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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals tumor cell and immune cell variations associated with lymphatic metastasis in papillary thyroid cancer
2025-Dec-01, Endocrine connections
IF:2.6Q3
DOI:10.1530/EC-25-0514
PMID:41257484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了甲状腺乳头状癌中与淋巴转移相关的肿瘤细胞和免疫细胞变异 | 首次在单细胞水平上系统分析了PTC中淋巴转移相关的细胞异质性和细胞间通讯变化,特别是识别了CD8+驻留记忆T细胞在淋巴转移中的关键调控作用 | 样本量较小(仅6例患者),缺乏外部验证队列,且仅基于转录组数据 | 探究甲状腺乳头状癌中淋巴转移的细胞分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例PTC患者的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 622 | 2025-12-08 |
Single-cell transcriptomics reveals stepwise transformation of epithelial cells into Non-Professional Phagocytes
2025-Dec, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011953
PMID:41343490
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了果蝇卵巢上皮细胞分化为非专业吞噬细胞的逐步转化过程 | 通过Notch信号激活模型,结合单细胞RNA测序和轨迹分析,首次定义了NPP成熟的三个转录阶段,并鉴定了JNK-Jra-Arp2/3轴作为细胞骨架重塑的关键调控通路 | 研究基于果蝇模型,其机制在哺乳动物中的保守性尚未验证,且功能实验主要聚焦于JNK通路,其他潜在调控因子可能未被全面探索 | 探究上皮细胞向非专业吞噬细胞分化的遗传调控机制 | 果蝇卵巢上皮细胞(卵泡细胞) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,轨迹分析,SCENIC分析,ChIP-seq,免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据,染色质免疫沉淀数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 623 | 2025-12-08 |
ZBTB16 promotes the transcription of glycolytic enzyme PFKFB2 to participate in fibrogenesis in septic lung injury
2025-Dec, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.10.007
PMID:41166797
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子ZBTB16在脓毒症肺损伤纤维化中的作用,通过单细胞测序和基因集富集分析发现ZBTB16通过促进糖酵解酶PFKFB2的转录参与纤维化过程 | 首次揭示ZBTB16通过调控PFKFB2介导的糖酵解途径参与脓毒症肺损伤纤维化的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,缺乏临床样本验证,且具体信号通路细节需进一步探索 | 探究ZBTB16在脓毒症肺损伤纤维化中的功能及其分子机制 | LPS诱导的ALI小鼠模型、MRC-5细胞和原代成纤维细胞 | 单细胞测序 | 脓毒症肺损伤 | 单细胞测序,基因集富集分析(GSEA) | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量,涉及小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 624 | 2025-12-08 |
Identification of marginal zone B cells in head and neck cancer with immunomodulatory characteristics
2025-Nov-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.070
PMID:41325834
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术,在头颈癌患者中鉴定出具有免疫调节特性的边缘区B细胞,并探讨了其在肿瘤发生和预后中的作用 | 首次将边缘区B细胞与头颈癌肿瘤发展和预后关联,揭示了MZB-2亚群在早期肿瘤中的有益调节作用及MZB-Tfh-GCB轴的存在 | 研究未明确MZBs在晚期头颈癌中失去预后关联的具体机制,且免疫抑制基因特征并非MZBs独有 | 验证头颈癌中边缘区B细胞的存在,并研究其在肿瘤发生和预后中的潜在作用 | 头颈鳞状细胞癌患者和健康捐赠者的肿瘤组织、血液样本及B淋巴细胞 | 单细胞组学 | 头颈癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据, 空间转录组数据 | 118名头颈癌患者和6名健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 625 | 2025-12-08 |
Single-cell and spatially resolved transcriptomics elucidate the therapeutic mechanism of Tripterygium wilfordii Polyglycosidium in ulcerative colitis
2025-Nov-29, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157569
PMID:41351984
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序、空间转录组学和实验验证,阐明了雷公藤多苷通过抑制S100A8表达来缓解溃疡性结肠炎炎症的潜在治疗机制 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,结合CRISPR-Cas9基因编辑动物模型,系统性揭示了雷公藤多苷治疗溃疡性结肠炎的核心靶点S100A8及其作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人体内的治疗效果和机制仍需进一步验证;雷公藤多苷的52种化学成分中仅确认了少数与S100A8的直接相互作用 | 探究雷公藤多苷治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制和潜在治疗靶点 | DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型、雷公藤多苷的化学成分 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CRISPR-Cas9基因编辑, UPLC-Q-TOF-MS, 分子对接, 表面等离子体共振分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | DSS处理的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 626 | 2025-12-08 |
Spatial transcriptomics in the human left atrial appendage and pulmonary vein sleeve
2025-Nov-26, Cardiovascular pathology : the official journal of the Society for Cardiovascular Pathology
IF:2.3Q2
DOI:10.1016/j.carpath.2025.107802
PMID:41314481
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析了人类左心耳和肺静脉套组织的基因表达空间分布 | 首次在人类肺静脉和左心耳组织中应用空间转录组学技术,揭示了这些组织的细胞类型空间分布和AF相关基因的表达模式 | 样本来源于未使用的移植供体,可能无法完全代表AF患者的病理状态 | 研究心房颤动相关组织的转录组空间特征 | 人类肺静脉和左心耳组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | Seurat聚类分析 | 空间转录组数据 | 未使用的移植供体组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 627 | 2025-12-08 |
Integrated bioinformatics and pharmacology reveal esculin's mechanism against pancreatic adenocarcinoma drug resistance
2025-Nov-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157583
PMID:41351980
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和药理学方法,揭示了七叶苷在克服胰腺腺癌耐药性中的作用机制 | 利用单细胞RNA测序数据识别关键驱动基因并构建九基因风险模型,同时发现天然化合物七叶苷能靶向TP53、EP300和PIAS1蛋白以降低肿瘤耐药性 | NA | 构建基于基因的风险模型并探索克服胰腺腺癌肿瘤耐药性的靶向方法 | 胰腺腺癌患者、单细胞RNA测序数据、体外和体内耐药肿瘤模型 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、Lasso Cox回归、免疫组织化学、RT-qPCR | 九基因风险模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 628 | 2025-12-08 |
Identification of plasma cell infiltration-related gene signatures as a novel prognostic model for clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01907-5
PMID:41217528
|
研究论文 | 本研究旨在识别调控肾透明细胞癌中浆细胞浸润的关键基因,并构建一个新型预后模型来预测肾透明细胞癌 | 首次基于浆细胞浸润相关基因构建了肾透明细胞癌的预后评分模型,并整合年龄和分期提高了预测价值 | 研究依赖于公开数据库数据,需在独立队列中进一步验证模型的普适性 | 识别肾透明细胞癌中浆细胞浸润相关的关键基因,并构建预后预测模型 | 肾透明细胞癌患者 | 机器学习 | 肾透明细胞癌 | 单细胞测序 | 预后评分模型 | 基因表达数据 | TCGA和ArrayExpress数据库数据,以及外部验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2025-12-08 |
Platelet CKB as a potential contributor to serum creatine kinase abnormalities and metastasis in cancer patients
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01912-8
PMID:41217562
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研究论文 | 本研究通过整合回顾性癌症队列、血清CK同工酶电泳及qRT-PCR分析,探讨了癌症患者血清CK-MB活性异常升高的分子机制及其与肿瘤生物学的关系 | 首次揭示了血小板CKB作为血清CK异常和癌症转移的潜在贡献者,并开发了整合CK-BB和线粒体CK亚型的复合指数CK-Sub,用于评估肿瘤进展 | 研究主要基于回顾性队列和公共数据集,需要前瞻性研究验证;样本量虽大但集中于结直肠癌和肺癌,其他癌症类型代表性有限 | 探究癌症患者血清CK-MB活性异常升高的分子起源及其与肿瘤生物学特性的关联 | 癌症患者(特别是结直肠癌和肺癌患者)的血清、血小板样本及公共RNA测序数据集 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | qRT-PCR, RNA测序, 单细胞RNA测序, 血清CK同工酶电泳 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 电泳数据, qRT-PCR数据 | 回顾性癌症队列1,651例患者,配对血清和血小板样本 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 630 | 2025-12-08 |
Single-cell multi-omics of ribosome biogenesis-related genes reveals immune microenvironment in psoriasis and constructs a diagnostic model
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01916-4
PMID:41217566
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研究论文 | 本研究通过整合批量测序和单细胞测序数据,系统分析了核糖体生物发生相关基因在银屑病中的作用,构建了一个高精度的诊断模型,并揭示了其与免疫微环境的相互作用 | 首次系统整合批量测序和单细胞测序转录组数据来表征银屑病中核糖体生物发生相关基因的分子网络,构建了具有临床转化潜力的诊断模型,并阐明了Tregs失衡和STAT1介导的炎症极化的机制基础 | 未在文中明确说明,但可能包括样本量、数据集的异质性或模型的外部验证需求 | 阐明核糖体生物发生相关基因在银屑病中的分子网络,构建诊断模型,并研究其与免疫微环境的相互作用 | 银屑病患者的多中心转录组数据集 | 生物信息学 | 银屑病 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 多中心数据集(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 631 | 2025-12-08 |
Identification and external validation of a prognostic signature based on MAPK-related genes to evaluate survival prognosis and treatment efficacy in lung adenocarcinoma
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01925-3
PMID:41217578
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,构建了一个基于MAPK相关基因的预后特征,用于评估肺腺癌的生存预后和治疗效果 | 首次结合孟德尔随机化分析和随机生存森林算法,从多组学角度构建并验证了MAPK相关基因的预后模型,为肺腺癌提供了新的风险分层和治疗指导工具 | 模型主要基于回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证其在实际临床应用中的效果 | 构建一个稳健的MAPK相关基因特征,以增强肺腺癌的风险分层和治疗指导 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组测序、孟德尔随机化分析、随机生存森林算法、RT-qPCR、单细胞RNA测序 | 随机生存森林 | 基因表达数据 | TCGA-LUAD队列及三个独立的GEO队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 632 | 2025-12-08 |
Tertiary lymphoid organ-associated transcriptomic features predict rejection and outcome in kidney transplantation: integrative analysis and experimental validation
2025-Nov-11, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01899-2
PMID:41217598
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,揭示了肾移植中三级淋巴器官(TLO)相关的转录组特征,并建立了与排斥反应和移植结局相关的预测模型 | 首次构建了将TLO特征与临床结局关联的综合性多组学框架,并识别出具有诊断和预后效用的TLO相关基因生物标志物 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 | 表征肾移植中TLO相关的免疫景观,并研究其与移植物排斥反应和临床结局的关联 | 肾移植患者的移植物活检样本和移植排斥大鼠模型 | 生物信息学 | 肾移植排斥 | 多组学分析,包括bulk转录组测序和单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF),多种机器学习算法集成模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个肾移植队列的bulk转录组数据集和大鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2025-12-08 |
Exploring the prognostic value of T cell exhaustion and mitochondrial dysfunction related genes in breast cancer through bioinformatics analysis and RT-qPCR validation
2025-Nov-06, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01888-5
PMID:41193924
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和RT-qPCR验证,探索了与T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关的基因在乳腺癌中的预后价值 | 首次整合T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关基因构建乳腺癌预后模型,并结合单细胞转录组学分析免疫微环境 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床验证 | 识别乳腺癌中与T细胞耗竭和线粒体功能障碍相关的预后基因,并构建预后模型 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RT-qPCR, 单细胞转录组学, 生物信息学分析 | 回归分析, Cox回归, 风险模型 | 转录组数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 634 | 2025-12-08 |
TRIB3 promotes endometrial cancer progression through interacting with E2F1 and enhancing PKM2-mediated tumor glycolysis
2025-Nov, Gynecologic oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.ygyno.2025.09.008
PMID:40997650
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研究论文 | 本研究探讨了TRIB3在子宫内膜癌中的表达、功能及其通过稳定E2F1和增强PKM2转录促进肿瘤糖酵解的分子机制 | 揭示了TRIB3通过稳定E2F1和增强PKM2转录促进子宫内膜癌糖酵解的新机制,并首次鉴定出吲达帕胺作为TRIB3的化合物抑制剂 | 研究主要基于体外和体内实验,缺乏大规模临床验证,且TRIB3抑制剂吲达帕胺的临床转化潜力需进一步评估 | 探索TRIB3在子宫内膜癌中的作用及其潜在分子机制 | 子宫内膜癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、qRT-PCR、Western blot、共免疫沉淀、双荧光素酶报告基因、免疫荧光双染色、泛素化实验、染色质免疫沉淀 | NA | 单细胞RNA测序数据、TCGA数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 635 | 2025-12-08 |
FLT3LG as an inflammatory hub bridging tumor immune surveillance to therapy response in breast cancer
2025-Oct-29, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01889-4
PMID:41152656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和炎症基因网络分析,发现FLT3LG作为乳腺癌中关键的炎症枢纽,连接肿瘤免疫监视与治疗反应,并评估其作为预后和治疗靶点的潜力 | 首次基于单细胞RNA测序和炎症基因网络分析,将FLT3LG识别为乳腺癌中连接免疫监视与治疗反应的关键炎症枢纽,并揭示其与特定基因突变模式(如PIK3CA和TP53)及免疫检查点抑制剂反应的关联 | 研究主要基于相关性分析,缺乏直接的体内或体外功能验证实验来证实FLT3LG的因果作用机制 | 探索乳腺癌中炎症驱动的免疫失调机制,并寻找新的预后标志物和治疗靶点 | 乳腺癌患者队列及其肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,基因网络分析 | NA | RNA测序数据,基因表达数据 | 多个患者队列(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 636 | 2025-12-08 |
Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet syndrome
2025-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029
PMID:40516577
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术,揭示了Sweet综合征皮肤中干扰素激活的成纤维细胞在促进中性粒细胞招募中的关键作用 | 首次在Sweet综合征中识别出位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群,并阐明其通过I型干扰素识别和趋化因子表达驱动中性粒细胞浸润的机制 | 研究基于存档临床样本,样本量有限;功能验证主要在体外细胞培养中进行,缺乏体内模型验证 | 阐明Sweet综合征的细胞和分子景观,特别是中性粒细胞浸润的机制 | Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | 转录组数据、空间定位数据 | 存档临床皮肤样本(Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 637 | 2025-12-08 |
Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics
2025-Jun-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1
PMID:40585205
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术,解码了小鼠股骨及邻近骨骼肌中的细胞间通讯网络和信号通路,揭示了骨-肌肉互作的关键分子机制 | 首次提供了骨与骨骼肌之间细胞间通讯的空间解析图谱,识别了关键的配体-受体对和信号通路,为理解骨-肌肉互作提供了新的分子见解 | 研究局限于小鼠模型,且空间转录组学在骨-肌肉相互作用研究中的应用仍有限,需要进一步验证和扩展 | 研究骨与骨骼肌之间的细胞通讯网络和信号通路,以理解其互作机制及相关疾病 | 小鼠的股骨和邻近的骨骼肌组织 | 空间转录组学 | 骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 638 | 2025-12-08 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
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研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化中通过调节成纤维细胞代谢重编程促进其活化,并探讨了靶向CBX5作为治疗策略的潜力 | 首次发现CBX5作为连接表观遗传改变与成纤维细胞代谢异常的关键因子,在特发性肺纤维化(IPF)进展中驱动成纤维细胞持续活化 | 研究主要基于体外细胞模型和动物实验,临床转化潜力需进一步验证;CBX5调控代谢的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究表观遗传调控因子CBX5如何通过调节成纤维细胞代谢促进肺纤维化进展 | 肺成纤维细胞、特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织、博来霉素诱导的肺损伤模型 | 分子生物学与病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组化分析、代谢评估 | NA | RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据 | 未明确样本数量,但包括IPF患者肺组织、肺外植体及细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 639 | 2025-12-08 |
Decoding the distinct immune landscape and possible regulatory mechanisms of autoimmune hepatitis through integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335605
PMID:41343465
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序,解码了自身免疫性肝炎的独特免疫景观和可能的调控机制 | 整合单细胞和批量RNA测序数据,识别了AIH中失调的免疫细胞群、信号通路及潜在治疗靶点 | 数据来源于公共数据库,可能受样本来源和测序技术限制,未进行实验验证 | 解码自身免疫性肝炎的免疫景观和调控机制 | 自身免疫性肝炎患者 | 数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 640 | 2025-12-08 |
Single cell RNA sequencing reveals a dysbalance of proinflammatory vs. immunosuppressive dendritic cells in mouse and human aortic aneurysms
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1713030
PMID:41346489
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠和人类主动脉瘤中促炎性与免疫抑制性树突状细胞的失衡状态 | 首次通过单细胞RNA测序整合分析,系统表征了主动脉瘤中树突状细胞的异质性,并定义了新的DC3亚型及其促炎表型 | 研究主要基于动物模型数据向人类疾病转化,需要进一步的人类样本验证 | 探究树突状细胞在主动脉瘤发病机制中的具体作用 | 小鼠主动脉瘤模型和人类主动脉瘤组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个小鼠AA模型及人类AA样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |