单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-12-14	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	研究探讨了年龄相关的ECM硬化如何通过TRAIL通路影响肌肉干细胞的分化	首次揭示了年龄相关的ECM硬化通过TRAIL通路影响肌肉干细胞分化的分子机制，并使用BAPN抑制剂验证了这一机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，尚未在人体中验证	研究年龄相关的ECM硬化对肌肉干细胞分化的影响及其分子机制	年轻和年老的肌肉干细胞在软和硬ECM微环境下的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻和年老的肌肉干细胞在四种不同条件下的样本
562	2024-12-14	Investigating intra-tumoural heterogeneity and microenvironment diversity in primary cardiac angiosarcoma through single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70113 PMID:39658531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境多样性	首次通过单细胞RNA测序揭示了原发性心脏血管肉瘤的复杂细胞景观和免疫微环境，并识别了潜在的分子治疗靶点	样本量较小，仅基于四个患者的肿瘤样本进行分析	揭示原发性心脏血管肉瘤的细胞异质性和肿瘤微环境，为开发新型疗法提供分子靶点	原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境	数字病理学	心脏肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个患者的肿瘤样本和五个正常心脏组织样本
563	2024-12-14	Oxygen, angiogenesis, cancer and immune interplay in breast tumour microenvironment: a computational investigation 2024-Dec, Royal Society open science IF:2.9Q1 DOI:10.1098/rsos.240718 PMID:39665095	研究论文	本研究利用乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型（MMTV-PyMT）的数据，探讨了乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的相互作用	引入了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据估算乳腺癌微环境中免疫细胞比例的方法，并通过混合遗传算法（HGA）进行参数估计	NA	研究乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的复杂动态相互作用	乳腺癌微环境中的内皮细胞、氧气、血管内皮生长因子（VEGF）以及免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合遗传算法（HGA）	单细胞RNA测序数据	乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型（MMTV-PyMT）
564	2024-12-14	Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research 2024-Nov-25, Plant cell reports IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s00299-024-03383-9 PMID:39585480	综述	本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响	单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率，揭示了复杂的细胞过程和发育途径	单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战	探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景	植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应	植物生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
565	2024-12-14	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-Nov-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	本文开发了针对ROBO1和ROBO2外膜结构域的人源单克隆抗体，通过抑制SLIT-ROBO信号通路，减少病理性眼新生血管的形成	首次开发了能够抑制ROBO1和ROBO2信号通路的人源单克隆抗体，并验证了其在体内外对病理性眼新生血管的抑制作用	需要进一步验证该抗体在其他眼科疾病模型中的效果及临床应用潜力	开发新的药物工具以抑制SLIT-ROBO信号通路，从而治疗病理性眼新生血管相关疾病	ROBO1和ROBO2受体及其在病理性眼新生血管中的作用	NA	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	氧诱导视网膜病变（OIR）和激光诱导角膜新生血管（CNV）小鼠模型
566	2024-12-14	Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq 2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-024-04957-9 PMID:38727936	研究论文	本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据，评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	研究仅基于现有数据集，未进行体外或体内实验验证	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建结肠癌风险模型	结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据	数字病理学	结肠癌	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞转录组数据	结肠癌样本
567	2024-12-14	Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab 2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.08.24315092 PMID:39417106	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本，构建了恶性细胞和免疫细胞的详细分子分类，并揭示了治疗抵抗的机制	首次系统分类了胆道癌中的功能性注释细胞状态，并发现了神经样和内皮样状态在胆道癌中的存在，这些状态在其他癌症中与治疗抵抗相关	研究仅限于单一的临床试验，样本量较小，且未观察到客观反应	揭示胆道癌治疗抵抗的机制，并为下一代临床试验提供新的见解	胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	治疗前和治疗中的活检样本
568	2024-12-14	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	研究果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间异质性及其与免疫反应的关系	首次在果蝇幼虫脂肪体中发现抗菌肽表达具有可重复的空间模式，并揭示了这种模式与微生物定位的相关性	研究仅限于果蝇幼虫脂肪体，未探讨其他组织或物种中的情况	探讨组织中免疫反应基因表达的空间和时间模式及其机制	果蝇幼虫脂肪体中的抗菌肽表达及其空间模式	NA	NA	活体光片荧光显微镜	NA	图像	果蝇幼虫
569	2024-12-14	Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors 2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-024-02460-6 PMID:38940937	研究论文	本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型，应用Visium空间转录组学技术，揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征	首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性，并识别出潜在的致病因素	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制	衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型	NA	胰腺炎	Visium空间转录组学	NA	转录组	衰老小鼠（18个月）和年轻小鼠（3个月）各一组
570	2024-12-14	Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision 2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009063 PMID:38901879	review	本文由癌症免疫治疗学会召集的专家组讨论了癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并提出了未来十年的战略愿景	本文提出了七个高优先级的研究领域，并讨论了可能阻碍进展的潜在障碍，以及三个关键的指导原则	NA	识别癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并优先考虑具有最高临床影响的领域	癌症免疫治疗领域的七个高优先级领域及跨领域的优化工具	NA	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
571	2024-12-14	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	本研究通过批量和空间RNA测序技术，分析了糖尿病周围神经病变（DPN）患者的外周神经分子特征	首次通过空间转录组学分析揭示了DPN中感觉神经元mRNA定位的变化，并强调了mRNA运输在周围神经退化中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者，可能限制了结果的广泛适用性	深入了解糖尿病周围神经病变的疾病机制	糖尿病患者的外周神经（胫神经和腓肠神经）	数字病理学	糖尿病并发症	RNA测序	NA	RNA	来自下肢截肢的胫神经和腓肠神经样本，主要来自糖尿病患者
572	2024-12-14	CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07537-3 PMID:38867048	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用	首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用	探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制	肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类ILC3s样本
573	2024-12-14	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文设计了一个基于Nextflow DSL2的管道，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的苏木精和伊红（H&E）染色全切片图像（WSI），优化用于患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	本文提出了一个创新的管道，能够同时处理空间转录组数据和H&E图像，并进行物种去卷积和转录本映射	NA	开发一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，以分析患者来源的异种移植癌症样本	10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	图像和文本	4个黑色素瘤PDX样本
574	2024-12-14	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.26.559569 PMID:37808650	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物	首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析，筛选出促进神经再生的化合物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力，以恢复视网膜疾病患者的视力	小鼠Müller胶质细胞的神经再生	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物
575	2024-12-14	q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics 2024-04-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06104-w PMID:38565955	研究论文	本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度	q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解	NA	探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学	单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据
576	2024-12-14	Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development 2024-03-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06039-2 PMID:38553636	研究论文	研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离	首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离	研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子	探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系	Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞
577	2024-12-14	Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation 2024-03-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06017-8 PMID:38514806	研究论文	研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件	通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子	研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件	内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠胚胎
578	2024-12-14	GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data 2024-Jan-02, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae088 PMID:39658191	研究论文	本文介绍了一种GPU加速的Kendall距离矩阵计算软件GADES，适用于大规模或稀疏数据的处理	提出了GPU加速的Kendall-$ au$距离矩阵计算方法，并解决了数据稀疏性带来的算法挑战	未提及具体的局限性	开发高效的计算策略，用于高性能的Kendall距离矩阵计算	大规模或稀疏的多维数据集，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	GPU加速计算	NA	数据矩阵	未提及具体的样本数量
579	2024-12-14	Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1488137 PMID:39664194	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用	开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名（TSPRS），并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力	NA	研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响	乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据	NA	乳腺癌	转录组测序，单细胞测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据，涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因
580	2024-12-13	Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251 PMID:39664386	研究论文	研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响	揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性，并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物，通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度	NA	理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用	三阴性乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习模型	RNA-seq数据	NA