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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7001 | 2025-11-09 |
Globotriaosylceramide Gb3 Influences Wound Healing and Scar Formation by Orchestrating Fibroblast Heterogeneity
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509733
PMID:40810720
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研究论文 | 本研究系统探讨了globotriaosylceramide (Gb3)通过调控成纤维细胞异质性影响伤口愈合和瘢痕形成的机制 | 发现了HEXB-Gb3-FGF2调控轴在成纤维细胞表型可塑性中的新作用机制 | 研究主要基于特定烧伤模型,在其他类型伤口中的适用性需进一步验证 | 阐明Gb3在皮肤再生过程中的功能作用及其调控机制 | 皮肤成纤维细胞、浅二度烧伤和深二度烧伤临床标本 | 单细胞组学 | 皮肤烧伤 | 单细胞RNA测序, 空间组学, 脂质组学, 组织学评估 | NA | 单细胞转录组数据, 空间组学数据, 脂质组学数据, 组织学图像 | 临床烧伤标本(浅二度和深二度烧伤) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 脂质组学 | NA | NA |
| 7002 | 2025-11-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Redefines Macrophage Heterogeneity and Function in Wound Healing
2025 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70107
PMID:41204881
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综述 | 本文综述单细胞测序技术在皮肤伤口愈合研究中揭示巨噬细胞异质性和功能多样性的进展 | 通过单细胞测序技术系统揭示巨噬细胞在伤口愈合过程中的异质性、功能多样性及动态变化特征 | NA | 阐明巨噬细胞在皮肤伤口愈合过程中的细胞异质性和功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7003 | 2025-11-09 |
Multi-omics integrative analysis of the mechanisms linking environmental pollutant exposure to bladder cancer pathogenesis
2025-Oct-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119251
PMID:41110307
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示环境污染物暴露与膀胱癌发病机制之间的分子联系 | 首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化分析,系统构建了环境-基因相互作用网络,识别出三个因果枢纽基因及其与34种高风险污染物的关联 | 研究主要基于现有数据库和队列数据,需要进一步实验验证污染物与基因相互作用的生物学机制 | 探究环境污染物暴露与膀胱癌发病的分子机制 | 膀胱癌相关基因和环境污染物 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 多组学整合分析, 转录组学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, 分子对接模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 多个膀胱癌队列的转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 7004 | 2025-11-09 |
Deciphering the crucial role of IGF2BP3 in modulating stemness traits of salivary adenoid cystic carcinoma
2025-Oct-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03068-7
PMID:41082045
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研究论文 | 本研究系统阐明了IGF2BP3在唾液腺腺样囊性癌干细胞特性调控中的关键作用及机制 | 首次通过单细胞测序数据验证IGF2BP3与SACC干细胞特性的关联,并系统揭示其调控干细胞特性的分子机制 | 未明确IGF2BP3下游具体作用靶点及信号通路细节 | 探究IGF2BP3在唾液腺腺样囊性癌中的功能作用及调控机制 | 唾液腺腺样囊性癌细胞 | 癌症生物学 | 唾液腺腺样囊性癌 | RNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7005 | 2025-11-09 |
Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2502256122
PMID:40333757
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的关键作用 | 首次发现Hdac1特异性调控抗原特异性中间耗竭T细胞的形成,并揭示其通过染色质可及性调控耗竭程序基因的双重功能 | T细胞亚群分化的表观遗传决定因素仍未完全阐明 | 探索慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭亚群分化的表观遗传调控机制 | 慢性病毒感染模型中的CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | 单细胞转录组测序,染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7006 | 2025-11-09 |
Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2422236122
PMID:40333758
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研究论文 | 本研究通过黄热病疫苗接种模型,揭示了树突状细胞和单核细胞早期干扰素激活状态与抗体反应的相关性 | 首次在单细胞水平系统描绘黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的早期先天免疫应答动态,并发现SIGLEC1/CD169作为敏感的生物标志物 | 研究仅关注早期免疫反应(28天内),未评估长期免疫记忆;样本时间点有限 | 阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与保护性 immunity 生成的关系 | 人类血液树突状细胞和单核细胞亚群 | 免疫学 | 传染病 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 大型疫苗接种者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 7007 | 2025-11-09 |
MFSD12 promotes proliferation, metastasis and invasion of hepatocellular carcinoma cells and its potential correlation with HAVCR2/LGALS9 immune checkpoint axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681887
PMID:41194934
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研究论文 | 本研究探讨MFSD12在肝细胞癌中的表达特征及其通过调控HAVCR2/LGALS9免疫检查点轴促进肿瘤进展的机制 | 首次系统揭示MFSD12在肝细胞癌中的特异性高表达及其双重作用机制:既促进肿瘤细胞增殖转移,又调控肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究MFSD12在肝细胞癌进展中的作用及其与免疫检查点的相关性 | 肝细胞癌细胞系和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,siRNA干扰,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 | 整合TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的多组学数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7008 | 2025-11-09 |
Revealing tissue architecture through the hypercomplex Fourier analysis of spatial transcriptomics data
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf191
PMID:41195088
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研究论文 | 提出了一种使用四元数域离散傅里叶变换分析空间转录组学数据的新方法 | 首次将四元数表示应用于空间转录组学数据,将每个位置的转录组特征表示为三维向量,实现了多维ST数据的傅里叶分析 | 方法主要针对空间转录组学数据,对其他类型组学数据的适用性需要进一步验证 | 开发新的数学框架来分析和可视化空间转录组学数据 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 四元数域离散傅里叶变换 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 10x Visium HD空间转录组平台 |
| 7009 | 2025-11-09 |
Role of Monocyte/Macrophage-Associated Gene Ccl9 in Acute Myocardial Infarction Analysis: Based on Bulk and Single Cell RNA Sequencing Data
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S516092
PMID:41195292
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别了急性心肌梗死中单核/巨噬细胞相关基因,并重点探讨了Ccl9在调控M2巨噬细胞极化和减轻心肌细胞损伤中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据系统分析急性心肌梗死中的单核/巨噬细胞相关基因,并通过实验验证Ccl9在M2巨噬细胞极化和心肌保护中的新功能 | 研究主要基于公共数据库数据,动物和细胞实验样本量有限,需要进一步临床验证 | 探索急性心肌梗死中单核/巨噬细胞相关基因的表达特征及其在疾病进展中的作用机制 | 急性心肌梗死患者基因表达数据、AMI小鼠模型、原代小鼠心肌细胞和RAW264.7巨噬细胞系 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 细胞共培养 | t-SNE, 差异表达分析, 免疫浸润分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 三个GEO数据集(GSE163129, GSE158157, GSE23294)及动物实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7010 | 2025-11-09 |
Across the space: applications of spatial transcriptomic technology in healthy and diseased muscle
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1656918
PMID:41195339
|
综述 | 探讨空间转录组技术在健康和病变肌肉组织中的应用及其对细胞相互作用研究的推动作用 | 系统梳理空间转录组技术在肌肉研究中的创新应用,突破单细胞技术无法保留空间信息的局限 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据收集与分析 | 总结空间转录组技术在肌肉组织研究中的应用进展 | 骨骼肌组织中的细胞群体及其空间相互作用 | 空间转录组学 | 肌肉疾病 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7011 | 2025-11-09 |
Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages
2024-Nov-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023
PMID:39413794
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建单细胞基因表达轨迹,揭示了巨噬细胞对刺激的动态响应特异性 | 首次生成高分辨率时间序列单细胞RNA测序数据,并构建实时单细胞基因表达轨迹集合,揭示动态信息对巨噬细胞刺激响应特异性的重要贡献 | 技术限制可能影响单细胞可诱导基因表达动态的捕获能力 | 研究巨噬细胞对免疫威胁的基因表达动态响应机制 | 小鼠巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因表达轨迹分析 | 单细胞基因表达数据 | 针对六种刺激的巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7012 | 2025-11-09 |
Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype
2023-06-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05027-2
PMID:37353538
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示白质小胶质细胞在衰老过程中发生细胞衰老,并加剧神经炎症表型 | 首次发现白质小胶质细胞在衰老和疾病模型中发生细胞衰老,并证实共生细菌促进衰老小胶质细胞积累 | 研究主要基于小鼠模型,人类中枢神经系统中的相关性尚需进一步验证 | 探讨中枢神经系统细胞衰老特征及其在神经功能障碍中的作用 | 小鼠脑部和脊髓中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7013 | 2025-11-08 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the functions of TREM2high macrophages and infarct border dynamics post-myocardial infarction
2025-Dec, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05317-9
PMID:40750734
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序,揭示了心肌梗死后TREM2高表达巨噬细胞的功能和梗死边缘区动态变化 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,系统解析心肌梗死后免疫细胞时空动态变化,并发现TREM2高表达巨噬细胞在组织修复中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;技术方法复杂度高,数据分析存在一定主观性 | 探究心肌梗死后复杂细胞和分子动态变化机制 | 小鼠心肌梗死模型、AC16心肌细胞、THP-1来源的M2巨噬细胞 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序,RT-qPCR,Western blot,免疫组织化学,免疫荧光,流式细胞术 | Milo,Monocle2,CellPhoneDB,NicheNet,SCENIC | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,基因表达数据,蛋白质表达数据 | 小鼠心肌梗死模型和缺血再灌注模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 7014 | 2025-11-08 |
Elucidating cardiomyocyte state transitions in zebrafish heart development using transcriptome dynamics
2025-Nov-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152736
PMID:41110187
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼模型分析心脏发育过程中的转录组动态,揭示了心肌细胞状态转变的关键机制 | 首次通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq分析,识别出M5模块在心肌细胞状态转变中的关键作用,并发现smtnl1作为枢纽基因 | 研究仅聚焦于斑马鱼胚胎发育早期阶段(24-48 hpf),未验证在哺乳动物或人类中的保守性 | 阐明心脏发育过程中心肌细胞状态转变的分子机制,为先天性心脏病发病机制提供新见解 | 斑马鱼胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼胚胎心脏在24、30、36、48 hpf四个时间点的样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7015 | 2025-11-08 |
Sox9 prevents retinal degeneration and is required for limbal stem cell differentiation in the adult mouse eye
2025-Nov-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102337
PMID:41190718
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研究论文 | 本研究揭示了Sox9转录因子在成年小鼠眼睛中维持视网膜完整性和促进角膜缘干细胞分化的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术证明Sox9在基底角膜缘干细胞群体中的表达及其在形成两种长寿细胞克隆中的功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 揭示Sox9转录因子在成年眼睛不同细胞类型中的功能 | 成年小鼠的眼睛组织,特别是视网膜色素上皮细胞、Müller胶质细胞和角膜缘基底上皮细胞 | 发育生物学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据 | 成年基因敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7016 | 2025-11-08 |
Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae
2025-Nov-04, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf245
PMID:40590299
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中维管束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能 | 首次在十字花科C3-C4中间型植物中应用单核RNA测序技术,揭示了光呼吸相关基因在维管束鞘细胞中的特异性表达模式 | 研究仅限于十字花科中的一种C3-C4中间型植物,需要更多物种验证 | 探究C3-C4中间型植物中细胞特异性对光呼吸途径的影响 | Moricandia arvensis(十字花科C3-C4中间型植物)和拟南芥(C3植物)的叶片组织 | 植物生物学 | NA | 单核RNA测序,电子显微镜,免疫金标记 | NA | 单细胞转录组数据,显微镜图像 | Moricandia arvensis单核RNA测序数据集和拟南芥公开单细胞转录组数据 | NA | 单核RNA测序,单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 7017 | 2025-11-08 |
RANBP1 promotes immune evasion in triple-negative breast cancer by suppressing T cell infiltration via the miR-769-5p/PRUNE2 axis
2025-Nov-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03872-7
PMID:41186818
|
研究论文 | 本研究揭示RANBP1通过miR-769-5p/PRUNE2轴抑制T细胞浸润,促进三阴性乳腺癌免疫逃避的分子机制 | 首次发现RANBP1通过调控miR-769-5p/PRUNE2通路影响T细胞浸润,揭示了三阴性乳腺癌免疫逃避的新机制 | 研究样本量有限(87例TNBC组织),机制研究仍需进一步验证 | 探究RANBP1在三阴性乳腺癌中调控T细胞浸润和肿瘤进展的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组织化学、Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床生存数据 | 87对三阴性乳腺癌肿瘤及癌旁组织,TCGA和GSE65194数据库 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7018 | 2025-11-08 |
Integrating single-cell transcriptomics and machine learning reveals 4-aminobiphenyl exposure signatures and novel diagnostic biomarkers in bladder cancer
2025-Nov-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03819-y
PMID:41186865
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习方法,揭示了4-氨基联苯暴露特征并识别了膀胱癌的新型诊断生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明4-氨基联苯的致癌机制,并通过机器学习识别出由六个核心基因组成的诊断面板 | 研究具有回顾性性质,依赖公共测序数据,缺乏详细临床元数据,无法对识别亚型进行生存分析 | 研究环境致癌物4-氨基联苯在膀胱癌发生中的分子机制并识别诊断生物标志物 | 膀胱癌组织样本 | 生物信息学, 机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 分子对接模拟, ssGSEA | LASSO, SVM, 随机森林 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 95,136个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7019 | 2025-11-08 |
Heterogeneity in an adeno-associated virus transfection-based production process limits the production efficiency
2025-Nov-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26261-0
PMID:41188389
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了基于腺相关病毒转染的生产过程中细胞异质性对生产效率的限制 | 首次在单细胞水平上揭示了rAAV生产过程中细胞转染异质性的关键瓶颈,发现仅不到5%的细胞实际产生病毒颗粒 | 研究仅针对rAAV9血清型和HEK293T细胞系,结果可能不适用于其他AAV血清型或生产细胞系 | 提高基于瞬时转染的rAAV生产效率和产量 | HEK293T细胞系和rAAV9病毒载体 | 生物技术 | 基因治疗 | 单细胞转录组学,流式细胞术,qPCR | NA | 转录组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 7020 | 2025-11-08 |
Single-cell multi-omics analysis revealed the expansion of age-associated B cells in the pancreas of type 1 autoimmune pancreatitis patients
2025-Nov-04, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01567-w
PMID:41188893
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示了1型自身免疫性胰腺炎患者胰腺中年龄相关B细胞的扩增现象 | 首次在AIP胰腺中发现IgD-年龄相关B细胞(ABCs)的扩增,并揭示了CXCL9+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴招募ABCs以及Tfh细胞通过IL-21与ABCs相互作用的新机制 | 样本量有限,仅基于活检样本分析,需要更大规模研究验证 | 表征1型自身免疫性胰腺炎患者胰腺的局部免疫特征 | 1型自身免疫性胰腺炎患者的胰腺活检组织 | 单细胞组学 | 自身免疫性胰腺炎 | 单细胞RNA测序,免疫受体组库测序,空间转录组测序,流式细胞术,多色免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫受体序列数据 | AIP患者胰腺活检样本 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞免疫受体组库测序,空间转录组学 | NA | NA |