单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2024-12-12	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	本文首次对神经母细胞瘤骨髓转移微环境进行了单细胞水平的转录组和表观基因组分析，揭示了肿瘤细胞与骨髓微环境之间的相互作用	研究样本量较小，仅涉及11个神经母细胞瘤患者和5个无转移的骨髓样本	探讨神经母细胞瘤骨髓转移过程中单核细胞的作用及其与肿瘤微环境的相互作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本中的单细胞	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组测序，表观基因组分析	NA	转录组数据，表观基因组数据	11个神经母细胞瘤患者和5个无转移的骨髓样本
762	2024-12-12	Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis 2023-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02372-x PMID:37322120	研究论文	研究探讨了原发性硬化性胆管炎（PSC）患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的关联	通过结合流式细胞术、bulk和单细胞转录组学以及T和B细胞受体 repertoire 分析，识别出与PSC患者更高风险和更短时间至发育不良相关的独特适应性炎症转录特征	研究样本量有限，且仅限于特定患者群体，可能无法完全代表所有PSC患者的炎症特征	探讨PSC患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的机制，并提供分子见解以指导结直肠癌的预防	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体的右结肠组织	NA	原发性硬化性胆管炎	流式细胞术、bulk和单细胞转录组学、T和B细胞受体 repertoire 分析	NA	转录组数据	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体
763	2024-12-12	Novel Candidate Regulators and Developmental Trajectory of Pituitary Thyrotropes 2023-04-17, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad076 PMID:37183548	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析幼鼠垂体细胞，识别了调控甲状腺激素分泌细胞发育的新因子	首次通过单细胞RNA测序揭示了垂体甲状腺激素分泌细胞的发育轨迹，并发现了新的调控因子	研究仅限于幼鼠垂体细胞，未涉及其他物种或成年动物	揭示垂体甲状腺激素分泌细胞的发育机制及其调控因子	幼鼠垂体细胞中的甲状腺激素分泌细胞及其亚型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	幼鼠P7垂体细胞
764	2024-12-12	Tick innate immune responses to hematophagy and Ehrlichia infection at single-cell resolution 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1305976 PMID:38274813	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了孤星蜱在未进食、部分进食和感染埃立克体时的血细胞反应	首次在单细胞分辨率下揭示了蜱对埃立克体感染和吸血的先天免疫反应	NA	深入了解血细胞在蜱与蜱传微生物相互作用中的作用，揭示其在媒介传播能力中的功能	孤星蜱的血细胞及其在不同状态下的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未进食、部分进食和感染埃立克体的孤星蜱血细胞样本
765	2024-12-12	Single-cell transcriptomics identifies conserved regulators of neuroglandular lineages 2022-09-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111370 PMID:36130520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了刺胞动物Nematostella vectensis中神经和腺体细胞谱系的共同起源和调控机制	首次揭示了神经元、刺细胞和腺细胞来自一个共同的多能祖细胞，并发现了保守的转录因子SoxC在调控这些谱系中的关键作用	研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis，可能无法完全代表所有生物的神经和腺体细胞谱系	探讨神经元与其他分泌细胞类型的进化起源及其关系	刺胞动物Nematostella vectensis中的神经元、刺细胞和腺细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
766	2024-12-12	A dynamic single cell-based framework for digital twins to prioritize disease genes and drug targets 2022-05-06, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01048-4 PMID:35513850	研究论文	本文提出了一种基于动态单细胞的框架，用于数字孪生模型中优先筛选疾病基因和药物靶点	本文的创新点在于开发了一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，并在细胞组和全基因组范围内优先筛选上游调控基因（URs），以用于生物标志物和药物发现	本文的局限性在于多向网络的缺乏线性层次结构和时间依赖性变化，增加了URs优先筛选的复杂性	本文的研究目的是开发一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，以优先筛选上游调控基因（URs），用于生物标志物和药物发现	本文的研究对象是季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多细胞网络模型（MNMs）	时间序列单细胞RNA测序数据	季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）
767	2024-12-12	scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data 2022-Jan-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04574-5 PMID:35038984	研究论文	scAnnotatR是一个用于单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的R包框架	scAnnotatR使用分层组织的SVM来区分特定细胞类型与其他类型，并能处理包含超过600,000个细胞的数据集	NA	开发一种能够准确分类单细胞RNA测序数据中细胞类型的工具	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SVM	基因表达数据	超过600,000个细胞
768	2024-12-12	Comparative Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Genes Involved in Bivalve Embryonic Shell Formation and Questions Ontogenetic Homology of Molluscan Shell Types 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.883755 PMID:35813198	研究论文	通过单细胞转录组学比较分析，揭示了双壳类胚胎壳形成过程中涉及的新基因，并质疑了软体动物壳类型的个体发育同源性	首次使用单细胞RNA测序技术分析了斑马贻贝胚胎和幼虫壳形成过程中表达的基因，发现胚胎和幼虫壳分泌过程中基因表达的显著差异，并提出了关于软体动物壳形成基因的进化问题	研究仅限于斑马贻贝，且缺乏对其他软体动物胚胎壳形成基因的详细注释	探讨软体动物胚胎和幼虫壳形成过程中涉及的基因及其进化机制	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马贻贝的胚胎和幼虫壳形成组织
769	2024-12-12	Rare variants in the endocytic pathway are associated with Alzheimer's disease, its related phenotypes, and functional consequences 2021-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009772 PMID:34516545	研究论文	本研究探讨了内吞途径中的罕见变异与阿尔茨海默病及其相关表型和功能后果的关联	首次系统研究了内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病的贡献，并通过全基因组测序数据验证了其关联性	研究样本主要来自欧洲血统个体，可能限制了结果的普适性	探讨内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病风险和进展的影响	内吞途径中的罕见变异及其与阿尔茨海默病、神经纤维缠结和年龄相关表型的关联	NA	阿尔茨海默病	全基因组测序 (WGS), 批量RNA测序 (RNA-Seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	超过3000名欧洲血统个体, 600多个脑组织样本, 48个死后脑样本
770	2024-12-12	Maternal respiratory SARS-CoV-2 infection in pregnancy is associated with a robust inflammatory response at the maternal-fetal interface 2021-05-14, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2021.04.016 PMID:33969332	研究论文	研究了孕妇在妊娠晚期感染SARS-CoV-2后，母胎界面发生的炎症反应	首次揭示了妊娠晚期SARS-CoV-2感染在母胎界面引起的免疫激活，即使在没有检测到局部病毒入侵的情况下	研究样本量较小，且仅限于妊娠晚期的孕妇	探讨孕妇感染SARS-CoV-2后母胎界面的病理生理机制及其对胎儿的潜在影响	妊娠晚期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘组织	NA	COVID-19	免疫组织化学、单细胞转录组学	NA	组织、细胞	15例妊娠晚期孕妇的胎盘组织
771	2024-12-12	Modeling neural tube development by differentiation of human embryonic stem cells in a microfluidic WNT gradient 2020-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0525-0 PMID:32451506	研究论文	研究通过微流控WNT梯度培养人胚胎干细胞，模拟人类神经管早期发育	首次使用微流控技术在体外模拟人类神经管的早期发育过程，并成功生成具有渐进尾部化特征的神经组织	研究仅限于体外模型，尚未在体内验证其有效性	探索影响神经管前后轴模式化的因素和过程	人胚胎干细胞及其在微流控WNT梯度下的分化	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
772	2024-12-12	Human Lung Conventional Dendritic Cells Orchestrate Lymphoid Neogenesis during Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2020-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201906-1123OC PMID:32255375	研究论文	本文研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中肺树突状细胞（DCs）在T滤泡辅助细胞（Tfh）诱导中的作用	首次揭示了常规树突状细胞2型（cDC2s）在COPD患者中诱导IL-21CXCL13 Tfh样细胞的能力增强，并提出了EBI2阳性OX-40L表达的cDC2s在三级淋巴组织（TLO）形成中的潜在作用	本文主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术的研究，未涉及体内实验验证	探讨COPD进展中三级淋巴组织（TLOs）形成的免疫细胞激活机制	肺树突状细胞（DCs）和T滤泡辅助细胞（Tfh）	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COPD患者和对照组的肺组织样本
773	2024-12-12	Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0820-1 PMID:32366989	研究论文	本文介绍了一种名为souporcell的方法，用于通过单细胞RNA测序数据中的基因型信息对细胞进行聚类，无需参考基因型	souporcell方法能够在没有参考基因型的情况下，通过检测单细胞RNA测序读取中的变异来对细胞进行聚类，并能检测跨基因型的双胞体和估计环境RNA的量	NA	开发一种新的方法来对单细胞RNA测序数据进行基因型聚类，并检测双胞体和估计环境RNA的量	单细胞RNA测序数据中的基因型信息	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因型数据	NA
774	2024-12-12	Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology 2020-02, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0227-3 PMID:31831877	研究论文	本文探讨了单细胞技术在绘制人类免疫系统图谱中的应用，特别是在肾脏学领域的潜在影响	本文利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术技术，首次系统性地研究了肾脏内免疫细胞的复杂景观及其与循环免疫细胞的关系	本文主要集中在理论探讨和潜在应用，尚未涉及大规模临床试验或实际应用验证	探讨单细胞技术在肾脏学中的应用，以改善肾脏疾病的诊断和个性化治疗	人类免疫系统中的免疫细胞，特别是肾脏内的免疫细胞及其与循环免疫细胞的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	细胞	涉及血液、次级淋巴器官和肾脏通路中的免疫细胞群体
775	2024-12-12	Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation 2019-03, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0330-4 PMID:30718845	研究论文	本文通过结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复，研究了在不同环境条件下超过2000个单个裂殖酵母细胞的转录组，揭示了基因表达异质性在细胞生长和适应过程中的模式	本文创新性地整合了单细胞RNA测序和细胞大小数据，揭示了在细胞生长和分裂过程中调控的基因，包括那些表达不随细胞大小变化的基因，并分析了在适应和急性环境变化响应中的基因表达异质性	NA	研究基因表达异质性在裂殖酵母生长和适应过程中的模式	裂殖酵母细胞在不同环境条件下的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过2000个单个裂殖酵母细胞
776	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing reveals microglia-like cells in cerebrospinal fluid during virologically suppressed HIV 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121718 PMID:30232286	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HIV感染者脑脊液和血液中的细胞，发现了与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术在脑脊液中识别出与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群，揭示了其在HIV感染中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于HIV感染者，未来需要更大规模的研究来验证结果	探讨HIV感染期间中枢神经系统免疫激活与神经元损伤的细胞机制	HIV感染者和非感染者的脑脊液和血液中的细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成人的脑脊液和血液样本
777	2024-12-12	Chromatin and Single-Cell RNA-Seq Profiling Reveal Dynamic Signaling and Metabolic Transitions during Human Spermatogonial Stem Cell Development 2017-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.09.003 PMID:28985528	研究论文	研究分析了人类精原干细胞发育过程中的染色质和单细胞RNA-seq数据，揭示了动态的信号传导和代谢转变	首次通过DNA甲基化和开放染色质（ATAC-seq）以及单细胞RNA-seq技术，全面分析了人类精原干细胞发育过程中的动态染色质和转录景观	研究主要集中在体外实验和数据分析，缺乏体内验证	探讨人类精原干细胞在自我更新和分化之间的平衡机制	人类精原干细胞（hSSCs）及其分化过程中的动态变化	数字病理学	NA	DNA甲基化测序，ATAC-seq，单细胞RNA-seq	NA	基因组数据，转录组数据	涉及SSEA4 hSSCs和分化中的c-KIT精原细胞的多个样本
778	2024-12-12	Single-cell transcriptomics uncovers distinct molecular signatures of stem cells in chronic myeloid leukemia 2017-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4336 PMID:28504724	研究论文	本文开发了一种结合高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析的方法，用于研究慢性髓性白血病中的癌症干细胞	本文创新性地结合了高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析，揭示了慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	当前的单细胞RNA测序方法缺乏检测体细胞突变的灵敏度	揭示慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	慢性髓性白血病患者的癌症干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2000个慢性髓性白血病患者的癌症干细胞样本
779	2024-12-11	Left/right asymmetrically expressed ephrin and Flamingo proteins regulate lateralized axon growth in C. elegans 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.09.014 PMID:39341445	研究论文	研究揭示了在C. elegans神经系统中左右不对称表达的ephrin和Flamingo蛋白如何调控轴突生长的分子机制	首次发现ephrin蛋白EFN-2和Flamingo蛋白FMI-1在AIY神经元谱系中左右不对称表达，并协同调控轴突生长的左右不对称性	研究仅限于C. elegans神经系统，未探讨这些分子不对称性在其他物种中的作用	探讨左右不对称分子在神经系统中的表达及其功能后果	C. elegans神经系统的AIY神经元谱系中的ephrin和Flamingo蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C. elegans的AIY神经元谱系
780	2024-12-11	Identification of cancer-associated fibrolast subtypes and distinctive role of MFAP5 in CT-detected extramural venous invasion in gastric cancer 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102188 PMID:39531783	研究论文	研究报告了MFAP5+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中通过调节乳酸化修饰促进CT检测到的壁外静脉侵犯（EMVI）的形成	首次揭示了MFAP5+ CAFs在胃癌中通过调节乳酸化修饰促进EMVI形成的作用，为胃癌的诊断和治疗提供了新的参考	研究样本量较小，仅涉及13名胃癌患者，可能影响结果的普适性	探讨癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其对壁外静脉侵犯的影响	胃癌患者的病理样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序、免疫组化、慢病毒敲低	NA	基因表达数据、图像	13名胃癌患者的病理样本