单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-06-07	Integrative single-cell and bulk transcriptomics with Mendelian randomization reveals NAD-related biomarkers in diabetic retinopathy: Insights and experimental validation 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114949 PMID:40435823	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，揭示了糖尿病视网膜病变中与NAD相关的生物标志物，并进行了实验验证	首次整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，识别出CCDC88A和GPD2作为糖尿病视网膜病变的潜在生物标志物，并发现小胶质细胞在疾病中的关键作用	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	识别与NAD相关的生物标志物并阐明其在糖尿病视网膜病变中的分子机制	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq, RT-qPCR, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据	公共数据库数据及实验验证样本
602	2025-06-07	Characterization of m6A-Related Genes in Tumor-Associated Macrophages for Prognosis, Immunotherapy, and Drug Prediction in Lung Adenocarcinomas Based on Machine Learning Algorithms 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500293RR PMID:40474570	research paper	该研究通过机器学习算法分析了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的m6A相关基因，用于预后、免疫治疗和药物预测	首次在肺腺癌中鉴定出与m6A修饰相关的巨噬细胞基因(MMRGs)，并利用多种机器学习算法构建预后模型和筛选潜在治疗药物	研究结果需要进一步的实验验证和临床转化	探索m6A修饰在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及其对肺腺癌进展的影响	肺腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和m6A相关基因	machine learning	lung cancer	单细胞转录组分析、分子对接、分子动力学、免疫组化、免疫荧光	多种机器学习算法(共13种)	转录组数据、蛋白质表达数据	NA
603	2025-06-07	Inhibition of Cholesterol Synthesis in T Cells Protects the Liver Against Steatosis, Inflammation, and Oxidative Stress in Metabolic Dysfunction-Associated Steatohepatitis 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500115R PMID:40476852	研究论文	本研究探讨了抑制T细胞中胆固醇合成对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中肝脏脂肪变性、炎症和氧化应激的保护作用	揭示了通过药理学调节T细胞胆固醇代谢作为治疗MASH的新策略	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究T细胞胆固醇代谢在MASH发病机制中的作用及潜在治疗靶点	小鼠MCD饮食诱导的MASH模型中的CD8 T细胞	免疫代谢	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞转录组分析	小鼠MCD饮食诱导模型	转录组数据	NA
604	2025-06-07	Excess Neprilysin in Placental EVs Impairs CNP-NPRB-Mediated Vasodilation to Trigger Preeclamptic Hypertension 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325673 PMID:40304042	research paper	研究发现子痫前期胎盘细胞外囊泡中过量的NEP通过降解CNP，损害血管舒张功能，从而引发高血压	首次揭示胎盘细胞外囊泡中NEP通过CNP-NPRB信号通路导致子痫前期高血压的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明子痫前期发病机制中胎盘与血管功能障碍之间的联系	胎盘细胞外囊泡、子宫动脉血管、血管平滑肌细胞	生殖医学	子痫前期	液相色谱-质谱联用技术、单细胞RNA测序、腺病毒转染	小鼠疾病模型	分子生物学数据、生理学数据	未明确说明样本数量，使用正常和子痫前期胎盘组织及对应小鼠模型
605	2025-06-07	T Cell Exhaustion-Related Gene Signatures Predict Immunotherapy and Chemotherapy Response in Kidney Renal Clear Cell Carcinoma 2025-Jun-06, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2025.0060 PMID:40474808	研究论文	本研究开发了一个基于T细胞耗竭（TEX）的预后模型，用于预测肾透明细胞癌（KIRC）患者的生存结果和治疗反应	通过TEX相关基因特征预测免疫治疗和化疗反应，为个性化治疗策略提供新见解	研究样本主要来自TCGA数据库，可能缺乏外部验证队列的广泛代表性	预测KIRC患者的免疫治疗和化疗反应，优化个性化治疗策略	肾透明细胞癌（KIRC）患者	数字病理学	肾癌	基因集变异分析、加权相关网络分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	随机森林、LASSO-Cox回归	基因表达数据	518名来自TCGA的KIRC患者，以及IMvigor210和GDSC数据库的数据
606	2025-06-07	Divergent plastid genomes in the deepest-branching apicomplexan parasites 2025-Jun-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf117 PMID:40476362	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，对四种已知的原始gregarine谱系的质体基因组进行了表征，填补了顶复门寄生虫质体基因组多样性的关键空白	首次对原始gregarine谱系的质体基因组进行了表征，揭示了其与其他顶复门质体基因组的差异	研究仅针对四种已知的原始gregarine谱系，可能无法完全代表所有深部分支顶复门寄生虫的质体基因组多样性	理解顶复门寄生虫质体（apicoplast）的复杂进化历史	四种已知的原始gregarine谱系的质体基因组	寄生虫学	寄生虫感染	单细胞测序	NA	基因组数据	四种原始gregarine谱系的未培养代表样本
607	2025-06-07	A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma 2025-Jun-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500632 PMID:40476445	研究论文	该研究通过建立患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选，揭示了ERCC6在骨肉瘤顺铂耐药性中的关键作用	首次结合患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术鉴定ERCC6为顺铂耐药性的关键调控因子	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究骨肉瘤对顺铂产生耐药性的分子机制	骨肉瘤患者来源的类器官模型和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、CRISPR筛选	类器官模型	RNA测序数据、组织病理学数据	患者来源的骨肉瘤类器官模型和骨肉瘤细胞系
608	2025-06-07	Mapping the immune cells of the testis: Key insights into sexual maturation 2025-Jun-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70077 PMID:40478222	研究论文	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，系统描绘了性成熟前后小鼠睾丸免疫细胞图谱和发育轨迹	发现了睾丸中罕见但功能重要的B淋巴细胞群体，揭示了髓系细胞的发育可塑性，并阐明了成熟过程中间质细胞与免疫细胞之间的信号轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	系统性描绘性成熟前后睾丸白细胞图谱和发育轨迹	小鼠睾丸免疫细胞	生殖免疫学	NA	scRNA-seq, CyTOF, MACS	NA	单细胞转录组数据	8周龄(性成熟后)和2周龄(性成熟前)小鼠睾丸样本
609	2025-06-07	Between Cluster Analysis: Supervised Dimensionality Reduction for Trajectory Inference 2025-Jun-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf306 PMID:40471707	研究论文	提出了一种名为BCA的监督线性降维技术，用于优化单细胞RNA测序数据的轨迹推断	BCA利用细胞簇标签作为先验信息，计算最大化簇间方差的嵌入，相比其他降维方法（如LDA）能更好地改进轨迹推断	现有常用评估指标仅评估细胞类型的排序，而忽略了中间细胞状态的识别或排序	优化单细胞RNA测序数据的降维和轨迹推断	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	BCA, LDA	基因表达数据	模拟数据和真实数据
610	2025-06-07	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jun-05, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示了SARS-CoV-2肺部微环境的独特性，并发现胶原VI可作为严重COVID-19的预测生物标志物	首次使用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的病毒分布、免疫组成和细胞外基质，揭示了胶原VI在疾病早期的作用及其作为预后标志物的潜力	研究样本主要来自尸检组织，可能无法完全反映活体患者的动态变化过程	理解COVID-19肺部微环境相互作用和细胞外基质的致病作用	尸检福尔马林固定石蜡包埋的COVID-19肺组织及非呼吸系统死亡对照肺组织	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215例COVID-19患者血清样本和54例健康志愿者对照
611	2025-06-07	CagA-dependent Hobit+ gastric tissue-resident memory T cells confer full protection from Helicobacter pylori reinfection 2025-Jun-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334781 PMID:40473399	research paper	研究探讨了胃组织中Hobit+组织驻留记忆T细胞（TRM）在幽门螺杆菌再感染中的保护作用	首次揭示了Hobit转录因子在胃TRM细胞诱导和发育中的关键作用，并证实这些细胞依赖幽门螺杆菌毒力因子CagA的存在	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究幽门螺杆菌初次和二次感染期间胃TRM细胞的诱导、发育和功能	小鼠和人类的胃H. pylori特异性TRM细胞	免疫学	幽门螺杆菌感染	流式细胞术、免疫组织化学、免疫荧光、ChipCytometry染色和单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据和转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
612	2025-06-07	Therapeutic potential of tumor-associated neutrophils: dual role and phenotypic plasticity 2025-Jun-04, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02242-7 PMID:40461514	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其表型可塑性，探讨了其抗肿瘤和促肿瘤效应的分子机制及潜在治疗应用	通过单细胞RNA测序分析揭示了TANs在不同类型肿瘤中的起源和亚型，并探讨了TANs与免疫抑制或免疫刺激TME的相互作用及TGF-β等信号通路在TAN表型转换中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其潜在治疗应用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
613	2025-06-07	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2025-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	research paper	该研究通过整合高plex成像和空间转录组学技术，分析了人类高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的组织样本，揭示了从癌前病变到癌症的分子变化	揭示了输卵管前体病变中免疫调节机制及肿瘤微环境的渐进性变化，为HGSOC的早期干预提供了潜在生物标志物和治疗靶点	NA	阐明高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）从癌前病变到癌症发展过程中的分子变化	人类输卵管组织样本（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC）	digital pathology	ovarian cancer	high-plex imaging, spatial transcriptomics	NA	image, transcriptomic data	人类组织样本（具体数量未提及）
614	2025-06-07	Identify the co-expressed genes of hypertensive nephropathy and diabetic nephropathy 2025-Jun-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04679-w PMID:40461634	research paper	本研究探讨了高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）在分子和病理机制上的复杂联系	发现了42个共享的差异表达基因（DEGs），并通过PPI网络分析确定了8个核心基因，同时识别了5个重要的microRNAs、6个关键转录因子（TFs）、11种药物化学物质、7种相关疾病和10个重要的RNA结合蛋白（RBPs），为HN和DN的联合诊断和治疗提供了新的治疗靶点	研究依赖于GEO数据库的样本，可能受到数据来源的限制	研究高血压肾病和糖尿病肾病在分子和病理机制上的联系	高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）	生物信息学	肾病	差异分析、GO/KEGG和GSEA分析、PPI网络分析、单细胞测序分析、分子对接模拟	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE37460、GSE142153（训练集）和GSE37455、GSE30529（验证集）
615	2025-06-07	Spatiotemporal and single-cell atlases to dissect regional specific cell types of the developing ovary 2025-Jun-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08277-4 PMID:40461746	研究论文	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了从胎儿期到成年期卵巢的时空发育图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和分子多样性	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了卵巢发育的时空图谱，并发现了Onecut2阳性黄体细胞的特异性空间分布及其来源	研究主要关注卵巢发育的细胞和分子层面，可能未涵盖所有生理或病理条件下的卵巢发育过程	解析卵巢发育过程中的区域特异性细胞类型及其分子机制	从胎儿期到成年期的卵巢组织	生物信息学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从胎儿期到成年期的多个卵巢样本
616	2025-06-07	Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis 2025-Jun-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03838-3 PMID:40462105	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了周细胞在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的作用及其与肿瘤微环境的相互作用，为免疫治疗提供了新策略	首次在单细胞水平鉴定CRPC特异性周细胞亚群，揭示其促肿瘤和免疫抑制特性，并证明PDGFR抑制剂与抗PD-1疗法的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究周细胞在CRPC进展和免疫治疗抵抗中的作用机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的周细胞亚群	digital pathology	prostate cancer	single-cell transcriptomics, immunofluorescence staining, bulk RNA-seq	RM-1皮下肿瘤模型	单细胞转录组数据、免疫荧光图像、RNA-seq数据	多个bulk RNA-seq和微阵列数据集，小鼠肿瘤模型
617	2025-06-07	DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03631-5 PMID:40462157	research paper	提出了一种名为DeepGFT的新方法，通过结合深度学习和图傅里叶变换来识别空间转录组学中的空间域	DeepGFT方法首次同时建模点对点和基因对基因的关系，用于空间域识别	未明确提及方法的计算复杂度或对特定数据类型的适应性限制	提高空间转录组学中空间域识别的准确性	人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据	digital pathology	breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph Fourier transform	spatial transcriptomics data	涉及人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据，具体样本量未明确
618	2025-06-07	PDE3B and HBB are key prognostic biomarkers driving cell proliferation and regulating immune microenvironment in breast cancer 2025-Jun-03, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00470-z PMID:40462176	研究论文	本研究探讨了PDE3B和HBB在乳腺癌中的预后和功能作用，重点关注它们对细胞增殖和免疫微环境调节的贡献	首次将PDE3B和HBB鉴定为乳腺癌的预后标志物，并证实它们在细胞增殖和免疫微环境调节中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索乳腺癌中新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌细胞和肿瘤微环境	癌症研究	乳腺癌	scRNA-seq, TCGA数据分析, qRT-PCR, IHC, Western blot	LASSO回归, Kaplan-Meier生存分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本和MDA-MB-231细胞系
619	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
620	2025-06-07	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM	模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法	ResNet18	全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据	TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列