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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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741 | 2025-10-05 |
A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism
2025-Jul-30, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00349-z
PMID:40739030
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研究论文 | 通过多组学方法揭示自闭症幼儿外周血NK和T细胞亚群中TNF相关信号通路的失调 | 首次在阿拉伯幼儿自闭症队列中整合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq数据,发现JAK3、CUL2和CARD11基因与症状严重度负相关,并鉴定出TRAIL、RANKL和TWEAK信号通路在特定免疫细胞中的失调 | 研究样本仅限于2-4岁阿拉伯儿童,结果可能受种族和年龄因素影响 | 探索自闭症谱系障碍中外周免疫失调的分子机制 | 自闭症幼儿(2-4岁)和匹配对照的外周血单个核细胞(PBMCs)及血浆样本 | 多组学分析 | 自闭症谱系障碍 | 转录组分析, 蛋白质组分析, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 年轻阿拉伯自闭症儿童队列(2-4岁)及匹配对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析, 蛋白质组分析 | NA | NA |
742 | 2025-10-05 |
Immune dysfunction during S. aureus biofilm-associated implant infections: opportunities for novel therapeutic strategies
2025-Jul-25, NPJ biofilms and microbiomes
IF:7.8Q1
DOI:10.1038/s41522-025-00782-y
PMID:40715142
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综述 | 探讨金黄色葡萄球菌生物膜感染引起的免疫功能障碍机制及新型治疗策略 | 结合最新细菌单细胞测序研究,揭示生物膜通过改变细菌代谢和毒素产生诱导免疫功能障碍的新机制 | NA | 分析金黄色葡萄球菌生物膜感染中免疫功能障碍的机制并探索治疗策略 | 金黄色葡萄球菌生物膜及宿主免疫系统 | 微生物免疫学 | 细菌感染性疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
743 | 2025-10-05 |
Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903
PMID:40570375
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研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和染色质可及性图谱,揭示了年龄相关差异的基因调控程序 | 首次系统揭示胸腺细胞发育中年龄相关的基因调控程序差异,并发现Zbtb20这一保守转录调控因子在年龄依赖性T细胞发育差异中的作用 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的相关性需要进一步验证 | 阐明T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑, 染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 新生和成年小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
744 | 2025-10-05 |
Meta-Analysis of Gene Expression in Bulk-Processed Post-Mortem Spinal Cord from ALS Patients and Normal Controls
2025-Jul-16, NeuroSci
IF:1.6Q4
DOI:10.3390/neurosci6030065
PMID:40700130
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荟萃分析 | 对ALS患者和正常对照者尸检脊髓组织的基因表达数据集进行荟萃分析 | 通过荟萃分析减弱了个体研究中的差异表达偏倚,识别出213个差异表达基因并揭示了白质是mRNA丰度变化最显著的脊髓区域 | 基于批量处理的尸检组织数据,可能无法完全解析细胞类型特异性表达模式 | 分析ALS患者脊髓组织的基因表达变化特征 | ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织样本 | 生物信息学 | 肌萎缩侧索硬化 | 基因表达分析,空间转录组学 | 荟萃分析 | 基因表达数据 | 569个样本(454个ALS,115个对照),来自348个个体(262个ALS,86个对照) | NA | 批量RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
745 | 2025-10-05 |
Spatially aware adjusted Rand index for evaluating spatial transcriptomics clustering
2025-Jul-03, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf127
PMID:41001748
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研究论文 | 提出了一种考虑空间信息的评估指标spARI,用于评估空间转录组学聚类方法 | 首次将空间距离信息整合到Rand指数中,提出了空间感知的调整Rand指数(spARI) | 未提及具体的技术实现限制或计算复杂度分析 | 开发更准确评估空间转录组学聚类方法性能的指标 | 空间转录组学数据聚类结果 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
746 | 2025-10-05 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.629263
PMID:40661514
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录相互作用,揭示存在预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群 | 发现狂犬病毒基因表达受宿主细胞类型影响,并鉴定出一个罕见的促病毒星形胶质细胞亚群,该亚群在先天免疫信号解除抑制后病毒转录反而增加 | 研究基于人类脑细胞共培养系统,可能与体内真实情况存在差异 | 研究病毒-宿主细胞相互作用和先天免疫拮抗如何影响狂犬病毒在不同脑细胞类型中的感染动态 | 人类脑细胞共培养系统中的不同脑细胞类型 | 单细胞生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类脑细胞共培养样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
747 | 2025-10-05 |
HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells
2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002
PMID:39862439
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研究论文 | 开发用于造血细胞单细胞和空间转录组数据分析的专业生物信息学工具包HemaScope | 首个专门针对造血细胞设计的集成分析工具包,整合单细胞RNA测序和空间转录组分析功能,提供多种用户友好部署形式 | 工具主要针对造血细胞设计,在其他细胞类型中的应用可能需要调整 | 开发专门用于造血细胞单细胞和空间转录组数据分析的生物信息学工具 | 造血细胞,包括人类骨髓细胞、小鼠急性髓系白血病细胞、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤 | 生物信息学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
748 | 2025-10-05 |
Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap
2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005
PMID:39945785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层级结构,并开发了HematoMap工具用于解析白血病细胞的异质性和谱系异常 | 开发了基于余弦距离算法的相似性评分策略,建立了综合的造血参考层级,并创建了用户友好的R软件包用于白血病谱系异常分析 | 研究样本数量相对有限,仅包含25名健康供体和白血病患者样本 | 解析白血病异质性并将白血病细胞精确映射到造血层级结构中 | 急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本及健康供体骨髓单核细胞 | 生物信息学 | 白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq) | LASSO回归模型, 余弦距离算法 | 基因表达数据 | 超过100,000个骨髓单核细胞,来自25名健康供体和白血病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
749 | 2025-10-05 |
Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts
2025-May-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59833-9
PMID:40442100
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞IL1B基因表达与HIV-1病毒库大小呈负相关 | 首次通过单细胞RNA测序揭示单核细胞IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关性及其潜在机制 | 样本量较小且仅包含男性患者,研究结果需在更广泛人群中验证 | 研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响 | 急性感染期开始ART治疗的HIV-1感染者外周血细胞 | 单细胞基因组学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序,完整前病毒DNA检测 | 差异表达分析,相互作用建模 | 单细胞RNA测序数据 | 两个队列:14名男性(发现队列)和38名男性(验证队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
750 | 2025-10-05 |
Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling
2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03353-3
PMID:40065328
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研究论文 | 通过空间转录组学分析识别乳腺癌中的基质转移基因特征 | 首次利用空间转录组学技术系统分析乳腺癌原发灶和转移灶的基质特征,识别出与转移相关的基质基因特征 | 研究样本数量有限,需要在更大队列中进一步验证 | 识别乳腺癌转移的分子特征,特别是基质成分在转移过程中的作用 | 乳腺癌原发灶和转移灶的微区域 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 代表性微区域集合 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
751 | 2025-10-05 |
Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.08.562798
PMID:38798673
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析识别并靶向治疗耐药性乳腺癌干细胞样细胞,开发基于机制的联合疗法 | 利用单细胞RNA测序和网络分析方法识别调控化疗耐药性癌症干细胞样细胞的主调控蛋白,并发现抗寄生虫药物阿苯达唑可特异性清除该亚群 | 研究样本量有限,仅包含7名转移性乳腺癌患者,需要在更大队列中验证 | 开发针对治疗耐药性乳腺癌干细胞样细胞的联合治疗策略 | 转移性乳腺癌患者样本和三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型 | 单细胞分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,CROP-seq测定,患者来源异种移植模型 | 网络分析 | 单细胞RNA测序数据 | 7名转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
752 | 2025-10-05 |
CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634303
PMID:39896604
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别CD226作为结核病中效应CD8+T细胞的关键标志物,并证实其参与识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的共刺激过程 | 首次发现CD226是区分结核病中效应性和耗竭性CD8+T细胞谱系的最显著差异表达基因,并证明其对于CD8+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的关键作用 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究慢性结核感染期间肺实质CD8+T细胞的多样性变化及其识别机制 | C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, IFNγ-eYFP报告基因系统 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞术数据 | 感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
753 | 2025-10-05 |
Deciphering the toxic effects of polystyrene nanoparticles on erythropoiesis at single-cell resolution
2025-Jan-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探究了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的毒性影响 | 首次在单细胞分辨率下系统评估聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼红细胞生成的影响 | 研究仅针对斑马鱼胚胎,未涉及其他生物或发育阶段 | 评估聚苯乙烯纳米颗粒对水生生物造血过程的毒性效应 | 斑马鱼胚胎 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
754 | 2025-10-05 |
High expression of CCL3/CCL4/CCL5/CCR5 promotes exhausted CD8+ T cells terminal differentiation and is associated with poor prognosis in pediatric B-ALL patients
2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology
IF:3.0Q2
DOI:10.1177/03946320251346823
PMID:40522146
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL细胞与终末耗竭CD8+T细胞相互作用中上调,并建立多变量Cox回归模型预测儿科B-ALL患者预后 | 首次报道CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL终末耗竭CD8+T细胞分化中的关键作用,并开发整合这些标志物的预后预测模型 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究不够深入 | 识别B-ALL细胞与耗竭CD8+T细胞间差异上调的配体-受体相互作用,开发儿科B-ALL患者生存预测模型 | 儿科B细胞急性淋巴细胞白血病患者,特别是其B-ALL细胞和耗竭CD8+T细胞 | 生物信息学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序,定量实时聚合酶链反应,多变量Cox回归分析 | 多变量Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据,临床预后数据 | 221例儿科B-ALL样本,另包含本中心成人B-ALL患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
755 | 2025-10-05 |
Blood memory CD8 T cell phenotypes in lung cancer patients predict immune checkpoint treatment responses
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1629802
PMID:40989699
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研究论文 | 通过单细胞测序技术分析肺癌患者外周血CD8+ T细胞表型,建立预测免疫检查点治疗反应的机器学习模型 | 首次在单细胞水平系统分析不同免疫治疗反应组患者的CD8+ T细胞表型特征,并开发出高精度的预测模型 | 研究样本量有限,需要在更大规模队列中验证模型的普适性 | 开发能够预测肺癌患者免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物 | 非小细胞肺癌患者的外周血CD8+ T细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,TCR repertoire分析 | 机器学习 | 单细胞转录组数据,表面标志物表达数据,TCR序列数据 | 包含长期应答者、新治疗应答者和新治疗无应答者的患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
756 | 2025-10-05 |
Identification of Core SASP-Related Genes TGFBI and ANXA6 for Diagnosing Ulcerative Colitis-Related Colorectal Cancer Through Machine Learning
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S538960
PMID:40989757
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研究论文 | 通过机器学习方法识别溃疡性结肠炎相关结直肠癌的核心SASP相关基因TGFBI和ANXA6作为诊断标志物 | 首次系统筛选SASP相关基因在UCRCC中的作用,并通过113种机器学习算法组合鉴定出核心基因TGFBI和ANXA6 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于小鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索衰老相关分泌表型在溃疡性结肠炎相关结直肠癌精准诊断和发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎和结直肠癌患者基因表达数据及小鼠模型 | 机器学习 | 结直肠癌 | 差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析,单细胞RNA测序,机器学习算法 | 10种机器学习算法的113种组合 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | UC和CRC数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
757 | 2025-10-05 |
Multi-omics reveals immune features in immune and non-immune cells, an IFN-γ/IFN-α-B2M positive feedback loop, and targeted metabolic therapy in multiple myeloma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1575079
PMID:40990011
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤中的免疫特征、IFN-γ/IFN-α-B2M正反馈环路及靶向代谢治疗策略 | 识别了新的MM亚群(骨髓瘤激活的造血干细胞和ISG15+ B细胞),发现了IFN-γ/IFN-α-B2M正反馈环路,并通过多组学整合筛选出四种候选药物 | NA | 建立多发性骨髓瘤的多组学图谱,表征驱动免疫逃逸和疾病进展的细胞亚群和信号通路 | 多发性骨髓瘤的免疫和非免疫细胞 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 单细胞代谢分析, 批量RNA测序, 多重免疫荧光, CCK-8检测, 流式细胞术, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 单细胞代谢分析 | NA | NA |
758 | 2025-10-05 |
FCRLs and atypical transcriptional pattern in tumor infiltrating B cells from lung and renal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1587088
PMID:40990023
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了肺癌和肾癌中肿瘤浸润B细胞的功能差异及FCRL4作为功能失调标志物的重要性 | 发现sIgA+ B细胞中FCRL4、PDCD1和RUNX2的过表达特征,以及FCRL4/CD20表达比与生存率的相关性 | 研究主要基于转录组数据分析,缺乏功能性验证实验 | 探究肿瘤浸润B细胞中不同抗体亚型的功能差异及其在肿瘤进展中的作用 | 肺癌和肾癌中的肿瘤浸润B细胞,特别是表面IgA+和IgG+记忆B细胞 | 免疫学 | 肺癌, 肾癌 | 高维流式细胞术, 单细胞RNA测序, 批量转录组分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA LUAD队列及公共scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
759 | 2025-10-05 |
Glycolysis-Driven Immune Evasion in Microsatellite Instability-High Colorectal Cancer: An Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomics Study
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S538018
PMID:40990035
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术,揭示了糖酵解驱动的免疫逃逸机制在微卫星高度不稳定结直肠癌中的作用 | 首次在微卫星高度不稳定结直肠癌中发现糖酵解富集的肿瘤亚群与免疫抑制微环境的共定位关系,并阐明乳酸分泌促进Treg分化和巨噬细胞极化的分子机制 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证;机制研究主要基于相关性分析,缺乏功能性实验验证 | 探究微卫星高度不稳定结直肠癌中肿瘤细胞功能异质性及其在免疫逃逸中的作用 | 微卫星高度不稳定结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 非负矩阵分解, 基因集富集分析 | 基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
760 | 2025-10-05 |
An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07926-8
PMID:39232171
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠模型揭示了病毒性肺后遗症中异常免疫-上皮祖细胞生态位驱动纤维化的机制 | 首次发现肺驻留CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用通过IFNγ+TNF-IL-1β轴损害肺泡再生并驱动纤维化后遗症 | 研究主要基于小鼠模型,人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 阐明呼吸道病毒后遗症(PASC)的细胞分子机制 | 三个呼吸道PASC患者队列和病毒后肺病小鼠模型 | 空间转录组学 | COVID-19后遗症 | 空间转录组学、成像技术 | 小鼠疾病模型 | 空间转录组数据、图像数据 | 三个患者队列和相应小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |