单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-07-17	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，发现上皮细胞的变化导致微生物组移位、免疫激活失调和局部纤维化	首次利用单细胞RNA测序技术全面分析了iSGS患者的近端气道瘢痕中的细胞亚群及其分子表型，揭示了上皮细胞功能障碍与微生物组移位的关系	疾病罕见且患者地理分布广泛，可能限制了样本的多样性和数量	探究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织	digital pathology	respiratory disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织
602	2025-07-16	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Aug-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	通过单细胞RNA测序技术鉴定胆脂瘤中的细胞类型和信号通路	首次利用单细胞RNA测序技术揭示胆脂瘤与正常鼓膜在细胞组成和信号通路上的差异	研究基于体外样本，未进行体内功能验证	鉴定驱动胆脂瘤发展的细胞类型和信号通路	人类胆脂瘤样本和正常鼓膜组织	单细胞组学	胆脂瘤	scRNA-seq, 免疫组化	CellChat算法	RNA测序数据	未明确说明样本数量（人类胆脂瘤标本）
603	2025-07-16	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证实BMP-eBM能够支持功能性造血干细胞和CAR细胞，并可作为独立的造血器官进行移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探究BMP-2诱导的异位骨髓是否具有功能性骨髓微环境	小鼠模型中的异位骨髓	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	RNA测序数据和移植实验结果	小鼠模型中的异位骨髓样本
604	2025-07-16	Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192 PMID:40397797	研究论文	本研究探讨了TP53突变骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病对地西他滨初始反应及随后复发的机制	通过整合靶向骨髓组测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，揭示了白血病和免疫细胞群体之间的动态变化	样本量有限且仅针对TP53突变患者，结果可能不适用于其他类型白血病	阐明TP53突变患者对地西他滨治疗反应及复发的分子机制	骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者	肿瘤学	白血病	靶向骨髓组测序、纳米孔DNA甲基化测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	II期临床试验中接受地西他滨治疗的患者系列样本
605	2025-07-16	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	研究论文	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞(CAF)的保守亚型和微环境	首次利用空间多组学数据定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，建立了空间环境与CAF身份之间的联系	NA	系统理解肿瘤微环境中恶性、基质和免疫状态对治疗反应的影响	多种癌症类型的肿瘤微环境	数字病理学	癌症	单细胞空间多组学分析	NA	空间多组学数据	多种癌症类型的广泛数据集
606	2025-07-16	Network-Guided Sparse Subspace Clustering on Single-Cell Data 2025-Jul-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251359688 PMID:40662619	研究论文	本文提出了一种名为NetworkSSC的网络引导稀疏子空间聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	NetworkSSC方法在传统稀疏子空间聚类的基础上，整合了基因网络拉普拉斯矩阵的正则化项，以捕捉基因间的功能关联	方法在部分单细胞RNA测序数据集上的表现可能仍有提升空间	解决单细胞RNA测序数据高维性导致的传统聚类方法效果不佳的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	稀疏子空间聚类(SSC)	基因表达数据	九个scRNA-seq数据集
607	2025-07-16	Integrative Single-Cell Analysis Decodes Gene Expression and Chromatin Accessibility in the Developing Human Fetal Brain 2025-Jul-15, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05184-x PMID:40663269	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，研究人类胎儿大脑发育过程中的基因表达和染色质可及性	构建了单细胞转录组和表观基因组图谱，揭示了神经细胞增殖、分化和功能成熟的关键信号通路，并预测了神经发生过程中的潜在调控元件	研究仅涵盖了8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	深入理解胎儿大脑发育、细胞异质性、谱系关系和转录调控网络	人类胎儿脑组织	基因组学	神经发育障碍	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织
608	2025-07-16	Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia 2025-Jul-14, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgaf404 PMID:40658795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了非梗阻性无精子症（NOA）患者睾丸体细胞中的分子通路，揭示了睾酮/雌二醇比例对生殖细胞肿瘤风险的预测价值	首次在CAIS患者睾丸体细胞中鉴定出与NOA相关的分子通路，并发现睾酮/雌二醇比例对非遗传性NOA患者睾丸生殖细胞癌的预后作用	样本量有限，特别是CAIS患者仅1例，需要更大样本验证	探索NOA不同亚型睾丸体细胞的分子特征及其与睾丸生殖细胞癌风险的关系	非梗阻性无精子症患者（包括CAIS和KS患者）的睾丸体细胞	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	752例男性（120例生育能力正常，155例不育，116例NOA，18例KS，343例TGCC）
609	2025-07-16	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Jul-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	研究论文	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确的三维空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	未明确提及具体的数据集规模或实验验证的广泛性	开发一种能够全面捕捉多层生物异质性的三维空间域重建方法，以深入理解组织成分和机制	组织切片和病理数据集	数字病理	癌症	空间转录组学(ST)、H&E成像	图注意力自编码器	图像、空间转录组数据	NA
610	2025-07-16	Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes 2025-Jul-14, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02747-y PMID:40659874	研究论文	该研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据，鉴定了调控新生基因表达的关键转录因子	首次揭示了新生基因表达的调控程序，并识别了特定转录因子在调控新生基因中的关键作用	研究主要基于果蝇模型，可能不适用于所有物种	探索新生基因表达的调控机制	新生基因及其调控转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	RNA测序数据	NA
611	2025-07-16	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	揭示了动脉粥样硬化中血管细胞衰老的转录组特征，并验证了这些特征在衰老过程中的富集	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅限于体外实验	探索动脉粥样硬化中血管细胞衰老的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉的血管平滑肌细胞、成纤维细胞和T细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	小鼠主动脉样本及体外培养的人血管平滑肌细胞
612	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402 PMID:40650988	research paper	开发了一个基于AI的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist，利用大语言模型优化分析流程	整合大语言模型（如Google的Gemini、OpenAI的GPT和Meta的Llama3）到scRNA-seq分析流程中，提供参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比实验或用户评估结果	降低单细胞RNA测序数据分析的复杂性和门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（Gemini/GPT/Llama3）	基因表达数据	NA
613	2025-07-16	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	通过单细胞空间转录组学技术，研究免疫治疗对急性髓系白血病（AML）患者骨髓微环境的重塑作用	结合单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学数据，利用深度学习图像分析技术，精确量化细胞间距离，揭示免疫治疗后白血病细胞与免疫细胞间的相互作用	样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方案（pembrolizumab和decitabine）进行研究	探索免疫治疗对AML患者骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学	深度学习	图像, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
614	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2025-Jul-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61759-1 PMID:40640184	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍，从而抑制多种RNA病毒的复制	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用，并验证了其作为抗病毒靶点的潜力	研究主要基于人类肺类器官模型，尚未在临床环境中验证	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2及其他RNA病毒	病毒学	COVID-19	脂质组学分析、蛋白质组学、单细胞转录组学	人类肺类器官模型	分子生物学数据、转录组数据	NA
615	2025-07-16	Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1 2025-Jul-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08378-0 PMID:40640339	研究论文	研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）敲除如何改变海马CA2区神经元，使其类似于CA1区神经元	揭示了MR在控制CA2神经元分子表型中的关键作用，以及MR敲除导致CA2神经元向CA1样表型转变的现象	研究主要关注发育过程中的变化，未探讨成年期MR敲除的影响	理解MR敲除对海马CA2区神经元命运或状态的影响	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性敲除小鼠模型	分子表型数据	未明确说明
616	2025-07-16	Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2025-Jul-09, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf367 PMID:40628395	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现病毒反弹前CD16++单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达上调的独特转录特征	研究样本可能仅限于特定人群或条件，未提及样本多样性或长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	HIV-1感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，涉及治疗停止前后的PBMCs和血浆样本
617	2025-07-16	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，探讨了Yap和Taz在嗅觉鞘细胞（OECs）和施万细胞（SCs）发育中的不同作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OECs和SCs发育中的不同作用，以及这些变化对嗅觉上皮发育的间接影响，同时发现GnRH-1神经元迁移不受影响	研究仅在小鼠胚胎鼻组织中进行，未涉及人类或其他模型，且对OECs发育的分子机制理解仍不完全	探讨Yap和Taz在OECs和SCs发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、SCs、GnRH-1神经元	developmental biology	NA	单细胞RNA测序、条件性基因敲除	Sox10-Cre小鼠	RNA测序数据	小鼠胚胎鼻组织
618	2025-07-16	Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells 2025-Jul-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61316-w PMID:40634286	research paper	该研究通过人类神经干细胞探索皮质障碍的早期发育起源	揭示了皮质和神经精神障碍相关基因在人类神经干细胞中的表达动态，以及风险基因在脑组织者和皮质生成过程中的作用	研究主要基于体外和体内模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探索人类大脑早期发育阶段与皮质障碍的关联	人类神经干细胞（NSCs）	神经科学	皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
619	2025-07-16	An amphiregulin reporter mouse enables transcriptional and clonal expansion analysis of reparative lung Tregs 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187245 PMID:40626358	研究论文	本文介绍了一种新型报告小鼠模型AregThy1.1，用于研究修复性肺Treg细胞的转录和克隆扩增	开发了首个能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠模型，并揭示了Treg细胞在组织修复中的功能分化和克隆扩增偏好	研究主要基于小鼠模型，人类Treg细胞可能存在差异	探究调节性T细胞(Tregs)在组织修复中的作用机制	产生双调蛋白(Areg)的Treg细胞亚群	免疫学	肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，单细胞TCR测序	AregThy1.1报告小鼠模型	单细胞转录组数据	使用流感A和博来霉素诱导的肺损伤小鼠模型
620	2025-07-16	Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.02.662808 PMID:40631124	research paper	该研究探讨了RNA结合蛋白Ptbp1在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用	研究发现Ptbp1在视网膜发育中并非必需，挑战了其作为神经发生主要抑制因子的观点	研究仅聚焦于视网膜发育，未涉及其他神经系统区域	评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用	视网膜前体细胞和Müller胶质细胞	神经生物学	NA	RNA-Seq, scRNA-Seq, 免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	胚胎期E16和成熟期视网膜样本