单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2024-12-12	Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08133-1 PMID:39478225	研究论文	本文使用基于碱基编辑的DNA条形码系统，在肠道肿瘤发生的小鼠模型中全面绘制了单细胞谱系图谱，揭示了结直肠癌前病变的克隆演化过程	首次通过高分辨率单细胞谱系分析，揭示了结直肠息肉的克隆起源和多克隆到单克隆的转变过程，并发现了早期多克隆病变中的细胞间相互作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的批量测序数据，可能无法完全反映人类结直肠癌前病变的复杂性	揭示结直肠癌前病变的起源和演化过程，为早期干预提供理论基础	小鼠肠道肿瘤模型和人类散发性结直肠息肉	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、全基因组测序	NA	单细胞数据	260,922个单细胞，来自正常、炎症和肿瘤性肠道组织
722	2024-12-12	Tau Accumulation Induces Microglial State Alterations in Alzheimer's Disease Model Mice 2024-Dec, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0260-24.2024 PMID:39592224	研究论文	本研究通过向人源化tau的敲入小鼠脑内注射来自人类大脑的tau蛋白，生成了一种新的阿尔茨海默病模型小鼠，并探讨了tau积累对小胶质细胞状态的影响	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序数据，展示了tau传播和积累在阿尔茨海默病模型小鼠脑中诱导疾病相关小胶质细胞表型的现象	需要进一步使用单细胞分辨率的空间转录组学来更准确地解释tau病理对小胶质细胞的影响	探讨tau病理与小胶质细胞状态之间的关系	阿尔茨海默病模型小鼠的小胶质细胞状态	NA	阿尔茨海默病	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	人源化tau的敲入小鼠
723	2024-12-12	Research trends and hotspots of the applications of single-cell RNA sequencing in cardiovascular diseases: a bibliometric and visualized study 2024-Dec, Annals of medicine and surgery (2012) DOI:10.1097/MS9.0000000000002681 PMID:39649887	研究论文	本研究通过文献计量学和可视化分析，探讨了单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用趋势和热点	首次系统地对单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用进行了文献计量学和可视化分析	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库中的文献，可能存在一定的偏倚	探讨单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用现状和发展趋势	单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用文献	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	文本	1170篇文献
724	2024-12-12	Gene regulatory networks in abiotic stress responses via single-cell sequencing and spatial technologies: Advances and opportunities 2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102662 PMID:39541907	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间技术在解析非生物胁迫响应基因调控网络中的进展、挑战和机遇	利用单细胞RNA测序和空间转录组技术，结合染色质可及性分析，揭示了植物细胞在非生物胁迫下的转录组景观和细胞间相互作用	需要进一步整合多组学数据以发现细胞类型特异性的基因调控网络	增强作物植物对气候变化的适应能力	非生物胁迫响应的基因调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、染色质可及性分析	NA	基因表达数据	NA
725	2024-12-12	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	本文通过多组学分析和机器学习模型预测了在有配子和胚胎存在的情况下输卵管的反应	本文首次利用多组学数据（RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学）结合基于transformer的机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据，预测了影响蛋白质表达的转录因子	本文主要基于小鼠模型进行研究，研究结果在人类输卵管中的适用性需要进一步验证	研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	小鼠输卵管组织	机器学习	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	基因表达数据, 蛋白质数据	小鼠输卵管组织样本
726	2024-12-12	Comprehensive single-cell aging atlas of healthy mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2024-11-25, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00751-8 PMID:39587369	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析了小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组变化，揭示了与衰老和癌症相关的共享分子特征	首次在单细胞水平上全面分析了衰老对乳腺组织转录组和表观基因组的影响，并发现了与人类乳腺癌相关的转录特征	研究仅限于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨衰老如何重塑乳腺组织的转录组和表观基因组程序，并揭示其与癌症的潜在联系	小鼠乳腺组织的单细胞转录组和表观基因组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞数据，空间转录组数据	小鼠乳腺组织样本，人类乳腺癌样本
727	2024-12-12	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本文研究了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在调节伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）炎症通路中的作用	本文首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的BMDMs中的调控作用，并发现DUSP1在早期阶段上调，且通过抑制NLRP3介导的促炎信号和促进干扰素刺激基因的表达来调节炎症反应	本文主要集中在小鼠模型上，未来研究需要在其他物种或人体样本中验证这些发现	探讨DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞炎症反应中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和伯氏疏螺旋体脂蛋白	NA	莱姆病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质组学分析	NA	RNA、蛋白质	多种浓度伯氏疏螺旋体脂蛋白处理的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）
728	2024-12-12	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于单细胞RNA测序数据的去噪和库大小预测	ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕捉测量丢失问题，并创新性地引入了一个尺度不变的损失项，使模型权重稀疏，从而更具生物学解释性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度人工神经网络	RNA测序数据	三个数据集
729	2024-12-12	Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.21.624653 PMID:39605709	研究论文	本文提出了一种基于谱图理论的方法，通过投影到与形态学相关的曲线来识别空间变异基因	引入了一种新的坐标系统，更好地反映了组织形态，并开发了一种广义加性模型（GAM）来检测基因在新的坐标系统中的变异表达	NA	改进空间转录组数据分析方法，以更有效地识别空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	广义加性模型（GAM）	基因表达数据	多个平台（如Slide-seq和MERFISH）的实验数据
730	2024-12-12	Understanding the heterogeneity of natural killer cells at the maternal-fetal interface: implications for pregnancy health and disease 2024-Nov-14, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae040 PMID:39570646	综述	本文综述了母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其对妊娠健康和疾病的影响	本文整合了单细胞RNA测序等新技术对NK细胞亚群的分类方法，并总结了不同NK细胞亚群的分化途径及其在妊娠相关疾病中的变化	NA	探讨母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其在妊娠健康和疾病中的作用	母胎界面的自然杀伤细胞及其亚群	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
731	2024-12-12	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	本文提出了一种名为scTSNN的方法，用于单细胞RNA测序数据的自动检测锚点细胞和聚类	scTSNN通过张量亲和学习模块挖掘细胞间的局部-全局平衡拓扑结构，并设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞，从而实现非锚点细胞的聚类	NA	解决单细胞RNA测序数据在无监督场景下发现真实细胞类型的挑战	单细胞RNA测序数据中的锚点细胞检测和聚类	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	合成数据集和单细胞RNA测序数据集
732	2024-12-12	From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling 2024-Nov, Progress in lipid research IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302 PMID:39396711	综述	本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制	提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用	NA	探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略	输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
733	2024-12-12	scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy 2024-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638 PMID:39585902	研究论文	提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间	通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性	NA	研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	最小生成树算法	基因表达数据	八个不同的真实单细胞RNA测序数据集
734	2024-12-12	Mapping epidermal and dermal cellular senescence in human skin aging 2024-Oct-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14358 PMID:39370688	研究论文	研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了皮肤细胞衰老图谱，并提出了SenSkin™基因集，揭示了光老化和自然老化中细胞衰老的差异	研究主要集中在皮肤细胞的衰老机制，未深入探讨其他组织或器官的细胞衰老情况	探讨人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制及其对皮肤功能的影响	表皮和真皮中的衰老细胞，特别是黑色素细胞和网状真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
735	2024-12-12	The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule 2024-Sep-26, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006 PMID:39332674	综述	本文综述了单细胞RNA测序在近端小管亚型研究中的进展，并介绍了肾脏精准医学项目中单细胞RNA测序图谱定义的主要细胞状态	本文通过比较肾脏精准医学项目与其他重要研究，探讨了不同命名法或不同分辨率下近端小管细胞状态亚型的重叠	NA	帮助读者理解这一高度动态和不断发展的领域中重要的细胞损伤和再生过程的关键转录组标记	近端小管细胞在健康和疾病中的亚型及其在损伤和再生过程中的转录组特征	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
736	2024-12-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	研究评估了mRNA疫苗接种后3个月和6个月，人类血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的转录表型	首次通过单细胞转录组学分析了mRNA疫苗接种后不同时间点血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的异质性表型	研究仅限于BNT162b2 mRNA疫苗接种者和SARS-CoV-2感染者，结果可能不适用于其他疫苗或病毒感染	探讨mRNA疫苗接种或SARS-CoV-2感染后，人类血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的转录表型	SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学	深度学习	转录组	1,277个刺突蛋白特异性CD4 T细胞，包括238个使用Trex方法定义的细胞
737	2024-12-12	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	本文研究了早期生命暴露于BDE-99对雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响，揭示了其促进炎症代谢特征的机制	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对雄性小鼠在成年后期肠道-肝脏轴的基因表达和细胞间通讯的重新编程，并探讨了肠道微生物群在这一过程中的必要性	研究仅限于雄性C57BL/6小鼠，未探讨雌性或其他品系小鼠的影响	探讨新生儿期BDE-99暴露对成年后期雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雄性C57BL/6小鼠，从出生后第2-4天开始每天口服暴露于玉米油或BDE-99，持续至15个月龄
738	2024-12-12	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	研究探讨了牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，通过单细胞RNA测序和空间解析技术揭示了牙龈相关角质形成细胞的变化及其与免疫细胞的相互作用	首次整合了单细胞RNA测序和单细胞微生物组学数据，揭示了牙周炎中角质形成细胞的特异性变化及其与微生物和免疫细胞的相互作用	研究结果需要进一步验证以支持精准牙周干预措施	探讨牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，揭示角质形成细胞在健康和疾病状态下的变化	牙周炎中的牙龈相关角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物和免疫细胞的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞微生物组学、荧光原位杂交、高多重免疫荧光	NA	单细胞RNA数据、微生物组数据、图像	34个样本，105918个细胞
739	2024-12-12	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换，通过使用单细胞RNA测序数据和随机微分方程系统来生成合成细胞	OneSC平台通过优先生成布尔网络来模拟细胞状态转换和稳定细胞状态，与当前的网络推断方法不同	NA	开发一个能够模拟细胞状态转换的计算平台，以加速和降低湿实验室中扰动实验的成本	细胞状态转换和细胞命运决定	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	随机微分方程	基因表达数据	使用了一个小鼠髓系祖细胞的单细胞RNA测序数据集
740	2024-12-12	Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07563-1 PMID:38898271	研究论文	本文提出了一种多尺度拓扑方法，用于在亚细胞水平上自动分类细胞类型，结合转录组信息和空间上下文，展示了在人类肾脏组织和鼠类免疫细胞中的应用	首次提出了一种直接利用亚细胞分辨率转录组数据进行细胞类型识别的多尺度方法，并通过多参数持久同调的拓扑管道整合预测结果，识别细胞空间关系	目前仅在人类肾脏组织和鼠类免疫细胞中进行了验证，尚未在更多样化的样本中进行测试	开发一种能够在亚细胞水平上自动分类细胞类型的方法，并识别细胞空间关系	人类肾脏组织和鼠类免疫细胞	空间转录组学	狼疮性肾炎	多参数持久同调	NA	转录组数据	人类肾脏组织和鼠类免疫细胞