单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-07-16	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	该研究探讨了I型腺苷受体（ADORA1）过表达在子宫肌瘤生长中的作用	首次发现ADORA1在子宫肌瘤中的过表达及其通过调节AKT1介导的信号通路促进肿瘤生长的机制	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床验证	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR、Western blot、免疫组化、单细胞转录组学、siRNA干扰	NA	组织样本数据、单细胞转录组数据	未明确说明数量的匹配子宫肌瘤和肌层组织标本
622	2025-07-16	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其通过TGF-β/SMAD3信号通路调控EMT和干性的机制	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而驱动膀胱癌EMT和干性的新机制	TCF7在膀胱癌中的具体转录调控机制仍需进一步研究	探究TCF7在膀胱癌进展中的生物学功能及转录调控机制	膀胱癌	肿瘤学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
623	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究机械负荷对胫骨软骨细胞的影响，并构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的细胞图谱	首次使用单细胞RNA测序技术深入探究机械负荷对软骨细胞的影响，并识别出关键基因和细胞类型	样本量较小，仅涉及6名捐赠者的组织样本	探究机械负荷对软骨细胞的生物学影响	胫骨软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	11个软骨组织样本（来自6名捐赠者），共分析132,685个细胞
624	2025-07-16	Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial 2025-Jul, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024 PMID:40294751	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了母乳喂养与配方奶喂养对新生儿免疫细胞白细胞介素信号通路的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异，揭示了母乳喂养下调外周免疫细胞细胞因子转录特征的机制	样本量较小（HMF n=6，FF n=3），且为非随机临床试验	表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异	3-3.5个月大的健康婴儿（母乳喂养6名，配方奶喂养3名）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名婴儿（6名母乳喂养，3名配方奶喂养）的外周血单个核细胞
625	2025-07-16	Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60704-6 PMID:40593535	研究论文	本文研究了腱鞘上皮细胞在肌腱损伤后对纤维化和再生过程的贡献	首次确定了腱鞘上皮细胞是肌腱损伤后纤维化和再生的重要细胞来源，并验证了其转录特征与人类瘢痕组织的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究肌腱损伤后纤维化和再生的细胞机制	小鼠和人类肌腱组织	组织再生医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织图像	NA
626	2025-07-16	Histopathologic Evaluation and Single-cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jun-24, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	通过结肠的组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，深入研究了J型储袋失败的分子机制	研究为回顾性病例对照设计，可能存在选择偏倚	探究导致J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制	接受IPAA手术的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学、免疫组化	NA	组织样本、基因表达数据	417例患者（其中部分进行单细胞空间转录组分析）
627	2025-07-16	Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution 2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01716-z PMID:40551145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胆管癌（CCA）的分子异质性，特别是肝内胆管癌（iCCA）和肝外胆管癌（eCCA）亚型之间的差异	首次在单细胞分辨率下解析了iCCA和eCCA的肿瘤生态系统差异，并鉴定出eCCA特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其与ISG15富集的微环境的关系	样本量相对有限（28个样本），且需要进一步的功能验证	阐明胆管癌亚型间的分子异质性并寻找潜在治疗靶点	胆管癌患者样本（包括慢性胆道炎症和不同解剖部位的CCA）	单细胞转录组学	胆管癌	scRNA-seq, 空间RNA原位测序, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据	28个样本（7例慢性胆道炎症，21例CCA），共109,071个单细胞
628	2025-07-16	[Biological characteristics of liver zonation and its role in disease and aging] 2025-Jun-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology DOI:10.3760/cma.j.cn501113-20241010-00532 PMID:40660991	综述	本文总结了肝脏分区在维持肝功能中的重要作用及其与疾病和衰老的关系	利用单细胞基因组学和空间转录组学技术深入理解肝脏分区的生物学特性	NA	探讨肝脏分区在维持肝功能及其与疾病和衰老的关系	肝脏及其分区细胞	生物医学	肝脏疾病	单细胞基因组学, 空间转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
629	2025-06-20	Spatial Transcriptomics of Hirschsprung Disease Resection Margins Marks Differential Gene Expression in Myenteric Plexus 2025-Jun-16, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
630	2025-07-16	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659774 PMID:40661400	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像方法，能够在保持细胞组织空间分辨率的同时，联合分析细胞状态和谱系	NA	研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病中的应用	细胞状态和谱系动态	生物技术	肿瘤转移	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	单细胞测序数据, 多模态成像数据	同基因小鼠肿瘤转移模型
631	2025-07-16	Two Specialized Intrinsic Cardiac Neuron Types Safeguard Heart Homeostasis and Stress Resilience 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659555 PMID:40661461	research paper	该研究通过单细胞转录组学、高分辨率成像和小鼠细胞特异性遗传工具，鉴定了两种分子上不同的内在心脏神经元亚型，揭示了它们在心脏稳态和应激反应中的独特作用	首次在分子水平上鉴定了两种功能特异的内在心脏神经元亚型，并阐明了它们在维持冠状动脉灌注和心脏电稳定性中的不同作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏组织中验证	揭示内在心脏神经系统的分子和功能组织，为开发针对心脏自主神经功能障碍的靶向治疗提供基础	小鼠内在心脏神经元	神经科学	心血管疾病	单细胞转录组学、高分辨率成像、细胞特异性遗传工具	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	NA
632	2025-07-16	Spatial Proofreading Amplification of in situ Transcript and Protein Signals 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659176 PMID:40661487	研究论文	介绍了一种基于动力学校对原理的无酶信号放大方法，用于增强空间转录组学实验中的信号亮度	提出了一种新型的无酶信号放大方法，利用短寡核苷酸探针在目标位点迭代沉积并通过光交联形成高度稳定的DNA组装体，实现超过500倍的信号放大	NA	提高空间转录组学实验中的信号检测效率和缩短成像时间	空间转录组学实验中的转录和蛋白质信号	空间转录组学	NA	无酶信号放大方法	NA	转录和蛋白质信号数据	NA
633	2025-07-16	Stc1-expressing myofibroblasts are a developmentally distinct lineage cleared through intrinsic apoptosis in the neonatal lung 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659126 PMID:40661545	research paper	该研究通过生成一种小鼠品系，标记并区分了发育过程中短暂的次级嵴肌成纤维细胞（SCMFs）与其他肌成纤维细胞，揭示了SCMFs的增殖和凋亡机制	首次生成能够忠实标记SCMFs的小鼠品系，并揭示了SCMFs与肺泡导管肌成纤维细胞（DMFs）的发育差异及其生命周期	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究不同肌成纤维细胞谱系在肺发育和疾病中的独特作用	次级嵴肌成纤维细胞（SCMFs）和肺泡导管肌成纤维细胞（DMFs）	developmental biology	lung disease	single-cell RNA-seq, genetic lineage tracing	mouse model	genetic and transcriptomic data	小鼠模型中的肌成纤维细胞群体
634	2025-07-16	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	研究论文	本文通过系统比较三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	首次系统比较了三种小鼠更年期模型，包括完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型，揭示了不同模型在激素和免疫改变方面的独特模式	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类更年期的复杂性	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学和机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠更年期模型
635	2025-07-16	Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation 2025-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658650 PMID:40661601	研究论文	本文提出了一种新方法MERLIN+P+TFA，通过先验知识引导的稀疏正则化来稳健准确地估计转录因子活性（TFA）和下游基因调控网络（GRN）	使用先验知识引导的稀疏正则化方法，提高了TFA估计和GRN推断的准确性，并在酵母和哺乳动物系统中验证了其效果	先验知识中的噪声可能影响TFA估计和GRN推断的质量，需要生成特定背景的金标准以提高精度	重建基因组规模的基因调控网络（GRN）并提高其推断质量	酵母和哺乳动物系统中的基因表达数据，包括批量数据和单细胞数据	系统生物学	NA	基因表达分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MERLIN+P+TFA	基因表达数据	模拟和真实表达数据，包括小鼠胚胎干细胞（mESC）状态的58个关键调控因子
636	2025-07-16	Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.656791 PMID:40661354	研究论文	该研究通过整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中肿瘤起始阶段促进或抑制恶性肿瘤的分子、细胞和组织水平事件	发现了一个离散的前体样细胞群，这些细胞同时激活致癌和肿瘤抑制程序，并重塑其微环境，形成了一个与侵袭性PDAC相似的生态位	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索从良性生长向恶性肿瘤转变的分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
637	2025-07-16	Single cell immunophenotyping identifies CD8 + GZMK + IFNG + T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658661 PMID:40661371	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和适应性免疫受体测序，首次全面解析了皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应	识别出CD8 + GZMK + IFNG + T细胞作为皮肤莱姆病中的关键免疫群体，并揭示了其在干扰素调节基因表达中的显著差异	研究主要聚焦于T细胞反应，可能忽略了其他免疫细胞类型的作用	探究皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应及其在疾病中的作用	皮肤莱姆病患者的EM病灶和自体未受累皮肤	免疫学	莱姆病	scRNA-Seq, 适应性免疫受体测序	NA	单细胞转录组数据	扩大的样本量（具体数量未提及）
638	2025-07-16	Single-cell transcriptomics yield insights into the stress-immune interplay and inform disease risk 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658150 PMID:40661381	研究论文	该研究通过单细胞转录组学探索了压力与免疫系统之间的相互作用及其对疾病风险的影响	首次在单细胞分辨率下揭示了压力激素依赖性和细胞类型特异性的转录组变化，并识别了独特的调控基因和炎症相关特征	研究采用体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的生理环境	探索压力激素如何通过免疫系统调节影响疾病风险	外周血单个核细胞和中性粒细胞	单细胞转录组学	心血管疾病、精神疾病、自身免疫性疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个独立的人类队列
639	2025-07-16	ASXL1 truncating mutations drive leukemic resistance to T cell attack 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.29.656798 PMID:40661385	研究论文	该研究通过分子分析和免疫功能研究，揭示了ASXL1截短突变驱动白血病对T细胞攻击的抵抗机制，并提出了一种通过EZH2抑制重新激活T细胞杀伤的治疗策略	首次将ASXL1截短突变与DLI抵抗联系起来，揭示了其通过HLA-I抑制和白血病干细胞特性介导的免疫逃逸机制，并提出了EZH2抑制剂的治疗潜力	研究主要基于体外细胞系实验和回顾性队列分析，需要在更多临床样本和体内模型中验证	探索白血病对DLI免疫治疗的抵抗机制并寻找潜在治疗策略	接受DLI治疗的白血病患者样本和K562白血病细胞系	肿瘤免疫学	白血病	全外显子测序、靶向突变面板测序、scRNA-seq、ATAC-seq、CRISPR基因编辑	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	两个独立DLI治疗患者队列的138,152个骨髓单髓系细胞转录组
640	2025-07-16	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.629263 PMID:40661514	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了狂犬病毒（RABV）与人类脑细胞共培养中的转录调控机制，揭示了病毒与宿主细胞间的相互作用及先天免疫抑制的影响	发现了狂犬病毒转录受宿主细胞类型影响，并识别出一种预先存在的‘促病毒’星形胶质细胞亚群，该亚群在先天免疫信号解除抑制后显著增加病毒转录	研究主要基于体外共培养系统，可能无法完全反映体内复杂的脑环境	探究狂犬病毒与人类脑细胞间的转录相互作用及先天免疫抑制的作用	人类脑细胞共培养体系中的狂犬病毒及其突变体	病毒学	狂犬病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类脑细胞共培养体系