单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-05-14	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	research paper	该研究揭示了增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录的特性，挑战了传统认为增强子双向转录的观点	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统认为的双向转录	研究主要基于FANTOM5和其他转录组数据集，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探究增强子在单个细胞类型中的转录方向特性	增强子及其转录方向	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组测序、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
682	2025-05-14	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究揭示了HBx/DTL正反馈环在HBV相关肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用	首次发现DTL在HBV阳性HCC样本中过表达，并揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录的机制，以及DTL通过稳定HBx蛋白形成正反馈环促进HCC进展	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HBV相关肝细胞癌的发病机制	HBV相关肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本及裸鼠模型
683	2025-05-14	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	review	本文综述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及单细胞RNA测序在理解其功能异质性方面的贡献	应用单细胞RNA测序技术揭示免疫细胞的功能异质性，为个性化癌症治疗提供新途径	尽管前景广阔，但仍存在若干挑战，需要进一步的技术进步以完全整合到临床应用	总结肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
684	2025-05-14	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的关键代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞适应性的靶点，并揭示了其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞及其在胰腺癌和黑色素瘤中的代谢调控	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	涉及83个代谢靶点的CD8 T细胞样本
685	2025-05-14	Integrated Analysis of WES and scRNA-Seq Data Reveals the Genetic Basis of Immune Dysregulation in Unexplained Recurrent Pregnancy Loss 2025-Mar, Journal of clinical laboratory analysis IF:2.6Q2 DOI:10.1002/jcla.70011 PMID:40066928	研究论文	通过全外显子组测序和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示不明原因复发性流产（uRPL）中免疫失调的遗传基础	首次在uRPL患者中鉴定出MUC基因、脂质代谢基因和结构基因的变异，并通过单细胞RNA测序数据揭示了这些变异对免疫细胞表达模式的影响	样本量较小（仅13名患者），可能影响结果的普遍性	揭示不明原因复发性流产（uRPL）的分子机制	13名中国uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞	基因组学与转录组学	复发性流产	WES（全外显子组测序）和scRNA-Seq（单细胞RNA测序）	NA	基因组数据和转录组数据	13名uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞
686	2025-05-14	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫微环境的影响	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统解析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性，并鉴定了四个与成纤维细胞相关的预后基因（TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM）	研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤免疫微环境和预后的影响	结直肠癌组织中的成纤维细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
687	2025-05-14	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本研究提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合深度学习技术，显著提高了细胞分类的准确性	将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合CNN和ResNet进行细胞分类，显著提高了分类准确率	未提及对不同批次效应处理的详细评估，且仅测试了四种细胞类型的数据	解决scRNA-seq数据中的高噪声、高维度和批次效应问题，提高细胞分类的准确性和可靠性	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
688	2025-05-14	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A与肿瘤免疫及抗PD-1疗法疗效之间的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及抗PD-1疗法的疗效机制	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
689	2025-05-14	Spatial transcriptomics in glomerular diseases 2025-Mar-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae556 PMID:40071426	综述	本文综述了空间转录组学技术在肾小球疾病中的应用，探讨了其技术方法、机会与限制，并讨论了在piFNGN和GCA中使用数字空间分析技术获得的结果	空间转录组学技术为研究自身免疫和炎症性疾病提供了强大的工具，能够识别不同病变类型和疾病病因之间差异表达的基因	方法的选择需要基于对组织病理学变化的理解，并受到预分析变异和探针使用等限制	探讨空间转录组学技术在肾小球疾病中的应用及其潜力	肾小球疾病，特别是pauci-immune focal necrotizing glomerulonephritis (piFNGN)和giant cells arteritis (GCA)	数字病理学	肾小球疾病	空间转录组学，数字空间分析	NA	RNA和/或蛋白质	NA
690	2025-05-14	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	research paper	基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理的计算模型库	首次基于单细胞转录组数据构建心脏内在神经系统神经元的电生理模型库，填补分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，且仅基于被动电学特性进行参数约束	研究心脏内在神经系统在心脏调控和病理中的功能作用	心脏内在神经系统神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理计算模型	转录组数据	NA
691	2025-05-14	Identification and Validation of Four Serum Biomarkers With Optimal Diagnostic and Prognostic Potential for Gastric Cancer Based on Machine Learning Algorithms 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70659 PMID:40084401	研究论文	通过机器学习算法识别并验证了四种具有最佳诊断和预后潜力的胃癌血清生物标志物	结合多种生物信息学分析和机器学习算法，首次鉴定出四种胃癌血清生物标志物，并验证其临床效用	研究主要基于公共数据库数据，临床样本验证规模有限	开发胃癌诊断和预后的新型生物标志物	胃癌患者血清样本	机器学习	胃癌	scRNA-seq, RT-PCR, ELISA	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据, 血清蛋白数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集，以及实验验证的GC样本
692	2025-05-14	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	通过空间转录组和单细胞RNA测序揭示棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了SVB和SVBL基因在纤维起始中的关键作用	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物分子生物学	NA	空间转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
693	2025-05-14	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序数据，并在胶质母细胞瘤中识别罕见细胞亚群	开发了InfoScan工具，能够识别未注释的转录本和罕见细胞亚群，揭示了胶质母细胞瘤中的'肿瘤干细胞样'亚群及其潜在治疗靶点	未提及样本量大小或数据集的详细限制	开发并应用新型生物信息学工具以探索胶质母细胞瘤的转录组特征和罕见细胞亚群	胶质母细胞瘤中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
694	2025-05-14	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	研究论文	介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于空间转录组学数据中的缺失基因填补和细胞类型注释	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式同时进行基因填补和细胞类型注释	未明确提及具体局限性	解决单细胞空间转录组学(scST)中全转录组水平表征和细胞类型全面注释的挑战	单细胞空间转录组学(scST)数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术, scRNA-seq	深度学习模型(编码器-解码器结构)	空间转录组学数据, scRNA-seq数据	来自不同平台、具有不同测量基因数量的数据集
695	2025-05-14	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-Feb-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化发病机制中的核心作用，并提出了针对这些细胞的创新治疗策略	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证	探索心脏纤维化的发病机制并开发新的治疗方法	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	动物模型（具体数量未提及）
696	2025-05-14	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了肿瘤异质性、克隆进化和肿瘤微环境中的复杂相互作用	NA	探讨SCS在癌症研究中的应用及其对精准肿瘤学的推动作用	癌细胞及其微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	AI、机器学习	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
697	2025-05-14	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	利用SHAP值分析476个重要基因，重建基因矩阵并成功绘制单细胞图谱，发现Myofiber细胞是骨骼肌中最具代表性的细胞类型	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织的验证	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术、SHAP分析、蛋白质语言模型	NA	基因表达数据	NA
698	2025-05-14	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	首次结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建胶质母细胞瘤的预后风险模型和列线图，并验证其预测能力	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗策略	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), WGCNA, 单变量Cox回归	风险模型, 列线图	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
699	2025-05-14	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	research paper	该研究通过空间转录组学分析头颈部鳞状细胞癌手术切除标本，评估阿法替尼对肿瘤及其微环境的影响	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，发现与EMT、MET和PDGF通路相关的13个潜在靶点基因	样本量较小(仅3个病例)，且仅针对特定治疗方案的响应进行研究	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成变化	接受阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌患者手术标本	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	空间转录组学(spatial transcriptomics), RNA-seq	NA	转录组数据	3例手术标本(ID08,ID15,ID30)
700	2025-05-14	The establishment of the anther somatic niche with single-cell sequencing 2025-02, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.11.004 PMID:39547468	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索玉米花药体细胞微环境的发育过程	首次建立玉米花药体细胞微环境的单细胞转录组图谱，揭示了体细胞类型从减数分裂前到减数分裂后的发育轨迹，并鉴定了先前功能未知的体细胞类型标记基因	研究仅针对玉米这一特定物种，结果在其他开花植物中的普适性有待验证	理解花药体细胞微环境的发育机制及其在植物雄性生殖中的功能	玉米花药的体细胞微环境	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涵盖玉米花药发育多个时期的细胞