类注释工具以及细胞类型特异性差异基因表达分析 | NA | 开发一个用户友好且适用于高性能计算系统的单细胞RNA测序数据处理和分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开数据集 |
| 8099 | 2024-10-05 |
Comprehensive analysis of bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics revealed IER3 for predicting malignant progression and immunotherapy efficacy in glioma
2024-Oct-01, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03511-1
PMID:39354533
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研究论文 | 本研究通过综合分析批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了IER3在预测胶质瘤恶性进展和免疫治疗效果中的作用 | 首次全面分析了IER3在胶质瘤中的表达及其与预后、免疫治疗效果的关系 | NA | 探讨IER3在胶质瘤病理中的作用及其作为生物标志物的潜力 | IER3在胶质瘤中的表达及其与预后、免疫治疗效果的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫组化、免疫荧光、Cox回归分析、Kaplan-Meier曲线 | NA | RNA测序数据 | 公开的胶质瘤数据集 |
| 8100 | 2024-10-05 |
Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C
2024-Sep-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51995-2
PMID:39341835
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研究论文 | 研究探讨了缺氧诱导的ROS抗性记忆在再氧合过程中的作用及其通过MUC1-C促进转移的机制 | 首次揭示了缺氧后细胞在再氧合过程中保留缺氧诱导基因表达的现象，并证明了MUC1-C在其中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证 | 探讨缺氧如何通过MUC1-C促进肿瘤转移 | 乳腺癌细胞及其在缺氧和再氧合条件下的基因表达和转移能力 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及动物模型和患者来源的异种移植模型 |