单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 37441 篇文献，本页显示第 5201 - 5220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5201 | 2025-12-20 |
Randomized Spatial PCA (RASP): A computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013759
PMID:41370353
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研究论文 | 本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的计算高效方法，用于高分辨率空间转录组学数据的降维处理 | RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，可扩展至超过10万个位置的数据集，支持非转录组协变量的灵活整合，并能重建去噪和空间平滑的基因表达值 | RASP本身不是聚类或区域检测方法，细胞类型和空间区域需要通过聚类RASP的主成分来获得，且有效聚类分辨率依赖于K最近邻图和平滑参数β | 开发一种计算高效的空间转录组学数据降维方法，以促进组织结构的理解 | 人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 随机空间主成分分析 | PCA | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 5202 | 2025-12-20 |
Hydrogel-Wrapped Calendula officinalis L. extracellular vesicles - A novel approach to enhance fracture healing by Macrophage reprogramming
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102592
PMID:41404424
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研究论文 | 本研究开发了一种包裹金盏花细胞外囊泡的ROS响应性水凝胶，用于通过巨噬细胞重编程促进骨折愈合 | 首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和ROS响应性水凝胶技术，开发了具有巨噬细胞靶向功能的植物细胞外囊泡递送系统 | 未在摘要中明确说明 | 阐明骨折愈合过程中M1巨噬细胞极化的机制，并开发一种新型治疗策略 | 骨折愈合过程、巨噬细胞极化、植物细胞外囊泡 | 单细胞组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序, 网络药理学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5203 | 2025-12-20 |
A reappraisal of type 2 cytokine-producing cells in atopic dermatitis: Spotlight on Tc2 cells
2025-Dec, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.09.006
PMID:41073189
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综述 | 本文重新评估了特应性皮炎中产生2型细胞因子的细胞，特别关注Tc2细胞的作用 | 挑战了传统以Th2细胞为中心的范式，通过单细胞RNA测序数据分析提出Tc2细胞可能是IL-13的重要甚至主要来源 | NA | 重新评估特应性皮炎中2型细胞因子的细胞来源，特别是IL-13的产生细胞 | 特应性皮炎病变皮肤中的CD4⁺ Th2细胞和CD8⁺ Tc2细胞 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5204 | 2025-12-20 |
Enhancing RNA Capture Efficiency in Spatial Transcriptomics: A Review of Innovative Technologies and Strategies
2025-Nov-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262211076
PMID:41303559
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综述 | 本文系统综述了近年来提升空间转录组学中RNA捕获效率的创新技术与策略 | 重点比较了Decoder-seq、Stereo-seq V2、MAGIC-seq和MSN-seq等前沿技术，并强调了针对FFPE临床样本的优化方法以及整合人工智能的计算预测方法 | 作为一篇综述文章，未提出新的实验数据或模型，主要依赖现有文献进行总结分析 | 提升空间转录组学中RNA捕获效率，并促进该技术在基础研究和临床应用中的效用 | 空间转录组学技术及其相关的RNA捕获策略 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5205 | 2025-12-20 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII α1链（COL8A1）在炎症诱导的内皮-间质转化（EndMT）中对内皮细胞表型的调控作用 | 首次揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用，并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路影响内皮稳定性的机制 | 研究主要基于体外细胞模型（HAECs），体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性内皮-间质转化中的作用机制 | 小鼠和人类内皮细胞，特别是人主动脉内皮细胞（HAECs） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光分析，基因过表达与敲低 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5206 | 2025-12-20 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析在计算领域的发展历程，包括当前流程、局限性和未来方向 | 深度学习重塑了图像特征提取、可扩展性和多模态数据整合，单细胞分析和批次效应校正等方法的进步提升了分析精度 | 该领域仍面临重大挑战，需要创新解决方案 | 为研究人员提供基于图像分析的进展和新挑战的路线图 | 细胞表型分析 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5207 | 2025-12-20 |
Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005
PMID:39945785
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建了正常造血过程的综合参考层次结构，并开发了HematoMap工具，用于解析白血病异质性和谱系异常 | 开发了基于余弦距离算法的似然评分系统，能够将白血病细胞精确映射到正常造血层次结构，并创建了用户友好的R包HematoMap用于可视化分析 | 研究主要基于25名健康供体的数据构建参考层次，样本量相对有限，且主要针对AML和BCP-ALL两种白血病类型 | 解析白血病异质性，将白血病细胞精确映射到正常造血层次结构，以理解疾病起源和发展机制 | 急性髓系白血病（AML）和B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）患者的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | LASSO（最小绝对收缩和选择算子）评分模型 | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据 | 25名健康供体的超过100,000个骨髓单个核细胞，以及AML和BCP-ALL患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5208 | 2025-12-20 |
Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646727
PMID:40235980
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研究论文 | 本文研究了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌中如何促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制 | 首次揭示了TMPRSS11B通过增强乳酸输出促进肿瘤微环境酸化和M2样巨噬细胞富集，从而驱动免疫抑制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且TMPRSS11B的具体作用机制需进一步探索 | 识别肺鳞状细胞癌的新治疗靶点，并探究TMPRSS11B对肿瘤微环境和免疫系统的影响 | 肺鳞状细胞癌（LUSC）细胞、小鼠模型（包括同种移植和自体SNL模型） | 肿瘤生物学 | 肺癌 | RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据、代谢物数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5209 | 2025-12-20 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2025-Apr-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004
PMID:40054462
|
研究论文 | 本研究通过器官靶向单细胞RNA测序，揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的关键作用 | 首次发现PIEZO2是脂肪组织支配背根神经节神经元中最普遍的受体之一，并证明其在脂肪组织感觉调节中起主要作用 | 未明确说明样本数量，且分子机制细节有待进一步研究 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子基础 | 脂肪组织支配的背根神经节神经元 | 单细胞组学 | 代谢相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
| 5210 | 2025-12-20 |
Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment
2025-Mar-22, International ophthalmology
IF:1.4Q3
DOI:10.1007/s10792-025-03488-4
PMID:40119981
|
研究论文 | 本研究通过构建疾病特异性ceRNA共调控网络和免疫环境分析，为圆锥角膜的早期诊断提供了新的生物标志物和分子机制见解 | 首次整合疾病特异性PPI和ceRNA网络，结合ElasticNet算法开发诊断模型和诺模图，并应用多种反卷积方法解码圆锥角膜的免疫微环境 | 研究基于公共数据库的转录组数据，缺乏独立验证队列和实验验证 | 确定圆锥角膜的潜在疾病特异性基因生物标志物并描绘其免疫环境 | 圆锥角膜患者与对照组的转录组数据 | 生物信息学 | 圆锥角膜 | 转录组数据分析 | ElasticNet算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5211 | 2025-12-20 |
The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.14.638328
PMID:40027631
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研究论文 | 本文提出了一种基于树标记多面体的统一方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题，并展示了其在多种现代应用中的有效性 | 引入了树标记多面体这一几何框架，将祖先重建问题转化为线性规划问题，并支持额外全局约束的整合，相比传统动态规划方法更具灵活性和扩展性 | NA | 开发一种统一的多面体方法，以高效解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在存在额外全局约束的情况下 | 系统发育树及其祖先状态标记 | 计算生物学 | 肺癌 | 线性规划、混合整数规划 | NA | 系统发育树数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5212 | 2025-12-20 |
Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol
2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672
PMID:40319860
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研究论文 | 本研究通过构建miRNA和mRNA共表达网络，识别了受雌二醇调控的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物 | 首次结合TCGA数据库和雌二醇处理的细胞测序数据，构建miRNA-mRNA调控网络，并利用单细胞转录组数据验证基因表达变化 | 样本量相对有限，特别是雌二醇处理组仅3个重复，且依赖公共数据库数据，未进行实验验证 | 识别与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物 | 子宫内膜样子宫内膜癌患者样本和雌二醇处理的子宫内膜癌Ishikawa细胞 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | RNA测序、单细胞转录组测序 | 共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络 | RNA表达谱、单细胞转录组数据 | TCGA数据库408例患者样本，雌二醇处理细胞实验9个样本（3个对照组，3个低剂量组，3个高剂量组） | NA | RNA-seq, 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 5213 | 2025-12-20 |
Potential function exploration of lncRNAs in idiopathic pulmonary fibrosis: insights from whole transcriptome sequencing data analysis
2025 Jan-Dec, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100732
PMID:40782499
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研究论文 | 本研究通过全转录组测序数据分析，探索长链非编码RNA在特发性肺纤维化中的潜在功能 | 结合RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，识别与IPF相关的差异表达lncRNAs及其共表达网络，并发现特定lncRNAs在炎症反应通路中的富集 | 样本量较小（12名IPF患者和5名对照），且为诊断性研究，需进一步验证 | 探索lncRNAs在特发性肺纤维化中的功能和作用机制 | 特发性肺纤维化患者和对照的RNA测序数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | WGCNA | RNA测序数据 | 12名IPF患者和5名对照 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5214 | 2025-12-18 |
Molecular mechanisms related to neutrophils in sepsis using single-cell sequencing combined with Mendelian randomization analysis
2025, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/213752
PMID:41403633
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5215 | 2025-12-20 |
Decoding cardiac metabolic reprogramming through single-cell multi-omics: from mechanisms to therapeutic applications
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1710474
PMID:41403700
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综述 | 本文综述了单细胞多组学技术如何揭示心脏代谢重编程在心血管疾病中的机制，并探讨了其治疗应用前景 | 系统整合了单细胞转录组学、表观基因组学和空间转录组学等前沿技术，首次在单细胞分辨率下系统解析心脏细胞的代谢异质性、动态变化和细胞间通讯，并连接基础机制与代谢靶向干预策略 | 将研究发现转化为临床实践仍面临挑战，包括技术标准化、数据整合及临床验证等方面的障碍 | 阐明心脏代谢重编程在心血管疾病中的病理机制，并探索基于代谢干预的治疗策略 | 心脏细胞（在生理和病理条件下） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，单细胞表观基因组学，空间转录组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 5216 | 2025-12-20 |
Integrative multi-omics analysis identifies a PTM-related immune signature and IRF9 as a driver in ccRCC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1707375
PMID:41403935
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，在透明细胞肾细胞癌中鉴定了一个与翻译后修饰相关的免疫特征，并发现IRF9作为驱动因子 | 首次构建了一个基于翻译后修饰的五基因预后特征，并实验验证了IRF9在ccRCC中的功能驱动作用 | 研究主要基于回顾性队列和生物信息学分析，需要进一步的前瞻性临床验证 | 开发ccRCC的预后生物标志物并探索其免疫治疗反应预测价值 | 透明细胞肾细胞癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肾癌 | 多组学分析，单细胞RNA-seq，免疫组化，qPCR，功能实验 | 随机生存森林模型 | 基因表达数据，单细胞RNA-seq数据，临床数据 | TCGA-KIRC队列，E-MTAB-1980队列，IMvigor210免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5217 | 2025-12-20 |
Pan-cancer multi-omics analysis of CCT4 in tumor progression and cancer immunity, with focus on lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1714837
PMID:41403933
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了CCT4在泛癌及肺腺癌中的表达模式、临床意义及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用 | 首次在泛癌层面整合多组学数据揭示CCT4与免疫浸润的关联，并通过单细胞RNA测序发现CCT亚基在肿瘤上皮细胞中的协同过表达及CCT4在增殖亚群中的特异性富集 | 研究主要基于生物信息学分析，体外实验验证有限，且CCT4的具体分子机制仍需进一步探索 | 阐明CCT4在肿瘤进展和癌症免疫中的作用，特别是在肺腺癌中的功能 | 泛癌数据集及肺腺癌样本，包括肿瘤细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组学、蛋白质组学、基因组学、表观遗传学、免疫基因组学、单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | 泛癌数据集及肺腺癌样本，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5218 | 2025-12-20 |
Immune dysregulation in preeclampsia: integrative analysis of peripheral transcriptomes and placental single-cell land-scapes
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1638603
PMID:41403942
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研究论文 | 本研究通过整合先兆子痫高风险孕妇外周血转录组和胎盘单细胞RNA测序数据，揭示了免疫失调的分子机制并识别了潜在生物标志物 | 首次将外周血转录组与胎盘单细胞图谱整合分析，识别出在两种数据集中均稳定表达的五个候选基因，并揭示了它们在特定免疫细胞中的表达模式 | 未明确说明样本的具体数量，且候选基因名称在摘要中被省略，限制了结果的直接验证 | 探索先兆子痫中免疫失调的分子机制，并识别早期检测和机制研究的生物标志物 | 先兆子痫高风险孕妇的外周血和胎盘组织 | 生物信息学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析 | 机器学习特征选择 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5219 | 2025-12-20 |
Upscaling: efficient generation of human lung organoids from induced pluripotent stem cells using a stirring bioreactor
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1684315
PMID:41404197
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研究论文 | 本文介绍了一种使用搅拌生物反应器高效生成人肺类器官的方法，并与手动培养方式进行了比较 | 采用配备独特膜搅拌器的搅拌罐生物反应器进行规模化、自动化培养，实现了动物成分自由的生产过程 | NA | 开发高效生成人诱导多能干细胞来源肺类器官的方法，用于疾病模拟和药物反应研究 | 人诱导多能干细胞来源的肺类器官 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5220 | 2025-12-20 |
Deciphering B Cell Heterogeneity and Pathogenic Mechanisms in Osteoporosis Through Single-Cell RNA Sequencing
2025, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/bmri/9979105
PMID:41404455
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了骨质疏松症中B细胞亚群的异质性及其在疾病进展中的作用，并识别出两个关键的信号通路 | 首次在骨质疏松症中利用单细胞RNA测序技术系统性地解析B细胞亚群的异质性，并识别出MIF-(CD74+CXCR4)和LGALS9-CD45这两个新的信号通路作为疾病进展的潜在关键调节因子 | 样本量较小（仅包括3名骨质疏松症患者和1名非骨质疏松症患者），且数据来源于公共数据库，可能限制了结果的普遍性和统计效力 | 探究B细胞亚群在骨质疏松症中的作用及其对骨代谢的影响 | 人类股骨头组织细胞，包括骨质疏松症患者和非骨质疏松症患者的样本 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4名患者（3名骨质疏松症患者和1名非骨质疏松症患者）的股骨头组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |