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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2026-03-15 |
Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988
PMID:40421026
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱,识别出C1 CXCL12+ ECs作为关键增殖驱动亚群,并探讨其在疾病进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序全面绘制动脉粥样硬化内皮细胞图谱,识别出C1 CXCL12+ ECs这一关键增殖驱动亚群,并揭示FOXM1在其中的调控作用 | NA | 揭示动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的关键作用,为精准免疫治疗提供新靶点 | 动脉粥样硬化中的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 762 | 2026-03-15 |
Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596916
PMID:40936897
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和IRIS3平台分析头颈鳞状细胞癌,发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次发现组蛋白甲基转移酶PRDM6在头颈癌中通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖的新功能,并揭示HPV病毒癌蛋白通过上调PRDM6表达与HPV阳性头颈癌相关 | 未明确说明样本量大小,机制研究可能仍需进一步实验验证 | 探究头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因调控网络及其在肿瘤进展中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | IRIS3(细胞类型特异性调控网络推断工具) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 763 | 2026-03-15 |
Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells
2024-10, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-024-01653-1
PMID:39090334
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据分析,首次对早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞进行了基因调控网络分析,揭示了与妊娠成功相关的关键转录因子 | 首次对早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞亚群进行基因调控网络分析,发现了新的蜕膜化驱动转录因子(如DDIT3和BRF2)以及免疫耐受相关的转录因子(如IRX3和RELB) | 研究基于第一孕期妊娠终止样本的单细胞转录组数据,样本来源和时间点可能存在局限性 | 研究蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞的转录调控网络,以理解其在妊娠成功中的作用机制 | 早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 第一孕期妊娠终止样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 764 | 2026-03-15 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学等技术,揭示了胸腺衰老过程中出现的两种非典型胸腺上皮细胞状态,它们限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现并定义了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞状态,揭示了它们通过消耗TEC生长因子和干扰再生通路来限制胸腺功能的机制 | 未明确aaTECs的具体起源和调控其形成的上游信号通路,也未在人体中验证这些发现 | 探究胸腺随年龄增长功能衰退和再生能力下降的细胞和分子机制 | 小鼠胸腺中的非造血基质细胞,特别是胸腺上皮细胞 | 空间转录组学 | 衰老相关免疫缺陷 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 谱系追踪, 先进成像技术 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 765 | 2026-03-15 |
Gut-Derived Exosomes Mediate the Microbiota Dysbiosis-Induced Spermatogenesis Impairment by Targeting Meioc in Mice
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202310110
PMID:38526201
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研究论文 | 本研究揭示了肠道菌群失调通过肠道来源的外泌体miR-211-5p靶向睾丸中的Meioc基因,从而干扰减数分裂过程并损害精子发生 | 首次阐明了非生殖组织来源的外泌体在精子发生调控中的作用,定义了“肠道-睾丸”轴的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;具体信号通路细节需进一步探索 | 探究肠道菌群失调导致雄性生育能力下降的调控机制 | 小鼠(包括肠道菌群失调模型和野生型小鼠) | 生殖生物学 | 生育障碍 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 未明确指定样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 766 | 2026-03-15 |
Pan-Cancer Single-Cell and Spatial-Resolved Profiling Reveals the Immunosuppressive Role of APOE+ Macrophages in Immune Checkpoint Inhibitor Therapy
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401061
PMID:38569519
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据,揭示了APOE+巨噬细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的免疫抑制角色,并构建了一个预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序、机器学习及空间转录组技术,系统性地探究了APOE+巨噬细胞在泛癌种ICI治疗中的免疫抑制机制,并开发了基于巨噬细胞特征的预测模型 | 模型验证主要基于回顾性数据,前瞻性临床验证有待加强;机制研究虽结合了体内外实验,但具体信号通路细节仍需进一步阐明 | 探究巨噬细胞异质性对免疫检查点抑制剂治疗响应的影响,并开发预测模型 | 泛癌种患者样本、三阴性乳腺癌患者样本、4T1荷瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 泛癌种(重点关注三阴性乳腺癌) | 单细胞RNA测序,空间转录组技术,多重免疫组化,机器学习 | 机器学习算法(具体未指明,如SVM、随机森林等) | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据,空间转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 767 | 2026-03-15 |
Tracking in situ checkpoint inhibitor-bound target T cells in patients with checkpoint-induced colitis
2024-May-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.04.010
PMID:38744246
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研究论文 | 本研究利用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学追踪检查点抑制剂(CPI)结合T细胞在肠道组织中的分布,以揭示CPI诱导结肠炎的机制 | 首次在患者肠道组织中应用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学技术追踪CPI结合T细胞,并识别出与炎症相关的特定微域和细胞间信号通路 | 研究样本可能有限,且机制分析主要基于观察性数据,需要进一步实验验证 | 探究检查点抑制剂诱导结肠炎的免疫机制,识别关键细胞类型和空间分布特征 | 接受检查点抑制剂治疗并出现结肠炎的患者的肠道组织样本 | 数字病理学 | 结肠炎 | 多模态单细胞和亚细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 768 | 2026-03-15 |
Single-Cell Sequencing of Lung Macrophages and Monocytes Reveals Novel Therapeutic Targets in COPD
2023-12-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12242771
PMID:38132091
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析COPD患者肺组织中巨噬细胞和单核细胞的转录组特征,揭示了其功能失调和过度炎症状态,并识别出新的治疗靶点 | 首次在COPD患者肺组织中利用单细胞测序技术系统性地鉴定出16个转录组学上不同的巨噬细胞和单核细胞亚群,并发现吸入性皮质类固醇等化合物可调节这些细胞的转录组特征 | 研究样本量相对有限(COPD组18例,对照组28例),且主要基于体外组织分析,体内验证仅通过一项临床试验数据 | 探究COPD患者肺组织中巨噬细胞和单核细胞的转录组特征,识别新的治疗靶点 | COPD患者和对照者的肺组织样本中的巨噬细胞和单核细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | COPD患者18例,对照者28例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 769 | 2026-03-15 |
Single-Cell RNA Analysis Reveals Cell-Intrinsic Functions of CAR T Cells Correlating with Response in a Phase II Study of Lymphoma Patients
2023-Oct-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0178
PMID:37540566
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析CAR-T输注产品的转录谱,揭示了与淋巴瘤患者临床反应相关的细胞内在功能特征 | 首次在II期临床试验中,利用靶向单细胞RNA测序结合多色流式细胞术,将CAR-T输注产品的细胞内在特征与临床反应直接关联,并发现效应样CD8+ CAR-T的多功能性、高细胞毒性和细胞因子产生谱与低功能障碍特征与反应相关 | 样本量较小(n=24),且仅针对第三代CD19导向的CAR-T,可能限制结果的普适性 | 探究CAR-T输注产品质量对B细胞恶性肿瘤患者临床反应的影响 | B细胞淋巴瘤(n=23)和白血病(n=1)患者接受CD19 CAR-T治疗的输注产品 | 单细胞组学 | 淋巴瘤 | 靶向单细胞RNA测序,多色流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 24名患者(23例淋巴瘤,1例白血病) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 770 | 2026-03-15 |
Single-cell RNA-sequencing identifies disease-associated oligodendrocytes in male APP NL-G-F and 5XFAD mice
2023-02-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36519-8
PMID:36781874
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,在阿尔茨海默病小鼠模型及人类死后大脑中鉴定出一种疾病相关的少突胶质细胞亚群,并探讨了其通过Erk1/2信号通路在疾病进展中的作用 | 首次在阿尔茨海默病背景下鉴定出疾病相关的少突胶质细胞亚群,并揭示了Erk1/2信号通路在该细胞亚群激活及疾病病理中的关键作用 | 研究主要基于雄性小鼠模型,可能无法完全反映雌性个体或人类群体的全部情况,且人类样本来源于死后大脑,可能存在保存偏差 | 探究少突胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 雄性APP NL-G-F和5XFAD阿尔茨海默病小鼠模型的大脑组织,以及人类死后阿尔茨海默病患者的大脑组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性APP NL-G-F和5XFAD小鼠大脑及人类死后AD大脑样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 771 | 2026-03-15 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
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研究论文 | 介绍NeuCA网络服务器,一个基于神经网络的单细胞RNA测序细胞注释工具,提供网络应用和图形用户界面 | 首个实现神经网络基础设施的网络应用工具,提供超过20个预训练分类器,用于常见组织类型 | NA | 开发自动分配细胞标签的工具,以促进单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 772 | 2026-03-15 |
Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation
2021-04-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf1230
PMID:33888612
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研究论文 | 本研究开发了RABID-seq技术,结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序,以研究中枢神经系统炎症中的单细胞相互作用 | 开发了RABID-seq技术,首次将条形码病毒追踪与单细胞RNA测序结合,用于在体内研究星形胶质细胞相互作用,并识别了介导小胶质细胞-星形胶质细胞相互作用的候选分子 | NA | 研究中枢神经系统炎症中细胞间相互作用,特别是小胶质细胞与星形胶质细胞之间的互作机制 | 星形胶质细胞、小胶质细胞及其在中枢神经系统炎症模型中的相互作用 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 773 | 2026-03-15 |
Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney
2019-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12872-5
PMID:31836710
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研究论文 | 本研究通过高通量测序技术揭示了肾脏血管区域特化的分子决定因素,并探讨了Tbx3转录因子在肾小球发育和功能中的关键作用 | 首次系统性地鉴定了从胚胎期到成年期肾脏非淋巴管内皮细胞的分子特征,发现了肾小球特化的关键转录因子Tbx3,并证实其缺失会导致肾小球发育不良和纤维化 | 研究主要关注内皮细胞,未全面分析其他血管相关细胞类型;Tbx3缺失的表型仅出现在部分肾小球中,具体机制有待进一步阐明 | 解析肾脏血管异质性的分子基础,为肾脏组织工程和疾病机制研究提供依据 | 小鼠肾脏非淋巴管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 高通量bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 从胚胎期到成年期的肾脏内皮细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 774 | 2026-03-15 |
Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium
2019-12-13, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA119.011169
PMID:31694912
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研究论文 | 本文研究了在牛视网膜色素上皮中,通过光照在特定波长下高效生成11-顺式-视黄醛的过程,并揭示了RGR与CRALBP在视觉色素再生中的协同作用 | 首次详细描述了RGR在光照条件下高效生成11-顺式-视黄醛的机制,并证实了CRALBP在防止再异构化中的关键作用 | 研究主要基于牛和人类样本,小鼠模型中RGR在Müller胶质细胞中的表达差异可能限制跨物种普适性推断 | 探究脊椎动物视觉中11-顺式-视黄醛的光照再生机制 | 牛视网膜色素上皮细胞、人类和小鼠视网膜组织 | 视觉科学 | NA | 单细胞RNA测序、异源表达系统、重组蛋白纯化 | NA | 基因表达数据、蛋白质功能数据 | 牛和人类视网膜及RPE组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 775 | 2026-03-15 |
Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition
2019-12-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52004
PMID:31829938
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,分析了足月和早产分娩时人类胎盘中不同区域的细胞类型组成和转录特征 | 首次识别出两种新细胞类型:绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质滋养层细胞,并揭示了分娩过程中基因表达的显著差异 | 样本量相对有限,可能无法完全代表所有人群的胎盘异质性,且研究主要关注转录水平,未深入探讨功能验证 | 探究人类分娩(包括足月和早产)过程中胎盘的分子基础,以理解其细胞组成和转录活动 | 人类胎盘组织,包括绒毛树、基底板和绒毛膜羊膜,来自足月分娩(有或无分娩)和早产分娩的女性 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及足月分娩(有或无分娩)和早产分娩的女性胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 776 | 2026-03-15 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,在单细胞分辨率下表征了吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 首次在单细胞水平揭示了吸烟者支气管上皮中一个先前未知的杯状细胞周围上皮亚群,该亚群表达支气管癌前病变标志物 | 样本量较小(仅12名参与者),且为横断面研究,无法确定因果关系 | 阐明吸烟对特定支气管上皮细胞类型和组织构成的精确影响 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者(6名从不吸烟者,6名当前吸烟者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 777 | 2026-03-15 |
SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments
2019-Nov-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3167-9
PMID:31718533
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCOPIT的交互式网络应用工具,用于计算单细胞测序实验中的样本量需求,基于多项分布评估细胞亚群的采样概率 | 开发了SCOPIT这一交互式网络应用工具,首次将多项分布计算应用于单细胞测序实验的样本量规划,提供快速、直观的前瞻性实验设计或回顾性评估功能 | 工具主要基于理论的多项分布模型,可能未考虑实验中的技术变异或批次效应等实际因素 | 为单细胞DNA和RNA测序实验提供样本量计算和评估方法,确保实验设计能充分采样目标细胞亚群 | 单细胞测序实验中的细胞亚群,包括细胞类型或癌症克隆 | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 多项分布模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 778 | 2026-03-15 |
Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks
2019-11-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47889
PMID:31710287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠新皮层神经元,揭示了密集的神经肽能调节网络的转录组证据 | 首次发现几乎所有皮层神经元都高度表达一种或多种神经肽前体(NPP)和神经肽选择性G蛋白偶联受体(NP-GPCR)基因,提出了37种特异性神经肽能调节网络的具体预测 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;转录组证据需功能实验确认 | 探索皮层突触网络的稳态、调节和可塑性机制 | 22,439个小鼠新皮层神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22,439个神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 779 | 2026-03-15 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
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研究论文 | 本文通过整合多组学纵向数据,重建了调控小鼠和人类肺发育的动态网络模型 | 开发了一个综合交互式模型,结合了mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学数据,并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证,识别了细胞类型特异性活跃通路 | 模型基于预设的14个时间点数据,可能未覆盖所有发育阶段;人类数据来源于已有组学数据集,可能受样本来源和技术差异影响 | 揭示调控出生后肺泡肺发育的动态调控网络 | 小鼠肺泡组织(通过激光捕获显微切割分离)和人类肺发育时间序列组学数据 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割、mRNA测序、microRNA测序、DNA甲基化测序、蛋白质组学、单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学纵向数据 | 14个预设时间点的小鼠肺泡样本及人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 780 | 2026-03-15 |
Single-Cell RNA Sequencing of hESC-Derived 3D Retinal Organoids Reveals Novel Genes Regulating RPC Commitment in Early Human Retinogenesis
2019-10-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.012
PMID:31543471
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官,揭示了早期人类视网膜发生中视网膜祖细胞命运决定的新基因调控机制 | 首次在人类3D视网膜类器官中利用单细胞RNA测序技术解析RPC的时间进程,鉴定出两种具有独特分子特征的RPC亚型,并发现CCND1与ASCL1以细胞周期非依赖方式共表达,促进早期视网膜神经发生 | 研究仅关注早期人类视网膜发生阶段,未涵盖整个视网膜发育过程;基于hESC衍生的类器官模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 解析早期人类视网膜发生过程中视网膜祖细胞的命运决定机制 | 人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及hESC衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |