单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-06-26	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	本研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过CCL2或LPS局部注射可诱导雌鹿长角	分子调控网络的具体机制仍需进一步探索	解析雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿的鹿原基骨膜(AP)组织	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织学数据	梅花鹿和裸鼠移植模型
662	2025-06-26	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	research paper	介绍了一种名为STAMP的新型单细胞转录组分析和多模态成像分析方法	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，实现了数百万细胞的成本效益高的单细胞基因组学分析	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	digital pathology	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
663	2025-06-26	Integrated Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches in Bladder Cancer: Unveiling the Impact of Immunogenic Cell Death and Its Key Gene SLC2A3 on Prognosis and Personalized Treatment Strategies 2025-Jun-17, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c01496 PMID:40547707	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，揭示了免疫原性细胞死亡（ICD）及其关键基因SLC2A3在膀胱癌预后和个性化治疗策略中的影响	首次基于ICD建立风险特征，并通过机器学习算法识别SLC2A3作为关键基因，探索其在精准治疗中的潜在价值	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏外部验证队列	探索ICD相关基因在膀胱癌预后和个性化治疗中的作用	膀胱癌患者样本和正常样本	生物信息学	膀胱癌	多组学分析、机器学习算法	组合机器学习算法（101种）和个体机器学习算法（10种）	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌和正常样本
664	2025-06-26	Liver metastasis or peritoneal metastasis: single-cell RNA sequencing reveals the organotropism in colorectal cancer is driven by distinct partial-EMT processes 2025-Jun-17, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217880 PMID:40553883	research paper	通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌肝转移和腹膜转移中器官趋向性由不同的部分上皮间质转化过程驱动	首次在单细胞水平上揭示了结直肠癌肝转移和腹膜转移中肿瘤细胞的不同部分上皮间质转化状态及其标记物	研究样本量有限，未涉及其他转移器官的比较	探索结直肠癌转移器官趋向性的分子机制	结直肠癌肝转移和腹膜转移的肿瘤细胞及其微环境	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但涉及CRLM和CRPM两组样本
665	2025-06-26	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jun-17, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究提出了一种结合单细胞水平顺式孟德尔随机化与共定位分析的单细胞转录组关联研究流程，用于揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病风险的细胞特异性影响	开发了一种新的单细胞TWAS流程，结合了单细胞水平的顺式孟德尔随机化和共定位分析，能够发现传统批量RNA测序TWAS所遗漏的细胞特异性基因-结果关联	单细胞eQTL数据集的样本量相对较小	揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病风险的细胞特异性影响	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化	孟德尔随机化(MR), 共定位分析	单细胞转录组数据, GWAS数据	未明确说明具体样本量，但提到sc-eQTL数据集样本量相对较小
666	2025-06-26	Application of single-cell sequencing in the study of immune cell infiltration in inflammatory bowel disease and colorectal cancer 2025-Jun-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i6.107382 PMID:40547160	综述	本文综述了单细胞测序技术在炎症性肠病和结直肠癌免疫细胞浸润研究中的应用	利用单细胞测序技术揭示肠道微环境中免疫细胞的浸润模式及其在疾病进展中的作用	NA	探讨炎症性肠病与结直肠癌之间的关系及免疫细胞浸润特征	炎症性肠病(IBD)和结直肠癌(CRC)	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序(SCS)	NA	NA	NA
667	2025-06-26	Patterning Defects in Mice with Defective Ventricular Wall Maturation and Cardiomyopathy 2025-Jun-12, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd12060224 PMID:40558659	研究论文	本研究通过单细胞和单核RNA测序技术及空间转录组学，探讨了小鼠心室壁发育中的基因表达模式及其在左心室非致密化心肌病（LVNC）模型中的变化	揭示了小鼠心室壁基因表达的区域性差异及其在LVNC模型中的异常，强调了空间调控基因程序在心室发育中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，与人类胎儿心脏的基因表达模式存在差异，可能限制了结果的直接适用性	探究心室壁成熟过程中的基因表达模式及其在心肌病发病机制中的作用	小鼠心室壁发育及左心室非致密化心肌病（LVNC）模型	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学、原位杂交（ISH）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和LVNC模型小鼠的心室组织
668	2025-06-26	Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma 2025-Jun-04, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyaf164 PMID:40492497	研究论文	本研究探讨了基线总病灶糖酵解（TLG）作为早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）高风险患者的生物标志物的潜力	首次提出基线TLG作为识别高风险NKTCL患者的生物标志物，并证明其优于现有的治疗后Deauville量表和循环EBV-DNA的风险模型	研究样本量相对较小（n=192），且仅针对接受特定治疗方案的患者	寻找早期NKTCL患者的基线生物标志物，以识别高风险患者	早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）患者	数字病理学	自然杀伤/T细胞淋巴瘤	18F-FDG PET/CT, scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	影像数据, 基因表达数据	192名患者（训练队列127名，验证队列65名），其中10名进行scRNA-seq，65名进行bulk RNA-seq
669	2025-06-26	Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657745 PMID:40502146	研究论文	介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2	通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性	NA	解析单细胞水平上新合成RNA与预存RNA池的基因表达动态	4sU标记的K562细胞	单细胞测序	NA	scNT-seq2, 时间分辨RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
670	2025-06-26	Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01507-x PMID:39826027	研究论文	研究探讨了机械张力如何通过细胞培养基质硬度影响衰老细胞标志物和分泌表型	揭示了高硬度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征，特别是在胶原蛋白富集方面	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人原代肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	人原代肺成纤维细胞在不同硬度基质(2 kPa, 50 kPa, ~3 GPa)上的培养
671	2025-06-26	A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01556-2 PMID:39934558	研究论文	本研究通过结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，描绘了小鼠年轻和年老卵巢的单细胞多组学景观，揭示了卵巢衰老过程中的细胞类型特异性转录变化及其调控元件	首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术系统描绘了小鼠卵巢衰老的单细胞多组学图谱，并识别了调控卵巢衰老的顺式/反式调控元件	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卵巢衰老的分子机制，为理解女性年龄相关性生育功能障碍提供依据	年轻和年老小鼠的卵巢细胞	单细胞组学	生殖衰老	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	年轻和年老小鼠卵巢的七种主要细胞类型
672	2025-06-26	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次在单细胞水平揭示了紫杉醇诱导的内皮细胞衰老通过转录组变化和细胞间信号改变导致血脑屏障功能障碍的机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何通过基因表达变化影响血脑屏障功能	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	生物医学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织样本
673	2025-06-26	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	research paper	该研究开发并验证了一个人类皮肤特异性衰老基因集SenSkin™，用于提高衰老细胞检测的敏感性和特异性	提出了首个针对人类皮肤的衰老特异性基因集SenSkin™，并通过多种RNA测序数据集验证其在时序衰老和光老化中的有效性	研究主要基于已有文献和RNA-seq数据，缺乏实验验证	开发一个皮肤特异性的衰老基因集以提高衰老细胞检测的准确性	人类皮肤细胞	生物信息学	皮肤衰老	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个RNA-seq数据集（具体数量未明确说明）
674	2025-06-26	Recent Neuropathology Concepts 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	综述	本文总结了2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学最新概念的讨论，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化与分析新技术以及特定病例报告	强调了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的作用，以及新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	NA	探讨神经病理学领域的最新概念和技术进展	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选方法	数字病理学	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、转录组数据	NA
675	2025-06-26	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Jun, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	该研究探讨了阻断ITGA5如何通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的疗效	揭示了circSDHAF2通过N-糖基化稳定ITGA5蛋白，促进MES-GBM细胞形成和SPP1+ MDMs的诱导，从而形成免疫抑制微环境的机制，并证明ITGA5阻断可增强抗PD-1疗法的抗肿瘤免疫	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，需要进一步的临床验证	解析胶质母细胞瘤中特定免疫抑制亚群驱动抗PD-1耐药的分子机制，并探索增强免疫疗法疗效的策略	胶质母细胞瘤组织、MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫共沉淀、RNA免疫沉淀和下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
676	2025-06-26	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	review	这篇迷你综述探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用及其对神经退行性疾病研究的影响	综述了ST技术在提供空间分辨基因表达数据方面的革命性作用，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率限制	探索ST技术对CNS研究的贡献，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统（CNS）及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症和肌萎缩侧索硬化症）	digital pathology	neurodegenerative disease	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data	NA
677	2025-06-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Jun, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前暴露于全氟辛烷磺酸（PFOS）对子代大鼠肺发育和功能的影响	首次结合形态学、功能学及单细胞RNA测序分析，揭示了PFOS暴露对肺发育的剂量依赖性影响及其分子机制	研究仅基于大鼠模型，结果外推到人类需谨慎	探究PFOS暴露对肺发育的毒性作用及其分子机制	子代大鼠的肺组织	毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组（0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day）的怀孕大鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
678	2025-06-26	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四种评估方法中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中与孟德尔随机化分析结果一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、共定位分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	UK Biobank(9131病例和173,493对照)、PRACTICAL研究(79,148病例和61,106对照)、FinnGen队列(13,216病例和119,948对照)
679	2025-06-26	Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00804-x PMID:40346196	研究论文	本文介绍了BILLIE框架，一种通过分层优化策略同时发现和验证非线性物理系统控制方程的方法	利用强化学习的策略梯度算法实现双层优化，同时发现和验证方程，提高了识别控制方程的准确性	未明确提及具体的数据规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	识别非线性物理系统的控制方程，以更好地理解这些系统	非线性物理系统，如湍流和三体系统，以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程	机器学习	NA	强化学习的策略梯度算法	BILLIE框架	观测数据和单细胞测序数据	NA
680	2025-06-26	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通信工具STCase，能够识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	提出了一种可解释的多视图图神经网络，通过CCC感知注意力机制识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发一种工具来识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	细胞间通信（CCC）和空间转录组学数据	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）	多视图图神经网络	空间转录组学数据	NA