单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-12-13	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	研究论文	本文研究了Fc工程化抗体在促进中性粒细胞依赖性控制结核分枝杆菌中的作用	本文通过工程化抗体的Fc区域，增强其促进结核分枝杆菌限制的能力，并发现这些抗体通过促进中性粒细胞的存活和抗菌程序的表达来控制结核病	本文未探讨单一Fc特征是否能普遍驱动结核分枝杆菌的控制	研究抗体在控制结核病中的作用机制，并探索其在治疗策略中的应用潜力	结核分枝杆菌、中性粒细胞、Fc工程化抗体	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	52种Fc变体
622	2024-12-13	Spatial transcriptomic analysis of tumour-immune cell interactions in melanoma arising from congenital melanocytic nevus 2024-Aug, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.19881 PMID:38420727	研究论文	研究先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤中肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）与肿瘤细胞的相互作用	首次探讨了CMN来源的黑色素瘤中TIICs与肿瘤细胞的相互作用，并使用空间转录组学技术分析了不同侵袭深度下的基因表达变化	样本量未明确提及，且未讨论研究结果的临床应用潜力	确定TIICs和肿瘤细胞在侵袭和转移过程中的肿瘤内免疫景观	先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤组织样本	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
623	2024-12-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-Jun-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	研究论文	本文开发了一种可诱导的Cre驱动工具，用于追踪和操控特定的小胶质细胞状态，揭示其在中枢神经系统发育和疾病中的可塑性和作用	开发了一种新的可诱导Cre驱动工具Clec7a-CreER，用于追踪和操控特定的小胶质细胞状态，揭示了小胶质细胞在发育和疾病中的动态变化和功能意义	由于缺乏特定的工具，对小胶质细胞状态的动态性和可塑性的理解仍然有限	研究小胶质细胞在中枢神经系统发育和疾病中的可塑性和作用	小胶质细胞在发育和疾病中的不同状态，包括增殖区域相关小胶质细胞（PAMs）和疾病相关小胶质细胞（DAMs）	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个发育和疾病模型中的小胶质细胞
624	2024-12-13	Intrinsic Gata4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Jun-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4420617/v1 PMID:38883722	研究论文	研究探讨了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部扩张的分子机制	首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了LDS小鼠主动脉平滑肌细胞的异质性，并发现Gata4表达的VSMC在主动脉根部表现出较低的分化状态和促炎性特征	研究仅限于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在人类患者中进行验证	识别Loeys-Dietz综合征中主动脉根部易扩张的分子决定因素	Loeys-Dietz综合征小鼠模型的主动脉平滑肌细胞	NA	心血管疾病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	基因表达数据	LDS小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
625	2024-12-13	Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population 2024-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0913 PMID:38416133	研究论文	研究分析了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的特征，特别是CD8+ T细胞的克隆扩展和效应功能	揭示了GBM中肿瘤浸润的CD8+ T细胞主要为克隆扩展的GZMK+效应T细胞，且缺乏典型的耗竭CD8+ T细胞群体	研究样本量较小，仅包括15名高级别胶质瘤患者	探讨GBM中TIL的特征及其在免疫治疗中的潜在意义	胶质母细胞瘤（GBM）和高级别胶质瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	NA	脑癌	单细胞RNA测序和配对的V(D)J测序	NA	转录组	15名高级别胶质瘤患者
626	2024-12-13	Targeting pathogenic fibroblast-like synoviocyte subsets in rheumatoid arthritis 2024-May-23, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03343-4 PMID:38783357	研究论文	本文讨论了类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	通过单细胞RNA测序等高通量技术，识别出类风湿性关节炎中特定的致病性成纤维样滑膜细胞亚群，并探讨了针对这些亚群的新治疗策略	目前尚未有针对成纤维样滑膜细胞的特异性疗法应用于类风湿性关节炎的临床管理	探讨类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	类风湿性关节炎中的成纤维样滑膜细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
627	2024-12-13	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592708 PMID:38766089	研究论文	本文介绍了一个名为scDAPP的单细胞转录组学分析管道，旨在优化跨组比较分析	scDAPP是一个基于R的工作流程，自动化了许多预处理步骤，使用经过基准测试的软件，并生成全面的中间数据和最终结果，适用于单细胞或核转录组数据的比较分析	NA	开发一个自动化和标准化的数据处理和分析管道，以应对单细胞转录组学数据复杂实验设计的需求	单细胞或核转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
628	2024-12-13	Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression 2024-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.571168 PMID:38168363	研究论文	本文介绍了一种在单细胞分辨率下高效准确检测病毒序列的方法，并应用于猕猴外周血单核细胞数据中，揭示了可能的新病毒及其对宿主基因表达的影响	本文提出了一种基于高度保守氨基酸域的病毒序列检测方法，能够在单细胞转录组数据中快速准确地检测病毒序列，覆盖多达10种病毒	本文的方法依赖于高度保守的氨基酸域，可能无法检测到所有类型的病毒	开发一种能够在单细胞分辨率下高效准确检测病毒序列的方法，并研究病毒与宿主基因表达的关系	猕猴外周血单核细胞中的病毒序列及其对宿主基因表达的影响	生物信息学	NA	高通量测序	NA	转录组数据	猕猴外周血单核细胞
629	2024-12-13	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	研究论文	研究探讨了SOCS3通过调节微胶质细胞和巨噬细胞中SPP1表达来调控病理性视网膜血管生成的机制	首次揭示了SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的关键作用	NA	探讨SOCS3在病理性视网膜血管生成中的作用机制	微胶质细胞、巨噬细胞和视网膜血管生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用血管生成小鼠模型进行研究
630	2024-12-13	Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF 2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300431 PMID:38416039	研究论文	本研究揭示了在小鼠骨髓来源的巨噬细胞中，通过M-CSF分化后存在一小部分高IL-12p40分泌的树突状细胞	首次发现M-CSF分化的小鼠骨髓来源巨噬细胞中存在高表达IL-12p40的树突状细胞亚群，并通过单细胞RNA测序证实了这一亚群的存在	研究仅限于小鼠模型，且主要在体外培养条件下进行，可能无法完全反映体内情况	探讨小鼠骨髓来源巨噬细胞中IL-12p40高表达的树突状细胞亚群的存在及其生物学意义	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的树突状细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的细胞亚群
631	2024-12-13	ScLinear predicts protein abundance at single-cell resolution 2024-03-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05958-4 PMID:38438709	研究论文	本文介绍了一种基于线性回归的方法scLinear，用于预测单细胞蛋白质丰度	scLinear比现有方法更高效，且不降低准确性，同时具有可解释性	未提及	开发一种高效且准确的单细胞蛋白质丰度预测方法	单细胞蛋白质丰度	机器学习	NA	线性回归	线性回归	RNA表达数据	未提及
632	2024-12-13	Single Cell High Dimensional Analysis of Human Peripheral Blood Mononuclear Cells Reveals Unique Intermediate Monocyte Subsets Associated with Sex Differences in Coronary Artery Disease 2024-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052894 PMID:38474140	研究论文	研究通过单细胞高维分析人类外周血单核细胞，揭示了与冠状动脉疾病性别差异相关的独特中间单核细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与冠状动脉疾病严重程度相关的中间单核细胞亚群，并发现这些亚群在女性中表现出更强的相关性	研究样本量较小，且仅限于冠状动脉疾病患者，可能限制了结果的普适性	探讨中间单核细胞亚群在冠状动脉疾病进展中的作用及其性别差异	人类外周血单核细胞及其在冠状动脉疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组和蛋白质分析	NA	单细胞数据	61名冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞
633	2024-12-13	Multiomic profiling reveals metabolic alterations mediating aberrant platelet activity and inflammation in myeloproliferative neoplasms 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172256 PMID:38060311	研究论文	研究揭示了骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者血小板异常活性和炎症的代谢改变	首次揭示了MPN患者中与PI3K/AKT/mTOR信号通路异常相关的代谢紊乱，并发现α-酮戊二酸（α-KG）补充能够显著减少血小板活化和炎症反应	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未在人体中进行临床试验验证	探讨骨髓增殖性肿瘤患者血小板异常活性和炎症的代谢机制	骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的血小板和单核细胞	NA	血液肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学	NA	RNA、蛋白质、代谢物	包括MPN患者和Jak2 V617F-knockin小鼠的血小板和单核细胞样本
634	2024-12-13	Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102647 PMID:39659576	研究论文	本研究探讨了磷酸甘油酸变位酶1（Pgam1）和双特异性磷酸酶1（Dusp1）在脂多糖诱导的内毒素血症中对心肌功能和线粒体稳态的影响	本研究首次揭示了Pgam1通过去磷酸化和降解Dusp1，破坏线粒体质量控制，从而加剧内毒素血症引起的心肌功能障碍	本研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证Pgam1-Dusp1轴的治疗潜力	探讨内毒素血症中Dusp1和Pgam1对心肌功能和线粒体稳态的作用机制	内毒素血症诱导的心肌功能障碍和线粒体稳态	NA	心血管疾病	qPCR, Seahorse分析, 分子对接研究, Western blot	NA	单细胞测序数据, 人类样本数据库	使用心肌细胞特异性敲除和转基因小鼠模型，以及LPS诱导的内毒素血症小鼠模型
635	2024-12-13	Cellular MSI-H score: a robust predictive biomarker for immunotherapy response and survival in gastrointestinal cancer 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AIWP6518 PMID:39659917	研究论文	本文提出了一种基于细胞水平的MSI-H评分方法，用于预测免疫治疗反应和胃肠道癌症患者的生存率	通过单细胞RNA测序数据，开发了一种新的细胞MSI-H评分方法，相比传统的分子MSI-H评分，能够更准确地预测免疫治疗反应和生存率	需要进一步的临床试验来验证该方法在不同癌症类型和患者群体中的适用性	开发一种更准确的MSI-H评分方法，以指导胃肠道癌症的免疫治疗决策	胃肠道癌症患者的免疫治疗反应和生存率	数字病理学	胃肠道癌	单细胞RNA测序	高斯有限混合模型	基因表达数据	97名接受免疫治疗的胃肠道癌症患者
636	2024-12-13	Effect of subcutaneous adipose tissue-associated CSRP2 on the progression of prostate cancer via the WDR5/USP44 pathway 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AHQT5920 PMID:39659944	研究论文	研究探讨了皮下脂肪组织相关蛋白CSRP2通过WDR5/USP44途径影响前列腺癌进展的机制	首次揭示了CSRP2通过抑制WDR5的去泛素化来抑制前列腺癌细胞增殖的机制	研究主要基于细胞实验和动物模型，尚未在人体中验证该机制	探讨肥胖相关蛋白CSRP2在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌细胞及其相关蛋白CSRP2、WDR5和USP44	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、组织芯片、免疫共沉淀、质谱分析	NA	基因表达数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas的前列腺癌转录组数据以及来自前列腺癌细胞的单细胞RNA测序和组织芯片数据
637	2024-12-13	Multi-modal transcriptomics: integrating machine learning and convolutional neural networks to identify immune biomarkers in atherosclerosis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1397407 PMID:39660117	研究论文	本研究通过整合机器学习和卷积神经网络技术，分析多模态转录组数据，以识别与动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	本研究首次揭示了与动脉粥样硬化相关的三个关键基因（CD36、S100A10、CSNK1A1），并提出了基于这些基因的两种不同亚型（C2和C1），为临床免疫药物研究提供了新范式	本研究主要基于公开的GEO数据集，样本量和数据多样性可能有限，未来需要更大规模和多样化的实验验证	建立计算模型，揭示与动脉粥样硬化相关的分子水平标志物	动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	共分析了198个样本（包括104个动脉粥样硬化病变样本和94个对照样本）以及30,498个单细胞
638	2024-12-13	A novel molecular classification system based on the molecular feature score identifies patients sensitive to immune therapy and target therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1466069 PMID:39660131	研究论文	本研究基于多维分子特征评分开发了一种新的分子分类系统，用于识别对免疫治疗和靶向治疗敏感的肝细胞癌患者	提出了基于多维分子特征评分的分子分类系统，并开发了实用的预测软件，识别了对免疫治疗和靶向治疗敏感的患者群体	NA	研究肝细胞癌的多维分子特征评分，并基于此进行分子分类，以指导精准医学	肝细胞癌患者的分子特征和分类	数字病理学	肝癌	RNA测序、单核苷酸变异分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	NA
639	2024-12-13	Decoding NY-ESO-1 TCR T cells: transcriptomic insights reveal dual mechanisms of tumor targeting in a melanoma murine xenograft model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1507218 PMID:39660132	研究论文	本研究探讨了靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞在黑色素瘤小鼠异种移植模型中的功能状态和肿瘤靶向机制	首次揭示了NY-ESO-1 TCR-T细胞通过抗原非依赖性NK样和抗原特异性CTL样反应实现双重抗肿瘤效应	研究仅在特定的小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	探讨TCR-T细胞在治疗实体瘤中的作用机制	靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞及其在黑色素瘤中的作用	数字病理学	黑色素瘤	NanoString技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	SK-Mel-37异种移植模型中的TCR-T细胞
640	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer 2023-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcad055 PMID:38023733	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了与胰腺癌肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA	首次使用单细胞转录组数据全面评估了胰腺导管腺癌中的长链非编码RNA景观，并揭示了肿瘤内在生物学和肿瘤微环境中lncRNA的作用	研究仅限于胰腺导管腺癌，且样本量相对较小	探讨长链非编码RNA在胰腺导管腺癌中的作用及其与肿瘤内在生物学和微环境的关系	胰腺导管腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本