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当前共找到 37421 篇文献，本页显示第 5661 - 5680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5661 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 5662 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5663 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5664 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5665 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5666 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程，重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变，并首次提出基于克隆造血不确定潜能（CHIP）的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析，缺乏原始实验数据支持；未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史，探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统（特别是FAB分类及其后续演进） | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术，单细胞测序，多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5667 | 2025-12-10 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络和可解释AI的新方法，用于识别心力衰竭亚型特异性基因，以解码心力衰竭亚型 | 提出了一种基于自定义神经网络重要性评分的新方法，用于识别差异解释基因，优于传统方法，能更有效地揭示心力衰竭亚型特异性通路 | 方法可能依赖于神经网络模型的特定架构和参数，且在实际应用中需验证其泛化能力 | 解码心力衰竭亚型，通过识别差异基因签名来理解分子机制 | 单细胞转录组数据中的细胞，特别是与心力衰竭相关的细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5668 | 2025-12-10 |
Nonhuman Primate Model of Super-selective Intra-arterial Ophthalmic Arterial Interventional Thrombolysis for Treatment of Ophthalmic Arterial Embolism Resulting From Hyaluronic Acid Filler Cosmetic Injection
2025-Oct-16, Aesthetic surgery journal
IF:3.0Q1
DOI:10.1093/asj/sjaf132
PMID:40601619
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研究论文 | 本研究建立了一种非人灵长类动物模型，用于模拟眼动脉栓塞及超选择性眼动脉内介入溶栓治疗，以评估透明质酸填充剂注射后视网膜缺血再灌注的疗效 | 首次在非人灵长类动物中建立眼动脉栓塞模型，并应用单细胞RNA测序技术分析视网膜细胞在缺血再灌注过程中的分子变化 | 研究样本量较小，且模型可能无法完全模拟人类临床情况的复杂性 | 评估眼动脉内溶栓治疗对透明质酸填充剂注射所致眼动脉栓塞后视觉功能改善的有效性，并建立临床相关的视网膜缺血再灌注模型 | 恒河猴（非人灵长类动物） | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、数字减影血管造影、眼底荧光血管造影、视网膜电图、组织学染色、透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据、影像数据、电生理数据、组织学数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点（立即、1、4、24小时）的干预 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5669 | 2025-12-10 |
Computer Vision Methods for Spatial Transcriptomics: A Survey
2025-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.13.682148
PMID:41280008
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综述 | 本文首次系统性地综述了计算机视觉AI模型在空间转录组学分析中的应用，涵盖架构、学习范式、任务和数据集，并追踪其技术演变 | 首次系统性地综述计算机视觉方法在空间转录组学中的应用，强调其超越传统生物信息学、整合形态学与分子状态、以及解决ST技术限制（如高成本、临床适用性有限、2D分析限制）的新视角 | 作为一篇综述文章，未直接进行实验研究，因此不涉及具体模型或数据的局限性；但文中讨论了ST技术本身的限制（如高成本、2D分析） | 综述计算机视觉AI模型在空间转录组学分析中的应用，探索其如何利用组织学图像增强空间转录组数据分析，并推动基础研究和临床实践 | 空间转录组学数据及相关计算机视觉AI模型 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像（组织学图像）和空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5670 | 2025-12-10 |
Islet-intrinsic sex differences in inflammatory signaling contribute to autoimmune diabetes susceptibility
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680429
PMID:41279069
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研究论文 | 本研究探讨了胰岛内在的性别差异在炎症信号传导中的作用，以解释1型糖尿病（T1D）的性别偏向易感性 | 揭示了男性胰岛对促炎细胞因子反应更强烈，而雌激素（E2）能抑制炎症信号并降低β细胞免疫原性，为性别偏向的T1D易感性提供了机制性见解 | 研究主要基于体外实验和NOD小鼠模型，人类样本的临床验证有限，且未全面探索其他性激素或长期效应 | 探究性别特异性胰岛炎症反应如何影响1型糖尿病的易感性差异 | 人类胰岛、小鼠β细胞、非肥胖糖尿病（NOD）小鼠 | NA | 1型糖尿病 | 转录组学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 人类胰岛来自男性和女性供体，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5671 | 2025-12-10 |
IFN-I-Mediated Transcriptional Reprogramming Drives Myeloid-skewed Hematopoiesis in Sickle Cell Anemia
2025-Oct-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7766748/v1
PMID:41282081
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验，揭示了镰状细胞贫血中I型干扰素信号驱动的造血干细胞向髓系分化的转录重编程机制 | 首次发现镰状细胞贫血中I型干扰素信号异常激活导致造血干细胞转录重编程，并揭示其对G-CSF的意外反应性 | 未明确I型干扰素信号激活的具体上游触发因素，且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探究镰状细胞贫血中病理性髓系生成和炎症的内在机制 | 镰状细胞贫血患者的造血干细胞和多能祖细胞 | 单细胞组学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5672 | 2025-12-10 |
distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647121
PMID:40291679
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模单细胞RNA测序数据识别分布数量性状位点，以更精细地研究遗传变异对基因表达的影响 | 采用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非传统的简单汇总统计量（如均值），从而在单细胞水平上更准确地识别eQTLs | 方法主要应用于外周血单核细胞数据，可能在其他细胞类型或组织中的适用性有待验证 | 开发一种新方法来识别分布数量性状位点，以克服传统批量eQTL方法在细胞异质性方面的局限 | 来自982名捐赠者的外周血单核细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名捐赠者的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5673 | 2025-12-10 |
Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.637920
PMID:40060545
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研究论文 | 本研究通过结合遗传条形码技术与单细胞RNA测序，追踪食管癌前病变细胞的谱系，揭示了高可塑性祖细胞样群体及其在肿瘤早期发生中的作用 | 首次将遗传条形码与单细胞RNA测序结合用于食管癌前病变细胞谱系追踪，并开发了新的评分系统来映射高可塑性细胞 | NA | 阐明食管癌前病变细胞的起源、轨迹及其在早期肿瘤发生中的动态 | 食管癌前病变细胞 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 遗传条形码，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 5674 | 2025-12-10 |
Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661935
PMID:40631318
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序，识别了老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累 | 比较了生理衰老与高脂饮食诱导的肥胖，首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示了其细胞毒性和炎症功能 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证；样本量相对较小，可能影响统计效力 | 比较衰老与肥胖状态下白色脂肪组织的炎症机制，识别独特的调控靶点 | 年轻和老年小鼠的性腺白色脂肪组织（gWAT）基质血管组分（SVF） | 单细胞组学 | 肥胖相关炎症 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据，流式细胞数据 | 年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的白色脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5675 | 2025-12-10 |
Strain-Specific Tropism and Transcriptional Responses of Enterovirus D68 Infection in Human Spinal Cord Organoids
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661907
PMID:40666885
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了人类脊髓类器官中肠道病毒D68感染的细胞嗜性和转录反应，揭示了不同病毒株的差异感染模式 | 首次在人类脊髓类器官模型中，通过单细胞RNA测序揭示了EV-D68不同毒株（B2和B3）在神经元和胶质细胞中的特异性嗜性差异 | 研究基于类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂的免疫环境和组织架构 | 探究EV-D68感染导致急性弛缓性脊髓炎的细胞机制和宿主反应 | 人类脊髓类器官（hSCOs） | 单细胞组学 | 神经系统感染性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，使用诱导多能干细胞衍生的脊髓类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5676 | 2025-12-10 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
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研究论文 | 本文提出了一种基于移位窗口注意力机制的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet | scSwinTNet是首个使用预训练的移位窗口注意力模型来注释单细胞RNA测序数据中细胞类型的模型，无需先验知识即可准确注释 | NA | 开发一种自动化、高精度的细胞类型注释工具，以应对单细胞数据量的指数增长并减少数据偏差影响 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于移位窗口的自注意力模型 | 基因表达数据 | 399,760个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5677 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析，并展示了其在ONT数据上的应用和改进 | 开发了lr-kallisto方法，将kallisto的短读长RNA-seq定量技术适配到长读长测序平台，并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未提及具体样本量或数据集的局限性，可能依赖于特定长读长平台（如ONT） | 实现长读长测序数据中转录本异构体的快速准确定量 | RNA转录本，特别是全长转录本异构体 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序，外显子捕获 | kallisto模型适配 | RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序数据，结合外显子捕获技术 |
| 5678 | 2025-12-10 |
PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S527507
PMID:40901026
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共同枢纽基因PI3及其在免疫细胞招募机制中的作用 | 首次将PI3确定为连接AD和UC的枢纽基因，并揭示了其通过CCL和CXCL趋化因子招募M1巨噬细胞、CD4 T细胞和中性粒细胞的共同免疫机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证；样本量有限且可能受批次效应影响 | 识别AD和UC之间的共同枢纽基因和免疫学特征，阐明两种疾病的共享发病机制 | 特应性皮炎和溃疡性结肠炎患者组织样本 | 生物信息学 | 特应性皮炎,溃疡性结肠炎 | RNA-seq,单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GSE121212和GSE75214数据集的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5679 | 2025-12-10 |
Cannabidiol Reprograms Glucose Metabolism in Colorectal Adenocarcinoma by Targeting HIF-1α/LDHA Pathway
2025, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X25500958
PMID:41219135
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研究论文 | 本研究探讨了大麻二酚通过靶向HIF-1α/LDHA通路，重编程结直肠腺癌葡萄糖代谢的抗肿瘤机制 | 首次揭示大麻二酚通过抑制HIF-1α/LDHA通路来靶向肿瘤代谢重编程，并发现其与糖酵解抑制剂2-DG具有协同作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞转录组学分析，缺乏体内动物模型的全面验证 | 探究大麻二酚在结直肠腺癌中的抗肿瘤作用机制，特别是其对肿瘤代谢重编程的影响 | 结直肠腺癌细胞系及组织样本 | 肿瘤代谢研究 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学、网络药理学、蛋白质组学、代谢测定 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5680 | 2025-12-10 |
Strain-specific tropism and transcriptional responses of enterovirus D68 infection in human spinal cord organoids
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1698639
PMID:41347238
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了人类脊髓类器官中肠道病毒D68感染的细胞嗜性和转录反应，揭示了不同病毒株在神经元和胶质细胞中的差异感染模式 | 首次在人类脊髓类器官模型中，通过单细胞分辨率揭示了EV-D68不同毒株（B2和B3）的细胞嗜性差异及其宿主转录响应，为急性弛缓性脊髓炎的发病机制提供了新见解 | 研究基于类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂的脊髓微环境；样本规模有限，且仅分析了两种病毒株 | 探究肠道病毒D68感染导致急性弛缓性脊髓炎的细胞嗜性和感染动力学机制 | 源自诱导多能干细胞的人类脊髓类器官 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，但涉及健康及感染两种EV-D68毒株（B2和B3）的脊髓类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |