单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-12-14	GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model 2024-Dec, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01034-y PMID:39375485	研究论文	本文构建了一个跨物种的基础模型GeneCompass，用于解析普遍的基因调控机制	GeneCompass通过整合四种先验生物学知识，在自监督学习中增强了基因调控机制的理解，并在多个下游任务中超越了现有模型	NA	解析跨物种的普遍基因调控机制，推动基础生命过程研究和临床应用	人类和小鼠的单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞测序	基础模型	转录组数据	12000万个人类和小鼠的单细胞转录组数据
502	2024-12-14	SRSF1 Is Crucial for Maintaining Satellite Cell Homeostasis During Skeletal Muscle Growth and Regeneration 2024-Dec, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13607 PMID:39381961	研究论文	本文研究了剪接因子SRSF1在骨骼肌生长和再生过程中对卫星细胞稳态的维持作用	首次揭示了SRSF1在调节Fgfr1op2剪接中的关键作用，以及其对有丝分裂纺锤体组织和细胞衰老的影响	研究主要集中在新生小鼠的横膈膜和C2C12细胞系，可能无法完全代表所有骨骼肌的情况	探讨SRSF1缺失对卫星细胞功能和肌肉再生的影响机制	卫星细胞（SCs）及其在骨骼肌生长和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、免疫染色、EdU掺入实验	NA	RNA	新生小鼠横膈膜的单核细胞悬液（KO和对照组）、C2C12肌母细胞和原代肌母细胞
503	2024-12-14	Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis 2024-Dec, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241271934 PMID:39382116	综述	本文综述了空间转录组学（ST）在口腔病理学中的应用，展示了其在不同颅面区域疾病发展中的研究进展	空间转录组学结合了全局基因表达和空间信息的分析，提供了传统转录组学方法所缺乏的空间分辨率，能够更好地研究疾病和健康组织状态中细胞区域的复杂相互关系	本文主要为综述性质，未提供具体的研究数据或实验结果	探讨空间转录组学在颅面区域疾病发展中的应用，并展示其在不同组织中的研究进展	颅面区域的组织，包括颅骨、腭、唾液腺、舌头、口腔底、口咽和牙周组织	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
504	2024-12-14	Electroacupuncture Slows Experimental Myopia Progression by Improving Retinal Mitochondrial Function: A Study Based on Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400269 PMID:39404059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了晶状体诱导性近视和电针干预下的视网膜细胞图谱，并探讨了电针改善实验性近视进展的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了电针通过改善视网膜线粒体功能来减缓实验性近视进展的机制	研究仅在豚鼠模型上进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨电针干预对实验性近视进展的影响及其潜在机制	晶状体诱导性近视和电针干预下的豚鼠视网膜细胞	NA	近视	单细胞RNA测序	NA	RNA	晶状体诱导性近视和电针干预下的豚鼠视网膜细胞
505	2024-12-14	Insufficient Mechanical Loading Downregulates Piezo1 in Chondrocytes and Impairs Fracture Healing Through ApoE-Induced Senescence 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400502 PMID:39418070	研究论文	研究探讨了机械负荷不足对软骨细胞中Piezo1表达的影响及其在骨折愈合中的作用	首次揭示了Piezo1在软骨细胞中的表达下调通过ApoE诱导的衰老影响骨折愈合的机制，并开发了一种可注射的热敏水凝胶来缓解这一问题	研究主要集中在体外实验和动物模型上，尚未在人体中验证其有效性	探讨机械负荷不足如何通过Piezo1和ApoE影响骨折愈合	软骨细胞、骨折愈合过程	NA	骨折	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
506	2024-12-14	Quantum Dots-caused Retinal Degeneration in Zebrafish Regulated by Ferroptosis and Mitophagy in Retinal Pigment Epithelial Cells through Inhibiting Spliceosome 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406343 PMID:39420512	研究论文	本研究探讨了典型金属量子点（InP/ZnS QDs）对斑马鱼视网膜的影响及其机制	首次揭示了InP/ZnS QDs通过抑制剪接体导致视网膜色素上皮细胞中的铁死亡和线粒体自噬，从而引起视网膜退化	研究仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全反映人类视网膜的反应	阐明典型金属量子点对视网膜的影响及其机制	斑马鱼视网膜及视网膜色素上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9系统	NA	RNA	斑马鱼样本
507	2024-12-14	Pericytes Modulate Third-Generation Tyrosine Kinase Inhibitor Sensitivity in EGFR-Mutated Lung Cancer Cells Through IL32-β5-Integrin Paracrine Signaling 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405130 PMID:39435643	研究论文	研究探讨了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号调节EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂敏感性的机制	首次揭示了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号影响EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂的敏感性	研究主要基于细胞和动物实验，临床证据有限	探讨周细胞如何影响EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂的敏感性	EGFR突变肺癌细胞和周细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，多重免疫染色	NA	RNA，蛋白质	来自EGFR突变患者的周细胞和肺癌细胞
508	2024-12-14	Hepatocyte-Targeted Lipid Nanoparticle Delivery of HERC2 Plasmid Controls Drug-Induced Hepatotoxicity by Limiting β-Catenin-Regulated CYP2E1 Expression 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401633 PMID:39440550	研究论文	研究探讨了HERC2在药物诱导的肝损伤中的保护作用，通过脂质纳米颗粒递送HERC2质粒，调控CYP2E1表达，减轻肝损伤	首次揭示了HERC2在药物代谢紊乱相关的急性肝损伤中的保护作用，并展示了脂质纳米颗粒递送HERC2质粒的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨HERC2在药物诱导肝损伤中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	HERC2在肝细胞中的表达及其对CYP2E1调控的影响	NA	肝损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	APAP挑战的小鼠模型
509	2024-12-14	The mRNA expression profile of glycine receptor subunits alpha 1, alpha 2, alpha 4 and beta in female and male mice 2024-Dec, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2024.103976 PMID:39580061	研究论文	研究了成年雌性和雄性小鼠中甘氨酸受体亚基alpha 1、alpha 2、alpha 4和beta的mRNA表达谱	首次详细分析了甘氨酸受体亚基在不同脑区和脊髓中的表达模式，并比较了雌雄小鼠在特定脑区的表达差异	Glra4的表达水平过低，无法通过qRT-PCR检测到	探讨甘氨酸受体亚基在中枢神经系统中的表达模式及其在雌雄小鼠中的差异	甘氨酸受体亚基alpha 1、alpha 2、alpha 4和beta在成年雌性和雄性小鼠中的mRNA表达	NA	NA	单细胞RNA测序、定量实时PCR (qRT-PCR)、RNAscope	NA	mRNA表达数据	成年雌性和雄性小鼠
510	2024-12-14	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	研究探讨了年龄相关的ECM硬化如何通过TRAIL通路影响肌肉干细胞的分化	首次揭示了年龄相关的ECM硬化通过TRAIL通路影响肌肉干细胞分化的分子机制，并使用BAPN抑制剂验证了这一机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，尚未在人体中验证	研究年龄相关的ECM硬化对肌肉干细胞分化的影响及其分子机制	年轻和年老的肌肉干细胞在软和硬ECM微环境下的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻和年老的肌肉干细胞在四种不同条件下的样本
511	2024-12-14	Investigating intra-tumoural heterogeneity and microenvironment diversity in primary cardiac angiosarcoma through single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70113 PMID:39658531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境多样性	首次通过单细胞RNA测序揭示了原发性心脏血管肉瘤的复杂细胞景观和免疫微环境，并识别了潜在的分子治疗靶点	样本量较小，仅基于四个患者的肿瘤样本进行分析	揭示原发性心脏血管肉瘤的细胞异质性和肿瘤微环境，为开发新型疗法提供分子靶点	原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境	数字病理学	心脏肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个患者的肿瘤样本和五个正常心脏组织样本
512	2024-12-14	Oxygen, angiogenesis, cancer and immune interplay in breast tumour microenvironment: a computational investigation 2024-Dec, Royal Society open science IF:2.9Q1 DOI:10.1098/rsos.240718 PMID:39665095	研究论文	本研究利用乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型（MMTV-PyMT）的数据，探讨了乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的相互作用	引入了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据估算乳腺癌微环境中免疫细胞比例的方法，并通过混合遗传算法（HGA）进行参数估计	NA	研究乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的复杂动态相互作用	乳腺癌微环境中的内皮细胞、氧气、血管内皮生长因子（VEGF）以及免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合遗传算法（HGA）	单细胞RNA测序数据	乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型（MMTV-PyMT）
513	2024-12-14	Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research 2024-Nov-25, Plant cell reports IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s00299-024-03383-9 PMID:39585480	综述	本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响	单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率，揭示了复杂的细胞过程和发育途径	单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战	探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景	植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应	植物生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
514	2024-12-14	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-Nov-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	本文开发了针对ROBO1和ROBO2外膜结构域的人源单克隆抗体，通过抑制SLIT-ROBO信号通路，减少病理性眼新生血管的形成	首次开发了能够抑制ROBO1和ROBO2信号通路的人源单克隆抗体，并验证了其在体内外对病理性眼新生血管的抑制作用	需要进一步验证该抗体在其他眼科疾病模型中的效果及临床应用潜力	开发新的药物工具以抑制SLIT-ROBO信号通路，从而治疗病理性眼新生血管相关疾病	ROBO1和ROBO2受体及其在病理性眼新生血管中的作用	NA	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	氧诱导视网膜病变（OIR）和激光诱导角膜新生血管（CNV）小鼠模型
515	2024-12-14	Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq 2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-024-04957-9 PMID:38727936	研究论文	本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据，评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建了结肠癌风险模型	研究仅基于现有数据集，未进行体外或体内实验验证	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达，并构建结肠癌风险模型	结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据	数字病理学	结肠癌	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞转录组数据	结肠癌样本
516	2024-12-14	Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab 2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.08.24315092 PMID:39417106	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本，构建了恶性细胞和免疫细胞的详细分子分类，并揭示了治疗抵抗的机制	首次系统分类了胆道癌中的功能性注释细胞状态，并发现了神经样和内皮样状态在胆道癌中的存在，这些状态在其他癌症中与治疗抵抗相关	研究仅限于单一的临床试验，样本量较小，且未观察到客观反应	揭示胆道癌治疗抵抗的机制，并为下一代临床试验提供新的见解	胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	治疗前和治疗中的活检样本
517	2024-12-14	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	研究果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间异质性及其与免疫反应的关系	首次在果蝇幼虫脂肪体中发现抗菌肽表达具有可重复的空间模式，并揭示了这种模式与微生物定位的相关性	研究仅限于果蝇幼虫脂肪体，未探讨其他组织或物种中的情况	探讨组织中免疫反应基因表达的空间和时间模式及其机制	果蝇幼虫脂肪体中的抗菌肽表达及其空间模式	NA	NA	活体光片荧光显微镜	NA	图像	果蝇幼虫
518	2024-12-14	Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors 2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-024-02460-6 PMID:38940937	研究论文	本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型，应用Visium空间转录组学技术，揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征	首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性，并识别出潜在的致病因素	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制	衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型	NA	胰腺炎	Visium空间转录组学	NA	转录组	衰老小鼠（18个月）和年轻小鼠（3个月）各一组
519	2024-12-14	Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision 2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009063 PMID:38901879	review	本文由癌症免疫治疗学会召集的专家组讨论了癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并提出了未来十年的战略愿景	本文提出了七个高优先级的研究领域，并讨论了可能阻碍进展的潜在障碍，以及三个关键的指导原则	NA	识别癌症免疫治疗领域的当前机遇和挑战，并优先考虑具有最高临床影响的领域	癌症免疫治疗领域的七个高优先级领域及跨领域的优化工具	NA	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
520	2024-12-14	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	本研究通过批量和空间RNA测序技术，分析了糖尿病周围神经病变（DPN）患者的外周神经分子特征	首次通过空间转录组学分析揭示了DPN中感觉神经元mRNA定位的变化，并强调了mRNA运输在周围神经退化中的潜在作用	研究样本主要来自糖尿病患者，可能限制了结果的广泛适用性	深入了解糖尿病周围神经病变的疾病机制	糖尿病患者的外周神经（胫神经和腓肠神经）	数字病理学	糖尿病并发症	RNA测序	NA	RNA	来自下肢截肢的胫神经和腓肠神经样本，主要来自糖尿病患者