单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2024-12-11	Machine learning-derived natural killer cell signature predicts prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102180 PMID:39536695	研究论文	本文通过整合多种机器学习算法，建立了一个与自然杀伤细胞相关的风险模型，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	本文创新性地整合了十种不同的机器学习算法，建立了包含18个基因的风险模型，能够准确预测透明细胞肾细胞癌患者的预后，并揭示了自然杀伤细胞与其他细胞亚群之间的复杂信号相互作用	本文主要基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析，未涉及大规模的临床验证	研究自然杀伤细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并建立预测患者预后和治疗反应的风险模型	透明细胞肾细胞癌患者的转录组数据、临床数据以及自然杀伤细胞的功能和表达模式	数字病理学	肾细胞癌	单细胞测序、qRT-PCR、IHC、CCK8检测、流式细胞术	Coxboost plus plsRcox	转录组数据	TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌转录组数据和临床数据，以及GEO数据库中的单细胞测序数据
782	2024-12-11	Pronounced early differentiation underlies zebra finch gonadal germ cell development 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.006 PMID:39214328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了鸡和斑胸草雀的生殖细胞发育差异	发现了斑胸草雀中存在两种早期生殖细胞类型，而鸡中只有一种，揭示了鸟类生殖细胞发育策略的多样性	研究仅限于鸡和斑胸草雀两种鸟类，其他鸟类的生殖细胞发育情况尚未涉及	探讨不同鸟类生殖细胞发育策略的差异，为基因编辑和生殖技术在其他鸟类中的应用提供依据	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞样本
783	2024-12-11	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化	揭示了S100A8/A9高表达的中性粒细胞在缺血性中风后诱导内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的作用，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod对神经保护和减少淋巴细胞浸润的潜在治疗作用	NA	探讨缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障的相互作用，寻找潜在的治疗策略	中性粒细胞、内皮细胞、T细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
784	2024-12-11	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT途径促进IFN-γ分泌和SMC表型转换的机制	研究依赖于公共数据库中的数据，缺乏体内实验验证	揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用机制，寻找潜在的治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的IL-7R表达及其对免疫细胞和SMC的影响	心血管疾病	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫荧光染色	NA	RNA	三个批量RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据
785	2024-12-11	Single-cell transcriptomic profiling of lung fibroblasts in a bleomycin-induced systemic sclerosis mouse model 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151017 PMID:39608052	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了纤维母细胞在肺纤维化中的作用，并鉴定了两种不同的纤维母细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术在博莱霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中鉴定了两种不同的纤维母细胞亚群，并揭示了它们在肺纤维化中的分子机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证这些发现	探讨纤维母细胞在肺纤维化中的作用及其分子机制	博莱霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中的肺纤维母细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	博莱霉素诱导的系统性硬化症小鼠模型中的肺纤维母细胞
786	2024-12-11	Cordycepin enhances the Anticancer efficacy of PD-L1 blockade by modulating the tumor microenvironment of colon cancer 2024-Dec-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177089 PMID:39489279	研究论文	研究评估了抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的效果及其机制	首次探讨了虫草素通过调节肿瘤微环境增强PD-L1阻断的抗肿瘤效果	NA	评估抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的疗效	结肠癌及其肿瘤微环境	NA	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
787	2024-12-11	Leukemia inhibitory factor receptor inhibition by EC359 reduces atherosclerotic stenosis grade in Ldlr-/- mice 2024-Dec-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177121 PMID:39528103	研究论文	本研究探讨了白血病抑制因子（LIF）受体在动脉粥样硬化发展中的作用，并通过实验验证了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化狭窄程度方面的潜力	首次深入研究了LIF及其受体在动脉粥样硬化中的作用，并证明了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化斑块大小和降低胆固醇水平方面的效果	研究仅在Ldlr-/-小鼠模型中进行，结果的普遍性和在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨LIF受体信号在动脉粥样硬化发展中的作用，并评估LIF受体抑制剂EC359的疗效	LIF受体在动脉粥样硬化中的作用及EC359对动脉粥样硬化的影响	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验涉及30只Ldlr-/-小鼠，分为两组，每组15只
788	2024-12-11	Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution 2024-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001182 PMID:39656099	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓（PVTT）的免疫微环境特征	首次在单细胞分辨率下揭示了PVTT中免疫细胞的组成和功能，特别是C5aR+ TAMs在免疫抑制环境中的作用	研究主要集中在PVTT的免疫微环境，未涉及其他类型的肿瘤血栓	探索肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓的免疫微环境特征	肝细胞癌中的门静脉肿瘤血栓（PVTT）	数字病理学	肝癌	时间飞行质谱（CyTOF），单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光染色	NA	单细胞数据	使用了PVTT细胞系CSQT2和单核细胞系THP-1进行实验
789	2024-12-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2024-Dec-10, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	本文通过多组学研究，识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点和潜在的天然产物疗法	本文首次结合多组学数据，包括基因共表达网络分析、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序和空间转录组学，识别乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点，并筛选出针对squalene epoxidase的天然产物化合物	本文的局限性在于研究主要基于数据分析，尚未进行临床试验验证其发现的有效性	识别乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点，探索天然产物疗法	乳腺癌的关键基因、治疗靶点和天然产物化合物	数字病理学	乳腺癌	基因共表达网络分析（WGCNA）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	乳腺癌细胞系和患者样本
790	2024-12-11	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2024-Dec-10, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	综述	本文系统回顾了用于预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗反应的多组学生物标志物	本文整合了多种组学数据，强调了多组学模型在预测治疗反应中的影响，并评估了可能对多种治疗干预产生不同效果的特定生物标志物	NA	探讨用于预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗反应的生物标志物	炎症性肠病患者的生物标志物	NA	炎症性肠病	多组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）	多组学整合模型	多组学数据	NA
791	2024-12-11	Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer through neogenesis of tumor stem cells 2024-Dec-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181595 PMID:39656543	研究论文	本研究揭示了Fusobacterium nucleatum通过重新编程隐窝细胞并激活LY6A+复苏干细胞（RSCs），促进其转化为肿瘤干细胞，从而加速结直肠癌（CRC）的发生	首次揭示了Fusobacterium nucleatum通过LY6A-RPS14信号轴促进肿瘤干细胞的形成，并加速结直肠癌的进展	NA	探讨Fusobacterium nucleatum在结直肠癌中的作用机制	Fusobacterium nucleatum感染对肠道干细胞和肿瘤干细胞的影响	NA	结直肠癌	单细胞测序分析	NA	单细胞数据	人类CRC患者和鼠模型的肠道隐窝细胞
792	2024-12-11	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2024-Dec-07, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了黄韧带肥大中的细胞组成和信号通路	首次揭示了黄韧带肥大中成纤维细胞的异质性及其向肌成纤维细胞的转化过程，并发现了新的信号通路如GAS和GRN	样本量较小，仅来自三名患者	研究黄韧带肥大中的细胞组成和信号通路	黄韧带组织	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	三名接受腰椎减压手术的患者
793	2024-12-11	Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear-cell renal-cell carcinoma tumor microenvironment 2024-Dec-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03435-z PMID:39639369	研究论文	本文通过空间转录组学研究了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中整合素和胶原蛋白IV的空间耦合，以更好地理解免疫治疗耐药性	本文首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，分析了免疫治疗前后ccRCC肿瘤微环境中的分子变化，并发现免疫治疗后肿瘤中胶原蛋白IV和整合素αV的表达显著增加	本文仅分析了21个肿瘤样本，样本量较小，且未探讨潜在的治疗策略	研究透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中免疫治疗耐药性的分子机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤及其微环境	数字病理学	肾癌	空间转录组学	NA	空间分子图像	21个ccRCC肿瘤样本
794	2024-12-11	Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis 2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015 PMID:38768900	研究论文	本文研究了非上皮基因表达与嗜酸性食管炎（EoE）症状严重程度之间的相关性	首次揭示了非上皮细胞（如成纤维细胞）在EoE症状严重程度中的潜在作用	样本量有限，且仅限于成人患者	探讨EoE症状严重程度与食管基因表达之间的关系	嗜酸性食管炎患者的食管基因表达与症状严重程度	NA	消化系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	146名成人EoE患者
795	2024-12-11	Single-cell transcriptome analysis of the mouse lungs during the injury and recovery periods after lipopolysaccharide administration 2024-Dec, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01951-z PMID:39377802	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了脂多糖诱导的急性肺损伤（ALI）期间细胞间相互作用及Dpp4在其中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨急性肺损伤（ALI）期间细胞和分子变化，并寻找有效的治疗靶点	小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自损伤（第3天）和恢复（第6天）小鼠的肺泡组织样本
796	2024-12-11	Doxorubicin resistance involves modulation of interferon signaling, transcriptional bursting, and gene co-expression patterns of U-ISGF3-related genes 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101071 PMID:39405604	研究论文	研究了多柔比星（DOX）在人结肠癌细胞中诱导的转录组变化，揭示了与U-ISGF3相关基因的表达变化及其在化疗耐药中的潜在作用	首次揭示了U-ISGF3相关基因在多柔比星耐药中的作用，并发现HSH2D作为不良预后标志物在耐药细胞中的高表达	研究仅限于人结肠癌细胞，未探讨其他癌症类型中的适用性	探讨多柔比星诱导的化疗耐药机制及其潜在治疗靶点	人结肠癌细胞在亚毒性多柔比星处理后的转录组变化	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	数学模型	转录组数据	人结肠癌细胞
797	2024-12-11	Systematic analysis of human colorectal cancer scRNA-seq revealed limited pro-tumoral IL-17 production potential in gamma delta T cells 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101072 PMID:39454432	研究论文	本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限	首次系统分析了人类结直肠癌中单细胞RNA测序数据，发现γδ T细胞在肿瘤微环境中主要表现为细胞毒性效应细胞，而非IL-17产生细胞	研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的作用	γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	165名结直肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞
798	2024-12-11	Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis 2024-Dec, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103401 PMID:39471640	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了骨髓来源的中性粒细胞在II型胶原诱导的关节炎模型中的表型特征，揭示了ROS在免疫启动中的保护作用及其对关节炎发展的影响	首次系统性地揭示了ROS调控下中性粒细胞的功能和炎症表型特征，并发现了Ncf1缺陷中性粒细胞的代谢重编程与关节炎发展的关联	研究主要基于小鼠模型，结果的外推性和临床应用尚需进一步验证	探讨中性粒细胞在类风湿性关节炎发展中的作用及其分子机制	骨髓来源的中性粒细胞在II型胶原诱导的关节炎模型中的表型特征	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	包括免疫启动和加强的小鼠模型中的中性粒细胞样本
799	2024-12-11	Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells 2024-Dec, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01087-5 PMID:39508863	研究论文	本文构建了一个包含超过210,000个来自24种人类组织38个区域的血管内皮细胞的单细胞转录组图谱，揭示了不同组织中血管内皮细胞的转录组、表型、代谢和转录调控的显著差异	首次系统性地揭示了人类器官特异性血管内皮细胞的独特转录组特征，并展示了这些细胞在不同组织和血管床中的疾病关联性	研究主要集中在转录组层面，未涉及功能性实验验证	揭示人类不同组织中血管内皮细胞的异质性及其与特定疾病的关联	来自24种人类组织38个区域的血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过210,000个血管内皮细胞样本
800	2024-12-11	Elucidating tobacco smoke-induced craniofacial deformities: Biomarker and MAPK signaling dysregulation unraveled by cross-species multi-omics analysis 2024-Dec, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117343 PMID:39549573	研究论文	本研究使用斑马鱼幼体模型，通过多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形与MAPK信号通路失调之间的关系	首次通过跨物种多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形相关的新型生物标志物和MAPK信号通路的失调	研究主要基于斑马鱼模型和人类胚胎腭间充质细胞，可能需要进一步的人体临床研究验证	揭示烟草烟雾引起的颅面畸形的发生机制，并寻找相关的生物标志物和信号通路	斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞	NA	NA	多组学分析（mRNA-miRNA分析、单细胞转录组学、定量实时PCR）	NA	基因、蛋白质、代谢物	斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞