单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-05-14	Overexpression of MMP14 is associated with poor prognosis and immune cell infiltration in colon cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1564375 PMID:40352589	研究论文	本研究探讨了MMP14在结肠癌中的过度表达与不良预后及免疫细胞浸润的关系	首次将MMP14的过度表达与结肠癌的免疫细胞浸润及不良预后联系起来，并构建了一个基于MMP14共表达基因的风险预测模型	样本量较小，需要更多的体外和体内实验来验证研究结果	研究MMP14在结肠癌中的调控作用及其对预后的影响	结肠癌患者和COLO205细胞	肿瘤学	结肠癌	转录组测序、单细胞转录组分析、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光、HE染色	Cox回归模型	mRNA表达谱、临床数据、单细胞转录组数据	4对结肠癌患者的肿瘤和癌旁组织样本
722	2025-05-14	RGS14 binds to GNAI3 and regulates the proliferation and apoptosis of human spermatogonial stem cells by affecting PLPP2 expression and MAPK signaling 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1593595 PMID:40352663	研究论文	本研究探讨了RGS14通过结合GNAI3调控人类精原干细胞增殖和凋亡的分子机制，及其在非梗阻性无精子症中的作用	揭示了RGS14-GNAI3-PLPP2调控轴在精原干细胞稳态中的关键作用，为男性不育治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步体内验证	探究非梗阻性无精子症中精原干细胞功能异常的分子机制	人类精原干细胞	生殖医学	男性不育/非梗阻性无精子症	单细胞RNA测序，免疫荧光，RNA测序分析，蛋白质相互作用分析，共免疫沉淀	NA	基因表达数据，蛋白质相互作用数据	非梗阻性无精子症患者与正常睾丸组织的精原干细胞样本
723	2025-05-14	The miR-941/FOXN4/TGF-β feedback loop induces N2 polarization of neutrophils and enhances tumor progression of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561081 PMID:40352924	研究论文	该研究揭示了miR-941/FOXN4/TGF-β反馈环路在肺腺癌（LUAD）中诱导中性粒细胞N2极化并促进肿瘤进展的关键作用	首次发现miR-941通过FOXN4/TGF-β反馈信号环路参与N2-TAN极化并驱动LUAD进展	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究肿瘤相关中性粒细胞（TANs）中miRNA调控网络在肺腺癌进展中的作用机制	肺腺癌患者的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及A549、H1299细胞系	肿瘤微环境	肺腺癌	单细胞RNA测序、qPCR、荧光素酶报告实验、WB、ELISA	异种移植小鼠模型	基因表达数据	未明确说明患者样本量（使用公共单细胞RNA测序数据）及细胞/动物实验样本量
724	2025-05-14	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移	发现了衰老通过下调S1pr1受体驱动γδ17T细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能的机制	研究仅针对雄性小鼠模型，未涵盖雌性个体	探究衰老免疫系统促进肿瘤转移的分子机制	雄性小鼠的肺免疫微环境	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量（基于年轻与老年雄性小鼠对比）
725	2025-05-14	Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory 2024-12, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012 PMID:39181419	research paper	研究Pax3/7基因在Oikopleura dioica中对其房屋制造区域Fol的功能支持，提出其可能具有神经上皮样起源	首次通过CRISPR-Cas9突变株和scRNA-seq数据分析，揭示了pax37B而非pax37A在Fol区域细胞分化中的关键作用，并提出了Fol区域高度特化的分泌上皮细胞可能维持或进化出神经上皮特征的新观点	研究仅限于Oikopleura dioica这一特定物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探究Pax3/7基因在Oikopleura dioica房屋制造上皮（OE）发育中的作用	Oikopleura dioica的pax37A和pax37B基因及其在OE发育中的功能	发育生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和CRISPR-Cas9突变株的Oikopleura dioica样本
726	2025-05-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力	结合空间转录组学和单核RNA测序数据，创新性地提高了空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析的效力	研究依赖于推断的空间位置信息，可能存在一定的不准确性	增强对阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析	阿尔茨海默病相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	深度学习工具CelEry、线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织样本，约150万个细胞
727	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中绘制eQTL图谱，并揭示了基因变异对基因表达和下游性状的精细影响	研究仅限于酵母，可能无法直接推广到其他生物系统	探究基因变异如何通过影响基因表达进而影响生物性状	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
728	2025-05-14	Early transcriptional similarities between two distinct neural lineages during ascidian embryogenesis 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.005 PMID:38878991	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了两种不同神经谱系在胚胎发育过程中的早期转录相似性	首次在基因组水平上揭示了两种不同发育来源的神经祖细胞的转录动态	转录因子结合位点富集分析显示两种神经谱系间共享的转录调控证据有限	探究不同神经谱系在逐步谱系限制过程中转录状态的相似程度	海鞘胚胎中两种不同神经谱系的前体细胞及其姐妹细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA分析、层次聚类	单细胞转录组数据	覆盖从16细胞期到神经板期五个连续细胞周期的高时间分辨率样本
729	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004 PMID:38876166	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胎儿心脏发育过程中的基因表达谱和细胞间通讯	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘了人类胎儿心脏在不同妊娠周数（GW8、GW10、GW11、GW17）的基因表达景观，并识别了11种主要细胞类型及其差异表达基因和信号通路	研究仅覆盖了妊娠8至17周的心脏发育阶段，未涵盖更早期或更晚期的发育过程	解析人类胎儿心脏发育过程中的细胞分化和基因调控机制	人类胎儿心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个时间点（GW8、GW10、GW11、GW17）的人类胎儿心脏样本
730	2025-05-14	Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis 2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.590827 PMID:38712255	研究论文	本文提出了一种名为ONTraC的策略，用于通过基于图神经网络的建模框架构建微环境轨迹，以分析组织微环境中的空间连续变化	ONTraC是一种新的计算方法，优于现有方法在重建空间轨迹方面的表现，并能检测组织微环境依赖的基因调控网络和细胞间相互作用活动的变化	NA	开发一种计算方法来系统表征组织微环境的结构和功能组织	组织微环境的空间连续变化	计算生物学	NA	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	公共空间转录组数据集
731	2025-05-14	Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Apr-04, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24243 PMID:38572681	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性	利用单细胞转录组测序技术深入探索食管鳞状细胞癌肿瘤微环境的分子机制，并成功构建预后风险模型和筛选关键基因UPF3A	样本量相对较小，仅包含60个肿瘤样本和4个癌旁样本	研究食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性及其分子机制	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	LASSO分析	基因表达数据	60个肿瘤样本和4个癌旁样本
732	2025-05-14	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术深入研究了哺乳动物心脏发育的复杂过程	揭示了心脏发育过程中的时空转录组景观，发现了新的心脏祖细胞群和腔室特异性发育特征	NA	探索心脏发育的基本机制及其相关复杂疾病	人类和小鼠心脏发育过程中的细胞群	基因组学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
733	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能失调特征	首次利用scRNA-seq技术对T2DM患者PBMCs进行转录组分析，揭示了免疫细胞的异常功能和潜在分子机制	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索T2DM患者外周血免疫细胞的功能异常及其分子机制	2型糖尿病患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	digital pathology	diabetes mellitus	scRNA-seq, Ficoll密度梯度离心法	NA	RNA-seq数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
734	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing highlights the influence of innate and adaptive immune response mechanisms in psoriatic arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1490051 PMID:40084238	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了银屑病关节炎（PsA）患者与健康对照之间以及不同PsA临床表型之间的基因表达差异	首次在单细胞水平上比较了伴有和不伴有皮肤银屑病的PsA患者的免疫细胞基因表达谱，揭示了先天和适应性免疫反应机制的差异	未发现PsA-only和PsA/PsC患者之间的差异表达基因，样本量相对有限（70例患者和10例对照）	探索PsA患者不同临床表型与免疫发病机制之间的关联	银屑病关节炎患者（70例）和健康对照（10例）的外周血单个核细胞	单细胞组学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNAseq），BD Rhapsody™单细胞分析系统	差异表达分析（DE），基因集富集分析（GSEA）	单细胞转录组数据	80例（70例PsA患者和10例健康对照）
735	2025-05-14	Protocol for profiling in vitro intratumor heterogeneity using spatially annotated single-cell sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102447 PMID:37453069	研究论文	本文提出了一种用于空间注释单细胞测序的协议，旨在通过深度单细胞RNA测序和单细胞分辨率来剖析肿瘤内异质性	结合活细胞成像和光图案化照明技术，实现对体外肿瘤模型中感兴趣区域的细胞进行标记和单细胞RNA测序	该协议目前主要应用于体外肿瘤模型，尚未在临床组织样本中广泛验证	开发一种空间注释单细胞测序技术，用于研究肿瘤内异质性	体外肿瘤模型中的细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNAseq), 活细胞成像, 光图案化照明	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	适用于多种细胞系，未来可扩展至组织切片
736	2025-05-14	Computational workflow for investigating highly variable genes in single-cell RNA-seq across multiple time points and cell types 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102387 PMID:37379219	研究论文	提出一种计算工作流程，用于研究单细胞RNA测序数据中跨多个时间点和细胞类型的高度可变基因	开发了一种新的计算框架，用于分析跨多个时间点和细胞类型的单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	未提及具体的技术限制或数据局限性	研究单细胞RNA测序数据中高度可变基因的动态表达水平	登革热病毒和COVID-19数据集中的免疫细胞类型	生物信息学	登革热和COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据集中的多个免疫细胞类型
737	2025-05-14	Isolation and profiling of viable tumor cells from human ex vivo glioblastoma cultures through single-cell transcriptomics 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102383 PMID:37393609	研究论文	提出了一种从人源体外胶质母细胞瘤培养物中分离和剖析活肿瘤细胞的单细胞转录组学方案	开发了一种全面的方法，包括手术组织收集、培养、荧光细胞分选和群体富集的单细胞RNA测序，用于单细胞水平的脑肿瘤生物学研究	未提及具体样本量或实验验证的局限性	深入理解脑肿瘤生物学在单细胞水平上的特征	人源体外胶质母细胞瘤培养物中的活肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光细胞分选	NA	转录组数据	NA
738	2025-05-14	Optimized single-cell RNA sequencing protocol to study early genome activation in mammalian preimplantation development 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102357 PMID:37314922	研究论文	本文介绍了一种改进的单细胞RNA测序协议，用于研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	改进了单细胞标记逆转录协议，优化了逆转录和cDNA扩增的酶、裂解缓冲液以及cDNA扩增前的额外清理步骤	未提及具体的技术局限性	研究哺乳动物植入前发育中的早期基因组激活	哺乳动物植入前发育中的单细胞或数十至数百个细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	手选单细胞或数十至数百个细胞
739	2025-05-14	Optimized protocol for mouse footpad immune cell isolation for single-cell RNA sequencing and flow cytometry 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102409 PMID:37402171	research paper	本文提出了一种用于小鼠足垫免疫细胞分离的优化方案，以支持单细胞RNA测序和流式细胞术	提供了一种维持高细胞存活率的小鼠足垫白细胞分离方案，并详细描述了从组织解离到数据分析的全过程	NA	开发一种优化的细胞分离方案，以支持单细胞水平上的分子图谱构建	小鼠足垫白细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
740	2025-05-14	Protocol to dissociate and isolate wide-diversity single cells by density gradient centrifugation from human hepatoblastoma tissue 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102449 PMID:37459235	研究论文	本文提出了一种从人肝母细胞瘤组织中分离高活性肝细胞和免疫细胞的实验方案	开发了一种通过Percoll密度梯度离心法从人肝母细胞瘤组织中分离单细胞的标准化流程	未明确说明该方案对不同亚型肝母细胞瘤样本的适用性差异	建立人肝母细胞瘤单细胞悬液制备标准流程	人肝母细胞瘤组织中的肝细胞和免疫细胞	单细胞测序	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序(scRNA-seq), Percoll密度梯度离心	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（人肝母细胞瘤组织）