单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 41796 篇文献，本页显示第 741 - 760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2026-07-13 |
Immune Cell-Mediated Retinoblastoma Development: Genetic and Molecular Mechanisms
2026, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6303747
PMID:41971766
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序探究免疫细胞介导的视网膜母细胞瘤发生机制 | 首次利用双样本孟德尔随机化分析结合单细胞RNA测序数据，系统揭示了28种免疫细胞与RB1基因的关联，并发现EZH2、UBLCP1和HKDC1基因在免疫细胞参与RB过程中的潜在分子机制 | 基于GWAS汇总统计数据的分析可能受限于数据来源和样本大小，单细胞RNA测序数据的细胞类型覆盖及因果关系推断需进一步验证 | 阐明免疫细胞通过RB1基因影响视网膜母细胞瘤发生的遗传和分子机制 | 视网膜母细胞瘤组织中的免疫细胞及RB1基因相关变异 | 机器学习 | 视网膜母细胞瘤 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 基于已发表的GWAS汇总统计数据，具体样本量未说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 742 | 2026-07-13 |
Integrative multi-omics dissection identifies ACO2, KLF5, and IMP4 as central regulators of the mitochondrial-immune axis in ulcerative colitis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1746810
PMID:41972123
|
研究论文 | 通过整合多组学分析，识别ACO2、KLF5和IMP4为溃疡性结肠炎中线粒体-免疫轴的核心调控因子 | 首次系统鉴定ACO2、KLF5和IMP4作为连接线粒体代谢与免疫调控的关键基因，并从遗传、转录组和单细胞水平进行多重验证 | 未对AGPS在不同UC数据集中的转录差异进行功能验证，且部分发现仅基于公共数据库和动物模型，需进一步在临床样本中验证 | 探索溃疡性结肠炎中代谢-免疫调控的关键基因及其作用机制 | 溃疡性结肠炎患者及DSS诱导的小鼠结肠炎模型 | 机器学习和生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | GWAS、eQTL、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | UC病例对照共计394,626人（GWAS），215例病例和134例对照（转录组），18例病例和12例对照（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 743 | 2026-07-13 |
The construction of CD8+ T cell-associated molecular subtypes in esophageal squamous cell carcinoma reveals tumor heterogeneity, tumor microenvironment, and immunotherapy
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1775837
PMID:41972154
|
研究论文 | 基于CD8+ T细胞分化基因表达谱构建食管鳞状细胞癌分子亚型，揭示肿瘤异质性、肿瘤微环境及免疫治疗反应 | 首次通过单细胞测序分析CD8+ T细胞分化动态，结合非负矩阵分解构建三种新型分子亚型，并利用孟德尔随机化分析发现RHOB基因作为食管鳞癌新生物标志物 | 未提及具体局限性 | 构建CD8+ T细胞相关分子亚型以预测食管鳞癌患者预后和治疗效果 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤样本及CD8+ T细胞 | 机器学习和生物信息学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | GSE53625队列及多个批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Seurat包进行细胞聚类可视化，Harmony包去除批次效应，Monocle2包进行伪时间分析 |
| 744 | 2026-07-13 |
Correction: Mast cell marker gene signature: prognosis and immunotherapy response prediction in lung adenocarcinoma through integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1827500
PMID:41972190
|
更正 | 对一篇关于肥大细胞标记基因特征在肺腺癌预后和免疫治疗反应预测中作用的研究进行更正 | NA | NA | 更正已发表文章的错误 | NA | NA | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 745 | 2026-07-13 |
IL21 is predominantly produced by a CXCL13 associated CD4+ T cell subset and shapes the immune microenvironment in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1865519
PMID:42433376
|
研究论文 | 本研究揭示IL21在结直肠癌中主要由CXCL13相关CD4+ T细胞亚群产生，并塑造免疫微环境 | 首次明确结直肠癌中IL21的主要细胞来源为CXCL13+CD4+ T细胞，并鉴定候选关键转录因子（STAT1、IRF9等），揭示外源IL21诱导的转录重塑特征 | 直接机制验证仍有待开展 | 阐明IL21在结直肠癌中的细胞来源、调控程序及功能意义 | 结直肠癌肿瘤浸润T细胞、结直肠癌组织微阵列、AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色, SCENIC分析, 批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 全转录组测序数据, 免疫荧光图像 | 公开单细胞RNA测序数据集（具体数量未说明）、抗PD-1新辅助治疗单细胞队列（具体数量未说明）、结直肠癌组织微阵列（具体数量未说明）、AOM/DSS诱导小鼠模型（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 746 | 2026-07-13 |
From islet to blood: macrophage remodeling signatures for diagnosis and risk stratification in type 1 diabetes
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1832672
PMID:42433374
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 747 | 2026-07-13 |
Completing spatial transcriptomics data for gene expression prediction benchmarking
2025-12, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2025.103754
PMID:40885036
|
研究论文 | 提出SpaRED数据库和SpaCKLE模型，用于评估和改善基于组织学图像的基因表达预测 | 首次建立系统化的空间转录组公共数据集SpaRED，并开发基于Transformer的基因表达补全模型SpaCKLE，大幅降低预测均方误差 | 未提及具体局限性 | 解决空间转录组数据成本高、基因捕获效率低及模型评估不一致的问题 | 空间转录组公共数据集和基因表达预测模型 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | Transformer | 图像 | 26个公共数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 748 | 2026-07-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell-type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2025-11-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02121-25
PMID:41081505
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析人原代气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞特异性反应 | 首次报道了曲霉和球孢子菌感染人原代气道上皮细胞的单细胞转录组分析，揭示了不同真菌诱导的细胞类型特异性应激和信号通路差异 | 未提供具体局限性信息 | 研究气道上皮细胞对曲霉和球孢子菌感染的早期致病机制及细胞特异性反应 | 人原代气道上皮细胞感染曲霉或球孢子菌后的单细胞转录组 | 单细胞转录组学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 单细胞转录组数据 | 使用人原代气道上皮细胞（具体数量未提及） | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 未明确提及 |
| 749 | 2026-07-13 |
Early developmental neuronal activity inhibits oligodendrocyte differentiation through AMPA receptor activation
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683139
PMID:41279286
|
研究论文 | 本研究探讨早期神经元活动通过AMPA受体激活抑制少突胶质细胞分化 | 首次发现发育早期神经元活动抑制而非促进少突胶质细胞分化，并揭示AMPAR信号是关键调节因子 | 研究仅限于小鼠模型，且主要关注感觉诱发和化学遗传调控的神经元活动 | 探究发育早期神经元活动如何影响少突胶质细胞成熟 | 小鼠嗅球、体感皮层和胼胝体中的少突胶质细胞及神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠组织样本，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 750 | 2026-07-13 |
Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages
2025-10-08, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01770-25
PMID:40862604
|
研究论文 | 介绍EukPhylo v.1.0，一个模块化、用户友好的管道，用于通过系统发育信息进行数据筛选和分析多种真核生物谱系 | EukPhylo v.1.0 提供基于系统发育信息的污染去除、同源基因家族估计和多序列比对及基因树生成的模块化管道，并包含约15000个古代基因家族的Hook数据库，易于替换，提升了系统发育基因组分析的可重复性和灵活性 | 主要依赖单细胞测序数据，对于不可培养微生物谱系，污染问题仍然存在；最终树挑战了某些文献假说（如CRuMs、Obazoa、Diaphoretickes），需要更多数据验证 | 改进微生物真核生物的系统发育基因组分析，特别是不可培养谱系的数据筛选和污染去除 | 1000种多样真核生物、细菌和古菌中的500个保守基因家族 | 机器学习 | NA | 系统发育基因组分析、单细胞测序 | NA | 序列数据 | 1000种物种（包括真核生物、细菌和古菌）的500个保守基因家族 | NA | NA | NA | NA |
| 751 | 2026-07-13 |
ST6GALNAC1-mediated sialylation in uterine endometrial epithelium facilitates the epithelium-embryo attachment
2025-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.07.021
PMID:39111624
|
研究论文 | 探究ST6GALNAC1介导的唾液酸化在子宫子宫内膜上皮中促进胚胎附着的作用 | 首次揭示ST6GALNAC1/sTn-Siglecs轴在胚胎着床中的功能，并鉴定了CD44作为sTn的载体分子 | 未明确说明，但可推测为研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类样本分析有限 | 研究ST6GALNAC1和sTn-Siglecs轴在胚胎着床中的作用 | 人类和鼠类子宫内膜细胞及胚胎细胞 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 免疫组化、免疫沉淀、质谱分析、单细胞RNA测序、蛋白质相互作用分析、RNA干扰 | NA | 图像、文本 | 人类子宫内膜组织样本（具体数目未提供）和鼠类模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 已发表的单细胞RNA测序数据集用于分析人类胚胎中的Siglec-6 |
| 752 | 2026-07-13 |
Single-cell transcriptomic profiling of heart reveals ANGPTL4 linking fibroblasts and angiogenesis in heart failure with preserved ejection fraction
2025-02, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.02.006
PMID:38346487
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示保留射血分数心力衰竭中心脏成纤维细胞与血管生成之间的联系及ANGPTL4的作用 | 首次在单细胞分辨率下系统解析了HFpEF心脏中细胞异质性和血管生成障碍的机制，发现成纤维细胞过度分泌ANGPTL4通过调控血管生成与内皮细胞谱系交叉作用 | 基于小鼠模型，需在人体组织中验证；ANGPTL4作为药物靶点的预测基于计算方法，需进一步功能验证 | 揭示保留射血分数心力衰竭的细胞异质性和潜在病理机制 | HFpEF小鼠模型的心脏组织，重点研究成纤维细胞和内皮细胞谱系 | N/A | 心血管疾病 | 单细胞测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠心脏组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 753 | 2026-07-13 |
The role of fibroblast in chronic rhinosinusitis with nasal polyps: a key player in the inflammatory process
2025-02, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2414774
PMID:39378160
|
综述 | 综述了成纤维细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中通过产生细胞外基质、引发和加剧炎症反应的关键作用，并利用单细胞RNA测序数据探讨了其异质性和功能机制 | 强调了鼻息肉源性成纤维细胞在触发和加剧炎症反应中的关键角色，并通过单细胞RNA测序数据深入探索了成纤维细胞的异质性和功能机制，指出其作为治疗靶点的潜力 | 尽管单细胞RNA测序为靶向和清除病理成纤维细胞亚群提供了方向，但成纤维细胞靶向疗法在临床开发中仍面临挑战 | 总结鼻息肉源性成纤维细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉组织重塑和炎症反应中的关键作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 鼻息肉源性成纤维细胞（NPDFs） | 自然语言处理 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 754 | 2026-07-13 |
ASIC1/RIP1 accelerates atherosclerosis via disrupting lipophagy
2024-09, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.11.004
PMID:37931656
|
研究论文 | 本研究揭示了ASIC1通过与RIP1相互作用抑制脂质自噬从而加速动脉粥样硬化的机制 | 首次阐明ASIC1通过RIP1/TFEB信号通路调控脂质自噬在动脉粥样硬化中的作用 | 未提及具体局限性 | 探究ASIC1在动脉粥样硬化中的作用及其潜在机制 | 人类和小鼠主动脉病变组织、RAW264.7和HTP-1巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类主动脉病变样本和ApoE-/-小鼠模型，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 755 | 2026-07-12 |
Construction of ammonia death-related lncRNA prognostic signature model and immunomodulatory effect in glioblastoma multiforme
2026-Jul-01, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2026.150266
PMID:41861940
|
研究论文 | 构建与氨死亡相关的长链非编码RNA预后特征模型并探讨其在胶质母细胞瘤中的免疫调节作用 | 首次探索氨诱导细胞死亡这一区别于凋亡和铁死亡的新机制相关的lncRNA在GBM中的预后价值，并揭示其与代谢-免疫微环境的关联 | NA | 识别与氨死亡相关的lncRNA生物标志物并阐明GBM的代谢-免疫景观 | 胶质母细胞瘤细胞系（U-251、U-87 MG）和正常人星形胶质细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | LASSO-Cox回归 | 基因表达数据 | TCGA和CGGA数据库中的多队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 756 | 2026-07-12 |
Sphingomonas paucimobilis-Driven Epithelial-Endothelial Transition in Adenomyosis Pathogenesis
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516652
PMID:41861114
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现鞘氨醇单胞菌驱动腺肌症中的上皮-内皮转化机制 | 首次揭示微生物（鞘氨醇单胞菌）通过TNFα→NF-κB→MMP信号级联诱导上皮-内皮转化，为腺肌症发病机制提供新视角 | 未提及的局限性，如样本量、机制验证的广度或临床转化挑战 | 探索腺肌症的发病机制，特别是微生物驱动的细胞转化 | 腺肌症组织、小鼠模型、细胞培养中的上皮-内皮转化细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序、CSI-Microbes流程、2bRAD-M验证、蛋白质印迹、免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、微生物组数据 | 人体组织样本（数量未指定）、小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 757 | 2026-07-12 |
Chemoradiation Reprograms Tumor Cells and the Immune Microenvironment in Cervical Cancer
2026-Apr-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3776
PMID:41860764
|
研究论文 | 对宫颈癌患者在放化疗过程中的肿瘤细胞和肿瘤微环境进行了多队列纵向研究，整合RNA测序和单细胞转录组学，揭示了治疗诱导的细胞和分子变化 | 首次通过多队列纵向研究结合RNA测序和单细胞转录组学，系统描绘了放化疗如何重塑宫颈癌肿瘤细胞和免疫微环境，并鉴定出MDM2作为关键治疗靶点 | 研究中提到MDM2抑制的效果仅在HPV阳性、TP53野生型的宫颈癌细胞和临床前模型中验证，可能需要更多临床数据支持 | 探究放化疗对宫颈癌肿瘤细胞和免疫微环境的重新编程机制，寻找治疗抵抗的靶点 | 接受放化疗的宫颈癌患者肿瘤样本及其微环境 | 机器学习 | 宫颈癌 | RNA-seq, 单细胞转录组测序 | NA | RNA测序数据, 单细胞转录组数据 | 多队列纵向研究，具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 758 | 2026-07-12 |
Spatiotemporal profiling of Fat family genes highlights Fat2 as a novel marker of outer enamel epithelium and stratum intermedium
2026-Apr, Journal of oral biosciences
IF:2.6Q1
DOI:10.1016/j.job.2026.100766
PMID:41862271
|
研究论文 | 本研究揭示了Fat基因家族在小鼠牙齿发育过程中的时空表达模式，并发现Fat2可作为外釉上皮和中间层的新的标志物 | 首次系统描绘Fat1-Fat4在小鼠牙齿发育中的时空表达谱，并鉴定Fat2为外釉上皮和中间层的特异性标志物，通过功能实验证实其在牙上皮干细胞分化和细胞身份维持中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚需在人类牙齿发育中验证；Fat2调控下游基因的具体分子机制未完全阐明 | 探究Fat基因家族（Fat1-Fat4）在小鼠牙齿发育过程中的时空表达模式及其功能 | C57BL/6J小鼠胚胎及新生小鼠的牙齿组织；M3H1牙上皮干细胞系 | 数字病理学 | 牙齿发育异常 | 定量聚合酶链反应, 原位杂交, 小干扰RNA敲低, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 从胚胎第12.5天到出生的小鼠牙齿样本；M3H1细胞系样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 使用了公共单细胞RNA-seq数据集 |
| 759 | 2026-07-12 |
Quantifying the fidelity of in vitro human cell culture systems using a biomedical foundation model
2026-Mar-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2520482123
PMID:41860964
|
研究论文 | 利用生物医学基础模型量化体外人肠上皮细胞培养系统的保真度 | 首次提出利用基于单细胞RNA测序数据训练的生物医学基础模型（BMFM-RNA）定量评估体外培养细胞与体内细胞的一致度，为体外细胞培养系统提供标准化基准方法 | 未提及 | 开发一种定量基准测试方法，用于评估体外人类细胞培养系统的保真度 | 人肠上皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生物医学基础模型（BMFM-RNA） | 单细胞RNA测序数据 | 来自患者活检样本及体外培养的人肠上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 760 | 2026-07-12 |
Ultra-precision deconvolution of spatial transcriptomics decodes immune heterogeneity and fate-defining programs in tissues
2026-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70645-3
PMID:41862467
|
研究论文 | 提出超精度空间转录组解卷积算法UCASpatial，揭示组织中的免疫异质性与命运决定程序 | 利用基于熵的权重实现超精度空间转录组解卷积，精准识别低丰度细胞亚群并区分转录异质性群体，发现20q染色体扩增、HERV-H沉默及IL11信号在免疫排斥和纤维化中的新机制 | 未在论文标题和摘要中明确提及局限性 | 开发高精度空间转录组解卷积算法以解析复杂组织中免疫细胞的空间组织和功能特化 | 人类结直肠癌样本和小鼠伤口愈合模型（C57BL/6） | 空间转录组学、机器学习 | 结直肠癌、伤口愈合相关疾病 | 空间转录组学（空间转录组数据解卷积） | 基于熵加权的解卷积算法（UCASpatial） | 空间转录组数据 | 人类结直肠癌样本和C57BL/6小鼠伤口愈合模型样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |