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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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781 | 2025-10-05 |
Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids
2025-Sep-22, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024
PMID:40412386
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研究论文 | 本研究通过工程化血管系统成功诱导人多能干细胞来源的胰岛类器官实现功能成熟 | 首次构建了包含血管系统的三维胰岛类器官模型,揭示了血管通过形成胰岛样基底膜和BMP信号通路促进β细胞功能成熟的机制 | 研究中使用的血管系统模型仍需进一步优化以更精确模拟体内生理环境 | 开发具有血管系统的功能性胰岛类器官用于糖尿病研究和治疗 | 人多能干细胞来源的胰岛细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞 | 组织工程 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、微流体技术、三维细胞培养 | NA | 基因表达数据、钙离子成像数据、胰岛素分泌数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
782 | 2025-10-05 |
Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning
2025-Sep-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96713
PMID:40982369
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研究论文 | 本研究利用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群 | 首次应用深度迁移学习工具DEGAS将疾病关联映射到单细胞RNA-seq数据中,识别出特定的疾病相关β细胞亚群 | 研究样本量有限,未来需要扩展到更多人类胰岛组学数据集 | 优先识别与疾病相关的β细胞亚群以更好理解2型糖尿病发病机制并确定靶向治疗相关基因 | 人类胰腺胰岛β细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,免疫染色 | 深度迁移学习 | 单细胞RNA-seq数据,批量表达数据,图像数据 | 来自健康和2型糖尿病捐赠者的人类胰腺切片 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
783 | 2025-10-05 |
Novel radiation-derived gene blueprint stratifying patients with breast cancer
2025-Sep-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03549-1
PMID:40983794
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研究论文 | 开发基于辐射相关基因的乳腺癌预后风险模型 | 首次利用辐射相关基因构建乳腺癌预后预测模型,并揭示其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 开发乳腺癌预后预测生物标志物和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多组学分析 | 随机森林, LASSO Cox回归, stepAIC | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列和METABRIC数据集患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
784 | 2025-10-05 |
SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03748-7
PMID:40983914
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研究论文 | 提出一种用于空间基因组学分析的情境感知基因组表示学习框架SIGEL | 开发了能够从空间转录组数据中利用空间基因组情境生成基因表示的创新框架 | NA | 解决空间转录组学中生成空间感知基因表示方法的局限性 | 空间转录组数据中的基因表示 | 空间基因组学 | NA | 空间转录组学 | 表示学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
785 | 2025-10-05 |
KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference
2025-Sep-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03780-7
PMID:40983951
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研究论文 | 提出一种知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI,利用图自编码器从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性基因调控网络 | 首次将知识图谱与图自编码器相结合,通过知识引导增强基因调控网络推断的准确性 | NA | 开发更准确的细胞类型特异性基因调控网络推断方法 | 基因调控网络和驱动基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 图自编码器 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
786 | 2025-10-05 |
The Single Cell Landscape of the Human Vein After Arteriovenous Fistula Creation and Implications for Maturation Failure
2025-Sep-22, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.08.024
PMID:40992573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类静脉在动静脉瘘建立后的细胞景观,阐明了瘘管成熟失败的机制 | 首次构建了人类静脉在动静脉瘘建立前后的单细胞转录组图谱,发现了成熟失败瘘管中持续的炎症反应和异常修复反应特征 | 样本量相对有限(20例单细胞测序患者),且为观察性研究 | 探究动静脉瘘成熟的生物学机制,特别是成熟失败的分子基础 | 接受血液透析患者的静脉组织和动静脉瘘样本 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织学图像 | 23例患者(组织学分析),20例患者(单细胞测序,共70,281个细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
787 | 2025-10-05 |
Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal ITGA5-driven epithelial-mesenchymal transition and metabolic adaptation in thyroid cancer
2025-Sep-21, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152678
PMID:40992268
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研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示ITGA5驱动的上皮-间质转化和代谢适应在甲状腺癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据系统分析ITGA5在甲状腺癌中的功能机制,发现其通过调控上皮-间质转化和肿瘤微环境重塑促进癌症进展 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本分析依赖于公共数据库 | 探究ITGA5在甲状腺癌进展中的分子机制和功能作用 | 甲状腺癌组织样本、BCPAP和8505C甲状腺癌细胞系 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 功能富集分析, 细胞功能实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA甲状腺癌数据集, 两种甲状腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
788 | 2025-10-05 |
Natural killer cells and IFN-γ protect against liver injury during HAV infection in mice
2025-Sep-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01395-25
PMID:40970716
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示自然杀伤细胞和IFN-γ在甲型肝炎病毒感染早期对肝脏的保护作用 | 首次在免疫活性小鼠模型中证明NK细胞通过产生IFN-γ直接抑制HAV复制并保护肝脏,而非引起病理损伤 | 研究使用基因修饰小鼠模型,结果在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明NK细胞在甲型肝炎病毒感染早期的免疫保护机制 | 肝细胞特异性I型干扰素受体敲除小鼠和全局敲除小鼠 | 免疫学 | 病毒性肝炎 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术,细胞耗竭实验 | 动物模型 | 基因表达数据,血清生化指标,组织病理学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
789 | 2025-10-05 |
YWHAG mediated epithelial-mesenchymal transition facilitates tumor progression and metastatic spread in non-small cell lung cancer
2025-Sep-15, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112139
PMID:40962000
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研究论文 | 本研究揭示YWHAG通过LRRK2/PI3K/AKT轴促进非小细胞肺癌的上皮-间质转化和转移进程 | 首次阐明YWHAG在非小细胞肺癌中通过调控LRRK2/PI3K/AKT信号轴驱动上皮-间质转化的分子机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床样本验证相对有限 | 阐明YWHAG在非小细胞肺癌进展中的功能和机制作用 | 非小细胞肺癌细胞系(NCI-H292, A549)、TCGA泛癌数据集、单细胞RNA测序数据、肺癌特异性YWHAG敲除小鼠模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA敲低, 过表达, 免疫共沉淀, 免疫荧光, 通路活性分析, 生物发光成像 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | TCGA泛癌数据集(29种癌症类型)、2个NSCLC单细胞RNA测序数据集(GSE117570 & GSE148071)、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
790 | 2025-10-05 |
Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease
2025-Sep-12, ArXiv
PMID:40964085
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研究论文 | 本研究开发了一种利用空间转录组学构建可解释机器学习模型来区分炎症性肠病亚型的新计算框架 | 首次将空间转录组学与可解释机器学习相结合,从细胞生态位中系统提取空间和分子特征用于IBD分类 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 开发基于空间转录组学的IBD亚型分类和诊断方法 | 健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织 | 空间转录组学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学,非负矩阵分解,多层感知器 | MLP | 空间转录组数据 | 健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
791 | 2025-10-05 |
NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity
2025-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09303-5
PMID:40702186
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研究论文 | 本研究通过抑制癌症相关成纤维细胞中的NNMT酶活性,恢复抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAF分泌补体,招募免疫抑制性MDSC的机制,并开发了特异性NNMT抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探索NNMT在肿瘤微环境免疫抑制中的作用及治疗潜力 | 高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选 | 基因敲除小鼠模型、同系肿瘤模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | 多个小鼠癌症模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
792 | 2025-10-05 |
Genome-wide association study identifies FUT2 rs601338 polymorphism linking intra-pancreatic fat deposition to chronic pancreatitis
2025-Sep, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2025.07.407
PMID:40744837
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研究论文 | 通过全基因组关联研究揭示FUT2基因rs601338多态性通过影响胰腺脂肪沉积与慢性胰腺炎风险的关联机制 | 首次通过大规模GWAS发现胰腺脂肪沉积的遗传基础,结合单细胞转录组学确认FUT2基因在胰腺外分泌部的特异性表达 | 研究人群主要为欧洲裔,样本代表性有限;未深入探讨FUT2影响胰腺脂肪沉积的具体分子机制 | 探索胰腺脂肪沉积的遗传基础及其对胰腺疾病风险的影响 | 20,040名欧洲裔个体(排除急/慢性胰腺炎和胰腺癌患者) | 基因组学 | 慢性胰腺炎 | 全基因组关联研究(GWAS), 共定位分析, 转录组关联研究(TWAS), 单细胞转录组学 | 回归模型, 交互作用分析 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 20,040人 | UK Biobank | 基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
793 | 2025-10-05 |
scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf485
PMID:40977264
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研究论文 | 提出一种通过困难样本对比学习增强单细胞RNA测序聚类性能的深度学习方法 | 采用困难样本挖掘和对比学习策略,同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息,通过自适应权重策略将对比学习与ZINB模型相结合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, ZINB模型 | 基因表达数据 | 18个单细胞RNA测序真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
794 | 2025-10-05 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
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研究论文 | 通过共分化中胚层和内胚层实现肺和肠道类器官的器官特异性血管化 | 在同一球状体中共同分化中胚层和内胚层,生成具有组织特异性的血管化类器官,并揭示内皮细胞表现出组织特异性屏障功能 | NA | 研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯 | 诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
795 | 2025-10-05 |
Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape
2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04104-1
PMID:40711527
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研究论文 | 本研究揭示了gasdermin D缺失通过抑制线粒体DNA释放促进粒细胞样髓源抑制细胞分化从而促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 首次发现GSDMD缺失通过维持线粒体完整性、减少mtDNA释放,进而抑制cGAS/STING/TBK1/IRF8/7信号轴激活,促进G-MDSCs分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和部分临床样本,需要更多临床验证;GSDMD重组慢病毒治疗的临床应用潜力需进一步评估 | 探究GSDMD在髓源抑制细胞分化及肿瘤免疫逃逸中的作用机制 | 结直肠癌组织、外周血G-MDSCs、GSDMD缺陷小鼠模型 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 慢病毒转染 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 结直肠癌患者组织及外周血样本, 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
796 | 2025-10-05 |
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-Jun-09, Journal of sport and health science
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063
PMID:40499717
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研究论文 | 本研究通过随机对照试验探讨术前预康复运动在新辅助化疗期间对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响 | 首次通过随机对照试验证明术前预康复运动能显著增强食管腺癌肿瘤中的CD8+淋巴细胞浸润和三级淋巴结构成熟度 | 样本量较小(n=22),临床结局指标未见组间差异,需要更大规模研究验证临床意义 | 评估术前预康复运动是否能增强食管腺癌患者肿瘤浸润淋巴细胞水平 | 局部晚期食管癌患者 | 肿瘤免疫学 | 食管腺癌 | 高分辨率多光谱免疫组化,NanoString空间转录组学 | 随机对照试验 | 组织样本,心肺功能数据 | 22例局部晚期食管癌患者(预康复组11例,对照组11例) | NanoString | 空间转录组学 | NA | NA |
797 | 2025-10-05 |
Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.654588
PMID:40492191
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研究论文 | 本研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞凋亡,揭示了其向导管肌成纤维细胞重编程的命运可塑性 | 首次通过诱导性BCL2过表达证明肺泡肌成纤维细胞在凋亡抑制后能成熟为导管肌成纤维细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞中的可塑性尚未验证 | 探究肺间充质细胞的命运可塑性和凋亡清除机制 | 小鼠肺泡肌成纤维细胞和导管肌成纤维细胞 | 细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 诱导性基因过表达 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 成像数据 | 使用三种独立Cre驱动品系的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
798 | 2025-10-05 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2025-Apr-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004
PMID:40054462
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研究论文 | 本研究通过器官靶向单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中起关键作用 | 首次揭示PIEZO2作为脂肪组织感觉神经支配的主要机械受体,并证明其功能获得性突变可反向调节脂肪表型 | 未明确PIEZO2在脂肪组织中的具体机械刺激来源及其下游信号通路 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制 | 脂肪组织支配的背根神经节神经元 | 单细胞组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除和功能获得性突变模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
799 | 2025-10-05 |
Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases
2025-Mar-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025598
PMID:39791596
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研究论文 | 通过群体动力学建模揭示了髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏倚 | 首次定量证明髓系偏倚不仅源于造血干细胞分化偏倚,还涉及早期髓系祖细胞的增殖扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究髓系偏倚形成的细胞动力学机制 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 计算生物学 | 髓系肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 微分方程模型,偏微分方程模型 | 单细胞转录组数据 | IκB-突变小鼠、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
800 | 2025-10-05 |
Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421254122
PMID:40063812
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析复发性着床失败(RIF)患者子宫内膜的区域和细胞类型特异性基因表达差异 | 首次在RIF研究中采用空间转录组学技术,揭示子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性转录变化 | 样本量较小(RIF组n=8,对照组n=8),需要在更大队列中验证发现 | 识别RIF患者子宫内膜的分子异常,寻找潜在治疗靶点 | 复发性着床失败患者和生育能力正常对照者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例(8例RIF患者,8例生育能力正常对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |