单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2024-12-13	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	首次将单细胞RNA测序应用于全胚胎表型分析，提供了前所未有的广度和分辨率	研究仅限于胚胎发育的特定阶段（胚胎第13.5天），且样本量相对较小	建立一种可扩展的平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	22种突变型和4种野生型小鼠胚胎的单细胞RNA测序数据	数字病理学	发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	101个胚胎，包括22种突变型和4种野生型
642	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
643	2024-12-13	Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo 2023-08-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873 PMID:37531416	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α	首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者	鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响	HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用	基因组学	HIV感染	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者）
644	2024-12-13	Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.03.539288 PMID:37205402	研究论文	研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用	通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现	探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础	小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠眼杯样本
645	2024-12-12	Identification and validation of serum MUC17 as a non-invasive early warning biomarker for screening of gastric intraepithelial neoplasia 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102207 PMID:39580962	研究论文	本文研究了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物的鉴定和验证	首次鉴定并验证了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性生物标志物，具有高胃癌特异性	研究主要基于数据库数据和临床样本的验证，未来需要更大规模的临床试验来进一步验证其有效性	寻找和验证胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物	MUC17在胃上皮内瘤变中的表达及其作为生物标志物的潜力	NA	胃癌	scRNA-seq, IHC, Elisa	NA	mRNA数据, 基因列表	临床患者的血清和组织样本，涵盖不同病理阶段
646	2024-12-12	Single-cell analysis combined with transcriptome sequencing identifies autophagy hub genes in macrophages after spinal cord injury 2025-Jan, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110412 PMID:39612968	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	首次通过单细胞RNA测序和转录组测序的联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	实验仅限于脊髓损伤后的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或疾病模型	探索脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化及其分子机制	脊髓损伤后的巨噬细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
647	2024-12-12	Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111351 PMID:39650727	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39	首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性	研究主要基于Visium空间转录组学数据，可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性	探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定与Gleason评分进展相关的基因	前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA	转录组数据	NA
648	2024-12-12	Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401392R PMID:39652089	研究论文	本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响，发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖	首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，缺乏人体临床数据	探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制	角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为	NA	NA	RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 细胞行为数据	人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞
649	2024-12-12	mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective 2024-Dec-11, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00431-24 PMID:39660837	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用及其对研究细菌单细胞在生态系统水平过程贡献的影响	NA	NA	探讨单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用	细菌单细胞在生态系统水平过程中的贡献	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
650	2024-12-12	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了突变型GNAS在胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）中的代谢重编程作用，揭示了其在IPMN发病机制中的基因特征和代谢依赖性	本文首次揭示了突变型GNAS R201C表达导致的G(s)alpha信号传导在胰腺肿瘤细胞中诱导胃型化生基因特征和糖酵解依赖性的机制	本文主要基于小鼠模型和细胞系进行研究，尚未在人类IPMN样本中验证这些发现	揭示突变型GNAS R201C表达对IPMN表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）及其相关细胞系	数字病理学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	包括小鼠模型和肿瘤衍生细胞系在内的多种样本
651	2024-12-12	Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902 PMID:39349007	研究论文	本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌（HCC）中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用	首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达，从而增强CD8+ T细胞浸润，抑制HCC进展	NA	探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因，并提出重塑HCC微环境的新治疗策略	肝细胞癌（HCC）中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	使用HCC小鼠模型进行实验
652	2024-12-12	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2024-Dec-10, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤（AAA）中最有效的炎症标志物CXCR4，并开发了靶向CXCR4的磁性纳米颗粒探针，用于多模态成像以实现AAA的早期检测和预后评估	首次开发了靶向CXCR4的磁性纳米颗粒探针，结合磁粒子成像（MPI）和荧光成像（FLI），提供了一种新的AAA预后预测和早期检测方法	研究主要在鼠模型中进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	开发一种新的成像技术，用于腹主动脉瘤的早期检测和预后评估	腹主动脉瘤（AAA）及其相关的免疫细胞和炎症血管细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	图像	使用了GSE155468和GSE166676数据集中的单细胞RNA测序数据，并在鼠模型中进行了验证
653	2024-12-12	RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases 2024-Dec-10, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024 PMID:39658200	研究论文	本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序，研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性	本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术，揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性，并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法	本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病，且样本量有限	研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点	人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体	数字病理学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本，共分析了超过165,000个细胞
654	2024-12-12	Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535 PMID:39658263	研究论文	本文研究了结直肠癌（CRC）中脂质失调与炎症无法消退之间的关系	首次整合脂质组学、单细胞和空间转录组学数据，揭示了CRC中脂质类转换缺陷导致的持续炎症状态	研究样本量有限，且未进行临床治疗验证	探讨结直肠癌中脂质失调是否由炎症无法消退引起	结直肠癌和正常组织的脂质组学和转录组学特征	数字病理学	结直肠癌	液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）、定量逆转录PCR、空间转录组学	NA	基因表达数据	40个结直肠癌和正常配对样本，81个结直肠癌和正常配对样本
655	2024-12-12	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2024-Dec-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三级淋巴结构（TLSs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的异质性及其对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的影响	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIF）染色和放射组学技术评估了TLSs和肿瘤微环境（TME）在TNBC患者新辅助治疗前后的变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像学生物标志物评分系统	NA	探讨三级淋巴结构在三阴性乳腺癌中的作用及其对新辅助治疗反应的预测价值	三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境和三级淋巴结构	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（mIF）染色、放射组学技术	NA	图像、基因表达数据	TNBC患者样本
656	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling 2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241305914 PMID:39648853	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卒中和创伤性脑损伤中的应用，讨论了当前的成就、挑战以及未来的发展方向	本文介绍了scRNA-seq技术的最新进展，包括空间转录组学的应用，以及如何结合蛋白质组学、代谢组学或染色质可及性数据进行未来研究	本文未详细讨论scRNA-seq技术在实际应用中的具体限制，如组织解离过程中引起的细胞应激反应	探讨scRNA-seq技术在卒中和创伤性脑损伤中的应用及其未来发展	卒中和急性创伤性脑损伤的单细胞RNA测序	数字病理学	脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
657	2024-12-12	SuperSpot: Coarse Graining Spatial Transcriptomics Data into Metaspots 2024-Dec-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文介绍了一种名为SuperSpot的工作流程，用于将空间转录组数据中的相邻且转录组相似的spot聚合成metaspots	提出了将相邻且转录组相似的spot聚合成metaspots的方法，以减少数据规模和稀疏性，并促进对大规模空间转录组数据的分析	NA	改进空间转录组数据的分析方法，以更好地表征复杂生物组织的表型和解析细胞微环境	空间转录组数据中的spot	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
658	2024-12-12	Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae025 PMID:38874174	综述	本文综述了单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的进展	单细胞测序技术提供了比传统批量测序更精细的细胞和分子特征信息，有助于揭示铁死亡相关的机制和途径	NA	探讨单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的应用	铁死亡相关的途径、免疫检查点、生物标志物以及与铁死亡相关的肿瘤细胞簇	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
659	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
660	2024-12-12	Gene regulatory network inference based on novel ensemble method 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae036 PMID:39324652	研究论文	本研究提出了一种基于13种基本分类方法和灵活神经树（FNT）的集成方法，以提高基因调控网络（GRN）的识别准确性	开发了一种基于基因编程变体和粒子群优化的混合进化算法来搜索最优的FNT模型，并证明了所提出的集成方法在多个数据集上优于多种现有算法	NA	提高基因调控网络的识别准确性	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	灵活神经树（FNT）	基因数据	三个模拟数据集和三个真实单细胞RNA-seq数据集