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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6421 | 2025-11-24 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160300
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研究论文 | 本研究探索利用空间转录组学数据通过对比跨模态预训练机制生成深度学习模型,以提取分子和组织学信息用于基于图的学习任务 | 首次将空间转录组学数据与组织学成像配对,通过对比跨模态预训练机制增强基于图的深度学习模型在癌症病理分析中的性能 | NA | 开发能够更好理解癌变形态学和分子基础的算法,提升基于图的深度学习在癌症病理分析中的性能 | 癌症组织病理学全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 对比跨模态预训练,基于图的深度学习 | 图神经网络 | 图像,空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 50微米分辨率定位的组织学成像与空间转录组学数据配对 |
| 6422 | 2025-11-24 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160301
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研究论文 | 本研究探索从常规H&E染色组织切片推断空间转录组信息的潜力,以增强皮肤光老化的大规模分子评估 | 开发了从常规H&E染色切片推断空间转录组信息的机器学习方法,避免了昂贵空间转录组技术的限制 | 研究样本量有限(仅4名患者),且存在患者间变异性 | 增强皮肤光老化的大规模分子评估能力,为皮肤癌研究提供新方法 | 皮肤组织标本,特别是基底细胞癌和鳞状细胞癌手术切除部位邻近的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学,全玻片成像,机器学习 | 机器学习模型 | 图像,转录组数据 | 来自261个皮肤标本队列中的4名患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组分析,50微米分辨率,分析超过18,000个基因 |
| 6423 | 2025-11-24 |
Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160299
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研究论文 | 提出一种整合空间转录组学和组织病理学图像的深度学习方法,以更好地识别癌症组织中的生物学模式 | 首次将空间转录组学数据与组织病理学图像通过深度学习模型相结合,利用ResNet提取形态学特征,实现图像感知的特征发现 | 方法主要针对胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌等特定癌症类型,在其他疾病中的适用性有待验证 | 开发能够整合空间转录组学和图像数据的分析方法,以更好地理解癌症组织的空间异质性 | 胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学,深度学习 | ResNet-50, Louvain聚类 | 空间基因表达数据,高分辨率全切片组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6424 | 2025-11-24 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551188
PMID:37577612
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研究论文 | 本研究开发了从常规H&E染色组织切片推断空间转录组信息的机器学习方法 | 首次探索从常规H&E染色切片虚拟推断空间转录组信息,以克服现有技术成本高和样本间变异大的限制 | 研究样本量相对较小(仅4名患者),可能限制结果的普适性 | 通过虚拟推断空间转录组信息来增强皮肤光老化的大规模分子评估能力 | 皮肤光老化组织,特别是基底细胞和鳞状细胞角质瘤手术切除部位邻近的皮肤标本 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学,全玻片成像,机器学习 | 机器学习模型 | 图像,转录组数据 | 来自261个皮肤标本队列中的4名患者样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组分析,50微米分辨率,分析超过18,000个基因 |
| 6425 | 2025-11-24 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.30.551187
PMID:37577686
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研究论文 | 本研究探索利用空间转录组学数据通过对比跨模态预训练机制生成深度学习模型,以提取分子和组织学信息用于基于图的学习任务 | 首次将空间组学数据与组织学成像配对,通过对比跨模态预训练机制增强基于图的深度学习模型在癌症病理分析中的性能 | NA | 开发能够更好理解癌变形态学和分子基础的算法,提升基于图的深度学习在癌症病理分析中的性能 | 癌症组织病理学全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 对比跨模态预训练,基于图的深度学习 | 图神经网络 | 图像,空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 50微米分辨率定位的组织学成像 |
| 6426 | 2025-11-23 |
Residual disease in NPM1-mutated acute myeloid leukemia
2026-Jan-15, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2025.120586
PMID:40912477
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综述 | 本文综述了NPM1突变急性髓系白血病中微小残留病监测的技术进展与挑战 | 系统评估了qPCR、NGS、ddPCR等传统技术与CRISPR-Cas9、单细胞测序、人工智能等新兴技术在MRD监测中的综合应用 | 人工智能工具临床转化有限,受限于数据质量、算法偏见、基础设施和监管框架缺失等问题 | 评估NPM1突变AML中MRD监测技术的临床应用价值与发展前景 | NPM1突变急性髓系白血病患者的微小残留病监测 | 自然语言处理 | 急性髓系白血病 | 定量PCR、下一代测序、微滴数字PCR、CRISPR-Cas9、单细胞测序 | 人工智能、机器学习 | 分子检测数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6427 | 2025-11-23 |
Cutting-edge nanobiosensors: Revolutionizing cancer diagnosis and enabling precision medicine
2026-Jan-15, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2025.120613
PMID:40962167
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综述 | 本文综述了结合纳米技术与人工智能的尖端纳米生物传感器在癌症诊断和精准医疗中的革命性应用 | 整合纳米技术与人工智能提升生物传感器性能,开发多功能平台融合分子识别、成像和治疗功能,拓展RNA靶向检测新领域 | 存在规模化制造、长期稳定性、监管合规和环境可持续性方面的重大挑战 | 推动癌症早期检测、实时疾病监测和精准医疗发展 | 循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTCs)和微RNA(miRNAs)等关键生物标志物 | 生物医学工程 | 癌症 | 纳米生物传感技术、单细胞测序、表观转录组检测 | NA | 生物分子数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 6428 | 2025-11-21 |
Single-cell transcriptome profiling reveals altered neural crest cell dynamics and novel biomarkers in EDNRB mutant mice with Hirschsprung's disease phenotype
2026-Jan, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101765
PMID:41262530
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6429 | 2025-11-23 |
Single-Cell Spatial Transcriptomic of Sjögren's Disease Salivary Glands
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4997-8_14
PMID:41269557
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研究论文 | 本章探讨利用10X Genomics的Visium HD空间转录组技术分析干燥综合征患者唾液腺组织的细胞和分子景观 | 首次应用高分辨率空间转录组技术研究人类干燥综合征唾液腺组织,保留组织结构的同时解析免疫细胞与结构细胞的相互作用 | 研究受限于小唾液腺活检组织的有限样本量 | 解析干燥综合征炎症环境的异质性,探索疾病机制和治疗机会 | 福尔马林固定石蜡包埋的人类小唾液腺组织 | 空间转录组学 | 干燥综合征 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10X Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组协议 |
| 6430 | 2025-11-23 |
Macrophages mediate acute kidney allograft rejection via a toll-like receptor 4-dependent mechanism
2025-Dec, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.09.014
PMID:41033459
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞通过TLR4/HIF1α依赖机制介导急性肾移植排斥反应 | 首次证明髓系细胞特异性TLR4缺失可显著抑制急性肾移植排斥,并发现HIF1α是TLR4下游关键靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究巨噬细胞在急性肾移植排斥反应中的作用机制 | 髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠模型 | 免疫学 | 肾移植排斥 | 单细胞RNA测序,免疫分型,药理学抑制 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,免疫细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6431 | 2025-11-23 |
Deciphering the role of RGS1-overexpressing CD8+T cells in immune evasion of bone metastatic cancer in the urinary system via single-cell sequencing analysis
2025-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152893
PMID:41176933
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示RGS1过表达的CD8+T细胞在泌尿系统骨转移癌免疫逃逸中的作用机制 | 首次阐明RGS1在骨转移癌免疫微环境中对CD8+T细胞功能的调控作用,并发现其与T细胞耗竭表型的关联 | 样本量相对有限(17例患者),需要在更大队列中验证研究结果 | 阐明RGS1在肿瘤骨转移免疫微环境中的调控机制及CD8+T细胞功能 | 肾细胞癌和前列腺癌患者的骨转移病灶组织及小鼠骨转移模型 | 单细胞测序分析 | 肾细胞癌,前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠骨转移模型 | 单细胞RNA测序数据 | 8例肾细胞癌患者和9例前列腺癌患者的骨转移病灶,共215,864个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6432 | 2025-11-23 |
Loss of Actrt1 in non-hematopoietic stroma suppresses pathological angiogenesis and tumor progression
2025-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152916
PMID:41197408
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研究论文 | 本研究揭示了Actrt1蛋白通过非造血基质细胞促进肿瘤血管生成和肿瘤进展的新机制 | 首次发现Actrt1在肿瘤微环境非造血内皮细胞中的关键作用,并证明其特异性调控病理性血管生成而不影响发育性血管生成 | 研究主要使用小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究Actrt1在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤血管生成的影响 | 小鼠肿瘤模型(B16F1和MC38肿瘤细胞)、血管内皮细胞 | 肿瘤生物学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,骨髓嵌合体实验,主动脉环分析,后肢缺血模型 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | Actrt1敲除小鼠和野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6433 | 2025-11-23 |
scCausalVI disentangles single-cell perturbation responses with causality-aware generative model
2025-Nov-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101443
PMID:41197632
|
研究论文 | 提出了一种因果关系感知的生成模型scCausalVI,用于解耦单细胞RNA测序数据中的内在细胞状态和外部刺激效应 | 通过深度结构因果网络显式建模细胞状态特异性对外部扰动的响应机制,整合结构因果建模与跨条件计算机预测 | NA | 区分单细胞数据中固有细胞变异与外部刺激诱导的外在效应 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 生成模型, 深度结构因果网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6434 | 2025-11-23 |
Non-visual photoreceptive brain specification in sea urchin larvae
2025-Nov-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65628-9
PMID:41258319
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研究论文 | 本研究在海胆幼虫中发现了一个对光敏感的神经元簇,这些神经元表达紫外线敏感蛋白Opsin5及多个保守的调控基因 | 首次在海胆幼虫中鉴定出具有非视觉光感受功能的神经中枢,揭示了其与脊椎动物脑区共享的分子特征 | 需要进一步研究以完全建立神经回路与行为之间的完整关系 | 探索后口动物中枢神经系统的进化起源 | 海胆幼虫 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交,基因敲低 | NA | 基因表达数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6435 | 2025-11-23 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Nov-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.103074
PMID:41259237
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠迁移原始生殖细胞及其周围体细胞,揭示前后位置差异对细胞信号通路的影响 | 首次系统比较前后位置迁移原始生殖细胞的转录组差异,发现非经典Wnt信号和Nodal-Lefty信号通路的区域特异性表达模式 | 研究仅基于小鼠模型,人类数据为重新分析已发表数据集,需要进一步实验验证 | 阐明原始生殖细胞迁移过程中与不同体细胞微环境相互作用的分子机制 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,全胚胎免疫荧光染色 | 轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 13,262个小鼠原始生殖细胞和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6436 | 2025-11-23 |
Inference of cell-type composition and single-cell spatial maps from spatial transcriptomics data with SWOT
2025-Nov-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09001-y
PMID:41261170
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研究论文 | 提出一种名为SWOT的空间加权最优传输方法,可从基于spot的空间转录组数据推断细胞类型组成和单细胞空间图谱 | 首次通过细胞到spot的映射方法同时推断细胞类型比例和单细胞空间位置,能够重建单细胞空间图谱 | 方法依赖于spot分辨率的空间转录组数据,在单细胞定位精度方面可能存在限制 | 开发从空间转录组数据重建单细胞分辨率空间图谱的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间位置 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,最优传输算法 | 空间加权最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于spot的空间转录组数据 |
| 6437 | 2025-11-23 |
Spatial multi-omics guides ASCT2-targeted delivery of glycolysis inhibitor for cervical cancer suppression and chemoresistance reversal
2025-Nov-16, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.035
PMID:41253274
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析识别宫颈癌糖酵解重编程特征,并开发靶向ASCT2的纳米平台递送糖酵解抑制剂用于肿瘤抑制和化疗增敏 | 首次通过空间多组学技术验证宫颈癌糖酵解脆弱性,并基于ASCT2过表达设计谷氨酰胺功能化脂质体实现肿瘤选择性药物递送 | 未明确说明样本规模和研究人群特征,临床前研究需进一步验证 | 建立宫颈癌糖酵解重编程的空间验证并开发靶向纳米递送系统 | 宫颈癌临床标本、小鼠模型和多种宫颈癌细胞系 | 空间多组学 | 宫颈癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 纳米递送系统 | 空间多组学数据, 基因组数据, 实验数据 | 包含TCGA队列、配对患者标本、匹配小鼠样本和多种细胞系 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6438 | 2025-11-23 |
Single-cell RNA sequencing in osteosarcoma: applications in diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Nov-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03121-5
PMID:41231422
|
综述 | 本文通过文献综述探讨单细胞RNA测序技术在骨肉瘤诊断、预后和治疗中的应用 | 系统评估单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤肿瘤微环境异质性、识别治疗靶点和发现新型治疗策略方面的创新贡献 | 存在单细胞方案的技术偏倚和非英语文献排除的问题,可能影响结果的普适性 | 评估单细胞RNA测序对骨肉瘤发生发展的贡献 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于107项研究的分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6439 | 2025-11-23 |
RGS proteins: Potential regulators of mouse melanopsin's signaling phototransduction cascade across ipRGC subtypes
2025-Nov-07, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.11.006
PMID:41204666
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研究论文 | 本研究探讨了RGS蛋白如何调节小鼠黑视蛋白在不同ipRGC亚型中的信号转导级联 | 首次发现ipRGC亚型选择性富集特定RGS蛋白,揭示了单个GPCR在不同细胞类型中启动不同信号转导级联的潜在机制 | 研究主要基于异源表达系统和体外实验,需要在更接近生理条件下进一步验证 | 探索单个GPCR在不同ipRGC亚型中启动不同信号转导级联的分子机制 | 小鼠视网膜中的内在光敏视网膜神经节细胞(ipRGCs)亚型 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞转录组学, RNAscope, 异源表达系统, DREADD技术 | NA | 转录组数据, 图像数据, 电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6440 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |