单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-09-20	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文回顾了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的应用进展与挑战	强调单细胞技术超越传统分类学分析，揭示微生物亚群功能异质性和相互作用	应用单细胞技术于微生物群落仍面临方法学挑战（未具体说明）	解析微生物群落功能及其在人类健康与疾病中的作用	微生物群落（重点关注肠道微生物）	微生物组学	NA	单细胞基因表达分析（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
582	2025-09-20	ASPEN: Robust detection of allelic dynamics in single cell RNA-seq 2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.649227 PMID:40949971	研究论文	提出一种名为ASPEN的统计方法，用于在F1杂交单细胞转录组数据中建模等位基因均值和方差	采用敏感映射流程和自适应收缩技术，能够区分单细胞中的等位基因失衡和方差变化	NA	改进单细胞RNA-seq数据中等位基因动态检测的敏感性和错误发现控制	小鼠脑类器官和T细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	统计模型	基因表达数据	基于稀疏液滴单细胞数据的广泛模拟
583	2025-09-20	Integrative Multiomics Identifies CD64⁺ Monocytes as Potential Contributors to Age-Related Macular Degeneration 2025-Sep-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.12.32 PMID:40952055	研究论文	通过整合多组学方法识别CD64⁺单核细胞作为年龄相关性黄斑变性的潜在致病免疫亚群	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和流式细胞术验证，揭示CD64⁺CD14⁻CD16⁻单核细胞在AMD中的因果作用和细胞互作机制	研究主要基于遗传数据和动物模型，人类样本验证仍需扩展	鉴定AMD进展中致病的免疫细胞群体并阐明其功能作用	人类视网膜色素上皮/脉络膜组织及钠碘酸盐诱导的干性AMD小鼠模型	生物医学研究	年龄相关性黄斑变性	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术(FCM)	NA	基因组数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	人类AMD患者与健康对照的视网膜组织(scRNA-seq)及AMD小鼠模型
584	2025-09-20	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Sep, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	本研究通过多组学空间分析揭示了COVID-19肺部微环境的独特特征，并发现胶原VI作为严重COVID-19的预测生物标志物	首次整合多组学方法系统描绘COVID-19肺部病毒分布、免疫组成和细胞外基质变化，发现免疫抑制病毒微环境特征和胶原VI的预测价值	研究基于尸检组织样本，可能无法完全反映疾病早期动态过程；样本量相对有限	理解COVID-19肺部微环境相互作用和细胞外基质在发病机制中的作用	尸检肺组织样本和患者血清样本	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMx空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织图像、转录组数据、蛋白质数据	尸检肺组织（COVID-19组和对照组）、215例COVID-19患者血清和54例健康对照血清
585	2025-09-20	FLASH Irradiation Modulates Immune Responses and Accelerates Lung Recovery: A Single-Cell Perspective 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501797 PMID:40536317	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较FLASH超高剂量率放疗与传统放疗在早期辐射诱导肺损伤中的免疫和细胞反应差异	首次从单细胞层面揭示FLASH放疗通过调节中性粒细胞浸润、Th细胞活化及单细胞炎症信号通路来减轻肺损伤并促进修复的免疫机制	研究仅关注照射后一周内的早期反应，长期效应和临床转化潜力仍需进一步验证	探究FLASH放疗相较于传统放疗在减少辐射诱导肺损伤方面的免疫调节机制和修复作用	小鼠肺部组织及其免疫微环境	放射肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
586	2025-09-20	A Study of Skeletal Stem Cell Dynamics and Its Potential Applications in the Design of a Titanium Implant for Senile Osteoporosis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506982 PMID:40536323	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学数据，揭示衰老性骨质疏松中骨骼干细胞动态变化，并设计了一种负载白藜芦醇的钛植入物以逆转病理微环境	首次发现HSCs与MSCs通过反馈环路驱动骨质疏松病理循环，并基于多组学数据指导植入物功能化设计	研究基于大鼠和人类血清数据，尚未进行大规模临床验证	开发针对衰老性骨质疏松的靶向钛植入物	骨骼干细胞（HSCs和MSCs）及衰老性骨质疏松微环境	生物材料学	老年性疾病	单细胞转录组学、多组学分析	NA	转录组数据	大鼠单细胞数据与人类血清转录组数据整合分析
587	2025-09-20	Bioactive siRNA-Based Liposomes Promoted Tendon-Bone Healing in Osteoporotic Mice by Recovering the Stemness of CD248+ TSPCs 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509883 PMID:40536433	研究论文	本研究探讨CD248在骨质疏松条件下调控肌腱干细胞/祖细胞干性中的作用，并评估负载si-CD248的脂质体促进肌腱-骨愈合的治疗潜力	首次发现CD248高表达损害TSPC干性并通过FAK-JAK-STAT1信号通路影响愈合过程，开发了新型siRNA脂质体治疗策略	研究仅在骨质疏松小鼠模型中进行，尚未进行临床验证	探索骨质疏松条件下肌腱-骨愈合的分子机制并开发新型治疗策略	CD248+肌腱干细胞/祖细胞(TSPCs)和骨质疏松小鼠模型	再生医学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), siRNA脂质体技术	NA	基因表达数据, 组织学数据, 生物力学数据	骨质疏松小鼠模型
588	2025-09-20	A Nano-Electro-Platform Enabling Evolutionary Screening and Remodeling of Tumor Cells for Metastasis Inhibition 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507684 PMID:40539389	研究论文	开发一种纳米电平台用于筛选和重塑肿瘤细胞以抑制转移	利用纳米电平台非侵入性筛选侵袭性肿瘤细胞亚群，并通过电场遗传改造细胞产生具有增强靶向和治疗能力的细胞外囊泡	NA	开发针对肿瘤转移的有效靶向治疗策略	侵袭性肿瘤细胞亚群和肺癌转移模型	纳米医学	肺癌	单细胞测序、纳米孔聚焦电场	NA	单细胞测序数据	NA
589	2025-09-20	SGCD: High-Resolution Spatial Domain Characterization via Data Interpolation and Cell-Type Deconvolution 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506176 PMID:40539696	研究论文	提出一种基于数据插值和细胞类型反卷积的空间转录组学方法SGCD，用于高分辨率组织空间域识别	结合插值技术填补spot间基因表达数据空白，并整合细胞类型反卷积与空间位置信息，通过图对比学习实现精确空间域划分	NA	提升空间转录组数据中组织空间域识别的分辨率和准确性	人类背外侧前额叶皮层、小鼠大脑、胰腺导管腺癌和乳腺癌组织	空间转录组学	癌症（胰腺导管腺癌、乳腺癌）	数据插值、细胞类型反卷积、图对比学习	图对比学习模型	空间转录组数据（基因表达、细胞类型、空间位置）	多个公开数据集（具体样本量未明确说明）
590	2025-09-20	Acceleration of Calvarial Bone Regeneration by Stem Cell Recruitment with a Multifunctional Hydrogel 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501452 PMID:40556603	研究论文	本研究开发了一种多功能物理交联水凝胶（CHMgel），用于加速颅骨再生	通过整合羧甲基纤维素框架与镁和羟基磷灰石，形成具有强分子间氢键的多功能水凝胶，显著促进干细胞招募和骨再生	NA	开发一种简单有效的策略制备多功能水凝胶，用于临界尺寸骨再生	颅骨骨再生、干细胞招募	生物材料	骨缺损	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外实验	NA	基因表达数据、体外实验数据	NA
591	2025-09-20	Spatiotemporal Adaptations-Driven Dynamic Thra Activation Simulates a Skin Wound Healing Response 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506651 PMID:40558382	研究论文	本研究通过多组学技术揭示了甲状腺激素受体Thra在皮肤伤口愈合过程中协调表皮和真皮再生的时空调控机制	首次发现Thra通过两种不同但协调的机制调控阶段耦合的再生过程：表皮阶段激活谷胱甘肽代谢加速再上皮化，真皮阶段介导SAA3-FN1相互作用建立血管生成微环境	研究主要基于小鼠模型和皮肤类器官，人类临床转化需要进一步验证	阐明皮肤伤口愈合过程中分子协调的时空程序	小鼠甲状腺功能亢进和减退模型、伤口模型、皮肤类器官模型	分子生物学	皮肤损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、体内/体外分析	NA	基因表达数据、空间转录组数据	多种小鼠模型和类器官模型（具体数量未明确说明）
592	2025-09-20	NOX2 Contributes to High-Frequency Outer Hair Cell Vulnerability in the Cochlea 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408830 PMID:40569247	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现NOX2是耳蜗高频率外毛细胞易损性的关键分子机制，并验证其作为感音神经性听力损失的潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序鉴定NOX2作为耳蜗顶转和底转氧化损伤相关差异表达基因，并揭示其通过Nrf2通路调控外毛细胞易损性	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究耳蜗高频率区域外毛细胞易损性的分子机制	小鼠耳蜗外毛细胞	听觉神经生物学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序，基因敲除，药物干预	NA	基因表达数据，组织学数据	基因敲除小鼠模型及药物处理样本
593	2025-09-20	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	研究论文	介绍FemXpress，一种基于X连锁SNPs对女性单细胞RNA测序数据中失活X染色体来源进行细胞分组的计算工具	开发了无需亲本基因组信息即可准确分析X染色体失活异质性的计算方法，首次在单细胞水平揭示不同器官和细胞类型间的XCI起源异质性	NA	开发分析女性单细胞RNA测序数据中X染色体失活异质性的计算工具	女性单细胞RNA测序数据，食蟹猴多组织样本，胚胎和结肠肿瘤数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq，单核苷酸多态性(SNPs)分析	NA	单细胞RNA测序数据	多个组织的食蟹猴单细胞数据，胚胎和结肠肿瘤scRNA-Seq数据集
594	2025-09-20	Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415984 PMID:40605604	研究论文	研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进神经发生改善预后的机制	首次发现脉络丛成纤维细胞与ILC2形成的生态位在TBI后促进成人海马神经发生，并阐明IL33-VCAM-1/Integrin α4β7-AREG/EGFR信号轴机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	探究创伤性脑损伤后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经再生的影响	创伤性脑损伤小鼠模型，脉络丛组织，海马体	神经免疫学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序，单核RNA测序，组织学分析	NA	基因表达数据，组织切片图像	小鼠模型（具体数量未明确说明）
595	2025-09-20	Cathepsin K Aggravates Pulmonary Fibrosis Through Promoting Fibroblast Glutamine Metabolism and Collagen Synthesis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413017 PMID:40605618	研究论文	研究发现组织蛋白酶K（CTSK）通过促进成纤维细胞谷氨酰胺代谢和胶原合成加剧肺纤维化	首次揭示CTSK通过SNX9介导的内吞作用参与TGF-β1/SMAD3信号通路，调控GLS1上调和谷氨酰胺代谢，从而促进胶原合成	NA	探究肺纤维化中成纤维细胞异常活化的触发因素及CTSK在其中的作用机制	肺纤维化小鼠模型和患者样本	分子病理学	肺纤维化	蛋白质组学、单细胞测序	NA	分子生物学数据、临床数据	小鼠模型和人类患者血清样本（具体数量未明确说明）
596	2025-09-20	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	本研究通过多组学分析和小分子调控优化了牛肌源性祖细胞的分化培养基，在2D和3D培养模型中增强肌生成效率，用于培养肉应用	首次通过多组学方法系统解析牛MPC分化分子图谱，并开发出能同时促进肌细胞分化和维持祖细胞特性的增强培养基	研究仍处于体外实验阶段，未涉及大规模生产验证或体内功能评估	优化培养肉生产中的肌细胞分化效率	牛肌源性祖细胞（MPCs）	组织工程	NA	多组学分析（转录组学、蛋白质组学）、单细胞测序、2D/3D细胞培养	NA	基因组数据、蛋白质组数据	未明确样本数量，使用牛MPC细胞进行体外实验
597	2025-09-20	Response to Antiangiogenic Therapy Is Associated with AIMP Protein Family Expression in Glioblastoma and Lower-Grade Gliomas 2025-Sep-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0170 PMID:40874786	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的潜力	首次揭示AIMP蛋白家族与胶质瘤血管生成的关联，并发现AIMP2高表达亚组对抗血管生成治疗反应更佳	回顾性研究设计，需前瞻性验证	探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及治疗预测价值	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	肿瘤生物学	胶质瘤	转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、单细胞转录组分析	Cox比例风险模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、REMBRANDT等多个数据库的胶质瘤样本及四个单细胞转录组数据集
598	2025-09-20	Identifying Myeloid-Derived Suppressor Cells and Lipocalin-2 as Therapeutic Targets for Intervertebral Disc Degeneration 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500505 PMID:40570207	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和GWAS整合分析，揭示了髓源性抑制细胞和脂质运载蛋白-2在椎间盘退变早期阶段的免疫保护作用	首次将scDRS方法应用于椎间盘退变研究，发现LCN2 MDSCs在早期退变中的关键免疫调节功能	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚待进行	探索椎间盘退变的免疫细胞机制并识别治疗靶点	椎间盘退变过程中的免疫细胞亚群	数字病理学	椎间盘退变疾病	scRNA-seq, GWAS, scDRS, 基因敲除模型	NA	单细胞转录组数据	基于Pfirrmann分期的阶段特异性分析（具体样本数未明确说明）
599	2025-09-20	Region-specific gene expression and sex inform about disease susceptibility in the aorta 2025-Sep, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00692-4 PMID:40841834	研究论文	通过单细胞转录组学分析大血管不同区域的基因表达差异，揭示位置和性别特异性对疾病易感性的影响	首次系统比较颈动脉、主动脉弓、胸腹主动脉的区域特异性转录谱，并关联GWAS和eQTL数据鉴定疾病候选基因	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究大血管疾病易感性的区域和性别特异性分子机制	颈动脉、主动脉弓、胸主动脉和腹主动脉	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠和人类主动脉样本（具体数量未明确说明）
600	2025-09-20	Tumour Single-Cell Bioinformatics: From Immune Profiling to Molecular Dynamics 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70783 PMID:40954554	综述	本文系统总结了单细胞RNA测序在解析肿瘤微环境中的应用进展及其对精准肿瘤学的意义	整合scRNA-seq与临床信息，揭示肿瘤微环境异质性和细胞间信号网络，推动个性化癌症治疗策略	NA	解析肿瘤微环境以改善患者分层、生物标志物发现和治疗靶点识别	肿瘤微环境中的免疫细胞、癌症相关成纤维细胞和细胞外基质成分	生物信息学	癌症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞RNA测序数据	NA