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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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601 | 2025-10-05 |
Tenascin-C Expression in Relation to Tumor-Stroma Interaction in Ameloblastoma
2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237
PMID:40912374
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研究论文 | 本研究探讨了Tenascin-C在成釉细胞瘤肿瘤-基质相互作用中的表达及其对肿瘤进展的影响 | 首次发现成釉细胞瘤细胞通过肿瘤-基质相互作用分泌TN-C蛋白,并证实TN-C促进肿瘤细胞迁移 | 研究主要基于体外实验和有限的组织样本,需要更大规模的临床验证 | 阐明TN-C在成釉细胞瘤进展中的作用机制 | 成釉细胞瘤组织标本和AM-1细胞系 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 免疫组织化学, RNA原位杂交, 空间转录组学 | 细胞共培养模型 | 图像, 基因表达数据 | 成釉细胞瘤组织标本和细胞系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
602 | 2025-10-05 |
GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs
2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678
PMID:40912654
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研究论文 | 开发了一个专门用于单细胞水平研究植物lncRNA的综合数据库GreenCells | 首个专门针对植物lncRNAs的单细胞分析数据库,填补了现有植物单细胞转录组数据库主要关注蛋白质编码基因而忽略lncRNAs的空白 | NA | 在单细胞分辨率下研究植物lncRNA的表达和功能 | 8种植物物种的lncRNA和蛋白质编码基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8种植物物种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
603 | 2025-10-05 |
Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00985-4
PMID:40442367
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研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤从团块生长向浸润性生长转变的机制,发现小胶质细胞通过plexin-B2介导的排列引导肿瘤细胞侵袭 | 首次发现小胶质细胞在肿瘤侵袭前沿形成'癌流'结构引导集体迁移,并鉴定plexin-B2在解决细胞碰撞和细胞外基质重构中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究胶质母细胞瘤侵袭性生长的细胞和分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(TAMs) | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 免疫活性小鼠模型 | 基因表达数据、组织学图像 | 小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
604 | 2025-10-05 |
A Human Immuno-Lung Organoid Model to Study Macrophage-Mediated Lung Cell Senescence Upon SARS-CoV-2 Infection
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503932
PMID:40712141
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研究论文 | 本研究开发了免疫-肺类器官模型,研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老机制 | 建立了包含hPSC来源肺泡和气道类器官与巨噬细胞共培养的免疫-肺类器官模型,并首次发现THBS1-(ITGA3+ITGB1)信号轴在驱动肺细胞衰老中的作用 | NA | 研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺损伤机制 | 非COVID和COVID-19肺组织外植体和尸检样本,免疫-肺类器官模型 | 数字病理 | COVID-19 | 空间转录组测序 | 类器官模型 | 空间转录组数据 | 非COVID和COVID-19肺组织样本 | NanoString | 空间转录组学 | CosMx | NanoString CosMx空间分子成像平台 |
605 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptional analysis of murine mesenteric lymph nodes following oral lyso-phosphatidylserine nanoparticle administration reveals cellular heterogeneity in tolerance features
2025-Sep, Journal of pharmaceutical sciences
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.xphs.2025.103919
PMID:40712826
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析口服含溶血磷脂酰丝氨酸纳米颗粒后小鼠肠系膜淋巴结的免疫细胞反应 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示LysoPS纳米颗粒通过TGF-β反应诱导B细胞、T细胞和NK细胞耐受性特征的分子机制 | 研究仅限于小鼠模型,人体内的生物过程和细胞通讯机制仍不明确 | 阐明LysoPS介导的口服耐受性中的免疫细胞相互作用和潜在耐受机制 | 小鼠肠系膜淋巴结中的免疫细胞(B细胞、T细胞、NK细胞) | 单细胞组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
606 | 2025-10-05 |
SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data
2025-Aug-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122
PMID:40763742
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研究论文 | 提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute | 采用改进的生成对抗插补网络(GAIN)与多任务判别器,专注于预定义标记基因,在填补缺失值的同时保留真实生物零值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的生物学相关性和计算效率 | 头颈鳞状细胞癌、人骨髓和肺癌的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 头颈癌, 骨髓疾病, 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络(GAIN) | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 超过一百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
607 | 2025-10-05 |
Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.30.667742
PMID:40766582
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研究论文 | 通过单细胞研究探讨大麻二酚在人类中的抗炎作用及其对T效应记忆细胞分化的影响 | 首次在人体研究中结合单细胞RNA测序和流式细胞术分析大麻二酚对免疫细胞的调节作用 | 样本量较小(23名参与者),缺乏长期随访数据 | 评估大麻二酚对人类外周免疫细胞分布的调节作用 | 23名接受口服大麻二酚的健康参与者 | 免疫学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 细胞因子检测, 串联质谱法 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质浓度数据 | 23名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
608 | 2025-10-05 |
From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish
2025-07-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究系统揭示了斑马鱼视神经横断后视觉通路自发再生过程中的时空动态变化 | 首次在成年斑马鱼中系统描绘了从视网膜到视神经再到大脑的完整视觉通路再生时空动态,并建立了结构与功能恢复的关联 | 研究仅限于斑马鱼模型,在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空协调机制 | 成年斑马鱼的视觉通路(视网膜、视神经、大脑) | 神经科学 | 视神经损伤 | 苏木精-伊红染色,免疫组织化学,透射电子显微镜,单细胞RNA测序,视动反应行为评估 | NA | 组织切片图像,基因表达数据,行为数据 | 成年斑马鱼在5周时间内的系列观察 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
609 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice
2025-Jul-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示无菌小鼠免疫系统发育不全的分子机制 | 首次使用液滴单细胞RNA测序系统比较无菌小鼠与特定病原体自由小鼠的免疫细胞差异,发现微生物缺失导致中性粒细胞凋亡增加和干扰素反应受损的新机制 | 研究主要聚焦于骨髓和外周血细胞,未涉及其他免疫器官;机制验证仍需进一步功能实验 | 探究微生物群缺失导致免疫系统发育不全的分子机制 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓及外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | 免疫缺陷 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓及外周血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 液滴单细胞RNA测序平台 |
610 | 2025-10-05 |
Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats
2025-07-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了大足黑山羊粗毛密度的时空变化模式及其相关基因 | 创新应用高分辨率微型相机成像技术,结合转录组、基因组和单细胞RNA测序等多组学数据解析粗毛密度调控机制 | 研究主要聚焦于单一山羊品种,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究山羊粗毛密度的遗传调控机制和时空变化规律 | 大足黑山羊 | 基因组学 | NA | RNA-seq, 全基因组测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 免疫组织化学染色 | NA | 图像, 转录组, 基因组 | 905张皮肤图像, 33个皮肤转录组, 272个全基因组序列, 182个下载转录组 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 全基因组测序 | NA | NA |
611 | 2025-10-05 |
CXCL12 Drives Reversible Fibroimmune Remodeling in Androgenetic Alopecia Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26146568
PMID:40724819
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示CXCL12在雄激素性脱发中驱动可逆性纤维免疫重塑的作用机制 | 首次在雄激素性脱发模型中系统阐明CXCL12通过自分泌和旁分泌信号通路协调调控成纤维细胞和免疫细胞的核心作用 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明CXCL12在雄激素性脱发纤维免疫病理过程中的分子机制 | 睾酮诱导的雄激素性脱发小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 雄激素性脱发 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
612 | 2025-10-05 |
Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931
PMID:40184234
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研究论文 | 本研究通过整合代谢组学和空间转录组学分析,揭示了囊性胰腺癌前病变中多胺代谢紊乱作为疾病进展的生物标志物 | 首次在胰腺癌前病变中结合代谢组学和空间转录组学分析,发现多胺代谢途径异常与恶性进展风险相关 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证生物标志物的临床效用 | 识别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤恶性进展风险的生物标志物 | 125例胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤患者的囊液和组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 非靶向代谢组学, 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据 | 125例患者囊液样本,包括低度异型增生和高度异型增生伴/不伴胰腺导管腺癌 | NA | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | NA |
613 | 2025-10-05 |
Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics
2025-May-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004
PMID:40154487
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研究论文 | 通过单细胞空间多组学技术揭示癌症相关成纤维细胞在多种癌症类型中保守的空间亚型和细胞邻域结构 | 首次在10种癌症类型中鉴定出四种保守的空间CAF亚型,这些亚型具有跨癌症类型和空间组学平台的普适性 | 研究涉及多种平台和技术,可能存在技术偏差;样本来源的癌症类型有限 | 探索癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的空间组织特征和相互作用网络 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其在肿瘤微环境中的空间分布 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 超过1400万个细胞,涵盖10种癌症类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单细胞多组学 | 7种空间组学平台 | 7种不同的空间转录组学和蛋白质组学平台技术 |
614 | 2025-10-05 |
Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions
2025-May, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013
PMID:39843314
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综述 | 本文探讨了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿技术工具 | 批判性评估单细胞测序、荧光技术和Hi-C等先进方法在质粒-宿主相互作用研究中的应用,并探讨CRISPR-based噬菌体工程等新兴技术的潜力 | NA | 研究抗生素抗性基因在复杂微生物组中的质粒介导传播机制 | 质粒-宿主相互作用和抗生素抗性基因传播动态 | 微生物组学 | 抗生素耐药性 | 单细胞测序,荧光技术,高通量染色质构象捕获,CRISPR-based噬菌体工程 | NA | 基因组数据,染色质构象数据 | NA | NA | 单细胞测序,Hi-C | NA | NA |
615 | 2025-10-05 |
New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease
2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society
IF:7.4Q1
DOI:10.1002/mds.30097
PMID:39812497
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综述 | 本文综述了多组学技术在帕金森病细胞多样性和神经元易感性研究中的最新进展 | 整合空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学等多组学方法研究帕金森病 | NA | 揭示帕金森病中神经元易感性网络并确定疾病修饰因子 | 帕金森病患者和啮齿动物模型中的多巴胺能神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,表观基因组学,蛋白质组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
616 | 2025-10-05 |
Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease
2025-Mar, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011631
PMID:40096060
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研究论文 | 本研究通过局部遗传协方差分析发现早发性阿尔茨海默病与脂质性状之间存在共享遗传结构 | 首次使用SUPERGNOVA方法系统分析EOAD与脂质性状的局部遗传协方差,并识别出3个新的候选致病基因 | 样本量相对有限,EOAD病例数较少,功能验证实验不足 | 探索早发性阿尔茨海默病与脂质代谢途径的共享遗传机制 | 早发性阿尔茨海默病患者和血脂性状人群 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组关联分析,遗传协方差分析,eQTL共定位分析,单细胞RNA测序 | SUPERGNOVA | 基因组汇总统计数据 | EOAD: 19,668例;血脂性状: 1,320,016例 | NA | 单细胞RNA测序,DNA甲基化分析 | NA | NA |
617 | 2025-10-05 |
ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer
2025-Jan-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf046
PMID:40996711
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研究论文 | 开发了一个综合性单细胞基因组学数据库ScLineageAtlas,用于表征多种癌症类型中的细胞克隆 | 整合了24个处理过的单细胞RNA测序数据集,涵盖13种不同癌症类型,并提供细胞克隆的空间可视化分析 | 目前仅包含24个数据集,样本规模相对有限 | 构建一个用户友好的细胞克隆数据分析平台,促进对肿瘤异质性、分化轨迹和进化的理解 | 多种癌症类型中的细胞克隆 | 单细胞基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 24个处理过的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
618 | 2025-10-05 |
Single-cell splicing QTL analysis in pancreatic islets
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1657895
PMID:41000275
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺胰岛中的剪接数量性状位点 | 首次在单细胞水平识别胰腺胰岛α和β细胞中的剪接QTL,发现了批量分析中未观察到的CDC42基因变异 | 样本量有限,统计功效有待提升 | 探索遗传变异对单细胞水平选择性剪接的调控机制 | 胰腺胰岛α细胞和β细胞 | 单细胞基因组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 基因分型, 异构体定量分析 | sQTLseeker2 | 单细胞RNA测序数据 | 8个全长单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
619 | 2025-10-05 |
Novel diagnostic biomarkers associated with macrophage-microglia in spinal cord injury
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1634014
PMID:41000385
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法识别脊髓损伤中与巨噬细胞-小胶质细胞相关的诊断生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法识别脊髓损伤中巨噬细胞-小胶质细胞相关的关键枢纽基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于体外模型 | 探索脊髓损伤中巨噬细胞-小胶质细胞相关的诊断生物标志物 | 脊髓损伤相关的基因表达数据和巨噬细胞-小胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, qPCR, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库中的脊髓损伤相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
620 | 2025-10-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomics reveals the prognostic value and underlying mechanisms of crotonylation in ovarian cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1596080
PMID:41000388
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组学分析,揭示巴豆酰化在卵巢癌中的预后价值及潜在机制 | 首次系统研究巴豆酰化在卵巢癌微环境中的作用,并构建基于巴豆酰化的预后模型 | 未在独立队列中进行实验验证 | 开发基于巴豆酰化的卵巢癌预后模型并探索其治疗潜力 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |