单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-05-11	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-May-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	research paper	该研究通过空间转录组学技术，对Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎进行了详细的空间分析，并构建了3D模型，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次对CS9人类胚胎进行空间转录组学分析，构建了3D模型，并识别了多种细胞类型及发育轨迹，包括后脑发育的两条不同路径、中脑-后脑边界的峡部组织者等	研究仅基于一个CS9胚胎的75个横断面，样本量较小，可能无法完全代表所有CS9胚胎的多样性	研究早期人类胚胎发育过程中的转录组和空间复杂性，以理解身体计划的形成	Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个CS9人类胚胎的75个横断面
622	2025-05-11	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-May-02, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，揭示了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次结合单细胞转录组学和代谢组学技术，系统研究了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征和功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型的验证	探索ASRGL1在鼻咽癌发生发展中的分子机制及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1和公开数据集GSE150430	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430和C666-1细胞系
623	2025-05-11	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-May-02, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	通过空间免疫分析和多组学分析，研究人类和小鼠肺腺癌前体的免疫微环境变化，提出TIM-3作为潜在干预靶点	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了其在早期干预中的潜在作用	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅涉及5种	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及前体组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析	小鼠模型	空间免疫数据、转录组数据	114例人类肺腺癌及前体样本，5种小鼠模型
624	2025-05-11	Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach 2025-May, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412 PMID:39993547	研究论文	通过多组学方法探索肠道微生物群、免疫细胞与骨质疏松症之间的因果关系	整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了肠道微生物群通过免疫细胞调节影响骨质疏松症的新机制	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的实验验证	探索骨质疏松症的分子机制，寻找新的治疗靶点	肠道微生物群、免疫细胞和骨质疏松症	生物信息学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank和芬兰队列的数据
625	2025-05-11	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究抗体介导的排斥反应中肾小球中心的分子特征	首次在抗体介导的排斥反应中实现肾小球特异性转录组的空间定位，并揭示足细胞在急性排斥反应中的脆弱性	研究仅基于单个患者的样本，结果需要更大样本量验证	探究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检组织	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	来自1名患者的4个活检样本（治疗前、治疗中和治疗后）
626	2025-05-11	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	research paper	本文提出了一种名为ScPace的新型时间戳校准模型，用于处理带噪声标记的时间序列单细胞RNA测序数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的去噪样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	开发一种有效的时间戳校准方法，以提高时间序列单细胞RNA测序数据分析的准确性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ScPace	基因表达数据	模拟和真实时间序列单细胞RNA测序数据集
627	2025-05-11	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统综述了类器官技术在精准医学中的应用，从实验室研究到临床实践的转化过程	强调了类器官技术在个性化医疗中的多面应用，包括药物效力和毒性筛选、疾病发病机制研究以及患者定制诊断	存在标准化、血管化和伦理问题等挑战	推动精准医学的发展，从分子层面到患者特异性治疗	类器官技术及其在精准医学中的应用	生物技术	肿瘤	3D培养系统、CRISPR功能筛选	NA	NA	NA
628	2025-05-11	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性地分析敲除小鼠品系的眼部表型，识别出与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	发现了12个与角膜生物学相关的新基因，这些基因可能成为治疗人类角膜疾病的潜在靶点	研究结果基于小鼠模型，需要在人类中进行进一步验证	探究导致小鼠晚期角膜营养不良的基因，并评估其在人类角膜疾病中的潜在作用	8901个敲除小鼠品系的数据，重点关注49周龄以上的小鼠	遗传学	角膜营养不良	基因敲除、单细胞转录组学、蛋白互作分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	8901个敲除小鼠品系
629	2025-05-11	Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy 2025-Apr-28, Journal of cardiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.jjcc.2025.04.008 PMID:40306461	研究论文	本研究结合转录组学和孟德尔随机化分析，探索线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因（MPTDN-RGs）与肥厚型心肌病（HCM）的关联	首次通过结合转录组学和孟德尔随机化分析，识别出与HCM中MPTDN相关的新基因ITGB2和STAT3	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	探索MPTDN-RGs在HCM中的作用及其潜在治疗靶点	肥厚型心肌病（HCM）患者及相关基因	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, mRNA-seq, 孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE36961、GSE141910、GSE174691）
630	2025-05-11	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Apr-28, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析对乙酰氨基酚处理小鼠的肝脏再生过程，发现两种不同的再生细胞群	发现两种截然不同的再生细胞群在同一再生过程中同时出现，并揭示了它们在细胞形态、分化、定位、增殖速率和信号响应方面的显著差异	研究仅基于公开数据，未进行实验验证，且仅使用小鼠模型，可能不完全适用于人类临床情况	探究急性肝损伤中肝脏再生的机制	乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程	生物医学研究	肝损伤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开数据集中的小鼠样本（具体数量未提及）
631	2025-05-11	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1 PMID:40321761	研究论文	开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染并揭示神经干细胞的过早分化	首次开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染引起的脑损伤	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其临床转化潜力	建立一个可靠且具有临床转化潜力的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染	人源化小鼠模型和寨卡病毒感染后的脑损伤	传染病模型	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
632	2025-05-11	CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study 2025-Apr-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292 PMID:40007380	研究论文	本研究通过实验和生物信息学方法，探讨了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2途径加剧脓毒症肺损伤的机制	首次揭示了CD177+中性粒细胞在脓毒症肺损伤中的主导作用及其通过NETs/AIM2途径的机制，并发现褪黑激素的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明脓毒症诱导的急性肺损伤的免疫细胞异质性和关键机制	脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型	免疫学与分子生物学	脓毒症与急性肺损伤	单细胞测序与分子生物学实验方法	Cecal Ligation and Puncture (CLP)小鼠模型	基因表达数据与实验数据	未明确提及样本数量，但使用了CLP小鼠模型
633	2025-05-11	Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.003 PMID:40010349	研究论文	该研究通过建立人类肠道类器官中BEST4/CA7细胞的培养协议，揭示了这些细胞在电解质平衡和免疫反应中的作用，特别是在细菌感染引起的腹泻中的关键功能	首次在人类肠道类器官中培养出BEST4/CA7细胞，并揭示了其在细菌毒素引起的腹泻中的CFTR介导的液体分泌机制	由于BEST4/CA7细胞在小鼠中不存在，且缺乏人类体外模型，研究受到一定限制	探索BEST4/CA7细胞在电解质平衡和免疫反应中的功能	人类肠道中的BEST4/CA7细胞	细胞生物学	腹泻	单细胞RNA测序	人类肠道类器官	NA	NA
634	2025-05-11	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	review	本文回顾了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	揭示了SCN9A和NTRK1等基因的突变谱，开发了基于NGS的预测模型，并发现了非编码RNA的新治疗途径	面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探索疼痛感知的分子和细胞基础，改善个性化疼痛管理	人类疼痛相关基因和遗传变异	遗传学	疼痛相关疾病（如遗传性感觉神经病变、骨关节炎、类风湿性关节炎）	NGS（下一代测序）、单细胞转录组学	NGS-based classifier	基因组数据、转录组数据	NA
635	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing reveals ECM remodeling-tumor stiffness-FAK as a key driver of vestibular schwannoma progression 2025-Apr, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102730 PMID:39988022	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了细胞外基质重塑-肿瘤硬度-FAK在前庭神经鞘瘤进展中的关键作用	首次揭示了ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的机制，并验证了FAK作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的作用	前庭神经鞘瘤(VS)	肿瘤生物学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
636	2025-05-11	Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion 2025-Apr, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797 PMID:39993589	research paper	该研究通过整合多组学网络数据，分析阿尔茨海默病基因的网络特性，挑战了传统认为AD基因主要是网络中心节点的观点	利用多组学网络整合和图扩散方法构建高质量网络，发现AD基因并非总是高度中心化的节点，而是分布在不同的中心性四分位数中	研究仅关注已知AD基因的网络特性，可能忽略了其他潜在相关基因	探究阿尔茨海默病基因在生物网络中的特性	阿尔茨海默病相关基因	生物信息学	阿尔茨海默病	microarray, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	图扩散方法	基因表达数据	NA
637	2025-05-11	A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873 PMID:39999493	研究论文	提出了一种名为FACH的新型图粗化学习方法，用于可扩展的单细胞数据分析	利用特征感知的图粗化哈希技术（FACH），结合局部敏感哈希，显著提高了单细胞数据处理的效率和适应性	未明确提及具体局限性	解决大规模单细胞数据图表示的计算挑战，提高分析效率和准确性	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	图神经网络	单细胞数据	未明确提及具体样本量，但提到在Baron Human数据集上达到88.1%的分类准确率
638	2025-05-11	Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880 PMID:39999494	研究论文	提出了一种新的单细胞RNA测序嵌入方法，整合基因表达谱和数据驱动的基因-基因相互作用	通过构建Cell-Leaf Graph和K-Nearest Neighbor Graph，结合图神经网络，更全面地表示细胞状态	未提及具体的技术实现细节或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据的嵌入质量，以更好地理解细胞异质性和功能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	随机森林模型, 图神经网络	基因表达数据	多个数据集（未提及具体数量）
639	2025-05-11	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	review	该综述讨论了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以增强重编程效率并扩展从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型库	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
640	2025-05-11	Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991 PMID:40258090	research paper	提出了一种名为iSORT的迁移学习方法，通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据来解析细胞的空间组织	iSORT能够以单细胞尺度发现空间模式，识别驱动模式的空间组织基因（SOGs），并利用SpaRNA速度概念推断伪生长轨迹	NA	解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞模式	人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎和人类发育心脏等生物系统	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	神经网络	基因表达数据、空间位置数据	多种生物系统样本，包括正常和动脉粥样硬化动脉