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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2025-12-07 |
Extracellular Vesicle-Packaged MIR4435-2HG Facilitates Cigarette Smoke-Induced Bladder Cancer Progression through Enolase 1-Dependent Glycolytic Reprogramming
2025-Dec-05, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c15108
PMID:41348936
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研究论文 | 本研究揭示了吸烟相关细胞外囊泡包裹的lncRNA MIR4435-2HG通过ENO1依赖的糖酵解重编程促进膀胱癌进展的机制 | 首次发现M2巨噬细胞在吸烟致癌物4-ABP刺激下分泌EV包裹的MIR4435-2HG,通过ac4C修饰稳定ENO1并激活PI3K-Akt信号,介导肿瘤细胞间通讯 | 研究主要基于体外和动物模型,临床样本验证有限,且未涉及其他吸烟相关致癌物的潜在影响 | 阐明吸烟促进膀胱癌进展的分子机制,探索EV包裹lncRNA在肿瘤微环境中的作用 | 膀胱癌患者尿液和血浆样本、M2巨噬细胞、膀胱肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 膀胱癌 | RNA测序、组织芯片、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9、Seahorse能量代谢分析、ac4C乙酰化实验 | NA | RNA测序数据、单细胞转录组数据、临床样本数据 | 膀胱癌患者尿液和血浆样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 662 | 2025-12-07 |
Exploring the human brain: spatial transcriptomics challenges and approaches in post-mortem analysis
2025-Dec-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf452
PMID:41349001
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综述 | 本文回顾了空间转录组学技术在人类大脑研究中的应用,比较了不同工具,总结了现有研究,并讨论了相关的挑战与机遇 | 聚焦于空间转录组学在人类大脑这一复杂器官分析中的具体挑战,并提供了指导性框架以应对这些挑战 | NA | 探讨空间转录组学在人类大脑研究中的应用挑战与机遇 | 人类大脑 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | mRNA表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 663 | 2025-12-07 |
Identification of sepsis pyroptosis-related genes based on single-cell sequencing technology and experimental verification
2025-Dec-05, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00785-6
PMID:41350624
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 664 | 2025-12-07 |
Ferroptosis-induced remodeling of glycosylation the immune microenvironment and improves survival in pancreatic cancer
2025-Dec-05, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-04146-w
PMID:41350704
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研究论文 | 本研究探讨了铁死亡在胰腺导管腺癌中如何重塑糖基化模式和免疫微环境,并揭示了其与临床预后的关联 | 首次将O-GlcNAc修饰肽和N-糖基化肽的双通路特异性富集策略应用于铁死亡研究,实现了细胞死亡过程中糖基化模式的系统分析;结合高分辨率质谱、转录组和单细胞转录组数据,构建了多组学相互验证的全景分析框架;引入Scissor方法将TCGA铁死亡通路活性映射到单细胞数据,实现了从群体水平到细胞亚群的跨尺度分析 | 研究主要依赖高通量组学和计算分析,缺乏系统的体外和体内功能验证、联合药物敏感性实验以及真实世界临床队列的支持 | 探究铁死亡与肿瘤糖基化及免疫重塑之间的相互作用,为胰腺癌治疗提供新的潜在策略 | 胰腺导管腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 基于质谱的糖蛋白质组学、转录组分析、单细胞RNA测序、qPCR、Western blot | NA | 蛋白质组学数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 665 | 2025-12-07 |
Polystyrene nanoplastics disrupt epididymal initial segment by perturbing NK cell differentiation and epithelial homeostasis
2025-Dec-05, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03892-z
PMID:41350722
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学、非靶向代谢组学和体内实验,揭示了聚苯乙烯纳米塑料暴露通过干扰自然杀伤细胞分化和上皮稳态,破坏大鼠附睾起始段的结构与功能 | 首次从多组学角度详细研究聚苯乙烯纳米塑料对附睾起始段的影响,揭示了其通过激活ERK1/2信号通路上调AQP9、促进NK细胞向细胞毒性和增殖亚型分化,并破坏血-附睾屏障的新机制 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类或其他物种中验证;长期暴露效应和可逆性尚未明确;具体分子机制仍需进一步深入探究 | 探究聚苯乙烯纳米塑料暴露对附睾起始段的细胞重塑和功能影响 | 大鼠附睾起始段组织、细胞(包括上皮细胞、自然杀伤细胞、基底细胞等) | 单细胞组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞转录组学、非靶向代谢组学、体内实验 | NA | 单细胞转录组数据、代谢组数据、组织形态数据 | 大鼠分组实验(对照组、低剂量组、中剂量组、高剂量组),具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 666 | 2025-12-07 |
PEGylated black-phosphorus nanosheet-alginate hydrogels enable local PRRX1 delivery to drive fibroblast reprogramming in intestinal fibrosis
2025-Dec-05, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03896-9
PMID:41350883
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了克罗恩病肠道纤维化中的关键转录因子PRRX1,并开发了一种新型水凝胶递送系统用于局部PRRX1递送,以驱动成纤维细胞重编程 | 首次将PRRX1鉴定为肠道纤维化的核心调控因子,并创新性地开发了PEG化黑磷-海藻酸盐水凝胶(PRRX1@BP-PEG/Alg)用于局部蛋白质递送,实现了对成纤维细胞表型的直接重编程 | 研究主要基于小鼠模型和体外人类成纤维细胞实验,尚未在人类患者中进行验证;水凝胶系统的长期安全性和生物相容性有待进一步评估 | 阐明肠道纤维化的分子机制并开发靶向治疗策略 | 克罗恩病患者的成纤维细胞、小鼠模型(Col1a2-Cre; Prrx1)、人类肠道成纤维细胞 | 单细胞组学与生物材料 | 克罗恩病(肠道纤维化) | 单细胞RNA测序、ChIP-seq、报告基因检测、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质数据、基因组数据 | 来自克罗恩病患者的配对纤维化和非纤维化回肠组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 667 | 2025-12-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs of prognosis-associated RNA binding proteins during LIHC development
2025-Dec-05, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04088-z
PMID:41351009
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了与肝细胞癌预后相关的RNA结合蛋白在肿瘤发展过程中的调控程序 | 在单细胞水平上解析了肝细胞癌中RNA结合蛋白的异质性,并鉴定出HDGF作为一个候选致癌性RNA结合蛋白,通过体外实验和选择性剪接分析验证了其功能 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证;单细胞测序样本量有限,可能无法完全代表肿瘤异质性 | 探究肝细胞癌中RNA结合蛋白的单细胞水平异质性、调控作用及其治疗潜力 | 肝细胞癌肿瘤组织、恶性细胞群、髓系来源细胞群 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、TCGA数据分析、NMF算法、GO/KEGG富集分析、CCK-8、EdU、Transwell实验、SpliceSeq分析 | NMF算法、单细胞转录组分析 | 单细胞RNA测序数据、TCGA-LIHC批量RNA测序数据 | 未明确指定,使用了TCGA-LIHC数据集和单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 668 | 2025-12-07 |
Clonal differentiation of plasmablasts undergoing oral immunotherapy in patients with milk allergy
2025-Dec-04, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.10.006
PMID:41350126
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析,描述了牛奶过敏患者在接受口服免疫疗法期间浆母细胞的克隆分化特征 | 首次通过单细胞转录组学和B细胞免疫受体分析,结合重组抗体谱分析,揭示了浆母细胞在口服免疫疗法中的克隆扩增、IgD克隆识别过敏原以及超过80%匹配CDR克隆的发现 | 研究仅基于2名患者的小样本,限制了结果的普遍性和统计效力 | 旨在表征接受口服免疫疗法的牛奶过敏患者中浆母细胞的谱系特征 | 牛奶过敏患者在接受口服免疫疗法期间的浆母细胞 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞转录组学分析、B细胞免疫受体分析、重组抗体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据、免疫受体序列数据 | 2名牛奶过敏患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 669 | 2025-12-07 |
Leveraging single-cell RNA-seq in helminthology
2025-Dec-04, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2025.11.003
PMID:41350151
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在蠕虫学领域的应用,包括其在解析蠕虫细胞异质性、发育生物学、宿主-蠕虫相互作用及免疫病理机制中的作用 | 通过scRNA-seq技术革新了蠕虫学研究,提供了对蠕虫细胞和发育生物学、宿主-蠕虫相互作用及感染免疫病理机制的关键见解,并促进了新型抗蠕虫治疗靶点的发现 | 存在某些技术限制和挑战,但具有进一步改进和与其他方法(如单细胞多组学)整合的潜力 | 概述scRNA-seq技术并强调其在蠕虫学领域的应用,以推动蠕虫研究的转化 | 蠕虫(寄生虫)及其与宿主的相互作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA转录本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 670 | 2025-12-07 |
Treg-microglia partnership in the injured spinal cord preserves Treg cell function and regulates microglial cholesterol metabolism
2025-Dec-03, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.09.001
PMID:41027425
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研究论文 | 本研究揭示了在脊髓损伤中,调节性T细胞(Treg细胞)与微胶质细胞之间的相互作用机制,特别是Treg细胞如何通过调节微胶质细胞的胆固醇代谢来发挥神经保护作用 | 首次通过单细胞RNA测序等技术,明确了胸腺来源的Treg细胞在脊髓损伤后的时空动态、克隆性及其通过MHC II依赖的机制与微胶质细胞形成伙伴关系,从而调节胆固醇代谢和炎症反应 | 研究主要基于动物模型,人类脊髓损伤中的Treg-微胶质细胞相互作用机制尚需进一步验证;单细胞测序样本量可能有限,需扩大以增强统计效力 | 探究脊髓损伤中Treg细胞的动态、功能及其与微胶质细胞的相互作用机制,为开发基于Treg细胞的治疗策略提供理论基础 | 脊髓损伤模型中的Treg细胞和微胶质细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光 | NA | RNA序列数据,图像数据 | 未明确指定样本数量,但涉及脊髓损伤模型的细胞分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 671 | 2025-12-07 |
Neutrophil Extracellular Traps (NETs) in health and disease
2025-Dec-03, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00337-9
PMID:41335221
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综述 | 本文综述了中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)在健康和疾病中的作用,包括其形成机制、生理功能、病理关联及治疗策略 | 整合了NETs在多种疾病中的最新研究进展,并探讨了基于NETs的靶向治疗策略 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行总结 | 探讨NETs在免疫、炎症和组织重塑中的动态调节作用及其在疾病发病机制中的角色 | 中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)及其在健康和疾病状态下的生物学功能 | NA | 自身免疫性疾病,心血管疾病,癌症,感染性疾病,炎症相关疾病 | 成像技术,蛋白质组学,单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 672 | 2025-12-07 |
LOSTdb: a manually curated multi-omics database for lung cancer research
2025-Dec-03, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06319-6
PMID:41339793
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研究论文 | 开发了一个名为LOSTdb的手动整理的多组学数据库,用于肺癌研究 | 首次系统性地整合了肺癌的多组学数据,并提供了分子亚型注释系统、交叉搜索功能和多种分析工具 | NA | 为肺癌精准医学研究提供一个综合性的多组学数据资源和分析平台 | 肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | bulk RNA-seq, 基因组学, 蛋白质组学, 甲基化测序, scRNA-seq | NA | 多组学数据 | 34,393个样本(包括高质量临床标本、小鼠模型和细胞系)及超过120万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 基因组学, 蛋白质组学, 甲基化测序 | NA | NA |
| 673 | 2025-12-07 |
DAP12 deletion reduces neuronal SLIT2 and demyelination and enhances brain resilience in female tauopathy mice
2025-Dec-02, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00903-3
PMID:41331787
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研究论文 | 本研究探讨了DAP12缺失在tau蛋白病变小鼠中如何通过减少神经元SLIT2表达和脱髓鞘来增强大脑韧性 | 揭示了DAP12通过调控兴奋性神经元中SLIT2表达与少突胶质细胞依赖性髓鞘丢失之间的新机制联系 | 研究主要基于小鼠模型,人类AD大脑中的验证有限,且性别差异机制未完全阐明 | 探究DAP12在tau蛋白病变中调控大脑韧性的分子机制 | 人类Tau P301S转基因小鼠的脑组织,特别是海马区域 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,空间转录组学,CellChat分析 | NA | 转录组数据,空间表达数据 | 使用人类Tau P301S转基因小鼠,具体样本数量未明确说明 | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 674 | 2025-12-07 |
Next-generation immune profiling - beyond blood cancer cells
2025-Dec, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2025.06.004
PMID:40645853
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评论 | 本文讨论了下一代免疫分析技术在血液恶性肿瘤中的应用,强调超越癌细胞特征,整合免疫环境以改善疾病分类和精准免疫治疗 | 提出将免疫环境纳入血液恶性肿瘤诊断分类,并倡导利用单细胞测序等新技术标准化免疫亚型定义,以弥补现有WHO/ICC 2022分类的不足 | 未提及具体实施这些技术的临床验证数据或样本规模,可能缺乏实证支持 | 旨在推动下一代免疫分析技术整合到临床工作流中,以提升血液恶性肿瘤的诊断准确性和个体化治疗潜力 | 血液恶性肿瘤及其非恶性免疫环境 | 数字病理学 | 血液癌症 | 单细胞测序、空间转录组学、高级细胞计数法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 675 | 2025-12-07 |
Benchmarking Ploidy Estimation Methods for Bulk and Single-Cell Whole Genome Sequencing
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507839
PMID:40916931
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研究论文 | 本研究对用于批量及单细胞全基因组测序数据的倍性估计方法进行了系统性基准测试与性能比较 | 首次系统性地比较了11种批量WGS和8种单细胞WGS倍性估计方法的性能,并评估了多种实验条件对工具表现的影响 | 现有工具在整倍体样本或长读长测序数据上表现均不佳 | 评估和比较不同计算工具在估计细胞倍性方面的性能,为相关研究提供方法学指导 | 批量与单细胞全基因组测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 全基因组测序 | NA | 基因组测序数据 | 基于实验和模拟数据集(二倍体细胞与异倍体或多倍体细胞的混合物) | NA | 批量全基因组测序, 单细胞全基因组测序 | NA | NA |
| 676 | 2025-12-07 |
Neural basis for parental behavioral transitions in mice
2025-Dec, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103113
PMID:40972155
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综述 | 本文综述了小鼠中亲代行为转变的神经基础,重点探讨了激素与特定脑区细胞类型相互作用驱动亲代行为的机制 | 整合了单细胞转录组学和细胞类型特异性基因操作的最新进展,阐明了激素如何与特定脑细胞类型相互作用以驱动亲代行为相关脑区的结构和生理可塑性,并探讨了亲代行为作为研究自然动机行为学习模型的潜力 | 本文是一篇综述,不包含原始实验数据,主要基于已有研究进行总结和讨论 | 探讨哺乳动物亲代行为转变的神经和激素机制 | 小鼠(主要研究模型),涉及雌性和雄性的亲代行为 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,细胞类型特异性基因操作 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 677 | 2025-12-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals ITGA2-Mediated Metabolic Reprogramming and Immune Crosstalk in Pediatric Thyroid Carcinogenesis
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504088
PMID:40985182
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示ITGA2介导的代谢重编程和免疫互作在儿童甲状腺癌发生中的作用 | 识别出ITGA2-PTC细胞亚群,并阐明其通过增强糖酵解通量和诱导M2巨噬细胞极化双重致癌通路驱动儿童甲状腺癌的机制 | 样本量相对较小(4例PPTC和9例APTC),可能限制结果的普适性 | 探究儿童甲状腺癌特异性分子机制,以推动精准诊断和靶向治疗发展 | 儿童和成人甲状腺癌临床样本及器官模型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组织化学 | 器官模型 | 转录组数据,图像数据 | 90234个细胞转录组,来自4例PPTC和9例APTC临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 678 | 2025-12-07 |
Single-Cell Immune Profiling Reveals Neutrophils Promote Myasthenia Gravis Exacerbation Through BAFF Secretion
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509260
PMID:40995750
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序、动物模型和临床队列分析,揭示了中性粒细胞通过分泌BAFF促进重症肌无力急性加重的机制 | 首次在单细胞水平上揭示了中性粒细胞-BAFF-浆细胞轴在重症肌无力急性加重中的关键作用,并发现IFN-γ信号通路是驱动该过程的核心 | 研究主要基于急性加重期样本,对疾病稳定期或其他自身免疫病的普适性有待验证 | 探究中性粒细胞在重症肌无力急性加重中的具体功能和分子机制 | 重症肌无力患者的骨髓和外周血样本、实验性自身免疫性重症肌无力小鼠模型、临床患者队列 | 单细胞组学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据、临床数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及患者骨髓/外周血、EAMG小鼠模型及临床队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 679 | 2025-12-07 |
Identification of novel differentiation trajectories and gene network associations with ectopic pregnancy in fallopian tube epithelium
2025-Dec-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf200
PMID:41183511
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据的网络建模,揭示了输卵管上皮细胞的新型分化轨迹及其与子宫内膜的功能差异,并识别了与异位妊娠相关的候选基因 | 发现了一种新型的OVGP1+上皮祖细胞群体,并绘制了其向成熟分泌或纤毛细胞的双向分化轨迹;通过因果网络建模揭示了输卵管与子宫内膜分泌细胞之间的功能差异,并识别了与异位妊娠相关的基因网络 | 先前研究中育龄妇女的样本量有限,且未进行候选基因的体外或体内验证 | 识别输卵管上皮细胞的发育轨迹,并揭示其与子宫内膜的功能差异,以探究异位妊娠的分子机制 | 输卵管和子宫内膜的上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 异位妊娠 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RNA速度分析,表达数量性状位点(eQTL)映射,超图建模 | 超图模型 | 单细胞转录组数据 | 13名女性的输卵管scRNA-seq样本(来自三项先前研究)和13名女性的子宫内膜scRNA-seq样本(来自一项研究) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 680 | 2025-12-07 |
APOE4 to APOE2 allelic switching in mice improves Alzheimer's disease-related metabolic signatures, neuropathology and cognition
2025-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02094-y
PMID:41219507
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研究论文 | 本研究开发了一种可诱导的APOE等位基因转换小鼠模型,探究了从APOE4转换为APOE2对阿尔茨海默病相关代谢特征、神经病理学和认知功能的改善作用 | 首次开发了可诱导的APOE4到APOE2等位基因转换小鼠模型,并证明短期转换能广泛影响大脑转录组和脂质组,星形胶质细胞特异性APOE替换可能成为未来基因编辑治疗AD的可行策略 | 研究基于小鼠模型,与人类AD病理可能存在差异;基因转换的长期效果和安全性仍需进一步验证 | 探究APOE等位基因转换对阿尔茨海默病病理和认知功能的影响 | APOE4s2基因转换小鼠模型,以及其与5xFAD背景的杂交小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 基因敲入模型、单细胞转录组测序、蛋白质组学分析、脂质组学分析 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据、脂质组数据、单细胞转录组数据、行为学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及多种基因型小鼠模型 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |