单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2024-12-13	Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression 2024-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.571168 PMID:38168363	研究论文	本文介绍了一种在单细胞分辨率下高效准确检测病毒序列的方法，并应用于猕猴外周血单核细胞数据中，揭示了可能的新病毒及其对宿主基因表达的影响	本文提出了一种基于高度保守氨基酸域的病毒序列检测方法，能够在单细胞转录组数据中快速准确地检测病毒序列，覆盖多达10种病毒	本文的方法依赖于高度保守的氨基酸域，可能无法检测到所有类型的病毒	开发一种能够在单细胞分辨率下高效准确检测病毒序列的方法，并研究病毒与宿主基因表达的关系	猕猴外周血单核细胞中的病毒序列及其对宿主基因表达的影响	生物信息学	NA	高通量测序	NA	转录组数据	猕猴外周血单核细胞
682	2024-12-13	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	研究论文	研究探讨了SOCS3通过调节微胶质细胞和巨噬细胞中SPP1表达来调控病理性视网膜血管生成的机制	首次揭示了SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的关键作用	NA	探讨SOCS3在病理性视网膜血管生成中的作用机制	微胶质细胞、巨噬细胞和视网膜血管生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用血管生成小鼠模型进行研究
683	2024-12-13	Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF 2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300431 PMID:38416039	研究论文	本研究揭示了在小鼠骨髓来源的巨噬细胞中，通过M-CSF分化后存在一小部分高IL-12p40分泌的树突状细胞	首次发现M-CSF分化的小鼠骨髓来源巨噬细胞中存在高表达IL-12p40的树突状细胞亚群，并通过单细胞RNA测序证实了这一亚群的存在	研究仅限于小鼠模型，且主要在体外培养条件下进行，可能无法完全反映体内情况	探讨小鼠骨髓来源巨噬细胞中IL-12p40高表达的树突状细胞亚群的存在及其生物学意义	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的树突状细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的细胞亚群
684	2024-12-13	ScLinear predicts protein abundance at single-cell resolution 2024-03-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05958-4 PMID:38438709	研究论文	本文介绍了一种基于线性回归的方法scLinear，用于预测单细胞蛋白质丰度	scLinear比现有方法更高效，且不降低准确性，同时具有可解释性	未提及	开发一种高效且准确的单细胞蛋白质丰度预测方法	单细胞蛋白质丰度	机器学习	NA	线性回归	线性回归	RNA表达数据	未提及
685	2024-12-13	Single Cell High Dimensional Analysis of Human Peripheral Blood Mononuclear Cells Reveals Unique Intermediate Monocyte Subsets Associated with Sex Differences in Coronary Artery Disease 2024-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052894 PMID:38474140	研究论文	研究通过单细胞高维分析人类外周血单核细胞，揭示了与冠状动脉疾病性别差异相关的独特中间单核细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与冠状动脉疾病严重程度相关的中间单核细胞亚群，并发现这些亚群在女性中表现出更强的相关性	研究样本量较小，且仅限于冠状动脉疾病患者，可能限制了结果的普适性	探讨中间单核细胞亚群在冠状动脉疾病进展中的作用及其性别差异	人类外周血单核细胞及其在冠状动脉疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组和蛋白质分析	NA	单细胞数据	61名冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞
686	2024-12-13	Multiomic profiling reveals metabolic alterations mediating aberrant platelet activity and inflammation in myeloproliferative neoplasms 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172256 PMID:38060311	研究论文	研究揭示了骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者血小板异常活性和炎症的代谢改变	首次揭示了MPN患者中与PI3K/AKT/mTOR信号通路异常相关的代谢紊乱，并发现α-酮戊二酸（α-KG）补充能够显著减少血小板活化和炎症反应	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未在人体中进行临床试验验证	探讨骨髓增殖性肿瘤患者血小板异常活性和炎症的代谢机制	骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的血小板和单核细胞	NA	血液肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学	NA	RNA、蛋白质、代谢物	包括MPN患者和Jak2 V617F-knockin小鼠的血小板和单核细胞样本
687	2024-12-13	Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102647 PMID:39659576	研究论文	本研究探讨了磷酸甘油酸变位酶1（Pgam1）和双特异性磷酸酶1（Dusp1）在脂多糖诱导的内毒素血症中对心肌功能和线粒体稳态的影响	本研究首次揭示了Pgam1通过去磷酸化和降解Dusp1，破坏线粒体质量控制，从而加剧内毒素血症引起的心肌功能障碍	本研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证Pgam1-Dusp1轴的治疗潜力	探讨内毒素血症中Dusp1和Pgam1对心肌功能和线粒体稳态的作用机制	内毒素血症诱导的心肌功能障碍和线粒体稳态	NA	心血管疾病	qPCR, Seahorse分析, 分子对接研究, Western blot	NA	单细胞测序数据, 人类样本数据库	使用心肌细胞特异性敲除和转基因小鼠模型，以及LPS诱导的内毒素血症小鼠模型
688	2024-12-13	Cellular MSI-H score: a robust predictive biomarker for immunotherapy response and survival in gastrointestinal cancer 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AIWP6518 PMID:39659917	研究论文	本文提出了一种基于细胞水平的MSI-H评分方法，用于预测免疫治疗反应和胃肠道癌症患者的生存率	通过单细胞RNA测序数据，开发了一种新的细胞MSI-H评分方法，相比传统的分子MSI-H评分，能够更准确地预测免疫治疗反应和生存率	需要进一步的临床试验来验证该方法在不同癌症类型和患者群体中的适用性	开发一种更准确的MSI-H评分方法，以指导胃肠道癌症的免疫治疗决策	胃肠道癌症患者的免疫治疗反应和生存率	数字病理学	胃肠道癌	单细胞RNA测序	高斯有限混合模型	基因表达数据	97名接受免疫治疗的胃肠道癌症患者
689	2024-12-13	Effect of subcutaneous adipose tissue-associated CSRP2 on the progression of prostate cancer via the WDR5/USP44 pathway 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AHQT5920 PMID:39659944	研究论文	研究探讨了皮下脂肪组织相关蛋白CSRP2通过WDR5/USP44途径影响前列腺癌进展的机制	首次揭示了CSRP2通过抑制WDR5的去泛素化来抑制前列腺癌细胞增殖的机制	研究主要基于细胞实验和动物模型，尚未在人体中验证该机制	探讨肥胖相关蛋白CSRP2在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌细胞及其相关蛋白CSRP2、WDR5和USP44	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、组织芯片、免疫共沉淀、质谱分析	NA	基因表达数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas的前列腺癌转录组数据以及来自前列腺癌细胞的单细胞RNA测序和组织芯片数据
690	2024-12-13	Multi-modal transcriptomics: integrating machine learning and convolutional neural networks to identify immune biomarkers in atherosclerosis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1397407 PMID:39660117	研究论文	本研究通过整合机器学习和卷积神经网络技术，分析多模态转录组数据，以识别与动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	本研究首次揭示了与动脉粥样硬化相关的三个关键基因（CD36、S100A10、CSNK1A1），并提出了基于这些基因的两种不同亚型（C2和C1），为临床免疫药物研究提供了新范式	本研究主要基于公开的GEO数据集，样本量和数据多样性可能有限，未来需要更大规模和多样化的实验验证	建立计算模型，揭示与动脉粥样硬化相关的分子水平标志物	动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	共分析了198个样本（包括104个动脉粥样硬化病变样本和94个对照样本）以及30,498个单细胞
691	2024-12-13	A novel molecular classification system based on the molecular feature score identifies patients sensitive to immune therapy and target therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1466069 PMID:39660131	研究论文	本研究基于多维分子特征评分开发了一种新的分子分类系统，用于识别对免疫治疗和靶向治疗敏感的肝细胞癌患者	提出了基于多维分子特征评分的分子分类系统，并开发了实用的预测软件，识别了对免疫治疗和靶向治疗敏感的患者群体	NA	研究肝细胞癌的多维分子特征评分，并基于此进行分子分类，以指导精准医学	肝细胞癌患者的分子特征和分类	数字病理学	肝癌	RNA测序、单核苷酸变异分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	NA
692	2024-12-13	Decoding NY-ESO-1 TCR T cells: transcriptomic insights reveal dual mechanisms of tumor targeting in a melanoma murine xenograft model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1507218 PMID:39660132	研究论文	本研究探讨了靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞在黑色素瘤小鼠异种移植模型中的功能状态和肿瘤靶向机制	首次揭示了NY-ESO-1 TCR-T细胞通过抗原非依赖性NK样和抗原特异性CTL样反应实现双重抗肿瘤效应	研究仅在特定的小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	探讨TCR-T细胞在治疗实体瘤中的作用机制	靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞及其在黑色素瘤中的作用	数字病理学	黑色素瘤	NanoString技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	SK-Mel-37异种移植模型中的TCR-T细胞
693	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer 2023-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcad055 PMID:38023733	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了与胰腺癌肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA	首次使用单细胞转录组数据全面评估了胰腺导管腺癌中的长链非编码RNA景观，并揭示了肿瘤内在生物学和肿瘤微环境中lncRNA的作用	研究仅限于胰腺导管腺癌，且样本量相对较小	探讨长链非编码RNA在胰腺导管腺癌中的作用及其与肿瘤内在生物学和微环境的关系	胰腺导管腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本
694	2024-12-13	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	首次将单细胞RNA测序应用于全胚胎表型分析，提供了前所未有的广度和分辨率	研究仅限于胚胎发育的特定阶段（胚胎第13.5天），且样本量相对较小	建立一种可扩展的平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	22种突变型和4种野生型小鼠胚胎的单细胞RNA测序数据	数字病理学	发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	101个胚胎，包括22种突变型和4种野生型
695	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
696	2024-12-13	Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo 2023-08-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873 PMID:37531416	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α	首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者	鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响	HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用	基因组学	HIV感染	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者）
697	2024-12-13	Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.03.539288 PMID:37205402	研究论文	研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用	通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现	探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础	小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠眼杯样本
698	2024-12-12	Identification and validation of serum MUC17 as a non-invasive early warning biomarker for screening of gastric intraepithelial neoplasia 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102207 PMID:39580962	研究论文	本文研究了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物的鉴定和验证	首次鉴定并验证了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性生物标志物，具有高胃癌特异性	研究主要基于数据库数据和临床样本的验证，未来需要更大规模的临床试验来进一步验证其有效性	寻找和验证胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物	MUC17在胃上皮内瘤变中的表达及其作为生物标志物的潜力	NA	胃癌	scRNA-seq, IHC, Elisa	NA	mRNA数据, 基因列表	临床患者的血清和组织样本，涵盖不同病理阶段
699	2024-12-12	Single-cell analysis combined with transcriptome sequencing identifies autophagy hub genes in macrophages after spinal cord injury 2025-Jan, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110412 PMID:39612968	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	首次通过单细胞RNA测序和转录组测序的联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	实验仅限于脊髓损伤后的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或疾病模型	探索脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化及其分子机制	脊髓损伤后的巨噬细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
700	2024-12-12	Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111351 PMID:39650727	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39	首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性	研究主要基于Visium空间转录组学数据，可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性	探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定与Gleason评分进展相关的基因	前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA	转录组数据	NA