单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-12-14	CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07537-3 PMID:38867048	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用	首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用	探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制	肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类ILC3s样本
522	2024-12-14	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文设计了一个基于Nextflow DSL2的管道，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的苏木精和伊红（H&E）染色全切片图像（WSI），优化用于患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	本文提出了一个创新的管道，能够同时处理空间转录组数据和H&E图像，并进行物种去卷积和转录本映射	NA	开发一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，以分析患者来源的异种移植癌症样本	10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	图像和文本	4个黑色素瘤PDX样本
523	2024-12-14	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.26.559569 PMID:37808650	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物	首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析，筛选出促进神经再生的化合物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力，以恢复视网膜疾病患者的视力	小鼠Müller胶质细胞的神经再生	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物
524	2024-12-14	q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics 2024-04-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06104-w PMID:38565955	研究论文	本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度	q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解	NA	探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学	单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据
525	2024-12-14	Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development 2024-03-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06039-2 PMID:38553636	研究论文	研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离	首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离	研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子	探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系	Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞
526	2024-12-14	Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation 2024-03-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06017-8 PMID:38514806	研究论文	研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件	通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子	研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件	内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠胚胎
527	2024-12-14	GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data 2024-Jan-02, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae088 PMID:39658191	研究论文	本文介绍了一种GPU加速的Kendall距离矩阵计算软件GADES，适用于大规模或稀疏数据的处理	提出了GPU加速的Kendall-$ au$距离矩阵计算方法，并解决了数据稀疏性带来的算法挑战	未提及具体的局限性	开发高效的计算策略，用于高性能的Kendall距离矩阵计算	大规模或稀疏的多维数据集，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	GPU加速计算	NA	数据矩阵	未提及具体的样本数量
528	2024-12-14	Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1488137 PMID:39664194	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用	开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名（TSPRS），并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力	NA	研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响	乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据	NA	乳腺癌	转录组测序，单细胞测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据，涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因
529	2024-12-13	Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251 PMID:39664386	研究论文	研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响	揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性，并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物，通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度	NA	理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用	三阴性乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习模型	RNA-seq数据	NA
530	2024-12-14	Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion 2024, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.100607 PMID:39664577	研究论文	本研究探讨了补体C1q在肿瘤相关巨噬细胞介导的CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍中的作用	首次揭示了C1q在M2巨噬细胞极化中的依赖性作用，并证明了C1q缺乏可以恢复CD8 T细胞的耗竭状态，增强CD8 T细胞和NK细胞的免疫活性	实验仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究C1q在恶性胸腔积液中的作用及其对免疫细胞功能的影响	恶性胸腔积液中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞	免疫学	癌症	scRNA-seq、代谢组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、代谢物数据	使用C1qa小鼠MPE模型进行实验
531	2024-12-14	Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation 2024, Biomaterials research IF:8.1Q1 DOI:10.34133/bmr.0089 PMID:39665079	研究论文	本研究探讨了秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发了一种基于纳米载体的秋水仙碱递送系统，以增强痛风炎症的治疗效果	首次揭示了秋水仙碱通过关键基因AHNAK调控巨噬细胞极化的机制，并开发了一种基于R4F-NM@F127纳米载体的秋水仙碱递送系统，能够靶向调节巨噬细胞极化，减少对正常组织的毒性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	探讨秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发一种新的纳米载体系统以增强痛风的治疗效果	痛风小鼠模型中的巨噬细胞极化和炎症反应	NA	痛风	单细胞RNA测序、分子对接、慢病毒干预、生物化学指标检测	NA	单细胞RNA测序数据、生物化学指标数据	小鼠模型和外周血单核细胞样本
532	2024-12-14	A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients 2022-01-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20202084 PMID:34807232	研究论文	研究通过单细胞转录组学发现了一种高氧化磷酸化（OXPHOS）的CD8 T细胞亚群，该亚群在黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂（ICI）疗法的耐药性相关，并开发了一种基于该细胞亚群转录组特征的ICI疗法反应预测模型	首次发现并验证了高OXPHOS的CD8 T细胞亚群（CD8+ TOXPHOS细胞）与黑色素瘤患者ICI疗法耐药性的关联，并开发了基于该细胞亚群的预测模型	NA	研究黑色素瘤患者中与免疫检查点抑制剂疗法耐药性相关的免疫细胞亚群，并开发预测ICI疗法反应的模型	黑色素瘤患者的CD8 T细胞亚群及其与ICI疗法耐药性的关系	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个验证队列中的黑色素瘤患者
533	2024-12-14	Cancer-Associated Fibroblasts and Squamous Epithelial Cells Constitute a Unique Microenvironment in a Mouse Model of Inflammation-Induced Colon Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.878920 PMID:35600339	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重免疫荧光成像（MxIF）分析了两种小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境差异	发现了AOM/DSS模型中癌症相关成纤维细胞（CAFs）和鳞状上皮细胞的独特微环境，并揭示了它们与肿瘤细胞的潜在机制联系	NA	揭示炎症诱导的结直肠癌模型中肿瘤微环境的复杂性	小鼠结直肠癌模型中的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫荧光成像（MxIF）	NA	基因表达数据，图像	两种小鼠结直肠癌模型（Lrig1;Apc和AOM/DSS）
534	2024-12-14	STAT3 signaling in myeloid cells promotes pathogenic myelin-specific T cell differentiation and autoimmune demyelination 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1913997117 PMID:32094172	研究论文	研究揭示了STAT3信号在髓系细胞中对病理性髓鞘特异性T细胞分化和自身免疫性脱髓鞘的促进作用	首次发现髓系细胞中的STAT3信号对髓鞘反应性T细胞的激活至关重要，并提出髓系STAT3作为自身免疫性脱髓鞘疾病的潜在治疗靶点	NA	探讨STAT3信号在髓系细胞中对多发性硬化症（MS）发病机制的影响	髓系细胞、髓鞘特异性T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）	NA	多发性硬化症	单细胞转录组分析	NA	转录组	野生型和突变型小鼠的髓系细胞
535	2024-12-13	Immune cell-enriched single-cell RNA sequencing unveils the interplay between infiltrated CD8+ T resident memory cells and choroid plexus epithelial cells in Alzheimer's disease 2025-Jan-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2024.578488 PMID:39571412	研究论文	本研究通过免疫细胞富集的单细胞RNA测序，揭示了阿尔茨海默病中浸润的CD8+ T记忆细胞与脉络丛上皮细胞之间的相互作用	首次通过单细胞RNA测序分析了阿尔茨海默病模型小鼠中CD8+ T记忆细胞和脉络丛上皮细胞的基因表达差异，揭示了T细胞耗竭标志物的显著升高以及脉络丛上皮细胞基因表达模式的改变	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证结果	探索阿尔茨海默病脑微环境的特征及其潜在机制	阿尔茨海默病模型小鼠的脑实质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11,587个单细胞样本，来自12个月大的5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠和对照小鼠
536	2024-12-13	SpaInGNN: Enhanced clustering and integration of spatial transcriptomics based on refined graph neural networks 2025-Jan, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.006 PMID:39542070	研究论文	本文提出了一种基于改进图神经网络的空间转录组学聚类与整合方法SpaInGNN，以提高空间域识别的准确性	SpaInGNN通过整合空间位置数据、组织学信息和基因表达谱，利用图神经网络生成低维潜在嵌入，并结合组织图像距离和欧几里得距离优化空间位置图，从而提高空间域识别的准确性	NA	解决空间转录组学中单细胞水平空间域识别的挑战	小鼠嗅球和人类外侧前额叶皮层样本	空间转录组学	NA	图神经网络	GNN	空间位置数据、组织学信息、基因表达谱	小鼠嗅球和人类外侧前额叶皮层样本
537	2024-12-13	CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374 PMID:39659759	研究论文	研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞	首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞，并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源	研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量	探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源	脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	脐血单个核细胞
538	2024-12-13	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2024-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	研究揭示了TEAD1通过调控血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，促进破裂的动脉粥样硬化斑块的稳定和修复	首次发现TEAD1作为关键转录因子，通过Wnt4/β-Catenin信号通路驱动血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，从而促进斑块的稳定和修复	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其效果	探讨动脉粥样硬化斑块破裂后的修复机制，寻找潜在的治疗靶点	血管平滑肌细胞、成纤维细胞样细胞、动脉粥样硬化斑块	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的动脉粥样硬化斑块样本
539	2024-12-13	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024-Dec-11, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	研究揭示了缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性	首次鉴定出一种与肿瘤干细胞特性相关的CAF亚群，称为缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAFs），并阐明了其通过IGF1促进肿瘤干细胞特性的机制	研究主要基于单细胞RNA测序和体内实验，未来需要进一步验证和扩展这些发现	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌中的作用及其对肿瘤干细胞特性的影响	食管鳞状细胞癌患者的样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	食管鳞状细胞癌患者的样本
540	2024-12-13	Tissue Resident CD8+T-cells as mediators of protective immunity in breastmilk transmission of HCMV 2024-Dec-11, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae618 PMID:39661655	研究论文	研究探讨了母乳中CD8+T细胞在预防婴儿通过母乳感染人巨细胞病毒（HCMV）中的作用	首次描述了母乳中组织驻留记忆T细胞（Trm）的存在，并发现非传播者母亲母乳中CD8+ Trm T细胞的频率较高，且与母乳中HCMV病毒载量呈负相关	研究仅限于母乳中的T细胞，未探讨这些细胞在婴儿体内的作用机制	探讨母乳中T细胞在预防婴儿通过母乳感染HCMV中的作用	母乳中记忆T细胞的频率及类型	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及传播者和非传播者母亲的母乳样本