单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-18	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非常规T细胞轴顶端调节因子在COPD中的作用，通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因通过非常规T细胞轴驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD的适用性尚需进一步验证	探究HCK在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用	基因靶向小鼠模型（HckF/F小鼠）	免疫学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	基因靶向技术、骨髓嵌合体、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因靶向小鼠模型	实验数据	NA
42	2025-05-18	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育能力调控中的作用，揭示了CKAP5缺乏导致卵巢早衰的机制	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键基因，并揭示了其通过促进自噬和DNA损伤修复来维持卵巢功能的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本中的验证相对有限	阐明CKAP5在卵巢功能调控中的作用及其与卵巢早衰的关系	颗粒细胞、小鼠卵巢组织和卵母细胞	生殖医学	卵巢早衰	RNA测序、下一代测序、单细胞转录组分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类POI患者队列和对照组、Ckap5杂合敲除小鼠
43	2025-05-18	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	research paper	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育中细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成超过500个基因共表达网络，揭示了皮层发育中的动态细胞亚型特异性，并验证了特定模块在细胞命运决定中的作用	研究主要基于已有数据集的分析，可能需要更多实验验证特定模块的功能机制	探究人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	基因表达数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
44	2025-05-18	Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000710 PMID:40366121	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重新编程过程及胆管基因特征	首次在胆道闭锁中发现肝细胞向胆管细胞的重新编程现象，并鉴定了胆管特异性标记物和转录因子	样本量较小（4例BA和3例正常对照）	解析胆道闭锁中胆管反应的细胞来源和功能	胆道闭锁患者的肝脏上皮细胞	digital pathology	biliary atresia	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4例胆道闭锁和3例正常对照肝脏样本
45	2025-05-18	Single-cell spatial transcriptomics of tertiary lymphoid organ-like structures in human atherosclerotic plaques 2025-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00639-9 PMID:40295810	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其在疾病中的作用	首次提供了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官（PTLOs）的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了PTLOs的细胞组成、功能及其与脑血管事件的关联	研究主要基于观察性数据，PTLOs在动脉粥样硬化中的具体作用机制仍需进一步实验验证	探索人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其在疾病中的潜在作用	人类动脉粥样硬化斑块中的细胞类型及三级淋巴器官样结构	数字病理学	心血管疾病	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	NA
46	2025-05-18	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	该研究探讨了通过抑制基质机械感应来抑制心脏纤维化的潜在机制	研究发现，通过联合抑制SRC介导的基质机械感应和TGFβ信号通路，可以有效抑制心脏纤维化，这一策略在工程化心脏组织和心衰小鼠模型中均显示出效果	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，尚未在人体中进行验证	探索抑制心脏纤维化的新治疗策略	心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序分析	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据和生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集的分析
47	2025-05-18	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根系在不同土壤条件下的适应性	揭示了根系在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件的分子机制，特别是外层根细胞类型的表达变化	研究仅针对水稻，未涵盖其他植物种类	探究根系在不同土壤条件下的适应性及其分子机制	水稻根系	植物生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
48	2025-05-18	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）在细胞类型特异性表达及对细菌感染的转录响应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制事件后保留的重复基因对在不同细胞类型中的表达差异及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后保留的重复基因对在细胞类型特异性表达及其功能进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的细胞类型及保留自全基因组复制的重复基因对	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大西洋鲑鱼肝脏组织中的多种细胞类型
49	2025-05-18	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	本研究开发并验证了基于色氨酸代谢的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因与前列腺癌术后生化复发风险预测相结合，并构建了分子亚型分类	研究主要基于TCGA数据库，需要更多外部数据验证模型的普适性	开发前列腺癌术后生化复发的预测工具	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox分析、LASSO回归、免疫组化、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据	TCGA-PRAD数据集中的421例前列腺癌患者
50	2025-05-18	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	该研究结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据分析，探讨了趋化因子及其受体基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术系统分析癫痫相关趋化因子受体基因，并预测了潜在治疗药物	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需实验验证	探索趋化因子及其受体基因在癫痫中的功能和调控机制	癫痫相关趋化因子受体基因及免疫细胞	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
51	2025-05-18	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了猪皮下脂肪组织在冷暴露下通过上调DHRS4表达促进脂肪酸β氧化和产热能力的机制	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，发现冷诱导的DHRS4通过表观遗传调控促进脂肪酸β氧化和产热能力的新机制	研究仅关注了皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪库或组织的适应性反应	探究大型哺乳动物（特别是猪）在冷暴露下脂肪组织适应性代谢重编程的表观遗传机制	猪皮下脂肪组织（subWAT）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，批量转录组分析	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用猪冷暴露模型
52	2025-05-18	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的整合分析，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了DDH软骨中七种分子上不同的软骨细胞群体，包括一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹	NA	了解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），免疫组织化学检测	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
53	2025-05-18	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	research paper	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，绘制了抗纤维化因子的图谱，揭示了纤维化进展与消退的生物学特征	利用高维组织学纤维特征和单细胞测序技术，鉴定了与纤维化消退相关的成纤维细胞亚型及其功能	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探索肺纤维化过程中促纤维化和抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺部组织	digital pathology	lung cancer	单细胞测序, Visium空间分析	NA	组织学图像, 转录组数据	NA
54	2025-05-18	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文提出了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的汇总统计数据，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状（包括疾病）	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组数据集，可能无法完全代表成年个体的复杂性状	开发一种方法，用于空间解析地映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状（包括疾病）相关的细胞	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	gsMap	空间转录组数据, 基因组数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集
55	2025-05-18	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫特征	研究发现晚期功能障碍的CD8 T细胞克隆扩增与治疗反应相关，并提出了基线克隆扩增作为潜在反应预测因子	样本量较小(27例患者)，且仅针对三阴性乳腺癌	探索肿瘤免疫特征如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27例患者的40份活检样本
56	2025-05-18	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本研究通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单个细胞水平上追踪了抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排，揭示了修复序列可用性在抗原选择机制中的关键作用	研究仅限于模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示非洲锥虫抗原表达层次性的分子机制	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个Trypanosoma brucei细胞
57	2025-05-18	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	引入了改进的计算框架Mixscale以解决扰动效率中的细胞变异问题，并优化了统计方法来学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	预测因果调控关系并增强对信号调节因子及其靶标的理解	信号调节因子及其靶标	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	超过1,500个扰动，分布在六种细胞系和五种生物信号环境中
58	2025-05-18	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	本研究探讨了GPSM1/CSF1信号通路在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对anti-PD-1抗药性的影响	揭示了GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化促进anti-PD-1抗药性的新机制，并发现ruxolitinib作为靶向GPSM1的潜在治疗药物	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索结直肠癌中anti-PD-1抗药性的分子机制并寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者样本和C57BL/6小鼠异种移植模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、细胞图像数据	抗PD-1抗药性结直肠癌患者肿瘤样本和C57BL/6小鼠模型
59	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH期间肝巨噬细胞的动态变化，包括M1到M2的独特转变及Cd163的表达特征	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不适用于其他MASH模型或人类疾病	探究大鼠MASH模型中肝巨噬细胞的动态变化及其在疾病发展中的作用	瘦素缺陷大鼠的肝组织	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝组织
60	2025-05-18	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者的免疫基因表达差异，并鉴定出43个差异表达基因	样本量较小，仅包括一名特纳综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者之间免疫基因表达的差异	特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	特纳综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名特纳综合征患者、1名健康女性、1名Graves病患者）