单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-12-13	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2024-Dec-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文提出了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并应用于人类大肠单细胞转录组数据，验证了通过抑制特定主调控因子可以将结直肠癌细胞逆转为正常样肠细胞	提出了单细胞布尔网络推理与控制（BENEIN）框架，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过实验验证了其有效性	NA	解决识别细胞分化轨迹中主调控因子的长期挑战，探索癌症逆转的可能性	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	NA	结直肠癌	单细胞转录组	布尔网络	转录组数据	NA
542	2024-12-13	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2024-Dec-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	本文通过CRISPR筛选研究了在不同人类CD4 T细胞环境中控制IL-2Rα表达的调控因子，揭示了MED12作为动态调控者在T细胞静息和激活状态中的关键作用	首次通过CRISPR筛选在多个初级人类CD4 T细胞环境中识别出调控IL-2Rα表达的因子，并揭示了MED12在不同T细胞环境中调控关键因子的动态作用	研究主要集中在初级人类CD4 T细胞，可能无法完全代表所有T细胞类型	研究T细胞静息和激活状态的动态基因调控网络	人类CD4 T细胞及其在不同环境中的基因表达调控	免疫学	NA	CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据	多个初级人类CD4 T细胞样本
543	2024-12-13	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2024-Dec-11, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	研究揭示了USP4减少介导的RAB7A泛素化破坏了正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进了牙周炎的进展	首次揭示了USP4与RAB7A之间的相互作用在牙周炎病理中的关键作用，并提出了这一相互作用作为治疗牙周疾病的潜在靶点	研究主要集中在小鼠模型和临床样本的基因组和组织学分析上，缺乏更大规模的人类临床试验验证	探讨自噬与牙周炎病理之间的精确相互作用，并揭示USP4和RAB7A在其中的作用	牙周炎患者的牙龈样本和小鼠实验模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	临床牙龈样本和小鼠实验模型
544	2024-12-13	Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007 PMID:39665934	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
545	2024-12-13	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	本文研究了组织驻留自然杀伤细胞（trNK）在胰腺癌中通过促进cDC1-CD8 T细胞活性来支持生存的作用	本文首次展示了通过电离辐射（IR）诱导局部物理损伤，增加组织驻留自然杀伤细胞（trNK），从而增强免疫疗法效果的新方法	本文主要基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，未来需要在更多临床样本中验证其效果	研究如何通过增强CD8 T细胞活性来恢复胰腺癌中的抗癌免疫	胰腺导管腺癌（PDAC）中的组织驻留自然杀伤细胞（trNK）和CD8 T细胞	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠PDAC肿瘤模型和人类PDAC单细胞RNA测序数据集
546	2024-12-13	Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012 PMID:39547231	研究论文	研究揭示了在肝细胞癌中，癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞，导致CD103 CTLs滞留在癌周区域，激活NLRP3炎症小体，促进肝癌进展并抵抗免疫治疗	首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs，并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗	研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要进一步的实验验证	探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	RNA	肝细胞癌患者
547	2024-12-13	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-Dec-09, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据构建免疫治疗结果预测模型的协议	提出了基于scRNA-seq数据识别免疫治疗过程中未改变细胞的scCURE方法，并利用这些未改变细胞构建免疫治疗结果预测模型	NA	开发一种预测癌症患者免疫治疗结果的方法	癌症患者的免疫治疗结果	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
548	2024-12-13	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-Dec-09, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞RNA测序平台有效恢复低mRNA含量免疫细胞的协议	提出了针对前列腺、肺和肝脏组织的优化组织解离方法，并结合BD Rhapsody平台进行单细胞RNA测序	NA	开发一种有效恢复复杂人体组织中低mRNA含量细胞的单细胞RNA测序方法	低mRNA含量的免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	前列腺、肺和肝脏组织样本
549	2024-12-13	Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694 PMID:39665821	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了少突胶质细胞谱系的新细胞状态，并提出了新的分类系统，以更好地理解少突胶质细胞在生理和病理条件下的动态变化	提出了少突胶质细胞谱系的五种不同细胞状态分类，并标准化了术语，以便跨研究比较和数据整合	NA	深入理解少突胶质细胞在健康、疾病和恢复过程中的动态变化，并为脱髓鞘疾病的研究提供新的视角	少突胶质细胞谱系的细胞状态及其在不同病理条件下的变化	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
550	2024-12-13	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向激活微胶质细胞的治疗药物	本文探讨了通过调节Toll样受体4/核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶、Janus激酶/信号转导子和转录激活子、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B、Notch和高迁移率族框1等信号通路来减轻微胶质细胞引发的炎症反应，并介绍了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临许多挑战，未来需要进一步研究	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向治疗策略	创伤性脑损伤中的微胶质细胞及其极化途径	NA	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
551	2024-12-13	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中低水平的肿瘤坏死因子α（TNFα）如何通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞（GSCs）的自我更新	首次揭示了TNFα通过Vasorin介导的糖酵解机制维持GSCs自我更新的作用，并解释了内源性TNFα在胶质母细胞瘤（GBM）治疗中失效的原因	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其有效性	探讨TNFα在肿瘤微环境中对GSCs自我更新的影响及其机制	胶质瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境中的TNFα	数字病理学	脑癌	空间转录组学、免疫印迹、球体形成实验、极限稀释、基因表达分析、质谱、RNA测序、qRT-RNA、免疫荧光、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
552	2024-12-13	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和光谱细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态、复发和治疗对免疫微环境的影响	发现了22种与胶质瘤免疫相关的免疫细胞类型，并识别出表达颗粒酶的炎症性小胶质细胞亚群，提供了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化框架和GlioTIME-36参考签名	NA	研究IDH状态、复发和治疗对人类胶质瘤免疫微环境的影响	人类胶质瘤的免疫细胞和免疫微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，光谱细胞术	NA	转录组数据	48个人类胶质瘤样本，包含超过200万免疫细胞
553	2024-12-13	Omics based technology application in poultry meat research 2024-Dec-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了多组学技术在禽肉研究中的应用，涵盖了基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学等领域	本文通过多组学技术和生物信息学方法，深入研究了禽肉质量问题和其他复杂性状的分子机制	NA	本文旨在探讨多组学技术在禽肉研究中的应用，以提高禽肉产品的质量和组成	本文研究对象包括禽肉质量、复杂性状以及鸡胸肌病等	NA	NA	多组学技术（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学）、质谱分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、脂质组数据	NA
554	2024-12-13	Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors 2024-Dec, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06232-2 PMID:39080045	研究论文	研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响，并探讨其在胰腺发育中的具体作用	首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用，并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用	研究主要集中在体外模型，未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响	探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用	RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA	多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞
555	2024-12-13	Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration 2024-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02097-9 PMID:38429430	研究论文	本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响，并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南	引入了新的属性（聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离）来量化不平衡的影响，并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南	未提及具体的局限性	研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响	单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	2600次整合实验
556	2024-12-13	Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition 2024-Dec, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13723 PMID:39245637	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能	本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群，并揭示了其在病理状态下的功能重要性	研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带，未涉及其他物种或病理条件	揭示声带黏膜的细胞和分子框架，并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性	成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	5836个细胞
557	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 2024-Dec, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01074-w PMID:39311911	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了早期HFpEF小鼠模型中的间质细胞，揭示了心脏纤维母细胞和巨噬细胞亚群的激活模式，并发现了HFpEF特异性的代谢、低氧和炎症转录因子及通路	首次通过单细胞RNA测序技术全面描述了小鼠HFpEF中分子纤维母细胞激活模式，并鉴定了Angiopoietin-like 4作为关键的机制调节因子	研究主要基于小鼠模型，尚未完全验证这些发现是否适用于人类HFpEF患者	识别HFpEF在不良重塑过程中的疾病特异性特征	HFpEF小鼠模型中的间质细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠HFpEF模型和HFrEF模型的纤维母细胞，以及人类心肌样本
558	2024-12-13	Omics in allergy and asthma 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023 PMID:39384073	综述	本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响，重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展	单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解，高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现	微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展，但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据	探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用，以期通过整合组学数据深入理解疾病机制，推动精准医学的发展	过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病	NA	过敏和哮喘	单细胞RNA测序、高通量基因组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
559	2024-12-13	A Single-Cell RNA Sequencing Guided Multienzymatic Hydrogel Design for Self-Regenerative Repair in Diabetic Mandibular Defects 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410962 PMID:39436107	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病环境下阻碍巨噬细胞极化的关键因素，并设计了一种多酶水凝胶支架用于糖尿病下颌骨缺损的自修复	通过单细胞RNA测序技术指导设计多酶水凝胶支架，显著提升了糖尿病环境下骨组织工程的自修复能力	NA	探索糖尿病环境下骨组织再生的新方法	糖尿病下颌骨缺损中的巨噬细胞、间充质干细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
560	2024-12-13	AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae166 PMID:39660254	研究论文	提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释	结合了广义类别发现（GCD）和异常检测（AD）的半监督方法，能够在不平衡数据集中准确分类已知细胞类型并发现新类型	NA	解决在开放世界场景中由于预算限制和信息不完整而难以获得大规模标注数据的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义类别发现（GCD）和异常检测（AD）	数据	五个人类scRNA-seq数据集和一个小鼠模型图谱