单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2024-12-14	Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion 2024, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.100607 PMID:39664577	研究论文	本研究探讨了补体C1q在肿瘤相关巨噬细胞介导的CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍中的作用	首次揭示了C1q在M2巨噬细胞极化中的依赖性作用，并证明了C1q缺乏可以恢复CD8 T细胞的耗竭状态，增强CD8 T细胞和NK细胞的免疫活性	实验仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究C1q在恶性胸腔积液中的作用及其对免疫细胞功能的影响	恶性胸腔积液中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞	免疫学	癌症	scRNA-seq、代谢组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、代谢物数据	使用C1qa小鼠MPE模型进行实验
582	2024-12-14	Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation 2024, Biomaterials research IF:8.1Q1 DOI:10.34133/bmr.0089 PMID:39665079	研究论文	本研究探讨了秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发了一种基于纳米载体的秋水仙碱递送系统，以增强痛风炎症的治疗效果	首次揭示了秋水仙碱通过关键基因AHNAK调控巨噬细胞极化的机制，并开发了一种基于R4F-NM@F127纳米载体的秋水仙碱递送系统，能够靶向调节巨噬细胞极化，减少对正常组织的毒性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	探讨秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发一种新的纳米载体系统以增强痛风的治疗效果	痛风小鼠模型中的巨噬细胞极化和炎症反应	NA	痛风	单细胞RNA测序、分子对接、慢病毒干预、生物化学指标检测	NA	单细胞RNA测序数据、生物化学指标数据	小鼠模型和外周血单核细胞样本
583	2024-12-14	A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20202084 PMID:34807232	研究论文	研究通过单细胞转录组学发现了一种高氧化磷酸化（OXPHOS）的CD8 T细胞亚群，该亚群在黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂（ICI）疗法的耐药性相关，并开发了一种基于该细胞亚群转录组特征的ICI疗法反应预测模型	首次发现并验证了高OXPHOS的CD8 T细胞亚群（CD8+ TOXPHOS细胞）与黑色素瘤患者ICI疗法耐药性的关联，并开发了基于该细胞亚群的预测模型	NA	研究黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂疗法耐药性相关的免疫细胞亚群，并开发预测ICI疗法反应的模型	黑色素瘤患者的CD8 T细胞亚群及其与ICI疗法耐药性的关系	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个验证队列中的黑色素瘤患者
584	2024-12-14	Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.878920 PMID:35600339	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重免疫荧光成像（MxIF）分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异	发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）和鳞状上皮细胞的独特微环境，并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系	NA	揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性	小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光成像（MxIF）	NA	基因表达数据，图像	两种小鼠结直肠癌模型（Lrig1;Apc和AOM/DSS）
585	2024-12-14	STAT3 signaling in myeloid cells promotes pathogenic myelin-specific T cell differentiation and autoimmune demyelination 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1913997117 PMID:32094172	研究论文	研究揭示了STAT3信号在髓系细胞中对病理性髓鞘特异性T细胞分化和自身免疫性脱髓鞘的促进作用	首次发现髓系细胞中的STAT3信号对髓鞘反应性T细胞的激活至关重要，并提出髓系STAT3作为自身免疫性脱髓鞘疾病的潜在治疗靶点	NA	探讨STAT3信号在髓系细胞中对多发性硬化症（MS）发病机制的影响	髓系细胞、髓鞘特异性T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）	NA	多发性硬化症	单细胞转录组分析	NA	转录组	野生型和突变型小鼠的髓系细胞
586	2024-12-13	Immune cell-enriched single-cell RNA sequencing unveils the interplay between infiltrated CD8+ T resident memory cells and choroid plexus epithelial cells in Alzheimer's disease 2025-Jan-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2024.578488 PMID:39571412	研究论文	本研究通过免疫细胞富集的单细胞RNA测序，揭示了阿尔茨海默病中浸润的CD8+ T记忆细胞与脉络丛上皮细胞之间的相互作用	首次通过单细胞RNA测序分析了阿尔茨海默病模型小鼠中CD8+ T记忆细胞和脉络丛上皮细胞的基因表达差异，揭示了T细胞耗竭标志物的显著升高以及脉络丛上皮细胞基因表达模式的改变	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证结果	探索阿尔茨海默病脑微环境的特征及其潜在机制	阿尔茨海默病模型小鼠的脑实质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11,587个单细胞样本，来自12个月大的5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠和对照小鼠
587	2024-12-13	SpaInGNN: Enhanced clustering and integration of spatial transcriptomics based on refined graph neural networks 2025-Jan, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.006 PMID:39542070	研究论文	本文提出了一种基于改进图神经网络的空间转录组学聚类与整合方法SpaInGNN，以提高空间域识别的准确性	SpaInGNN通过整合空间位置数据、组织学信息和基因表达谱，利用图神经网络生成低维潜在嵌入，并结合组织图像距离和欧几里得距离优化空间位置图，从而提高空间域识别的准确性	NA	解决空间转录组学中单细胞水平空间域识别的挑战	小鼠嗅球和人类外侧前额叶皮层样本	空间转录组学	NA	图神经网络	GNN	空间位置数据、组织学信息、基因表达谱	小鼠嗅球和人类外侧前额叶皮层样本
588	2024-12-13	CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374 PMID:39659759	研究论文	研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞	首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞，并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源	研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量	探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源	脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	脐血单个核细胞
589	2024-12-13	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2024-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	研究揭示了TEAD1通过调控血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，促进破裂的动脉粥样硬化斑块的稳定和修复	首次发现TEAD1作为关键转录因子，通过Wnt4/β-Catenin信号通路驱动血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，从而促进斑块的稳定和修复	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其效果	探讨动脉粥样硬化斑块破裂后的修复机制，寻找潜在的治疗靶点	血管平滑肌细胞、成纤维细胞样细胞、动脉粥样硬化斑块	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的动脉粥样硬化斑块样本
590	2024-12-13	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024-Dec-11, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	研究揭示了缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性	首次鉴定出一种与肿瘤干细胞特性相关的CAF亚群，称为缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAFs），并阐明了其通过IGF1促进肿瘤干细胞特性的机制	研究主要基于单细胞RNA测序和体内实验，未来需要进一步验证和扩展这些发现	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌中的作用及其对肿瘤干细胞特性的影响	食管鳞状细胞癌患者的样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	食管鳞状细胞癌患者的样本
591	2024-12-13	Tissue Resident CD8+T-cells as mediators of protective immunity in breastmilk transmission of HCMV 2024-Dec-11, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae618 PMID:39661655	研究论文	研究探讨了母乳中CD8+T细胞在预防婴儿通过母乳感染人巨细胞病毒（HCMV）中的作用	首次描述了母乳中组织驻留记忆T细胞（Trm）的存在，并发现非传播者母亲母乳中CD8+ Trm T细胞的频率较高，且与母乳中HCMV病毒载量呈负相关	研究仅限于母乳中的T细胞，未探讨这些细胞在婴儿体内的作用机制	探讨母乳中T细胞在预防婴儿通过母乳感染HCMV中的作用	母乳中记忆T细胞的频率及类型	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及传播者和非传播者母亲的母乳样本
592	2024-12-13	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2024-Dec-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文提出了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并应用于人类大肠单细胞转录组数据，验证了通过抑制特定主调控因子可以将结直肠癌细胞逆转为正常样肠细胞	提出了单细胞布尔网络推理与控制（BENEIN）框架，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过实验验证了其有效性	NA	解决识别细胞分化轨迹中主调控因子的长期挑战，探索癌症逆转的可能性	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	NA	结直肠癌	单细胞转录组	布尔网络	转录组数据	NA
593	2024-12-13	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2024-Dec-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	本文通过CRISPR筛选研究了在不同人类CD4 T细胞环境中控制IL-2Rα表达的调控因子，揭示了MED12作为动态调控者在T细胞静息和激活状态中的关键作用	首次通过CRISPR筛选在多个初级人类CD4 T细胞环境中识别出调控IL-2Rα表达的因子，并揭示了MED12在不同T细胞环境中调控关键因子的动态作用	研究主要集中在初级人类CD4 T细胞，可能无法完全代表所有T细胞类型	研究T细胞静息和激活状态的动态基因调控网络	人类CD4 T细胞及其在不同环境中的基因表达调控	免疫学	NA	CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据	多个初级人类CD4 T细胞样本
594	2024-12-13	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2024-Dec-11, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	研究揭示了USP4减少介导的RAB7A泛素化破坏了正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进了牙周炎的进展	首次揭示了USP4与RAB7A之间的相互作用在牙周炎病理中的关键作用，并提出了这一相互作用作为治疗牙周疾病的潜在靶点	研究主要集中在小鼠模型和临床样本的基因组和组织学分析上，缺乏更大规模的人类临床试验验证	探讨自噬与牙周炎病理之间的精确相互作用，并揭示USP4和RAB7A在其中的作用	牙周炎患者的牙龈样本和小鼠实验模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	临床牙龈样本和小鼠实验模型
595	2024-12-13	Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007 PMID:39665934	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
596	2024-12-13	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	本文研究了组织驻留自然杀伤细胞（trNK）在胰腺癌中通过促进cDC1-CD8 T细胞活性来支持生存的作用	本文首次展示了通过电离辐射（IR）诱导局部物理损伤，增加组织驻留自然杀伤细胞（trNK），从而增强免疫疗法效果的新方法	本文主要基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，未来需要在更多临床样本中验证其效果	研究如何通过增强CD8 T细胞活性来恢复胰腺癌中的抗癌免疫	胰腺导管腺癌（PDAC）中的组织驻留自然杀伤细胞（trNK）和CD8 T细胞	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠PDAC肿瘤模型和人类PDAC单细胞RNA测序数据集
597	2024-12-13	Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012 PMID:39547231	研究论文	研究揭示了在肝细胞癌中，癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞，导致CD103 CTLs滞留在癌周区域，激活NLRP3炎症小体，促进肝癌进展并抵抗免疫治疗	首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs，并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗	研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要进一步的实验验证	探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	RNA	肝细胞癌患者
598	2024-12-13	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-Dec-09, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据构建免疫治疗结果预测模型的协议	提出了基于scRNA-seq数据识别免疫治疗过程中未改变细胞的scCURE方法，并利用这些未改变细胞构建免疫治疗结果预测模型	NA	开发一种预测癌症患者免疫治疗结果的方法	癌症患者的免疫治疗结果	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
599	2024-12-13	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-Dec-09, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞RNA测序平台有效恢复低mRNA含量免疫细胞的协议	提出了针对前列腺、肺和肝脏组织的优化组织解离方法，并结合BD Rhapsody平台进行单细胞RNA测序	NA	开发一种有效恢复复杂人体组织中低mRNA含量细胞的单细胞RNA测序方法	低mRNA含量的免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	前列腺、肺和肝脏组织样本
600	2024-12-13	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向激活微胶质细胞的治疗药物	本文探讨了通过调节Toll样受体4/核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶、Janus激酶/信号转导子和转录激活子、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B、Notch和高迁移率族框1等信号通路来减轻微胶质细胞引发的炎症反应，并介绍了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临许多挑战，未来需要进一步研究	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向治疗策略	创伤性脑损伤中的微胶质细胞及其极化途径	NA	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA