单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2024-12-13	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中低水平的肿瘤坏死因子α（TNFα）如何通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞（GSCs）的自我更新	首次揭示了TNFα通过Vasorin介导的糖酵解机制维持GSCs自我更新的作用，并解释了内源性TNFα在胶质母细胞瘤（GBM）治疗中失效的原因	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其有效性	探讨TNFα在肿瘤微环境中对GSCs自我更新的影响及其机制	胶质瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境中的TNFα	数字病理学	脑癌	空间转录组学、免疫印迹、球体形成实验、极限稀释、基因表达分析、质谱、RNA测序、qRT-RNA、免疫荧光、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
602	2024-12-13	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和光谱细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态、复发和治疗对免疫微环境的影响	发现了22种与胶质瘤免疫相关的免疫细胞类型，并识别出表达颗粒酶的炎症性小胶质细胞亚群，提供了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化框架和GlioTIME-36参考签名	NA	研究IDH状态、复发和治疗对人类胶质瘤免疫微环境的影响	人类胶质瘤的免疫细胞和免疫微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，光谱细胞术	NA	转录组数据	48个人类胶质瘤样本，包含超过200万免疫细胞
603	2024-12-13	Omics based technology application in poultry meat research 2024-Dec-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了多组学技术在禽肉研究中的应用，涵盖了基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学等领域	本文通过多组学技术和生物信息学方法，深入研究了禽肉质量问题和其他复杂性状的分子机制	NA	本文旨在探讨多组学技术在禽肉研究中的应用，以提高禽肉产品的质量和组成	本文研究对象包括禽肉质量、复杂性状以及鸡胸肌病等	NA	NA	多组学技术（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学）、质谱分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、脂质组数据	NA
604	2024-12-13	Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors 2024-Dec, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06232-2 PMID:39080045	研究论文	研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响，并探讨其在胰腺发育中的具体作用	首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用，并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用	研究主要集中在体外模型，未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响	探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用	RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA	多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞
605	2024-12-13	Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration 2024-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02097-9 PMID:38429430	研究论文	本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响，并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南	引入了新的属性（聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离）来量化不平衡的影响，并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南	未提及具体的局限性	研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响	单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	2600次整合实验
606	2024-12-13	Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition 2024-Dec, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13723 PMID:39245637	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能	本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群，并揭示了其在病理状态下的功能重要性	研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带，未涉及其他物种或病理条件	揭示声带黏膜的细胞和分子框架，并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性	成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	5836个细胞
607	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 2024-Dec, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01074-w PMID:39311911	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了早期HFpEF小鼠模型中的间质细胞，揭示了心脏纤维母细胞和巨噬细胞亚群的激活模式，并发现了HFpEF特异性的代谢、低氧和炎症转录因子及通路	首次通过单细胞RNA测序技术全面描述了小鼠HFpEF中分子纤维母细胞激活模式，并鉴定了Angiopoietin-like 4作为关键的机制调节因子	研究主要基于小鼠模型，尚未完全验证这些发现是否适用于人类HFpEF患者	识别HFpEF在不良重塑过程中的疾病特异性特征	HFpEF小鼠模型中的间质细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠HFpEF模型和HFrEF模型的纤维母细胞，以及人类心肌样本
608	2024-12-13	Omics in allergy and asthma 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023 PMID:39384073	综述	本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响，重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展	单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解，高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现	微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展，但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据	探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用，以期通过整合组学数据深入理解疾病机制，推动精准医学的发展	过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病	NA	过敏和哮喘	单细胞RNA测序、高通量基因组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
609	2024-12-13	A Single-Cell RNA Sequencing Guided Multienzymatic Hydrogel Design for Self-Regenerative Repair in Diabetic Mandibular Defects 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410962 PMID:39436107	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病环境下阻碍巨噬细胞极化的关键因素，并设计了一种多酶水凝胶支架用于糖尿病下颌骨缺损的自修复	通过单细胞RNA测序技术指导设计多酶水凝胶支架，显著提升了糖尿病环境下骨组织工程的自修复能力	NA	探索糖尿病环境下骨组织再生的新方法	糖尿病下颌骨缺损中的巨噬细胞、间充质干细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
610	2024-12-13	AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae166 PMID:39660254	研究论文	提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释	结合了广义类别发现（GCD）和异常检测（AD）的半监督方法，能够在不平衡数据集中准确分类已知细胞类型并发现新类型	NA	解决在开放世界场景中由于预算限制和信息不完整而难以获得大规模标注数据的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义类别发现（GCD）和异常检测（AD）	数据	五个人类scRNA-seq数据集和一个小鼠模型图谱
611	2024-12-13	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae696 PMID:39563471	研究论文	本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究	本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq	NA	转录组数据	包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据
612	2024-12-13	OneSC: a computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae703 PMID:39570626	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC通过使用由核心转录因子（TFs）调控的随机微分方程系统来模拟细胞状态转换，并优先生成能够忠实再现细胞状态转换和终端细胞状态的布尔网络	NA	开发一个能够模拟细胞状态转换的计算平台，以便在计算机上更快速和经济地进行扰动实验	细胞状态转换和细胞命运决定	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	布尔网络	基因表达数据	使用了一个小鼠髓系祖细胞的单细胞RNA测序数据集
613	2024-12-13	Graft-derived extracellular vesicles transport miRNAs to modulate macrophage polarization after heart transplantation 2024-Nov-23, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.11.021 PMID:39586401	研究论文	本研究探讨了心脏移植后异种移植模型中免疫细胞相互作用及其通信途径，特别是通过外泌体介导的单核/巨噬细胞亚型之间的动态相互作用	发现了由CD63移植巨噬细胞来源的外泌体携带的miR-363和miR-709可以通过Fcho2/Notch1信号通路诱导受体脾脏中的M1极化	NA	揭示心脏移植后急性排斥反应期间的免疫反应机制，并探索通过靶向外泌体来减轻移植排斥的新策略	心脏移植后的免疫细胞相互作用及其通信途径，特别是单核/巨噬细胞亚型之间的动态相互作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠异种移植模型，分析了心脏移植和脾脏中的CD45免疫细胞
614	2024-12-13	Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis 2024-Nov-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032 PMID:39522652	研究论文	通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的中性粒细胞，揭示中性粒细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的作用和异质性	开发了一种基于微孔的单细胞RNA测序方法，用于分析鼻息肉组织中的中性粒细胞，并发现了中性粒细胞在鼻息肉组织中的异质性和潜在的致病作用	研究样本量较小，仅包括5个对照鼻窦组织和5个鼻息肉组织，可能影响结果的普适性	揭示中性粒细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的作用和异质性	鼻息肉组织中的中性粒细胞	数字病理学	鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5个对照鼻窦组织，5个鼻息肉组织，以及患者匹配的外周血样本
615	2024-12-13	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2024-Nov-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文综述了在空间组学时代中，利用多参数空间分析技术对免疫细胞组织微环境进行研究的新进展	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了当前在空间解析方式下分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的方法	文中提到的定义免疫微环境的标准不一致，可能影响研究结果的统一性	探讨空间组学技术在转化免疫学中的应用，特别是如何通过这些技术更好地理解组织免疫景观	免疫细胞及其在组织中的空间分布和功能	NA	NA	空间转录组学	NA	空间数据	NA
616	2024-12-13	Integrative epidemiology and immunotranscriptomics uncover a risk and potential mechanism for cutaneous lymphoma unmasking or progression with dupilumab therapy 2024-Nov-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.028 PMID:39521279	研究论文	本文通过综合流行病学和免疫转录组学研究，探讨了dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）发病或进展之间的潜在风险和机制	本文首次通过FAERS数据库和RNA测序数据，揭示了dupilumab可能通过阻断IL-13受体导致局部IL-13增加，从而促进CTCL的刺激和进展	研究依赖于FAERS数据库和非实验性方法，存在数据偏倚和因果关系不明确的问题	评估dupilumab与CTCL之间的安全信号，并探讨其潜在机制	dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的关系及其潜在机制	免疫学	皮肤淋巴瘤	RNA测序	NA	RNA	181,575份dupilumab相关不良事件报告，606份肿瘤相关报告
617	2024-12-13	Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma 2024-Sep-30, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-284 PMID:39430319	研究论文	研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义	首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者	探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值	非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析	NA	细胞	43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本
618	2024-12-13	Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification 2024-Sep-24, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002 PMID:39326697	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术解析了血管钙化过程中的细胞动态变化，揭示了USP1/ID3/E12/P21轴在血管钙化中的关键作用	首次揭示了USP1/ID3/E12/P21轴在血管钙化中的调控机制，并提供了潜在的治疗靶点	NA	探讨血管钙化过程中的细胞动态变化及其调控机制	血管平滑肌细胞及其在血管钙化中的功能	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
619	2024-12-13	Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.21.572766 PMID:38187712	研究论文	本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用	通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化	本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证	探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略	早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖	NA	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多重小鼠模型
620	2024-12-13	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2024-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了使用lr-kallisto工具对长读长测序转录组数据进行快速和准确定量的方法	开发了lr-kallisto工具，将kallisto的批量和单细胞RNA-seq定量方法适应于长读长测序技术	NA	展示长读长测序数据在转录本定量中的应用潜力	长读长测序数据的转录本定量	生物信息学	NA	长读长测序（ONT）	NA	转录组数据	NA