单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-07-17	IGF2BP2 alleviates ulcerative colitis by inhibiting MEK1/2 and ERK1/2 signaling pathways in intestinal epithelial cells via m6A-dependent stabilization of LGI4 mRNA 2025-Jul-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115206 PMID:40663812	research paper	本研究探讨了m6A阅读蛋白IGF2BP2在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用及其通过m6A依赖的LGI4 mRNA稳定机制抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的分子机制	首次揭示了IGF2BP2通过m6A依赖性方式稳定LGI4 mRNA从而抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的新机制，为UC治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明IGF2BP2在UC发病机制中的作用及其分子机制	肠上皮细胞、UC患者组织样本、UC细胞模型和动物模型	分子生物学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、IHC、Western blot、IF、RT-qPCR、meRIP-qPCR、RNA pulldown、RIP、mRNA稳定性检测	DSS诱导的UC小鼠模型、IGF2BP2敲除小鼠	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织样本、UC细胞模型、小鼠模型
522	2025-07-17	From tissue architecture to clinical insights: Spatial transcriptomics in solid tumor studies 2025-Jul-14, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152389 PMID:40664120	综述	本文深入分析了空间转录组学技术在实体肿瘤研究中的最新进展及其应用	空间转录组学技术保留了基因表达的空间背景，革新了我们对肿瘤结构和细胞间通讯的解码能力	在技术分辨率、数据处理、样本制备和临床标准化方面仍存在挑战	探讨空间转录组学在实体肿瘤研究中的应用及其对精准肿瘤学的潜在影响	实体肿瘤及其微环境	数字病理学	实体肿瘤	空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
523	2025-07-17	Keratin 6A Overexpression in the Lymphovascular Invasion-Associated Tumor Subgroup Promotes Progression of Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul-14, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2025.423 PMID:40665712	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中与淋巴血管侵犯（LVI）相关的上皮调节因子及其在TNBC进展中的功能作用	首次发现KRT6A作为LVI阳性TNBC中的主导上皮亚群标记基因，并通过实验验证其通过Wnt/β-catenin信号通路促进EMT和转移的机制	研究主要基于实验室和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索TNBC中与LVI相关的分子机制及其对疾病进展的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）组织和细胞系	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序、转录组分析、免疫组化染色、CCK8实验、伤口愈合实验、transwell实验、动物实验	NA	单细胞测序数据、转录组数据、临床样本数据	多个患者样本和细胞系，具体数量未明确说明
524	2025-07-17	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals intratumor heterogeneity phenotypes and immune infiltration in pancreatic cancer 2025-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03080-3 PMID:40652419	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌肿瘤内异质性表型及其与免疫浸润的关系	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统研究胰腺癌肿瘤内异质性，并构建了11基因预后模型	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	探索胰腺癌肿瘤内异质性的临床意义及其与免疫微环境的关系	胰腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本
525	2025-07-17	Single-cell RNA sequencing and multi-omics analysis of prognosis-related staging in papillary thyroid cancer 2025-Jul-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04101-4 PMID:40650680	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）的异质性，并构建了一个新的分子分类系统OSPTCC	提出了基于肿瘤细胞分化状态的分子分类系统OSPTCC，并开发了一个7基因风险评分模型来预测PTC的预后	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11名患者	改善甲状腺乳头状癌的风险分层和预后预测	甲状腺乳头状癌患者	digital pathology	thyroid cancer	single-cell RNA sequencing, bulk-RNA sequencing, qRT-PCR	NA	RNA sequencing data	11名PTC患者的158,577个细胞（单细胞RNA测序），501名患者（TCGA-THCA队列），48名患者（独立验证队列）
526	2025-07-17	Development and validation of a prognostic model for predicting survival and immunotherapy benefits in melanoma based on metabolism-relevant genes 2025-Jul-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03186-8 PMID:40652057	研究论文	开发并验证了一个基于代谢相关基因的预后模型，用于预测黑色素瘤患者的生存和免疫治疗益处	利用代谢相关基因（MRGs）对黑色素瘤患者进行分子分型，并开发了一个预后模型来预测患者预后和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	预测黑色素瘤患者的生存和免疫治疗反应	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq, WB, qPCR, IHC, siRNA	ResNet50, LASSO, COX回归	基因表达数据, 病理图像	未明确提及具体样本数量，但涉及SKCM患者和细胞系
527	2025-07-17	Single-cell sequencing revealed the recurrence causes of ETV6:RUNX1 fusion-positive B-ALL in children 2025-Jul-12, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102041 PMID:40659095	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6:RUNX1融合阳性B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患儿复发的原因	首次在单细胞水平上揭示了ETV6:RUNX1阳性B-ALL复发的潜在通路和细胞相互作用机制	样本量较小（仅4例患者），需要更大规模的研究验证发现	探究ETV6RUNX1阳性B-ALL患者复发的潜在驱动通路	ETV6RUNX1融合阳性B-ALL患儿（3例新诊断和1例复发）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	4例B-ALL患者（来自25例患者的队列）
528	2025-07-17	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9106 PMID:40644535	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，解析了成年雄性和雌雄同体个体中共享神经系统的单神经元分子结构，揭示了神经系统中的广泛分子二态性	首次在单神经元水平上揭示了共享神经系统的性别分子二态性，特别是在触觉受体等先前未被识别的神经元类型中发现了性别偏向表达	研究仅关注了转录组水平的差异，未涉及蛋白质组或表观遗传层面的分析	理解遗传性别如何塑造神经系统的分子结构以驱动性别特异性行为	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经系统神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的神经系统神经元
529	2025-07-17	Malevolent alliance of MYBL2hi cancer stem cell and SPP1+ macrophage confers resistance to neoadjuvant immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011319 PMID:40639849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA测序揭示了膀胱癌中MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞的恶性联盟导致新辅助免疫治疗耐药的机制	首次发现MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞之间的双向串扰机制，并揭示了CCL15-CCR1-SPP1-ITGα9β1轴在耐药性中的作用	样本量相对较小(12例患者)，且需要进一步临床验证	探索膀胱癌对新辅助免疫检查点阻断治疗耐药的分子机制	膀胱癌患者样本(包括外周血单个核细胞、肿瘤组织、癌旁正常组织和转移淋巴结)	肿瘤免疫学	膀胱癌	scRNA-seq, 空间RNA测序, 多重免疫组化, 小鼠原位膀胱癌模型, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	12例膀胱癌患者(2例未治疗, 10例接受nICB治疗)
530	2025-07-17	Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity 2025-Jul-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.06.014 PMID:40664217	研究论文	通过分析疟疾患者血浆蛋白质组和免疫细胞RNA-seq数据，研究疾病严重程度与蛋白质扰动及免疫细胞通讯的关系	首次在疟疾患者中发现超过250种蛋白质的广泛扰动，包括激素、循环受体等新蛋白，并确定了与疾病严重程度相关的11蛋白特征	研究对象为成年旅行者，可能无法完全代表地方性疟疾流行区人群	理解疟疾发病机制和宿主反应，改善临床管理和预防	急性恶性疟原虫疟疾成年患者	蛋白质组学	疟疾	血浆蛋白质组分析，单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组数据，RNA-seq数据	包含单细胞RNA-seq数据的捐赠者子集在内的1,463个血浆蛋白样本
531	2025-07-17	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Jul-08, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	research paper	该研究揭示了贾第虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症的机制	首次证明贾第虫通过STAT6依赖性途径诱导IL-10产生的Th2细胞扩增，从而重塑黏膜免疫反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的调节作用及其免疫机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道感染/炎症性肠病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明儿童样本量，使用小鼠模型
532	2025-07-17	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Jul-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究利用RNA-seq技术探索了不同HIV感染群体外周血单个核细胞的免疫代谢差异	首次在不同HIV感染群体中揭示了免疫代谢的差异特征，特别是在嘌呤代谢、氧化磷酸化和糖酵解途径中的变化	样本量较小（18例），且仅针对PBMCs进行研究，未涉及其他免疫细胞类型	探究HIV感染群体的免疫代谢差异特征	HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫代谢	HIV感染/AIDS	RNA-seq, 单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者（4例IRs、5例INRs、5例TPs、4例ECs）
533	2025-07-17	Smpd3 regulates odontoblast differentiation through the Shh-Gli1 pathway 2025-Jul-08, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117587 PMID:40639673	研究论文	本研究探讨了Smpd3通过Shh-Gli1通路调控成牙本质细胞分化的分子机制	首次发现Smpd3在成牙本质细胞分化中的关键作用，并揭示其通过Shh-Gli1通路调控牙本质形成的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人体中的适用性尚需验证	阐明牙本质形成的分子调控机制	小鼠牙乳头细胞(mDPCs)和牙胚	发育生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序、siRNA敲降、RNA测序、体外培养	小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	未明确说明具体数量，使用小鼠牙乳头细胞和牙胚进行研究
534	2025-07-17	Leucine-rich repeat-containing protein 19 suppresses colorectal cancer by targeting cyclin-dependent kinase 6/E2F1 and remodeling the immune microenvironment 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107893 PMID:40656610	研究论文	该研究探讨了富含亮氨酸重复序列蛋白19（LRRC19）在结直肠癌中的抑癌作用及其机制	首次揭示LRRC19通过靶向CDK6/E2F1轴调控细胞周期并重塑免疫微环境来抑制结直肠癌	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证	探究LRRC19在结直肠癌中的抑癌机制及其治疗潜力	结直肠癌组织和细胞系	肿瘤学	结直肠癌	生物信息学分析、定量PCR、免疫组化、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、分子对接、单细胞测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的结直肠癌样本，以及实验验证的细胞系和小鼠模型
535	2025-07-17	Emerging Techniques of Translational Research in Immuno-Oncology: A Focus on Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Jul-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132244 PMID:40647543	综述	本文综述了免疫肿瘤学转化研究中的新兴技术，特别是针对非小细胞肺癌（NSCLC）的诊断和治疗策略	探讨了人工智能、液体活检、单细胞RNA测序和病理组学等新兴技术在NSCLC中的应用及其在提高诊断和治疗精确性方面的潜力	未提及具体临床试验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化NSCLC的个性化治疗策略，提高患者生存率	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	人工智能、液体活检、单细胞RNA测序、病理组学	Machine Learning, Deep Learning	NA	NA
536	2025-07-17	Emerging Therapeutic Strategies Targeting GPX4-Mediated Ferroptosis in Head and Neck Cancer 2025-Jul-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136452 PMID:40650229	综述	本文综述了靶向GPX4介导的铁死亡在头颈癌治疗中的新兴策略	探讨了GPX4的多方面调控机制及其在克服头颈癌治疗耐药性中的核心作用，并总结了预测铁死亡敏感性的新兴生物标志物	存在药物递送、毒性和耐药机制等挑战	探索铁死亡-GPX4轴作为头颈癌治疗的新靶点	头颈癌（HNC）	肿瘤学	头颈癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	NA	NA
537	2025-07-17	Acrylamide-induced noradrenergic axon degeneration is promoted via a non-cell autonomous mechanism, involving microglial Tnfaip2/TNF-α and oxidative stress pathways 2025-Jul-03, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139125 PMID:40664071	研究论文	本研究揭示了丙烯酰胺通过非细胞自主机制促进去甲肾上腺素能轴突退化的机制，涉及小胶质细胞的Tnfai p2/TNF-α和氧化应激通路	首次发现丙烯酰胺通过小胶质细胞的Tnfai p2/TNF-α和氧化应激通路促进去甲肾上腺素能轴突退化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证尚未进行	探究丙烯酰胺诱导的去甲肾上腺素能神经元退化的分子机制	丙烯酰胺暴露的小鼠和体外培养的1C11神经元及BV2小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	RNA-seq（包括bulk和单细胞RNA-seq）	体内和体外模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外细胞实验
538	2025-07-17	Stratification of Hepatocellular Carcinoma Using N6-Methyladenosine 2025-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132220 PMID:40647517	research paper	该研究通过m6A相关基因构建了一个风险模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗效果	首次利用m6A相关基因构建风险模型，预测HCC患者的预后和免疫治疗效果，并通过单细胞转录组分析验证模型基因与免疫细胞亚群的关系	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	评估m6A相关基因在预测HCC患者总体生存和免疫治疗效果中的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	LASSO Cox regression, multivariate Cox regression	transcriptomic data	485名HCC患者（来自TCGA-LIHC和GSE76427数据集）
539	2025-07-17	Current Landscape of Preclinical Models for Pediatric Gliomas: Clinical Implications and Future Directions 2025-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132221 PMID:40647519	综述	本文回顾了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）特别是弥漫性中线胶质瘤（DMGs）的临床前模型研究进展及其未来发展方向	总结了最新的体外、离体和体内模型，包括患者来源的脑类器官、基因工程小鼠模型（GEMMs）以及区域特异性中线类器官，这些模型结合了SHH、BMP和FGF2/8/19信号通路来模拟脑桥胶质瘤	未提及具体模型的临床应用效果或局限性	推进儿童胶质瘤的有效治疗	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）特别是弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	数字病理学	胶质瘤	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	GEMMs, 脑类器官	NA	NA
540	2025-07-17	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2025-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	research paper	介绍SPLASH2，一种基于高效k-mer计数方法的快速、可扩展实现，用于在大规模数据集中检测调控序列变异	SPLASH2能够处理多种测序技术和生物背景的大规模数据，并在单细胞RNA测序和批量RNA测序数据中展示生物学发现	未明确提及具体局限性	开发一种快速、可扩展的工具，用于检测调控序列变异	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA-seq	NA	测序数据	Cancer Cell Line Encyclopedia中的批量RNA测序数据及单细胞RNA测序数据