单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-07-19	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-Sep, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	研究论文	本研究通过分析RNA-seq和scRNA-seq数据，探讨了不可逆性牙髓炎中PANoptosis的激活情况	首次在人类牙髓炎组织中研究了PANoptosis的激活机制，并揭示了凋亡和焦亡途径的独立存在	未检测到caspase-8和PYCARD的相互作用，且样本来源有限	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	人类健康及炎症牙髓组织	分子生物学	牙髓炎	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的数据集
502	2025-07-19	siHIF-1α-loaded micellar nanoparticles inhibit M1 macrophage activation to ameliorate chronic rhinosinusitis 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过调控巨噬细胞极化和铁死亡来改善慢性鼻窦炎的分子机制	首次提出使用负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒靶向HIF-1α/TFRC-ROS轴，抑制M1巨噬细胞活化和铁死亡，为慢性鼻窦炎提供新型精准治疗策略	需进一步验证长期安全性和临床转化潜力	探究纳米颗粒介导的基因疗法对慢性鼻窦炎免疫调控的作用机制	慢性鼻窦炎小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞系	纳米医学	慢性鼻窦炎	scRNA-seq, ChIP, 双荧光素酶报告实验, 流式细胞术	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	小鼠模型（具体数量未明确）和Raw264.7细胞系
503	2025-07-19	Specificity protein 1 suppresses prohibitin 1 to induce macrophage M1 polarization and impair phagocytosis, exacerbating sepsis-associated acute lung injury 2025-Sep, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1(SP1)/抑制蛋白1(PHB1)轴在脓毒症相关急性肺损伤(ALI)中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	阐明脓毒症诱导ALI的分子机制并探索潜在治疗靶点	巨噬细胞极化与功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量测序(HTS)、机器学习(ML)算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	ML算法	基因表达数据、蛋白质数据	CLP诱导的小鼠模型
504	2025-07-19	Novel NLRP3 inhibitors mitigate acute radiation-induced lung injury by suppressing pyroptosis in alveolar epithelial cells 2025-Sep, Toxicology and applied pharmacology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.taap.2025.117458 PMID:40618790	研究论文	本研究设计并合成了一系列新型NLRP3抑制剂，通过抑制肺泡上皮细胞的焦亡来减轻辐射诱导的肺损伤	开发了针对NLRP3 NACHT结构域的新型喹喔啉酮衍生物抑制剂(QK-3D和QK-3E)，并证实其通过抑制NLRP3/GSDMD通路减轻辐射诱导的肺损伤	研究主要聚焦于早期辐射诱导肺损伤，对长期效果和临床转化潜力需进一步验证	开发靶向NLRP3的新型抑制剂以减轻辐射诱导的肺损伤	肺泡上皮细胞(A549和MLE-12细胞系)和C57BL/6小鼠模型	分子药理学	肺损伤	高通量筛选、分子对接、单细胞测序分析、Western blot、免疫荧光	动物模型(C57BL/6小鼠)	分子生物学数据、组织病理学数据	细胞实验(具体数量未明确)和动物模型(具体数量未明确)
505	2025-07-19	A multimorphic variant in ThPOK causes an inborn error of immunity with T cell defects and fibrosis 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20241174 PMID:40392549	研究论文	本文报告了首例由ThPOK基因变异引起的人类疾病，该变异导致CD4+ T细胞缺陷和纤维化	首次发现ThPOK基因的致病变异导致人类免疫缺陷疾病，并揭示了ThPOK在T细胞受体激活和纤维化通路调控中的新作用	仅报告了一例患者，样本量较小	研究ThPOK基因变异对人类免疫系统的影响	一名携带ThPOKK360N变异的患者及其细胞模型	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序，慢病毒转导	NA	基因序列数据，转录组数据	1名患者及其细胞模型
506	2025-07-19	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Aug, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	揭示了肝母细胞瘤细胞存在连续的分化谱，并发现Wnt信号通过上调midkine表达改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤样本、非肿瘤和胎儿肝脏样本、健康免疫细胞	肿瘤微环境研究	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	单细胞/核RNA测序样本15例，空间转录组样本22例，免疫荧光染色样本7例，RNA-seq验证队列110例
507	2025-07-19	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Aug, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	review	综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对细胞贡献的新见解	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病中特定细胞群、失调通路及组织微环境的新见解	NA	探讨空间转录组学如何帮助更好地理解银屑病及其相关细胞类型	银屑病中的细胞群和组织微环境	digital pathology	psoriasis	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	gene expression data	NA
508	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠急性肾损伤（AKI）模型中的保护作用及其潜在治疗靶点	首次揭示了MTAP抑制在AKI中的保护作用，并通过转录组学和单细胞RNA测序数据验证了其在损伤反应中的调节作用	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未进行临床试验验证	探索MTAP在急性肾损伤中的潜在治疗作用	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏活检样本
509	2025-07-19	Kidney organoids demonstrate that PTH1R drives a cystogenic cAMP-pPKA-pCREB axis in developmental polycystic kidney disease 2025-Aug-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00056.2025 PMID:40602764	研究论文	利用人类多能干细胞衍生的肾脏类器官研究发育性多囊肾病的致病机制，并发现PTH1R作为潜在治疗靶点	首次揭示PTH1R作为G蛋白偶联受体在发育性多囊肾病中驱动囊肿形成的信号级联机制	研究主要基于体外类器官模型，尚未在完整生物体内验证	探索发育性多囊肾病的致病机制并寻找新的治疗靶点	人类诱导多能干细胞衍生的ARPKD类器官、野生型类器官、人类ARPKD组织	干细胞与疾病建模	多囊肾病	单细胞RNA测序、靶向机制研究	肾脏类器官模型	基因表达数据、组织学数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种样本类型（类器官、人类组织）
510	2025-07-19	Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses 2025-Jul-18, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.5c00313 PMID:40577169	研究论文	研究肠道共生细菌中色胺代谢和功能化对人类色胺信号反应的影响	发现了两种以前未表征的代谢物，并揭示了它们在激活人类GPCRs和抑制炎症酶方面的功能	研究仅基于体外和小鼠模型，未涉及人体临床试验	探索肠道微生物分泌的小分子对人类生理的影响	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织	微生物学	NA	生物活性辅助分离、单细胞RNA测序	NA	化学分析数据、RNA测序数据	人类粪便来源的细菌培养物和小鼠肠道组织
511	2025-07-19	Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1 2025-Jul-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00790-25 PMID:40679295	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了罗氏沼虾在感染十足目虹彩病毒1（DIV1）后血细胞的异质性、分化轨迹和病毒趋向性	首次在单细胞分辨率下构建了DIV1感染下虾血细胞的转录图谱，揭示了血细胞的转录异质性、分化轨迹和免疫应答	NA	研究虾在DIV1病毒感染下的免疫反应机制	罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的血细胞	基因组学	十足目虹彩病毒1（DIV1）感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
512	2025-07-19	Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis 2025-Jul-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03114-w PMID:40679719	研究论文	通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析识别喉鳞状细胞癌的生物标志物	整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型	样本量相对有限，且仅基于公共数据库数据，未进行大规模临床验证	识别喉鳞状细胞癌的生物标志物并构建预后模型	喉鳞状细胞癌患者的多组学数据	生物信息学	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, oncoPredict药物敏感性分析	Lasso-Cox风险模型	RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据	训练集: 114例LSCC样本和12例正常样本；验证集: 270例LSCC样本；scRNA-seq数据: 2例LSCC样本
513	2025-07-19	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示SARS-CoV-2肺部微环境的独特性及胶原VI作为重症COVID-19预测生物标志物的作用	首次采用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的免疫反应和细胞外基质的作用，发现胶原VI的上调与疾病严重程度相关	研究主要基于死后肺组织样本，可能无法完全反映疾病早期动态变化	理解COVID-19肺部微环境相互作用及细胞外基质的致病作用	COVID-19患者和非呼吸系统疾病对照者的死后肺组织及血清样本	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215名COVID-19患者和54名健康志愿者的血清样本，以及未明确数量的死后肺组织样本
514	2025-07-19	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Jul-17, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的转录组特征，揭示了其在肿瘤不同区域的异质性功能变化	首次揭示了胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的空间转录异质性及其与免疫细胞相互作用的动态变化	研究主要基于小鼠和人类样本的体外分析，需要进一步体内实验验证	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（MCs）的功能变化及其与免疫细胞的相互作用	胶质母细胞瘤微环境中的壁细胞（MCs）和免疫细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本
515	2025-07-19	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Jul-17, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过多组学分析研究循环蛋白与自然流产风险之间的因果关系及其潜在影响	利用孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别与自然流产风险相关的遗传变异及其分子机制	排除了性别间表达差异的蛋白，可能遗漏部分相关蛋白	探究自然流产的遗传基础和潜在治疗靶点	循环蛋白和自然流产风险	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、KEGG通路富集、单细胞转录组学	NA	蛋白质组学数据、单细胞转录组数据	NA
516	2025-07-19	Integrated spatial and single-cell transcriptomics reveal PAK kinase as a therapeutic target in fibroblastic foci and dense fibrosis of IPF 2025-Jul-17, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00022-2025 PMID:40675771	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了PAK激酶作为特发性肺纤维化（IPF）中纤维化灶和致密纤维化的治疗靶点	发现了一种新型肌成纤维细胞群体（++肌成纤维细胞），并揭示了PAK2在纤维化区域的激活及其在纤维化进展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类IPF患者的临床验证尚需进一步研究	探索IPF中纤维化灶和致密纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	IPF患者的肺组织样本和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型
517	2025-07-19	The impact of neddylation on prognosis in the immune microenvironment of neuroblastoma: a single-cell transcriptomic analysis 2025-Jul-17, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09662-1 PMID:40676385	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了neddylation在神经母细胞瘤免疫微环境中对预后的影响，并建立了一个neddylation相关的预后标志物（NRPS）	首次在神经母细胞瘤中建立了neddylation相关的预后标志物，并通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞类型中neddylation评分的差异	研究样本量有限，且未进行实验验证	评估neddylation在神经母细胞瘤预后中的作用，并建立相关的预后标志物	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）	NA	基因表达数据	171,992个细胞分为19个不同的簇
518	2025-07-19	Research advances in intramuscular fat deposition and chicken meat quality: genetics and nutrition 2025-Jul-16, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01234-5 PMID:40665461	综述	本文综述了过去十年间遗传学和营养学在调节鸡肌肉内脂肪沉积和肉质方面的研究进展	单细胞RNA测序揭示了肌细胞是鸡肌肉组织中脂肪新生合成的主要场所，LncHLFF通过外泌体介导机制促进异位IMF沉积而不影响腹部脂肪沉积，miR-27b-3p和miR-128-3p通过靶向PPARG抑制脂肪生成分化	NA	改善肉鸡的肉质	肉鸡	动物科学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
519	2025-07-19	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data reveals the key targets of the combination of cisplatin and saikosaponin D in gastric cancer cells 2025-Jul-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152359 PMID:40674817	研究论文	通过整合分析scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了顺铂和柴胡皂苷D联合治疗胃癌细胞的关键靶点	首次发现柴胡皂苷D（SSD）通过FAK/AKT/mTOR信号通路改善胃癌细胞对顺铂的耐药性	研究仅基于细胞系和TCGA-GTEx数据库数据，未进行体内实验验证	探究SSD增强胃癌细胞对顺铂敏感性的分子机制	胃癌细胞系AGS和SGC-7901	肿瘤生物学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 网络药理学, 分子对接, 实时PCR, Western blotting	NA	RNA-seq数据	TCGA-GTEx数据库中的胃腺癌数据及实验室培养的胃癌细胞系
520	2025-07-19	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究通过基因组和单细胞分析，建立并表征了头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官，以支持个性化治疗	利用患者来源的肿瘤类器官（PDO）模型，揭示了头颈部鳞状细胞癌的分子亚型和肿瘤内转录异质性，并发现了一种与顺铂耐药相关的混合上皮-间质转化样ITH程序	样本量较小（31例患者），且未涉及所有可能的治疗药物	提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并开发个性化治疗方法	头颈部鳞状细胞癌患者及其来源的肿瘤类器官	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	患者来源的肿瘤类器官（PDO）模型	基因组数据、转录组数据	31例头颈部鳞状细胞癌患者