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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5241 | 2025-12-19 |
scRepli-RamDA-seq: a multi-omics technology enabling the analysis of gene expression dynamics during S-phase
2025-Dec-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64688-1
PMID:41397953
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scRepli-RamDA-seq(scRR-seq)的新型单细胞多组学技术,该技术能够在同一单细胞中以单倍型特异性方式分析DNA复制谱和全长总RNA测序 | 首次开发出能够同时监测S期进展过程中基因表达动态的单细胞多组学方法,并可根据DNA复制数据确定细胞的S期阶段 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种能够分析S期基因表达动态的单细胞多组学技术 | 单细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞DNA复制谱分析、全长总RNA测序 | NA | DNA复制数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5242 | 2025-12-19 |
ER-phagy and proteostasis defects prime pancreatic epithelial state changes in KRAS-mediated oncogenesis
2025-Dec-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.016
PMID:40816286
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研究论文 | 本文揭示了KRAS介导的胰腺癌发生中,ER-phagy缺陷和蛋白稳态失调如何驱动胰腺腺泡细胞的化生状态转变 | 发现KRAS激活导致ER-phagy的零星失败,进而引发ER蛋白(如REG3B)的病理性聚集,这直接驱动了腺泡-导管化生(ADM)和癌变,揭示了蛋白聚集作为癌基因合作因子的新机制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类胰腺癌中的直接验证尚需进一步研究 | 探究KRAS介导的胰腺癌发生过程中,ER-phagy和蛋白稳态缺陷在细胞状态转变中的作用 | 胰腺腺泡细胞及其在KRAS激活下的化生转变 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、高分辨率成像 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据、蛋白质数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5243 | 2025-12-19 |
Safety and efficacy of AAV8-aflibercept in treating choroidal neovascularization via single-cell RNA sequencing
2025-Dec-11, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2025.101625
PMID:41399432
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估了AAV8-aflibercept治疗小鼠脉络膜新生血管的安全性和有效性 | 利用单细胞RNA测序技术深入探究AAV8-aflibercept治疗对小鼠视网膜的细胞层面影响,并识别了12种不同的细胞类型 | 研究仅基于小鼠模型,且在高剂量(超过1×10 GC/眼)下观察到视网膜变薄和视网膜色素上皮细胞改变 | 评估AAV8-aflibercept治疗脉络膜新生血管的疗效和安全性 | 小鼠模型中的脉络膜新生血管 | 数字病理学 | 脉络膜新生血管 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5244 | 2025-12-19 |
PEGylated black-phosphorus nanosheet-alginate hydrogels enable local PRRX1 delivery to drive fibroblast reprogramming in intestinal fibrosis
2025-Dec-05, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03896-9
PMID:41350883
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出克罗恩病肠道纤维化中的关键转录因子PRRX1,并开发了一种新型水凝胶递送系统用于局部PRRX1递送,以驱动成纤维细胞重编程 | 首次将PRRX1确定为肠道纤维化的核心调控因子,并创新性地开发了基于聚乙二醇化黑磷-海藻酸盐水凝胶的局部递送系统,用于在体内外验证其功能 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,在人体内的长期安全性和有效性仍需进一步验证 | 阐明肠道纤维化的核心调控机制并开发靶向治疗策略 | 克罗恩病患者的成纤维细胞、小鼠模型(Col1a2-Cre; Prrx1)、人类肠道成纤维细胞 | 单细胞组学与生物材料 | 克罗恩病(肠道纤维化) | 单细胞RNA测序、ChIP-seq、报告基因检测、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质数据、基因组数据 | 来自克罗恩病患者的配对纤维化和非纤维化回肠组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5245 | 2025-12-19 |
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-Dec, Journal of sport and health science
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063
PMID:40499717
|
研究论文 | 本研究通过一项随机对照试验,探讨了在新辅助化疗期间进行预康复运动训练对局部晚期食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响 | 首次通过随机对照试验证明,新辅助化疗期间的预康复运动训练能显著增加食管腺癌肿瘤中的CD8+淋巴细胞浸润、NK细胞比例以及三级淋巴结构的成熟度 | 样本量较小(n=22),且未观察到预康复组与对照组在生存率、治疗耐受性或肿瘤再分级等临床结局上的显著差异 | 确定预康复运动训练是否能增加肿瘤浸润淋巴细胞,并探讨其作为新辅助化疗期间免疫佐剂的潜力 | 局部晚期食管癌患者 | 数字病理学 | 食管癌 | 高分辨率多重光谱免疫组化,空间转录组学 | NA | 组织图像,基因表达数据 | 22名局部晚期食管癌患者(预康复组11人,对照组11人) | NanoString | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5246 | 2025-12-19 |
Transforming histologic assessment: artificial intelligence in cancer diagnosis and personalized treatment
2025-Dec, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03206-y
PMID:40993310
|
综述 | 本文综述了人工智能在癌症组织学评估中的转型作用,从辅助诊断工具发展为临床决策的核心组成部分 | AI不仅复制并增强了病理学家的决策,还通过组织形态学表型聚类和空间转录组学等创新技术,实现了癌症分层和个性化治疗的精细化 | AI预测的验证仍面临挑战,特别是在预后应用方面,且资源有限环境中的可及性有待保障 | 探讨人工智能在癌症诊断和个性化治疗中如何变革组织学评估,并推动其临床整合 | 癌症患者的组织学图像(如全切片图像WSIs)及其相关的基因组和临床数据 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | NA | 图像、文本、临床数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5247 | 2025-12-19 |
αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells
2025-Dec, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00361-3
PMID:41023452
|
研究论文 | 本研究探讨了αCGRP缺乏通过促进肺泡II型细胞衰老而加剧肺纤维化的机制 | 首次揭示了αCGRP缺乏通过扰乱AT2细胞脂质代谢和加速炎症性衰老来促进肺纤维化的新机制 | 样本量较小(n=15),且为回顾性分析;动物模型可能无法完全模拟人类疾病进程 | 探究αCGRP缺乏在肺纤维化发病机制中的作用 | 肺纤维化患者、Calca基因敲除大鼠、D-半乳糖诱导的衰老模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、无标记蛋白质组学、免疫组织化学 | NA | 临床数据、组织样本、测序数据、蛋白质组数据 | 15例肺纤维化患者样本及基因敲除大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5248 | 2025-12-19 |
Non-cell-autonomous control of mouse gastruloid development by the ultra-conserved lncRNA T-UCstem1
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00558-2
PMID:41174250
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研究论文 | 本研究探讨了超保守长链非编码RNA T-UCstem1在小鼠胃胚体发育中的非细胞自主调控作用 | 首次揭示了T-UCstem1通过调控DKK1依赖性WNT通路以非细胞自主方式影响胃胚体发育和前后轴延伸 | 研究基于干细胞模型,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性 | 探究超保守lncRNA在哺乳动物体轴形成中的功能 | 小鼠胃胚体 | 发育生物学 | NA | 形态学成像、免疫荧光分析、bulk转录组学、单细胞转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5249 | 2025-12-19 |
Uncovering CD248, MMP28, and SLC16A10 in Sjögren's disease: a machine learning-driven SHAP approach for CD4+ T cell-associated biomarker discovery
2025-Dec, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/2ffdc4
PMID:41328587
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习算法、SHAP可解释建模、分子对接和单细胞分析,识别了CD248、MMP28和SLC16A10作为干燥综合征的潜在诊断标志物和治疗靶点 | 开发了一种结合多种机器学习算法、SHAP可解释性分析、分子对接和单细胞RNA测序的综合多组学框架,用于发现与CD4+ T细胞相关的生物标志物,揭示了干燥综合征发病机制中先前未被充分认识的机制 | 需要未来的实验验证来确认其转化潜力 | 促进干燥综合征的早期诊断和治疗干预 | 干燥综合征患者和健康对照的转录组数据,重点关注CD4+ T细胞亚群 | 机器学习 | 干燥综合征 | 转录组学、单细胞RNA测序、分子对接 | 多种机器学习算法、SHAP | 转录组数据 | 训练队列包含382个样本(61名健康对照,321名干燥综合征患者)和10,015个基因,并在外部数据集中进行了验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5250 | 2025-12-19 |
Single-cell transcriptomics reveals the functional trajectories of the endocarp cell clusters in the postharvest fruit senescence process of Hylocereus undatus
2025-Dec, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110623
PMID:41109014
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学结合表型和功能分析,探讨了火龙果(Hylocereus undatus)采后果实衰老过程中内果皮细胞簇的作用 | 首次在火龙果中应用单细胞RNA测序技术,揭示了内果皮细胞簇在果实衰老中的功能轨迹和分化路径,并识别了关键调控基因HuGIP2 | 研究仅聚焦于火龙果内果皮细胞,可能未涵盖其他组织或物种的衰老机制,且功能验证依赖于病毒诱导的基因沉默,可能存在脱靶效应 | 探究火龙果采后果实衰老的生理过程,特别是内果皮细胞簇在其中的功能和调控机制 | 火龙果(Hylocereus undatus)果实的内果皮细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光显微镜,病毒诱导基因沉默 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5251 | 2025-12-19 |
Aqueous Humor Exosomal Membrane Proteins: Decoding Pathogenic Molecular Signatures in Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Translational vision science & technology
IF:2.6Q2
DOI:10.1167/tvst.14.12.15
PMID:41384798
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研究论文 | 本研究通过房水外泌体膜蛋白分析,解码了色素性视网膜炎的致病分子特征 | 建立了房水外泌体膜蛋白的细胞来源追踪框架,并揭示了其在色素性视网膜炎中的病理意义 | 样本量较小(14例RP患者和7例对照),且仅针对并发白内障的RP患者,可能限制了结果的普适性 | 解码色素性视网膜炎的致病分子特征,探索房水外泌体膜蛋白作为生物标志物的潜力 | 色素性视网膜炎患者和年龄匹配的老年性白内障对照者的房水样本 | 数字病理学 | 色素性视网膜炎 | EVArray技术,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据,单细胞RNA测序数据 | 14例色素性视网膜炎患者和7例年龄匹配的老年性白内障对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5252 | 2025-12-19 |
USPPAR is a cost-effective, scalable, and highly sensitive single-cell RNA sequencing workflow compatible with diverse specimens
2025-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003537
PMID:41396975
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研究论文 | 本文提出了一种名为USPPAR的新型单细胞RNA测序工作流程,该流程具有成本效益、可扩展性、高灵敏度,并与多种样本类型兼容 | USPPAR通过优化末端脱氧核苷酸转移酶条件,实现了对难处理DNA末端的高效多聚脱氧腺苷酸化,并利用部分螯合的Cu²⁺作为广谱核酸酶抑制剂,从而在多种组织中实现高灵敏度单细胞RNA测序 | NA | 开发一种统一、成本效益高且高灵敏度的单细胞RNA测序方法,以克服现有高容量方法灵敏度不足和样本兼容性有限的问题 | HEK293细胞、原代PBMCs、小鼠脾脏、玉米组织以及肝脏和胰腺等器官组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5253 | 2025-12-19 |
Single-cell analysis reveal cell-type-specific RNA methylation patterns in breast cancer
2025-Dec, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605251405638
PMID:41397449
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,揭示了乳腺癌原发灶和转移淋巴结中细胞类型特异的RNA甲基化模式及其在癌症进展和免疫调控中的作用 | 首次在单细胞水平上系统描述了乳腺癌转移过程中RNA甲基化的细胞类型特异性变化,并关联了其与细胞分化、免疫通讯和患者预后的关系 | 样本量较小(仅5名患者),且为观察性研究,需要更大队列和功能实验验证因果关系 | 探究乳腺癌原发灶和转移淋巴结中细胞类型特异的RNA甲基化模式及其在癌症进展和免疫调控中的作用 | 五名乳腺癌患者的原发癌和匹配的转移淋巴结组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | AUCell方法,Seurat | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 5名乳腺癌患者的原发癌和匹配的转移淋巴结组织 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5254 | 2025-12-19 |
Machine learning-based identification of pyroptosis-related genes as biomarkers and targets in primary Sjögren's syndrome
2025-Dec, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/zpd69e
PMID:41410587
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学与机器学习方法,识别了原发性干燥综合征中与细胞焦亡相关的关键基因作为潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次将多模型机器学习框架与SHAP解释方法结合,筛选出HADHA、JAK1、BRD4、ATG5和NRAS作为原发性干燥综合征中与细胞焦亡相关的关键基因,并构建了诊断列线图模型 | 研究主要基于公共基因表达数据集,缺乏实验验证;样本量可能有限,且未考虑疾病异质性的所有方面 | 探索细胞焦亡相关基因在原发性干燥综合征中的作用机制,并识别潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 原发性干燥综合征患者与健康对照的基因表达数据 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 基因表达分析、加权基因共表达网络分析、功能富集分析、单细胞RNA测序 | 多模型机器学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5255 | 2025-12-19 |
Preoperative pembrolizumab (anti-PD-1 antibody) combined with chemoradiotherapy for esophageal squamous cell carcinoma: a phase 1/2 trial (PALACE-2)
2025-Nov-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02477-4
PMID:41309527
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研究论文 | 本研究是一项评估术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞状细胞癌的疗效和安全性的1/2期临床试验 | 首次大规模、多中心1/2期试验报告了帕博利珠单抗联合放化疗用于局部晚期可切除食管鳞癌的短期结果,并通过单细胞RNA测序和细胞因子分析发现高IL-6水平可作为治疗反应的预测因子 | 短期疗效未优于新辅助放化疗,且随访时间较短(中位17.4个月),需要更长期的生存数据 | 评估术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞状细胞癌的疗效和安全性,并探索肿瘤微环境的动态特征 | 局部晚期、可手术切除的食管鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,细胞因子分析,皮下肿瘤小鼠模型 | NA | 肿瘤标本,血液样本,小鼠模型数据 | 143名入组患者(140名接受新辅助治疗,125名接受手术) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5256 | 2025-12-19 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TG-ME的计算框架,结合Transformer和图变分自编码器,利用空间转录组学和形态学图像解析空间微环境 | 创新性地整合Transformer和图变分自编码器,开发TG-ME框架用于空间微环境识别,适用于健康、肿瘤和感染组织的稳健聚类分析 | NA | 开发一个深度学习协议,以识别和分析组织中的空间微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5257 | 2025-12-19 |
Reflecting on 30 years of miRNA biology in malignant hematology: current challenges and future directions
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015611
PMID:40845247
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观点文章 | 本文回顾了microRNA(miRNA)在恶性血液学中30年的研究历程,讨论了当前挑战和未来方向 | 强调了miRNA-mRNA相互作用的上下文依赖性、isomiRs的影响以及RNA结合蛋白和表观转录组修饰对miRNA活性的作用,并倡导使用更生理相关的系统如造血类器官、单细胞和空间转录组学 | 指出常用批量测序和简化模型存在局限性,方法学不一致、解释过于简化以及模型限制阻碍了临床转化进展 | 探讨miRNA在恶性血液学中的生物学作用、当前研究挑战及未来发展方向 | microRNA(miRNA)在造血过程和血液恶性肿瘤(如急性髓系白血病)中的调控机制 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学、CRISPR功能分析、脂质纳米颗粒递送、抗miRs | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 5258 | 2025-12-19 |
Nivolumab plus ipilimumab induce hyper-progression in renal medullary carcinoma: results of a phase II trial and preclinical evidence
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65462-z
PMID:41290625
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研究论文 | 本文报告了一项针对肾髓样癌(RMC)患者的II期临床试验结果,评估了nivolumab联合ipilimumab的疗效,并通过单细胞RNA测序和临床前实验揭示了免疫检查点疗法(ICT)诱导的耐药机制 | 首次在RMC中通过临床试验和单细胞RNA测序揭示了ICT诱导的“髓系拟态”程序,并发现p300抑制可恢复ICT敏感性 | 临床试验样本量较小(仅10名患者),且为单臂研究,缺乏对照组 | 评估nivolumab联合ipilimumab在肾髓样癌(RMC)中的疗效,并探究ICT诱导的耐药机制 | 肾髓样癌(RMC)患者及免疫活性体细胞嵌合基因工程小鼠模型 | NA | 肾髓样癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 10名RMC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5259 | 2025-12-19 |
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.684643
PMID:41292800
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STEP的非病毒、非纳米颗粒、基于化学修饰的脑部全基因组编辑方法,用于治疗Angelman综合征 | 开发了STEP-RNPs平台,实现高效、无痕的脑部全基因组编辑,无需病毒或纳米颗粒载体 | 研究基于小鼠模型和体外人类神经元,尚未进行人体临床试验 | 开发一种治疗神经遗传疾病的新型基因组编辑方法 | Angelman综合征小鼠模型、人类神经元和源自患者iPSCs的皮质脑类器官 | 基因编辑与神经科学 | Angelman综合征 | 基因组编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、行为数据 | Angelman综合征小鼠模型和人类神经元/脑类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5260 | 2025-12-19 |
FADVI: disentangled representation learning for robust integration of single-cell and spatial omics data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683998
PMID:41278629
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研究论文 | 本文提出了一种名为FADVI的变分自编码器框架,用于解决单细胞和空间组学数据整合中的批次效应问题 | FADVI通过将潜在空间划分为批次特定、标签相关和残差子空间,结合监督分类、对抗训练和交叉协方差惩罚,实现了技术变异与真实生物信号的解耦 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够稳健整合单细胞和空间组学数据的方法,以克服跨实验和平台的批次效应 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率空间转录组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | 变分自编码器 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |