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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5521 | 2025-10-05 |
Understanding and mitigating the impact of ambient mRNA contamination in single-cell RNA-sequencing analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0332440
PMID:40991648
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研究论文 | 本研究探讨了环境mRNA污染对单细胞RNA测序分析的影响,并评估了两种校正方法的有效性 | 首次系统评估环境mRNA污染对差异基因表达和通路富集分析的影响,并比较两种校正方法的性能 | 仅使用了两个独立数据集,可能无法代表所有单细胞RNA测序场景 | 理解和减轻环境mRNA污染对单细胞RNA测序分析的影响 | 登革热患者外周血单个核细胞和人类胎儿肝组织样本 | 单细胞转录组学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | CellBender, SoupX | 单细胞转录组数据 | 10个PBMC样本和42个人类胎儿肝组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 液滴式单细胞RNA测序平台 |
| 5522 | 2025-10-05 |
The role of microglia and complement C5/C5a in the pathogenesis of rhegmatogenous retinal detachment with choroidal detachment
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.08.019
PMID:40994539
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析孔源性视网膜脱离伴脉络膜脱离的细胞和分子特征,探讨小胶质细胞和补体C5/C5a通路在疾病发病机制中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示RRDCD独特的细胞景观,发现小胶质细胞与树突状细胞间增强的连接性以及补体C5-C5AR1相互作用的上调 | 样本量相对有限,研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 识别区分RRDCD与典型RRD的细胞和分子特征,研究小胶质细胞和补体C5/C5a通路在疾病发病机制中的作用 | 孔源性视网膜脱离伴脉络膜脱离患者的玻璃体样本,原代视网膜小胶质细胞,RF/6A内皮细胞和ARPE-19上皮细胞 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,体外共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据 | RRD和RRDCD患者的玻璃体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5523 | 2025-10-05 |
Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies
2024-Nov-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836
PMID:39325468
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研究论文 | 本研究通过临床和分子特征分析,发现UBAP1L基因的双等位基因功能丧失变异与非综合征性视网膜营养不良相关 | 首次将UBAP1L基因鉴定为新的视网膜营养不良致病基因,并通过小鼠模型和单细胞RNA测序验证其功能 | 样本量较小(仅6名患者),小鼠模型未表现出视网膜退化表型 | 阐明遗传性视网膜营养不良的遗传基础,改善临床诊断和预后 | 6名来自4家三级医院的遗传性视网膜营养不良患者 | 遗传学 | 视网膜营养不良 | 外显子组测序,基因组测序,单细胞RNA测序,小基因检测,基因敲除小鼠模型 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据,转录组数据,临床评估数据 | 6名患者,来自6个家庭 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5524 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-sequencing atlas of bovine caudal intervertebral discs: Discovery of heterogeneous cell populations with distinct roles in homeostasis
2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202101149R
PMID:34591994
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牛尾椎间盘细胞图谱,发现具有不同稳态功能的异质性细胞群体 | 首次创建牛尾椎间盘单细胞转录组图谱,识别出15个独特细胞簇并发现新型细胞标记物 | 研究仅基于牛模型,结果向人类转化需要进一步验证 | 解析椎间盘的细胞异质性以促进再生治疗发展 | 牛尾椎间盘组织 | 单细胞生物学 | 椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5525 | 2025-10-05 |
Single-cell multi-omics data reveal heterogeneity in liver tissue microenvironment induced by hypertension
2025-Dec-09, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2025.102696
PMID:40989794
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术揭示高血压诱导的肝组织微环境异质性 | 首次在单细胞分辨率上识别高血压相关的肝细胞亚群及其调控网络 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究高血压对肝脏细胞亚群和微环境的影响 | 正常和高血压肝组织 | 单细胞多组学 | 高血压 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 组蛋白ChIP测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5526 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals a novel porcine alveolar macrophage subtype with high SLAMF7 expression promoting PRRSV infection
2025-Dec, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2025.2560894
PMID:40944943
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现猪肺泡巨噬细胞新亚型,揭示SLAMF7高表达促进PRRSV感染机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出具有高PRRSV感染率的猪肺泡巨噬细胞新亚型S5和SS6,并发现SLAMF7是促进PRRSV感染和炎症反应的关键基因 | 体外培养的PAMs可能无法完全反映体内疾病过程,仅部分GO术语和KEGG通路重合 | 研究PRRSV感染机制及猪肺泡巨噬细胞在病毒感染中的作用 | 猪肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞 | 单细胞转录组学 | 猪繁殖与呼吸综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5527 | 2025-10-05 |
T Cells Expressing Ras Homolog Family Member a Display Enhanced Cytotoxicity but are Reduced in Lupus Peripheral Blood
2025-Oct, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2517364
PMID:40536306
|
研究论文 | 本研究探讨系统性红斑狼疮患者T细胞亚群中RhoA的表达及其临床意义 | 首次发现RhoA+T细胞具有增强的细胞毒性功能,并可能作为SLE的早期免疫学标志物 | 样本量有限,主要关注新诊断患者,需要更大规模研究验证 | 探索RhoA在系统性红斑狼疮T细胞亚群中的表达和临床相关性 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血T细胞亚群 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, ROC曲线分析 | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 新诊断SLE患者和年龄性别匹配的健康对照者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5528 | 2025-10-05 |
MAN1A1 promotes colorectal cancer liver metastasis by maintaining TGFBR2 protein stability
2025-Sep-25, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025164
PMID:40999906
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现MAN1A1通过维持TGFBR2蛋白稳定性促进结直肠癌肝转移 | 首次揭示MAN1A1通过延长TGFBR2蛋白半衰期促进结直肠癌肝转移的分子机制 | 未详细说明MAN1A1调控TGFBR2蛋白稳定性的具体分子通路 | 探究结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗靶点 | 结直肠癌细胞及肝转移组织 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Transwell实验, 基因操作 | NA | 基因表达数据, 蛋白质稳定性数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5529 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing across diverse cell types to identify PFOA-induced ovarian cellular senescence
2025-Sep-24, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119089
PMID:40997563
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究PFOA暴露诱导卵巢细胞衰老的机制 | 首次从细胞衰老角度揭示PFOA卵巢毒性的单细胞水平机制,发现卵丘细胞对PFOA诱导的耗竭特别敏感 | 研究仅使用小鼠模型,样本量相对有限 | 探究PFOA暴露导致卵巢功能障碍的细胞机制 | 雌性ICR小鼠卵巢组织 | 单细胞组学 | 生殖功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 29,000+个细胞,8个不同细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5530 | 2025-10-05 |
Inflammatory, transcriptomic, and cell fate responses underlying the mammalian transmission of avian influenza viruses
2025-Sep-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00647-25
PMID:40778772
|
研究论文 | 本研究通过雪貂鼻上皮细胞对H1N1禽流感病毒的反应,揭示了与病毒空气传播能力相关的宿主应答机制 | 首次在哺乳动物呼吸道关键部位识别出与禽流感病毒空气传播表型相关的特异性宿主反应特征 | 研究仅限于雪貂模型,需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究禽流感病毒在哺乳动物呼吸道中的宿主反应与空气传播能力的关系 | 雪貂鼻上皮细胞和H1N1禽流感病毒株 | 转录组学 | 流感 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 雪貂鼻上皮细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5531 | 2025-10-05 |
Comprehensive characterization of the molecular feature of acetylation in colorectal cancer using integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Sep-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-21081-8
PMID:40987803
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序技术,全面表征结直肠癌中乙酰化的分子特征 | 首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析结直肠癌乙酰化特征,开发了乙酰化相关预后标志物 | 研究基于公共数据库的样本,需要进一步实验验证 | 探索结直肠癌中乙酰化特征与预后和免疫微环境的关系 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, ssGSEA | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 两个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5532 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell and spatial profiling of anti-SSA-positive and anti-centromere-positive Sjögren's disease reveals common and distinct immune activation and fibroblast-mediated inflammation
2025-Sep-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63935-9
PMID:40983612
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间技术比较抗SSA阳性和抗着丝粒阳性干燥综合征的免疫特征 | 首次结合单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序和空间转录组学揭示不同自身抗体谱的细胞特征差异 | 样本量有限,需要更大队列验证发现 | 阐明干燥综合征中不同自身抗体谱相关的细胞和转录特征 | 干燥综合征患者的唾液腺病变组织 | 单细胞组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, B细胞受体测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5533 | 2025-10-05 |
Per- and Polyfluoroalkyl Substances Induces Salt-Sensitive Hypertension by Upregulating Epithelial Sodium Channel - The First Experimental Evidence Supporting Causality
2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.19.677469
PMID:41000895
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研究论文 | 本研究首次通过实验证明全氟和多氟烷基物质通过上调上皮钠通道诱导盐敏感性高血压 | 首次提供PFAS暴露与高血压因果关系的实验证据,发现PFAS通过降低Nedd4-2磷酸化增加αENaC表达的机制 | 研究仅使用雄性129S6小鼠,未在雌性小鼠中观察到血压效应,剂量反应关系仍需进一步验证 | 探究PFAS暴露对血压、盐敏感性和肾损伤的影响及其分子机制 | 129S6小鼠 | 毒理学 | 高血压 | 单细胞RNA测序,蛋白质印迹 | 小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,生理参数 | 129S6小鼠群体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5534 | 2025-10-05 |
A Human Glomerular Disease Atlas defines the APOL1-JAK-STAT feed forward loop in focal segmental glomerulosclerosis
2025-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.12.25335572
PMID:41001468
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研究论文 | 通过整合肾脏活检和参考组织的单细胞测序数据构建人类肾小球疾病图谱,揭示APOL1-JAK-STAT信号通路在局灶节段性肾小球硬化中的调控机制 | 首次构建综合性肾小球疾病图谱OCEAN,发现APOL1与JAK-STAT通路形成正反馈循环的新机制 | 样本量相对有限,主要基于观察性数据,需要进一步功能验证 | 解析罕见肾小球疾病的转录调控程序 | 人类肾脏组织样本和患者来源的足细胞模型 | 单细胞基因组学 | 局灶节段性肾小球硬化 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 170个样本(120个肾脏活检+50个参考组织) | NA | 单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5535 | 2025-10-05 |
VEGFR2 blockade overcomes acquired KRAS G12D inhibitor resistance driven by PI3Kγ activation
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676456
PMID:41000780
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研究论文 | 本研究揭示了KRAS G12D抑制剂获得性耐药的新机制,并提出通过阻断VEGFR2来克服耐药性的治疗策略 | 首次发现PI3Kγ激活通过形成KRAS-p110γ-p101复合物驱动VEGFA-VEGFR2信号通路,导致KRAS G12D抑制剂获得性耐药 | 研究主要基于体外模型和动物实验,尚未进行临床试验验证 | 探索KRAS G12D抑制剂获得性耐药的机制并开发克服策略 | 胃肠道癌症模型和患者来源类器官 | 癌症生物学 | 胰腺癌、胃癌、结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个人类胃肠道癌症模型,包括3个患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5536 | 2025-10-05 |
Pancreatic tumor microenvironment reprogramming via alloantigen-expressing virotherapy elicits tumor rejection and improves immunotherapy response
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.675641
PMID:41000962
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研究论文 | 本研究开发了一种表达同种异体抗原的溶瘤病毒疗法,通过重编程胰腺癌肿瘤微环境来增强免疫治疗效果 | 利用表达鼠源H-2Kk MHC I类同种异体抗原的重组溶瘤病毒载体,诱导肿瘤特异性抗原错配反应,将免疫冷肿瘤转化为免疫热肿瘤 | rVMG-H-2Kk同时诱导了补偿性免疫抑制通路,包括抗病毒反应基因和免疫检查点受体PDL-2的上调 | 开发新型免疫治疗策略以改善胰腺导管腺癌的免疫治疗效果 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境 | 肿瘤免疫治疗 | 胰腺癌 | 溶瘤病毒疗法,免疫检查点阻断,空间转录组学 | 免疫活性PDAC小鼠模型 | 免疫组织化学,免疫表型分析,空间转录组数据 | 两个独立的免疫活性PDAC模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5537 | 2025-10-05 |
A Novel Proteoglycan-4 Isoform Drives Skeletal Regeneration
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676417
PMID:41001003
|
研究论文 | 本研究通过RNA-seq和单细胞RNA-seq发现了一种新型PRG4剪接异构体在骨骼再生中的关键作用 | 首次发现PRG4在骨骼修复中的新功能,鉴定出一种缺乏三个编码外显子的独特剪接异构体,并证实其在成骨过程中的重要作用 | 研究仅限于小鼠胫骨骨折模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究PRG4在骨骼再生过程中的功能和作用机制 | 小鼠胫骨骨折模型中的骨折痂组织 | 骨骼生物学 | 骨骼损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低 | NA | RNA测序数据 | 多个骨折后时间点的小鼠样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5538 | 2025-10-05 |
Vascular Patterning affects Intramembranous Ossification through HIF1α-Vegf Signaling
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.13.676037
PMID:41000870
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞中Med23通过调控HIF1α-Vegf信号通路协调血管模式化和膜内骨化的关键作用 | 首次发现Med23在内皮细胞中通过调节HIF1α-VEGF信号轴,在颅面发育中协调血管模式化和膜内骨化的新机制 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究Mediator尾部亚基Med23在内皮细胞中的特异性功能及其对颅面发育的影响 | 小鼠胚胎的内皮细胞和神经嵴细胞 | 发育生物学 | 颅面畸形 | 空间转录组学,基因敲除,药理学干预 | NA | 基因表达数据,组织形态数据 | 基因敲除小鼠胚胎模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5539 | 2025-10-05 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
|
研究论文 | 开发了一种名为ArchVelo的新方法,用于从单细胞多组学数据推断细胞轨迹和基因调控动态 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的典型集合,并建模其对转录的动态影响 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程 | 小鼠大脑发育、人类造血过程和CD8 T细胞对病毒感染的反应 | 基因组学 | 病毒感染 | 单细胞同时染色质可及性测序(scATAC-seq)和转录组测序(scRNA-seq) | 典型速度模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5540 | 2025-10-05 |
ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution
2025-Sep-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1
PMID:41001552
|
研究论文 | 提出一种名为ZipAEr的压缩卷积自编码器,用于处理高维空间组学数据并提取有意义的潜在特征 | 在转录水平而非细胞水平处理数据,保留亚细胞和细胞外空间背景;通过卷积层同时减少空间维度和通道数;在损失函数中引入通道加权以平衡低表达基因的表示 | NA | 解决空间转录组学数据分析复杂性的挑战,开发高效的数据压缩和特征提取方法 | 高维空间组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |