单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-18	Temporal evolution of fibroblast responses following salivary gland ductal ligation injury 2025, Frontiers in dental medicine IF:1.5Q3 DOI:10.3389/fdmed.2025.1581376 PMID:40375832	research paper	研究唾液腺导管结扎损伤后成纤维细胞反应的时序演变	通过单细胞RNA测序和通路分析，识别了三种独特的成纤维细胞群，并确定了主要的损伤响应纤维化细胞类型	研究仅关注了7天内的反应，未涉及长期纤维化机制	理解成纤维细胞在损伤早期和后期的反应，以促进开发减少纤维化和促进腺体再生的治疗方法	唾液腺中的成纤维细胞	生物医学研究	Sjögren's Disease	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
62	2025-05-18	Integrative single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing reveals the characteristics of glutathione metabolism and protective role of GSTA4 gene in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571431 PMID:40375987	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了胰腺癌中谷胱甘肽代谢的特征以及GSTA4基因的保护作用	首次在胰腺癌中系统分析了谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义，并实验验证了GSTA4基因的肿瘤抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验	探究谷胱甘肽代谢相关基因在胰腺癌中的预后意义并识别关键分子靶点	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq data	930例胰腺癌患者样本
63	2025-05-18	Integrating single-cell sequencing and transcriptome analysis to unravel the mechanistic role of sialylation-related genes in sepsis-induced acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769 PMID:40375981	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的机制作用	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与转录组分析相结合，揭示了CD19和GPR65作为关键基因在脓毒症诱导的ARDS中的作用，并确定了CD14单核细胞（CD14Mono）为关键细胞类型	研究依赖于公开数据集和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	探讨唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的ARDS中的分子机制	脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习	列线图模型（nomogram model）	基因表达数据	三个公开数据集（GSE32707、GSE66890、GSE151263）及临床样本
64	2025-05-18	Integrative multi-omics and Mendelian randomization analysis reveal SPP1+ tumor-associated macrophage-driven prognostic signature for hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1594610 PMID:40376263	研究论文	本研究通过整合多组学和孟德尔随机化分析，揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞驱动的肝细胞癌预后特征	首次构建了基于SPP1+ TAMs相关基因的风险评分模型(STRS)，用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的预后意义并构建预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、LASSO回归	STRS风险评分模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌患者队列
65	2025-05-18	Tumor-microenvironment and molecular biology of classic Hodgkin lymphoma in children, adolescents, and young adults 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1515250 PMID:40376590	综述	本文综述了儿童、青少年和年轻成人经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的肿瘤微环境（TME）和分子生物学特性，强调了近期在cHL生物学理解、年龄差异和生物标志物开发方面的突破	利用单细胞测序和多路空间成像技术揭示了TME组成和功能的年龄相关差异，并开发了年龄特异性预后指标	NA	解析cHL的肿瘤微环境及其年龄相关差异，以促进生物标志物驱动的靶向治疗开发	儿童、青少年和年轻成人（AYAs）的经典霍奇金淋巴瘤（cHL）	肿瘤生物学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞测序、多路空间成像	NA	分子生物学数据、成像数据	NA
66	2025-05-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，用于分析高分辨率空间转录组数据	空间转录组数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium)
67	2025-05-18	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	使用BARseq高通量原位测序技术研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征及其发育依赖关系	首次利用BARseq技术在单细胞分辨率下揭示大脑皮层区域的转录组特征及其与连接性的模块化组织关系，并探索外周输入对皮层区域转录组特征的影响	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚不明确	探究大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	9个小鼠前脑半球中的10.3百万个细胞（含4,194,658个皮层神经元）
68	2025-05-18	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	本文介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾病理学中的足细胞核，结合组织学和空间转录组学数据	SPT工具包首次应用于足细胞病理组学，提供实例对象分割、病理组学特征生成和稳健统计分析三大功能，能够全面探索形态学与空间转录组学特征之间的空间关系	工具包的应用范围目前仅限于肾病理学中的足细胞分析，尚未验证在其他细胞类型或疾病中的适用性	开发一个强大且用户友好的工具，推进肾病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布模式	digital pathology	renal pathology	Whole Slide Images (WSIs), spatial transcriptomics	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
69	2025-05-18	Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.09.531751 PMID:36945483	research paper	研究通过实验诱导小鼠颌下唾液腺纤维化反应，探讨了Gli1信号在纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维化相关的基质细胞亚群，并揭示了Gli1信号在唾液腺纤维化中的有限作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号的作用较小，可能忽略了其他重要信号通路	探讨唾液腺梗阻性损伤后纤维化反应的细胞和信号机制	雌性小鼠的颌下唾液腺	分子生物学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
70	2025-05-18	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	本研究探讨了唾液腺梗阻性损伤后纤维化细胞的识别及其在纤维化过程中的作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了Gli1和PDGFRα基质细胞在唾液腺纤维化中的作用，并发现这些细胞对机械损伤诱导的纤维化变化贡献较小	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号和Gli1细胞对纤维化的贡献较小，可能需要探索其他信号通路	识别唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化的基质细胞和信号通路	雌性小鼠颌下唾液腺	细胞生物学	唾液腺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 导管结扎手术	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
71	2025-05-17	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的研究验证	探究喉癌中T细胞相关分子的临床意义及其在肿瘤微环境中的作用	喉癌组织及匹配的邻近正常组织中的T细胞	digital pathology	laryngeal cancer	10X single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	multiple machine learning approaches	RNA-seq data	3例喉癌组织及匹配的邻近正常组织
72	2025-05-17	CD8+ T cells in breast cancer tumors and draining lymph nodes: PD-1 levels, effector functions and prognostic relevance 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502354 PMID:40351118	研究论文	研究评估了乳腺癌患者中表达不同PD-1水平的CD8 T细胞的功能状态及其在不同组织中的分布	首次在乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结中详细描述了CD8 T细胞的耗竭阶段和功能状态	研究主要针对luminal型乳腺癌患者，结果可能不适用于其他亚型	评估CD8 T细胞在乳腺癌免疫反应中的作用及其预后相关性	乳腺癌患者的CD8 T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	TCR-β测序、scRNA-seq	NA	基因表达数据、测序数据	乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结样本
73	2025-05-17	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Jul-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探讨高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的机制	研究主要基于遗传关联分析和动物模型，需要进一步临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
74	2025-05-17	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Jul, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究通过整合多组学数据，探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并确定了NUAK2基因作为肿瘤进展和免疫逃逸的关键驱动因子	需要在更大的队列中验证NUAK2的作用，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的临床应用	探讨铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和肿瘤微环境调控中的作用	低级别胶质瘤（LGG）患者	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
75	2025-05-17	E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662 PMID:40300357	研究论文	本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减少肝脏炎症的机制	揭示了TRIM38通过与HSPA5相互作用并促进其K63依赖性泛素化稳定，从而调控巨噬细胞极化并减轻肝脏脂肪变性的新机制	TRIM38在肝脏发病机制中的具体作用仍不完全清楚	探究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用，寻找控制炎症的关键靶点	巨噬细胞极化、肝脏炎症	分子生物学	代谢功能障碍相关性脂肪性肝病(MASLD)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASLD患者的肝脏巨噬细胞
76	2025-05-17	Deciphering immune cell heterogeneity in vascular diseases: Insights from single-cell sequencing 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114719 PMID:40306113	review	本文综述了单细胞测序技术在血管疾病中免疫细胞异质性研究的最新应用，揭示了新发现的免疫细胞亚群及其在疾病进展中的作用	系统总结了单细胞测序在血管疾病中的最新应用，突出了新发现的免疫细胞亚群及其相互作用和对血管病理的影响	NA	研究血管疾病的发病机制，特别是免疫细胞介导的炎症反应在其发展中的关键作用	血管疾病中的免疫细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞测序 (SCS)	NA	NA	NA
77	2025-05-17	miR142 silencing alleviates retinal inflammation by impairing mitochondrial function and reprogramming metabolism of CD4+ T cells via targeting MTFR1 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114727 PMID:40334625	研究论文	研究miR-142在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其通过靶向MTFR1调控CD4+ T细胞线粒体功能和代谢重编程的机制	揭示了miR-142通过靶向MTFR1调控T细胞线粒体功能和代谢重编程的新机制，为自身免疫性葡萄膜炎的治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明miR-142在葡萄膜炎发病中的作用及其分子机制	自身免疫性葡萄膜炎患者外周血单核细胞和实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠模型	分子免疫学	葡萄膜炎	流式细胞术、单细胞测序、Seahorse能量代谢分析、线粒体染色、电子显微镜分析、荧光素酶报告基因检测、Western blot	miR-142基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	葡萄膜炎患者外周血单核细胞和EAU小鼠模型
78	2025-05-17	Inhibition of CTSC contributes to psoriasis inflammation and keratinocyte hyperproliferation by NF-κB signaling pathway 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114808 PMID:40339488	研究论文	本研究探讨了CTSC在银屑病中的作用及其机制，发现抑制CTSC可通过NF-κB信号通路促进炎症和角质形成细胞过度增殖	首次揭示CTSC抑制通过NF-κB通路促进银屑病炎症和角质形成细胞过度增殖的机制	研究主要基于体外细胞和小鼠模型，临床样本验证有限	探究CTSC在银屑病中的作用及分子机制	银屑病患者皮肤组织、IMQ诱导的银屑病样小鼠模型、HaCaT细胞	分子生物学	银屑病	scRNA-seq、siRNA敲降	IMQ诱导的小鼠银屑病模型	基因表达数据、细胞增殖数据	银屑病患者皮肤组织、小鼠模型和HaCaT细胞
79	2025-05-17	TGF-β1 induces autophagy and mediates the effect on macrophages differentiation in primary liver cancer 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114799 PMID:40339499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了原发性肝癌中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性和分化谱，并探讨了TGF-β1通过自噬信号调控TAMs表型转换的机制	首次在原发性肝癌中鉴定出四种不同的TAMs亚群，并发现TGF-β1通过自噬信号驱动TAMs表型转换的新机制	样本量相对较小（19例患者），且需要进一步验证TGF-β1调控TAMs分化的具体分子机制	探究原发性肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其分化机制	原发性肝癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	原发性肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Ingenuity通路分析（IPA）	NA	单细胞转录组数据	19例原发性肝癌患者的单细胞数据，TCGA数据库中428例患者的生存数据
80	2025-05-17	Single-cell transcriptome analysis identifies subclusters and signature with N-glycosylation in endometrial cancer 2025-Jun, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03802-z PMID:39589706	research paper	通过单细胞转录组分析鉴定子宫内膜癌中与N-糖基化相关的亚群和特征	首次在子宫内膜癌中利用单细胞RNA测序技术结合非负矩阵分解方法，识别出与N-糖基化相关的恶性细胞亚型，并构建了一个包含8个差异表达基因的预后模型	样本量较小（仅5例患者），且为回顾性研究	阐明N-糖基化相关基因在子宫内膜癌细胞异质性、预后和免疫治疗反应中的作用	子宫内膜癌患者	digital pathology	endometrial cancer	scRNA-seq, NMF, 机器学习算法	非负矩阵分解(NMF), 多种机器学习算法集成	单细胞RNA测序数据	5例子宫内膜癌患者的30,233个细胞