单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-12-12	Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401392R PMID:39652089	研究论文	本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响，发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖	首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，缺乏人体临床数据	探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制	角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为	NA	NA	RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 细胞行为数据	人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞
702	2024-12-12	mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective 2024-Dec-11, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00431-24 PMID:39660837	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用及其对研究细菌单细胞在生态系统水平过程贡献的影响	NA	NA	探讨单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用	细菌单细胞在生态系统水平过程中的贡献	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
703	2024-12-12	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了突变型GNAS在胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）中的代谢重编程作用，揭示了其在IPMN发病机制中的基因特征和代谢依赖性	本文首次揭示了突变型GNAS R201C表达导致的G(s)alpha信号传导在胰腺肿瘤细胞中诱导胃型化生基因特征和糖酵解依赖性的机制	本文主要基于小鼠模型和细胞系进行研究，尚未在人类IPMN样本中验证这些发现	揭示突变型GNAS R201C表达对IPMN表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）及其相关细胞系	数字病理学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	包括小鼠模型和肿瘤衍生细胞系在内的多种样本
704	2024-12-12	Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902 PMID:39349007	研究论文	本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌（HCC）中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用	首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达，从而增强CD8+ T细胞浸润，抑制HCC进展	NA	探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因，并提出重塑HCC微环境的新治疗策略	肝细胞癌（HCC）中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	使用HCC小鼠模型进行实验
705	2024-12-12	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2024-Dec-10, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤（AAA）中最有效的炎症标志物CXCR4，并开发了靶向CXCR4的磁性纳米颗粒探针，用于多模态成像以实现AAA的早期检测和预后评估	首次开发了靶向CXCR4的磁性纳米颗粒探针，结合磁粒子成像（MPI）和荧光成像（FLI），提供了一种新的AAA预后预测和早期检测方法	研究主要在鼠模型中进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	开发一种新的成像技术，用于腹主动脉瘤的早期检测和预后评估	腹主动脉瘤（AAA）及其相关的免疫细胞和炎症血管细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	图像	使用了GSE155468和GSE166676数据集中的单细胞RNA测序数据，并在鼠模型中进行了验证
706	2024-12-12	RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases 2024-Dec-10, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024 PMID:39658200	研究论文	本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序，研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性	本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术，揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性，并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法	本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病，且样本量有限	研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点	人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体	数字病理学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本，共分析了超过165,000个细胞
707	2024-12-12	Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535 PMID:39658263	研究论文	本文研究了结直肠癌（CRC）中脂质失调与炎症无法消退之间的关系	首次整合脂质组学、单细胞和空间转录组学数据，揭示了CRC中脂质类转换缺陷导致的持续炎症状态	研究样本量有限，且未进行临床治疗验证	探讨结直肠癌中脂质失调是否由炎症无法消退引起	结直肠癌和正常组织的脂质组学和转录组学特征	数字病理学	结直肠癌	液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）、定量逆转录PCR、空间转录组学	NA	基因表达数据	40个结直肠癌和正常配对样本，81个结直肠癌和正常配对样本
708	2024-12-12	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2024-Dec-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三级淋巴结构（TLSs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的异质性及其对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的影响	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIF）染色和放射组学技术评估了TLSs和肿瘤微环境（TME）在TNBC患者新辅助治疗前后的变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像学生物标志物评分系统	NA	探讨三级淋巴结构在三阴性乳腺癌中的作用及其对新辅助治疗反应的预测价值	三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境和三级淋巴结构	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIF）染色、放射组学技术	NA	图像、基因表达数据	TNBC患者样本
709	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling 2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241305914 PMID:39648853	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卒中和创伤性脑损伤中的应用，讨论了当前的成就、挑战以及未来的发展方向	本文介绍了scRNA-seq技术的最新进展，包括空间转录组学的应用，以及如何结合蛋白质组学、代谢组学或染色质可及性数据进行未来研究	本文未详细讨论scRNA-seq技术在实际应用中的具体限制，如组织解离过程中引起的细胞应激反应	探讨scRNA-seq技术在卒中和创伤性脑损伤中的应用及其未来发展	卒中和急性创伤性脑损伤的单细胞RNA测序	数字病理学	脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
710	2024-12-12	SuperSpot: Coarse Graining Spatial Transcriptomics Data into Metaspots 2024-Dec-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组数据中的相邻且转录组相似的spot聚合成metaspots	提出了将相邻且转录组相似的spot聚合成metaspots的方法，以减少数据规模和稀疏性，并促进对大规模空间转录组数据的分析	NA	改进空间转录组数据的分析方法，以更好地表征复杂生物组织的表型和解析细胞微环境	空间转录组数据中的spot	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
711	2024-12-12	Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae025 PMID:38874174	综述	本文综述了单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的进展	单细胞测序技术提供了比传统批量测序更精细的细胞和分子特征信息，有助于揭示铁死亡相关的机制和途径	NA	探讨单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的应用	铁死亡相关的途径、免疫检查点、生物标志物以及与铁死亡相关的肿瘤细胞簇	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
712	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
713	2024-12-12	Gene regulatory network inference based on novel ensemble method 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae036 PMID:39324652	研究论文	本研究提出了一种基于13种基本分类方法和灵活神经树（FNT）的集成方法，以提高基因调控网络（GRN）的识别准确性	开发了一种基于基因编程变体和粒子群优化的混合进化算法来搜索最优的FNT模型，并证明了所提出的集成方法在多个数据集上优于多种现有算法	NA	提高基因调控网络的识别准确性	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	灵活神经树（FNT）	基因数据	三个模拟数据集和三个真实单细胞RNA-seq数据集
714	2024-12-12	A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae040 PMID:39426802	综述	本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展	本文探讨了现有方法的优缺点，并为未来工具开发提供了建议和方向	本文未提及具体方法的局限性，而是从整体上讨论了现有方法的局限性	回顾空间域识别研究的现状和进展，探讨现有方法的优缺点，并提供未来工具开发的建议和方向	空间转录组学中的空间域识别方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
715	2024-12-12	Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients 2024-12-06, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00234-7 PMID:39641872	研究论文	本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用	首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制，并提供了潜在的治疗靶点	研究主要基于体外实验和细胞系验证，缺乏临床样本的长期随访数据	揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制	老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用了THP-1和MV411细胞系进行验证，并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证
716	2024-12-12	Human pancreatic cancer single cell atlas reveals association of CXCL10+ fibroblasts and basal subtype tumor cells 2024-Dec-05, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文构建了人类胰腺癌的单细胞RNA测序图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并提出了未来靶向治疗的可能性	NA	开发基因组资源，以统计严谨的方式识别潜在的新靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	229名患者的样本，共700,000个细胞
717	2024-12-12	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	本文开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人，通过嵌入磁性纳米颗粒链的超软水凝胶微球实现间充质干细胞的递送，并展示了其在动物模型中的治疗效果	创新的磁性软微机器人设计，结合了超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，能够有效递送间充质干细胞并清除活性氧，显著提高干细胞在海绵体组织中的保留率和存活率	NA	开发一种新型微机器人技术，用于改善间充质干细胞在勃起功能障碍治疗中的应用效果	磁性软微机器人、间充质干细胞、勃起功能障碍	NA	男性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	大鼠和比格犬的勃起功能障碍模型
718	2024-12-12	Rescue of cochlear vascular pathology prevents sensory hair cell loss in Norrie disease 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2322124121 PMID:39585982	研究论文	研究通过条件激活β-catenin在血管内皮细胞中的稳定表达，探讨其在Norrie疾病小鼠模型中对耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失的修复作用	首次证明在耳蜗微血管中，β-catenin是norrin结合内皮细胞表面受体后的主要下游细胞内效应因子，并验证了恢复该信号通路足以防止感觉毛细胞死亡和听力损失	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Norrie疾病中耳蜗病理的修复机制	Norrie疾病小鼠模型的耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类耳蜗样本
719	2024-12-12	Single-Cell Meta-Analysis Uncovers the Pancreatic Endothelial Cell Transcriptomic Signature and Reveals a Key Role for NKX2-3 in PLVAP Expression 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321781 PMID:39445426	研究论文	本研究通过单细胞元分析揭示了胰腺内皮细胞的转录组特征，并发现NKX2-3在PLVAP表达中的关键作用	首次定义了跨物种和发育阶段的胰腺内皮细胞特异性基因特征，并揭示了NKX2-3作为关键转录因子在胰腺内皮细胞中的作用	研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏倚	揭示胰腺内皮细胞的转录组特征及其在胰腺血管系统中的作用	胰腺内皮细胞及其特异性基因特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了多个单细胞和单核RNA测序数据集，具体样本数量未明确说明
720	2024-12-12	Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08131-3 PMID:39478228	研究论文	本文研究了γδ T细胞产生的IL-17在维持脂肪组织从头脂肪生成中的节律性作用	首次揭示了IL-17产生的γδ T细胞依赖分子钟维持脂肪组织稳态，并展示了其在脂肪库中RORγt和IL-17A的强节律性表达	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现	探讨免疫系统的昼夜节律在免疫稳态中的作用，特别是IL-17在脂肪组织代谢中的作用	γδ T细胞、不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞以及脂肪组织中的从头脂肪生成	免疫学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型