单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 7801 - 7820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7801 | 2024-10-13 |
Case report: Tenosynovial giant cell tumor
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1445427
PMID:39391235
|
病例报告 | 报告了一例45岁男性患者右髋部疼痛和肿胀的病例，通过全外显子测序和RNA测序确诊为腱鞘巨细胞瘤 | 通过全外显子测序和RNA测序发现CSF1::GAPDHP64融合，并使用单细胞转录组分析揭示了肿瘤细胞与巨噬细胞之间的相互作用 | 病例报告的局限性在于其样本量小，结果可能不适用于所有腱鞘巨细胞瘤患者 | 探讨腱鞘巨细胞瘤的分子诊断和治疗策略 | 腱鞘巨细胞瘤及其分子机制 | NA | 腱鞘巨细胞瘤 | 全外显子测序、RNA测序、单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 1例患者 |
| 7802 | 2024-10-13 |
Sphingosine 1-phosphate receptor 2 in keratinocytes plays a key role in reducing inflammation in psoriasis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1469829
PMID:39391307
|
研究论文 | 研究探讨了角质形成细胞中的S1PR2受体在银屑病炎症中的作用 | 首次研究了S1PR2在银屑病中的作用，并发现其作为下调因子抑制Th17细胞的招募 | 仅限于IMQ诱导的银屑病样炎症模型，未涉及其他银屑病模型 | 探讨S1PR2在银屑病中的作用及其潜在治疗价值 | S1PR2受体在角质形成细胞中的功能及其对银屑病炎症的影响 | NA | 银屑病 | 空间转录组学、RT-qPCR、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞数据 | S1pr2fl/fl K14-Cre小鼠和野生型小鼠 |
| 7803 | 2024-10-13 |
Identification and validation of SHC1 and FGFR1 as novel immune-related oxidative stress biomarkers of non-obstructive azoospermia
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1356959
PMID:39391879
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研究论文 | 本文通过现有数据集识别并验证了SHC1和FGFR1作为非阻塞性无精子症的新型免疫相关氧化应激生物标志物 | 本文首次识别并验证了SHC1和FGFR1作为非阻塞性无精子症的新型免疫相关氧化应激生物标志物，并探讨了其在诊断和预后中的应用 | NA | 识别和验证非阻塞性无精子症的新型生物标志物 | SHC1和FGFR1基因在非阻塞性无精子症中的表达和功能 | 数字病理学 | 男性不育症 | RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 非阻塞性无精子症和阻塞性无精子症患者的睾丸组织样本 |
| 7804 | 2024-10-13 |
Improved cell-type identification and comprehensive mapping of regulatory features with spatial epigenomics 96-channel microfluidic platform
2023-Dec, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0044
PMID:39380764
|
研究论文 | 本文比较了50通道和96通道平台上的空间表观基因组分析，展示了96通道微流控芯片在细胞类型识别和调控元件识别方面的显著改进 | 开发了96通道微流控芯片，显著提高了细胞类型识别和调控元件识别的精度 | NA | 研究空间表观基因组学工具在细胞类型识别和调控元件识别中的应用 | 大脑结构中的胶质细胞和神经元定位以及控制细胞功能的顺式调控元件 | 数字病理学 | NA | 空间ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7805 | 2024-10-13 |
A statistical framework for differential pseudotime analysis with multiple single-cell RNA-seq samples
2023-11-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42841-y
PMID:37949861
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研究论文 | 介绍了一种用于多单细胞RNA测序样本差异伪时间分析的统计框架Lamian | Lamian考虑了跨样本变异性，减少了样本特定的假发现，提高了结果的可推广性 | NA | 开发一种能够比较不同实验条件下多个样本伪时间模式的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的伪时间轨迹 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 包括COVID-19患者在内的真实和模拟数据 |
| 7806 | 2024-10-13 |
Evaluation of deep learning-based feature selection for single-cell RNA sequencing data analysis
2023-11-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03100-x
PMID:37950331
|
研究论文 | 本文评估了基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 本文探讨了基于深度学习的特征选择方法与传统基于差异分布的方法相比的优势 | NA | 评估基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 深度学习 | 基因表达数据 | 从Tabula Muris和Tabula Sapiens图谱中抽取的样本 |
| 7807 | 2024-10-13 |
FICTURE: Scalable segmentation-free analysis of submicron resolution spatial transcriptomics
2023-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.04.565621
PMID:37961699
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的无分割空间分解方法，用于处理亚微米分辨率的空间转录组数据 | FICTURE方法比现有方法效率高几个数量级，并且适用于基于测序和成像的空间转录组数据 | NA | 开发一种可扩展的无分割分析方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分解 | NA | 空间转录组数据 | 数十亿个亚微米分辨率的空间坐标数据点 |
| 7808 | 2024-10-13 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
|
研究论文 | 介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | CytoSPACE在噪声容忍度和准确性方面优于先前的方法，能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制 | NA | 提高空间转录组学的基因恢复和空间分辨率 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 优化方法 | 转录组数据 | 多种平台和组织类型的数据 |
| 7809 | 2024-10-13 |
Performance of computational algorithms to deconvolve heterogeneous bulk ovarian tumor tissue depends on experimental factors
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03077-7
PMID:37864274
|
研究论文 | 研究了计算算法在解卷积异质性卵巢肿瘤组织时受实验因素影响的性能 | 首次系统研究了实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响，并提供了方法开发者和实验设计者的建议 | 未详细讨论所有可能的实验因素对解卷积方法的影响 | 探讨实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响 | 高级别浆液性卵巢肿瘤 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞基因表达谱 | NA | 基因表达数据 | 多个高级别浆液性卵巢肿瘤样本 |
| 7810 | 2024-10-13 |
Measuring cell-to-cell expression variability in single-cell RNA-sequencing data: a comparative analysis and applications to B cell aging
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03036-2
PMID:37864221
|
研究论文 | 本文系统评估了14种常用的变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中测量细胞间表达变异性的表现，并应用于B细胞老化研究 | 本文通过模拟和真实数据集，比较了14种变异性度量方法的性能，并强调了在复杂生物过程中捕捉细胞间基因表达变异性的重要性 | 本文未明确指出最佳的统计方法，尤其是在面对单细胞RNA测序数据的独特数据结构如零膨胀问题时 | 评估不同变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中的表现，并研究B细胞分化和老化过程中的细胞间表达变异性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性，以及B细胞分化和老化过程中的基因表达变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及造血干细胞（HSCs）和B淋巴细胞分化过程中的主要细胞类型 |
| 7811 | 2024-10-13 |
Data-driven identification of total RNA expression genes for estimation of RNA abundance in heterogeneous cell types highlighted in brain tissue
2023-10-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03066-w
PMID:37845779
|
研究论文 | 本文定义并识别了一种新的控制基因类别，称为总RNA表达基因（TREGs），用于下一代测序，这些基因与不同大小和转录活性的细胞类型中的总RNA丰度相关 | 提出了一个新的数据驱动方法，从单细胞RNA测序数据中识别TREGs，用于估计总RNA量 | NA | 开发一种新的方法来识别与总RNA丰度相关的基因，用于估计不同细胞类型中的RNA量 | 总RNA表达基因（TREGs） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五个脑区 |
| 7812 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics in development and disease
2023-Oct-09, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-023-00144-0
PMID:37806992
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在生物系统中的发展及其在疾病研究中的应用 | 空间转录组学技术能够同时捕获基因表达谱和细胞的空间位置信息，为研究区域基因表达、空间域和细胞间相互作用提供了新的维度 | 当前空间转录组学技术在通量和分辨率上仍存在局限，且数据分析和整合仍面临挑战 | 总结空间转录组学技术的发展历程、技术原理及其在生物医学研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 空间转录组学技术及其在发育和疾病研究中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7813 | 2024-10-13 |
Fibroblast growth factor 18 stimulates the proliferation of hepatic stellate cells, thereby inducing liver fibrosis
2023-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42058-z
PMID:37813881
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研究论文 | 本文研究了成纤维细胞生长因子18（Fgf18）在肝星状细胞（HSCs）增殖和肝纤维化中的作用 | 首次揭示了Fgf18在肝纤维化中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类肝活检样本，缺乏更大规模的人类临床数据 | 探讨Fgf18在肝纤维化中的作用机制 | 肝星状细胞（HSCs）和小鼠肝纤维化模型 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类肝活检样本 |
| 7814 | 2024-10-13 |
Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41749-x
PMID:37770450
|
研究论文 | 研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用 | 通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联 | NA | 探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用 | 小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠体感皮层样本 |
| 7815 | 2024-10-13 |
scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41795-5
PMID:37770437
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果 | 本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素 | NA | 研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 七个多组学数据集 |
| 7816 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research
2023-08-17, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00471-x
PMID:37592342
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用 | 空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白 | 当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等 | 探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用 | 呼吸系统的细胞异质性和空间定位 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 7817 | 2024-10-13 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40503-7
PMID:37563115
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 | CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足 | NA | 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 | 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本 |
| 7818 | 2024-10-13 |
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02756-4
PMID:37553567
|
研究论文 | 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略 | 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 | 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本 |
| 7819 | 2024-10-13 |
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-023-00756-6
PMID:37555866
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研究论文 | 本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 | 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据 |
| 7820 | 2024-10-13 |
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05769-3
PMID:37468583
|
研究论文 | 本文通过应用多种单细胞和单核测序技术以及空间成像技术，构建了健康和受损人类肾脏细胞状态和微环境的综合图谱 | 本文首次构建了包含51种主要细胞类型的高分辨率细胞图谱，其中包括罕见和先前未描述的细胞群体，并定义了28种在肾损伤中改变的细胞状态 | NA | 研究肾脏疾病的复杂性，定义细胞类型和状态及其在组织微环境中的相互作用 | 健康和患病的人类肾脏 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序、单核测序、空间转录组学 | NA | 细胞数据、图像数据 | 45个健康肾脏供体和48个患病肾脏患者，超过400,000个细胞或核 |