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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-06-08 |
Single-cell Transcriptomic Profiling Reveals Diagnostic of T Cell-platelet Aggregates in Peripheral Blood for Coronary Vulnerable Plaques
2026-Feb-04, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10723-x
PMID:41639521
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了外周血中T细胞-血小板聚集体在冠状动脉易损斑块诊断中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序在外周血中发现了T细胞-血小板聚集体与易损斑块的关联,并筛选出五种潜在的循环生物标志物用于无创诊断 | 数据来源仅限于特定队列,可能需更大样本验证;机制研究主要基于生物信息学分析,缺乏功能性实验验证 | 寻找用于冠状动脉易损斑块无创诊断的外周血生物标志物 | 冠状动脉疾病患者的易损斑块和外周血单核细胞中的T细胞-血小板聚集体 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 支持向量机递归特征消除、LASSO回归、Boruta算法 | 单细胞转录组数据 | 来自冠状动脉疾病患者和对照组的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 522 | 2026-06-08 |
Decoding cytokine networks in ulcerative colitis to identify pathogenic mechanisms and therapeutic targets
2026-Feb-03, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.adt0986
PMID:41632832
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研究论文 | 通过系统免疫学建模解析溃疡性结肠炎中细胞因子网络,识别致病机制与治疗靶点 | 利用单细胞转录组数据构建复杂细胞因子网络,首次识别出治疗初治患者独有的细胞因子子网络,并发现TL1A作为TNF和IL-23A上游调控因子的潜在治疗靶点 | 未明确提及实验验证范围或样本量限制 | 阐明溃疡性结肠炎中失调的细胞因子信号网络,指导靶向治疗 | 溃疡性结肠炎患者结肠活检样本及类器官 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 细胞因子网络模型 | 转录组数据 | 来自治疗初治和治疗后溃疡性结肠炎患者的结肠活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 523 | 2026-06-08 |
The fetal trophoblast cell marker HLA-G activates a type I interferon response in primary NK cells through the receptor KIR2DL4
2026-Feb-03, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.adv2400
PMID:41632833
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研究论文 | 研究揭示了胎儿滋养细胞标志物HLA-G通过受体KIR2DL4激活原代NK细胞中的I型干扰素反应 | 发现HLA-G通过非经典途径选择性地诱导I型干扰素刺激基因转录,并揭示了KIR2DL4胞质尾部的羧基端序列与JAK1结合的必要性 | NA | 研究胎儿滋养细胞表达的HLA-G如何通过受体KIR2DL4调控母胎界面的NK细胞免疫反应 | 人早期妊娠子宫蜕膜中的NK细胞及胎儿滋养细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 524 | 2026-06-08 |
Targeting RRBP1 reverses immune evasion and enhances immunotherapy efficacy via the CXCL10-CXCR3 axis in bladder cancer
2026-Feb-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013809
PMID:41633771
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研究论文 | 本研究揭示RRBP1通过CXCL10-CXCR3轴逆转膀胱癌免疫逃逸并增强免疫治疗效果 | 首次发现炎症相关基因RRBP1通过调控CXCL10-CXCR3轴影响CD8+ T细胞浸润和抗肿瘤免疫,并验证其抑制可增强抗PD-L1治疗敏感性 | 研究主要基于膀胱癌模型,RRBP1在其他癌症中的通用性及临床转化潜力需进一步验证 | 探索炎症相关基因RRBP1在膀胱癌恶性进展、免疫逃逸及免疫治疗中的作用机制 | 膀胱癌肿瘤细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞(特别是CD8+ T细胞) | 机器学习 | 膀胱癌 | 转录组学,蛋白质组学,Cas9筛选,单细胞RNA测序,免疫组化,多重免疫荧光,流式细胞术 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析肿瘤免疫微环境 |
| 525 | 2026-06-08 |
transFusion: a novel comprehensive platform for integration analysis of single-cell and spatial transcriptomics
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag059
PMID:41645434
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研究论文 | 开发了一个名为transFusion的综合性平台,用于整合分析单细胞RNA测序和10× Visium空间转录组数据 | 提供了一个基于网络的全新综合平台,集成了从基础可视化到高级分析的12项功能,包括细胞间依赖性分析、配体-受体共表达识别和可视化、空间多模态梯度变化模式等 | 主要针对10× Visium空间转录组数据,可能不适用于其他空间技术;对计算和统计专业知识有限的用户仍需一定学习成本 | 解决空间转录组数据分析中多模态数据整合不充分、空间信息利用有限的挑战 | 单细胞RNA测序和10× Visium空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 两个案例研究数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10× Visium空间转录组平台和单细胞RNA测序平台 |
| 526 | 2026-06-08 |
Single-cell omics in tumor lymph node metastasis: mechanisms and therapeutic implications
2026-Feb-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02585-x
PMID:41629958
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综述 | 综述单细胞组学在肿瘤淋巴结转移机制及免疫治疗意义方面的研究成果 | 通过单细胞测序技术揭示肿瘤引流淋巴结在免疫治疗中的关键角色及其适应性改变 | 从技术及研究内容角度,提出了当前挑战及未来发展方向 | 总结肿瘤淋巴结转移的微环境及免疫抑制机制,综述相关新靶点及免疫治疗研究现状 | 肿瘤淋巴结转移过程中的肿瘤细胞、肿瘤引流淋巴结及其微环境 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 527 | 2026-06-08 |
BiCLUM: Bilateral contrastive learning for unpaired single-cell multi-omics integration
2026-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013932
PMID:41632825
|
研究论文 | 提出BiCLUM双边对比学习方法,用于未配对单细胞多组学数据的整合 | 首次通过双边对比学习同时实现细胞级和特征级的跨模态对齐,并利用先验基因组知识将一种模态转换到另一种模态的数据空间 | 方法依赖先验基因组知识进行模态转换,可能限制其在缺失此类知识的场景下的适用性;未提及处理超过两种模态时的扩展性问题 | 开发一种鲁棒且可解释的未配对单细胞多组学数据整合方法 | 单细胞多组学数据,包括scRNA-seq、scATAC-seq和CITE-seq等 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、CITE测序 | 对比学习 | 基因表达数据、染色质可及性数据、蛋白质丰度数据 | 不适用(未在标题和摘要中明确提及) | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 不适用 | 不适用 |
| 528 | 2026-06-08 |
A Comprehensive Analysis of Type I Interferon Risk Gene Signatures in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Feb, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70211
PMID:41635152
|
研究论文 | 系统性红斑狼疮中I型干扰素风险基因标志的综合分析 | 通过孟德尔随机化分析首次确定HERC5、IFIT3、IFI44L和IFI6与SLE风险的因果关系,并发现IFI44L低甲基化是IFN-I通路激活的关键表观遗传驱动因素 | NA | 全面表征系统性红斑狼疮中I型干扰素风险基因标志及其因果关系 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞和单核细胞 | 机器学习 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据、临床参数、DNA甲基化数据 | 705例SLE患者和385509例对照(FinnGen队列),及外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 529 | 2026-06-08 |
Targeting the SIRT1-NAT10-GABABR1 Axis: A Novel Epitranscriptomic Approach to Mitigate Sevoflurane-Induced Cognitive Impairment in Aging
2026-Feb, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1002/cns.70762
PMID:41636018
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研究论文 | 本研究探讨了SIRT1通过去乙酰化NAT10减少GABABR1 mRNA乙酰化,从而减轻七氟烷诱导老龄大鼠术后认知功能障碍的机制 | 首次揭示SIRT1-NAT10-GABABR1轴作为表观转录组调控新途径,通过去乙酰化NAT10降低GABABR1 mRNA ac4C修饰,恢复突触抑制与代谢-自噬平衡,为麻醉相关神经毒性提供全新治疗靶点 | 未明确说明 | 探索SIRT1通过调控NAT10介导的mRNA乙酰化及线粒体稳态,保护老龄大鼠免受七氟烷诱导的术后认知功能障碍 | 老龄大鼠七氟烷暴露模型及AAV介导Sirt1/Nat10操作的神经元亚群 | 数字病理学 | 老年性疾病 | NGS,单细胞RNA测序,RIP-qPCR,斑点印迹,膜片钳电生理记录 | NA | 基因表达数据,电生理数据,图像数据 | 老龄大鼠(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于鉴定神经元亚群 |
| 530 | 2026-06-08 |
Integrative single-cell analysis uncovers distinct tumour microenvironment ecotypes and immune evasion across skin cancers
2026-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70611
PMID:41636115
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组数据分析皮肤癌肿瘤微环境生态型及免疫逃逸机制 | 首次提出泛皮肤癌免疫重塑框架,鉴定出NARS2+NDUFC2+黑色素瘤细胞亚群及SPP1+巨噬细胞在免疫逃逸中的关键作用 | 单细胞数据样本量有限,功能验证主要基于体外实验,需进一步体内模型验证 | 揭示不同皮肤癌类型和进展阶段中肿瘤免疫生态系统的重塑模式及其对免疫逃逸和治疗抵抗的影响 | 皮肤癌患者样本(包括基底细胞癌、鳞状细胞癌、皮肤黑色素瘤和肢端黑色素瘤) | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序、CRISPR筛选、免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA测序数据 | 102个皮肤癌样本(包括癌旁正常皮肤、早期和晚期肿瘤) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 531 | 2026-06-08 |
Integrative Omics Analysis Reveals the Potential Value of CEACAM6 in Pan-Gastrointestinal Cancers
2026-Feb, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70327
PMID:41640009
|
研究论文 | 本研究利用多组学生物信息学方法探究CEACAM6在泛胃肠道癌症中的表达、预后价值及免疫功能 | 首次系统揭示CEACAM6在泛胃肠道癌症中的诊断准确性、肿瘤特异性过表达及空间转录组学定位特征,提出其作为精准免疫治疗靶点的潜力 | 未涉及实验验证,结论基于公共数据库的回顾性分析 | 评估CEACAM6在泛胃肠道癌症中的表达分布、预后价值和免疫功能 | 泛胃肠道癌症中的CEACAM6 | 计算机视觉 | 胃肠道癌症 | 多组学生物信息学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、突变数据、空间转录组数据 | TCGA、cBioPortal、GDSC2、TIMER2.0、TISCH数据库中的多人种样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 532 | 2026-06-08 |
Tissue-Derived Extracellular Vesicles Define Diagnostic Biomarkers for Renal Cell Carcinoma
2026-Feb, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70221
PMID:41656939
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研究论文 | 通过分析组织来源的细胞外囊泡,确定了肾细胞癌不同亚型的诊断生物标志物 | 首次系统鉴定组织来源细胞外囊泡中用于区分不同肾细胞癌亚型的生物标志物,并结合单细胞测序揭示标志物来源细胞类型 | 外部验证队列规模有限,且未明确不同亚型标志物的分子机制 | 评估组织来源细胞外囊泡作为不同肾细胞癌亚型鉴别诊断标志物的价值 | 配对肿瘤与正常组织及其对应的组织来源细胞外囊泡 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序 | NA | RNA测序数据 | 配对肿瘤与正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 533 | 2026-06-08 |
Identification of Mitophagy-Related Genes With Diagnostic Value in Atherosclerosis Using Bioinformatics Analysis and Experiment Validation
2026-Feb, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70260
PMID:41652980
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研究论文 | 结合批量与单细胞RNA测序数据,分析了线粒体自噬相关基因在动脉粥样硬化中的诊断价值,并构建了诊断模型 | 首次整合批量与单细胞RNA测序数据系统分析动脉粥样硬化中线粒体自噬相关基因,并利用机器学习方法挖掘出四个关键基因构建诊断模型 | NA | 识别动脉粥样硬化中具有诊断价值的线粒体自噬相关基因,并揭示其分子机制 | 人类动脉粥样硬化斑块中的线粒体自噬相关基因及其表达失调 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA测序 | Random Forest, SVM-RFE | 基因表达数据 | 超过106,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 534 | 2026-06-08 |
Identification of potential drug targets for Alzheimer's disease from genetic insights: A Mendelian randomization study
2026-Jan-30, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045715
PMID:41630303
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研究论文 | 通过孟德尔随机化研究从遗传学角度识别阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 首次联合孟德尔随机化分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、分子对接和单细胞测序分析系统识别阿尔茨海默病的关键基因和潜在药物 | 研究依赖于公开的GWAS汇总统计数据,可能受限于原始数据的样本特征和混杂因素 | 探索血浆蛋白与阿尔茨海默病之间的因果关系并预测潜在药物靶点 | 阿尔茨海默病患者和对照组的血浆蛋白质组数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | NA | NA | 图像、文本 | 4907个血浆蛋白作为暴露因素,阿尔茨海默病作为结局 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 535 | 2026-06-08 |
Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling
2026-Jan-23, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69159
PMID:41662190
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研究论文 | 提出一种针对钙化动脉的样本处理流程,保留形态和RNA完整性,用于数字空间分析 | 专门优化了钙化血管组织的处理流程,包括脱钙方法、组织微阵列构建和感兴趣区域选择策略,以克服血管组织用于空间转录组学的技术障碍 | 主要基于人类胫骨动脉样本,可能不适用于其他血管类型或钙化程度不同的样本 | 建立适用于钙化血管的空间转录组学样本制备协议,使科研人员能够获得层特异性基因表达数据 | 人类胫骨动脉(具有晚期病变) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 人类胫骨动脉样本(具体数量未提及) | NanoString Technologies | 空间转录组学 | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx DSP系统,结合组织微阵列和感兴趣区域选择策略 |
| 536 | 2026-06-08 |
BayesRare: Bayesian mixture model for population-level rare cell type detection in multi-subject single-cell RNA sequencing data
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag024
PMID:41632592
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研究论文 | 提出BayesRare层次贝叶斯框架,用于多受试者单细胞RNA测序数据中群体水平稀有细胞类型的检测 | 首次将贝叶斯混合模型与稀有簇指示器结合,实现跨受试者信息整合的稀有细胞类型联合聚类与识别,并量化不确定性 | 未明确说明具体局限性 | 开发一种能够利用跨受试者信息进行群体水平稀有细胞类型检测的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 537 | 2026-06-08 |
Cross-dataset transcriptomic analyses identify a conserved ENPP2+ macrophage-fibroblast activation axis in hypertrophic cardiomyopathy
2026-Jan-07, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag036
PMID:41642196
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研究论文 | 本研究通过跨数据集转录组分析,在肥厚型心肌病中鉴定出一个保守的ENPP2+巨噬细胞-成纤维细胞活化轴 | 首次通过跨数据集单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示肥厚型心肌病中巨噬细胞向促炎表型转化并由ENPP2高表达驱动成纤维细胞活化的保守机制 | 机制验证主要基于初步的组织病理学和分子生物学实验,需要进一步功能研究确定ENPP2下游信号及其作为治疗靶点的可行性 | 阐明肥厚型心肌病中心肌纤维化的分子机制,特别是巨噬细胞转化为成纤维细胞活化的调控机制 | 肥厚型心肌病患者的心肌组织样本 | 数字病理学 | 肥厚型心肌病 | snRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个公开数据集(包括两种最常见突变类型的snRNA-seq数据、最大现有snRNA-seq和空间转录组学数据集) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 538 | 2026-06-08 |
High-Resolution Laser Microdissection to Investigate Transcriptional States in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5154-4_5
PMID:41629710
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研究论文 | 本文描述了如何利用高分辨率激光显微切割结合RNA测序分析福尔马林固定石蜡包埋样本中的转录状态 | 强调激光显微切割在空间转录组学中仍具有高空间分辨率和成本效益的优势,尤其适用于FFPE样本和回顾性研究 | 未明确提及,但可推断其通量低于新兴高通量空间转录组技术,且依赖精确的形态学注释 | 提供一种针对常规组织学样本(如FFPE)的稳健LMD-RNA-seq协议,用于揭示临床上相关的特定分子信息 | 福尔马林固定石蜡包埋的组织样本 | 数字病理学 | 未明确指定,但适用于多种疾病(如癌症) | 激光显微切割、RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 539 | 2026-06-08 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Immunosuppressive Trajectory in the Tumor Microenvironment of Human Giant Cell Tumor of Bone
2026, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/bmri/9855803
PMID:41635288
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示人骨巨细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制轨迹 | 首次通过单细胞测序全面解析骨巨细胞瘤肿瘤微环境中的细胞异质性和免疫抑制机制,识别出肿瘤相关巨噬细胞、CD8+ T细胞和CD4+ T细胞的新亚型及其相互作用网络 | 样本量较小(7091个细胞),且未进行功能验证实验 | 阐明骨巨细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制机制及细胞间相互作用 | 骨巨细胞瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 单细胞测序 | 骨巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 7091个细胞,来源于骨巨细胞瘤手术切除样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 540 | 2026-06-08 |
Spatial Analysis of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Defines a Paradoxical Keratin 17-Positive, Low-Grade Epithelial Population Harboring Malignant Features
2026, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101749
PMID:41638478
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研究论文 | 通过对导管内乳头状黏液性肿瘤进行空间转录组学分析,发现了一个表达恶性特征的角蛋白17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中发现一个表达恶性转录特征(包括KRT17、S100A10和CEACAM5)的上皮细胞亚群,并验证了该高风险基因特征 | NA | 研究IPMN进展过程中的转录变化,寻找更准确的风险分层标志物 | 包含从低级别不典型增生到癌变完整病程的IPMN患者组织样本,以及分支导管和主胰管IPMN活检样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 图像数据,空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 包含完整病程的IPMN患者样本和外部空间转录组数据集中的多个IPMN样本 | Nanostring | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Nanostring GeoMx | 使用Nanostring GeoMx进行空间转录组学分析,并对分支导管和主胰管IPMN活检样本进行单细胞RNA测序 |