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当前共找到 43167 篇文献,本页显示第 501 - 520 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
501 2026-09-05
A nucleolar stress gene signature enables quantitative scoring across multi-omics contexts
2026-06-29, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本文整合文献挖掘和多数据集筛选,定义了核仁应激基因特征并开发了适用于多种组学数据的核仁应激评分(NuS),用于定量评估核仁应激及其在疾病分层和药物机制发现中的应用 首次开发了基于基因表达谱的定量核仁应激评分,适用于批量转录组、单细胞转录组、蛋白质组和空间转录组等多组学数据,弥补了传统基于形态学或有限功能检测的不足 摘要中未明确提及局限性 建立一种定量评估核仁应激的框架,并探索其在癌症模型、疾病分层和药物机制发现中的应用 结直肠癌模型,包括对奥沙利铂敏感和耐药的细胞 机器学习 结直肠癌 转录组学,蛋白质组学,空间转录组学 NA 基因表达数据、蛋白质组数据、空间转录组数据 未在摘要中明确样本数量,涉及结直肠癌模型和多数据集 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, proteomics, spatial transcriptomics NA NA
502 2026-09-05
Malignant epithelial states drive immune dysfunction in ampulla of Vater carcinoma
2026-Jun-29, Biomarker research IF:9.5Q1
研究论文 对壶腹癌进行了单细胞转录组图谱构建,识别出四种恶性上皮亚型及其与免疫微环境的相互作用 首次构建壶腹癌的单细胞转录组图谱,发现与不良预后相关的PB-KRAS干细胞样免疫抑制亚型及其与GZMK+ CD8+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的关联 样本量较小(仅8个原发肿瘤和4个正常组织),空间转录组验证有限 构建壶腹癌的单细胞转录组图谱,明确上皮亚型及其与肿瘤微环境的相互作用 壶腹癌患者的原发肿瘤和匹配的正常组织 单细胞转录组学 壶腹癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,去卷积分析 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据 8个原发壶腹癌肿瘤和4个匹配正常组织,以及62个独立壶腹癌患者的批量转录组数据 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
503 2026-09-05
Tumor microbial burden drives immune responses through regulation of Interferon signaling
2026-Jun-26, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 研究肿瘤内微生物负荷如何通过干扰素信号通路调节免疫应答,进而影响肿瘤治疗反应 揭示肿瘤内微生物负荷与干扰素信号之间的动态相互作用,并发现其在决定免疫治疗反应中的关键作用;通过单细胞测序和体内模型提供了机制证据 未提及具体局限性 探究肿瘤内微生物负荷对免疫信号通路(特别是干扰素信号)的调控及其在肿瘤治疗中的作用 结直肠癌(CRC)、胃癌(STAD)以及其他癌症类型的肿瘤样本,以及直肠错配修复缺陷(MMRd)肿瘤患者和同源小鼠肿瘤模型 肿瘤免疫学、微生物组学、基因组学 结直肠癌、胃癌 单细胞RNA测序、同源小鼠模型、基因编辑(ADAR1缺失) 单细胞测序分析、同源小鼠肿瘤模型 基因表达数据、小鼠实验数据 涉及多种癌症类型,具体数量未知;包括直肠MMRd队列(100%缓解)和同源小鼠模型 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 未提供具体配置细节
504 2026-09-05
Spatial transcriptomics reveals compartment-specific cytotoxic T cell crosstalk with AT2 and goblet cells in advanced COPD
2026-Jun-25, Biomarker research IF:9.5Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学技术揭示了晚期慢性阻塞性肺病(COPD)中不同肺部解剖区域的细胞组成和免疫-结构细胞间的特定相互作用,特别是细胞毒性T细胞与AT2细胞和杯状细胞的串扰。 首次应用10X Visium空间转录组学对晚期COPD肺组织进行高分辨率空间分析,识别出区域特异性的免疫微环境和细胞互作网络,并提出了细胞毒性T细胞在组织重塑中的潜在角色。 样本量可能有限,未详细说明;验证依赖于体外共培养和公开数据集,可能不完全反映体内复杂环境;功能验证尚未完全证实细胞毒性T细胞在COPD发病机制中的直接作用。 通过空间转录组学绘制健康和晚期COPD肺部的细胞组织结构,并探究不同区域免疫细胞与结构细胞间的通信变化。 健康肺组织和晚期COPD肺组织样本。 空间转录组学 慢性阻塞性肺病(COPD) 空间转录组学、流式细胞术、多重免疫荧光、公开GeoMx Nanostring数据、单细胞RNA测序数据及体外共培养实验 非负矩阵分解(NMF) 空间转录组数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像、单细胞RNA测序数据、体外实验数据 NA(标题和摘要未提供具体样本数量) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10X Visium空间转录组学平台
505 2026-09-05
Immune subtyping of colorectal adenoma identifies a subtype with activated adaptive immunity ahead of progressing to cancer
2026-Jun-22, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 该文章通过免疫亚型分类,识别出一种具有激活适应性免疫的大肠腺瘤亚型,并探讨其与癌症进展的关系 首次对大肠腺瘤进行基于免疫基因的亚型分类,并结合单细胞转录组数据发现TIGIT激活和CD8 T细胞耗竭在肿瘤前病变中早期出现 研究为回顾性分析,且样本量可能有限,需要更大规模的前瞻性研究验证免疫亚型的临床应用 通过免疫亚型分类表征大肠腺瘤的免疫特征,并评估其与癌症进展、基因表达特征和功能通路的关系 多个队列的大肠腺瘤样本的转录组数据,以及单细胞转录组数据 数字病理学 大肠腺瘤 转录组测序和单细胞转录组测序 非负矩阵分解 基因表达数据和单细胞转录组数据 多个队列的腺瘤样本,具体数量未给出 NA bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
506 2026-09-05
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a prognostic neuro-mimicry signature in papillary thyroid carcinoma
2026-Jun-22, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过整合批量与单细胞RNA测序数据,揭示了甲状腺乳头状癌中一种预测预后的神经模拟特征 首次在甲状腺乳头状癌中鉴定出恶性细胞内在的神经模拟基因签名,并通过单细胞数据验证其细胞来源 研究结果仍需实验验证,且基于公开数据集,可能受限于数据异质性 探讨甲状腺乳头状癌中离子通道基因的神经模拟作用及其临床意义,并构建预后预测模型 甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织中的恶性细胞及免疫细胞 机器学习和单细胞转录组学 甲状腺乳头状癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO逻辑回归 LASSO逻辑回归模型 转录组数据和单细胞测序数据 TCGA队列中521例患者及GSE184362数据集中7个整合肿瘤样本(共65,744个细胞) NA 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 NA NA
507 2026-09-05
CAGNet: a structure-aware clustering-alternated graph network for cell-cell interaction inference in spatial transcriptomics
2026-Jun-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 提出CAGNet,一种用于空间转录组数据中细胞-细胞相互作用推断的结构感知聚类交替图网络。 引入交替优化机制,在表示学习和聚类之间建立闭环,避免静态聚类或固定邻接结构的限制。 未在更多样化的数据集上验证,可能受限于空间转录组数据的特定特性。 从空间转录组数据中准确推断细胞-细胞相互作用,并识别具有生物学意义的空间组织。 三组10x Genomics Visium空间转录组数据集。 机器学习 不适用 空间转录组学 图注意力网络 空间基因表达数据 三组10x Genomics Visium数据集 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Genomics Visium平台
508 2026-09-05
Integrating MRI radiomics and transcriptomics to predict IDH mutation status and prognosis in glioma
2026-Jun-21, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 本研究结合MRI放射组学特征和转录组学数据,预测胶质瘤的IDH突变状态和预后,并分析放射组学特征与关键IDH突变基因之间的相关性 首次将MRI放射组学特征与单细胞和空间转录组学数据整合,以预测IDH突变状态和预后,并揭示关键基因在特定细胞亚群中的表达 样本量相对较小,且放射组学特征的提取依赖于手动分割,可能影响模型的稳定性和泛化性 探索基于MRI的放射组学特征和关键IDH突变基因在预测胶质瘤IDH突变状态和预后中的价值 胶质瘤患者及其MRI影像数据和RNA-seq数据 医学影像分析, 数字病理学 胶质瘤 RNA-seq, MRI成像, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 LASSO回归, Cox回归模型 影像(MRI), 转录组数据, 蛋白质表达 训练和验证集共61例(来自TCIA),外部验证集66例 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium 单细胞RNA测序和空间转录组学平台用于关键基因的细胞定位分析
509 2026-09-05
EMD-HVG: a normalization-independent method for highly variable gene selection based on Earth mover's distance
2026-Jun-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 提出了一种基于推土机距离的无归一化高变基因选择方法EMD-HVG,用于单细胞RNA测序和空间转录组数据,以提高HVG识别的稳健性和下游聚类质量。 首次将推土机距离应用于高变基因选择,开发了无归一化、非参数的方法,避免了传统归一化可能掩盖真实生物变异的问题。 摘要未提及方法在极端稀疏数据或超高维数据上的计算效率,也未讨论其对批次效应的敏感性。 开发一种不依赖归一化和分布假设的稳健高变基因识别方法,适用于单细胞和空间转录组数据。 高变基因识别方法及其在单细胞RNA测序和空间转录组数据中的应用。 机器学习 NA scRNA-seq, 空间转录组学 推土机距离模型(非参数) 基因表达数据(单细胞和空间) 30个评估场景,基于真实和模拟数据集 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
510 2026-09-05
Machine learning-driven QSAR modeling combined with single cell transcriptomics identifies novel drug targets for lung cancer
2026-06-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 结合单细胞转录组学和机器学习QSAR建模,识别非小细胞肺癌的潜在药物靶点及先导化合物 将单细胞RNA测序与机器学习驱动的QSAR模型相结合,进行跨原发和转移灶的靶点发现及大规模虚拟筛选 识别出的靶点和化合物尚未经过实验验证,且基于计算预测,可能受到数据质量和模型泛化能力的影响 识别非小细胞肺癌原发和转移灶中共有的可成药靶点,并筛选有效的先导化合物以推进精准肿瘤学治疗 非小细胞肺癌原发肿瘤及其脑和骨转移组织 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) XGBoost, 随机森林 (等机器学习算法) 单细胞转录组表达数据和分子生物活性数据 非小细胞肺癌原发肿瘤及匹配的脑和骨转移样本(未提供具体数量) NA 单细胞RNA测序 NA NA
511 2026-09-05
SpatialCell AI achieves reference-free single-cell resolution from spot-based spatial transcriptomics through morphology-guided enhancement
2026-Jun-16, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 SpatialCell AI是一种无需训练和参考的形态学引导增强方法,可将基于点的空间转录组数据提升至单细胞分辨率,并在结直肠癌样本上验证了其性能 首个结合无训练操作、无参考表达整合和单细胞输出粒度的空间转录组框架 未提及 开发一种无需外部参考和模型训练的方法,将基于点的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的表达信息 结直肠癌样本 计算机视觉 结直肠癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据(Visium, Visium HD, Xenium) 一个匹配的结直肠癌样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Visium HD, 10x Xenium Visium (55 μm), Visium HD (8 μm 和 16 μm), Xenium (单细胞金标准)
512 2026-09-05
Analysis and validation of abnormal signaling pathways and immune cell infiltration characteristics in digestive system cancers based on peroxisome-related genes
2026-Jun-15, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究基于过氧化物酶体相关基因,分析并验证了消化系统癌症中异常信号通路和免疫细胞浸润特征,并探讨了过氧化物酶体在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用 首次系统构建并验证了基于过氧化物酶体相关基因的消化系统肿瘤预后特征,并结合多组学数据揭示了过氧化物酶体功能障碍通过脂质代谢重编程克服治疗耐药的新机制 研究主要依赖生物信息学分析和体外/体内实验验证,临床样本验证规模有限,且部分机制研究聚焦于肝癌和结直肠癌,其他消化系统肿瘤的普适性需进一步验证 探究过氧化物酶体在消化系统肿瘤中的作用,特别是其与预后、免疫微环境及治疗抵抗的关系,以寻找潜在治疗靶点 消化系统癌症,包括肝细胞癌、结肠腺癌、直肠腺癌、胰腺腺癌、胃腺癌、食管腺癌、食管鳞状细胞癌和胆管癌 机器学习 消化系统癌症 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 脂质组学, 基因敲除实验 Cox回归模型, LASSO, 机器学习模型 基因组数据, 转录组数据, 单细胞转录组数据, 脂质组学数据, 临床数据 多个消化系统癌症队列数据,以及肝癌细胞系和原位大鼠模型 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
513 2026-09-05
First human decedent model of orthotopic multi-organ xenotransplantation: Whole liver and bilateral kidneys from a six-gene-edited pig
2026-Jun-12, Med (New York, N.Y.)
研究论文 本研究首次报道了将六基因编辑猪的全肝和双肾原位联合异种移植到53岁人类脑死亡受者体内,并监测了近5天的功能及免疫代谢反应 首次实现了猪到人类的原位全肝加双肾联合异种移植,并利用单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学等多组学手段分析早期免疫和代谢特征 研究仅基于一名脑死亡受者,观察时间有限,无法评估长期存活和并发症 评估六基因编辑猪的全肝和双肾原位异种移植到人类受者的可行性,并确定早期免疫和代谢特征以指导围手术期管理和临床转化 一名53岁人类脑死亡受者及六基因编辑猪的全肝和双肾移植物 基因编辑、异种移植 终末期器官衰竭 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学 NA 基因表达数据、蛋白质丰度数据、代谢物数据、临床监测数据 1名人类decedent受体,两只猪(提供肝脏和肾脏) NA NA NA NA
514 2026-09-05
Sonodynamic Therapy Attenuates TLR4/NF-κB Signaling in Epicardial Adipose Tissue of Atrial Fibrillation: Insights From Animal Models, scRNA-seq, and Mendelian Randomization
2026-06-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2
研究论文 本研究探讨了声动力疗法通过调节心外膜脂肪组织炎症,减轻心房颤动模型中巨噬细胞介导的炎症反应,并评估其在房颤患者中的潜在临床应用 首次将声动力疗法应用于心房颤动治疗,结合动物模型、单细胞RNA测序和孟德尔随机化,揭示其通过靶向TLR4/NF-κB通路减轻心外膜脂肪组织炎症的机制,并发现CXCL8作为潜在治疗靶点 研究主要在兔模型中进行,临床相关性依赖于单细胞测序和孟德尔随机化,缺乏直接的临床试验验证;未提供声动力疗法具体参数及长期安全性数据 探究声动力疗法对心房颤动中巨噬细胞介导的心外膜脂肪组织炎症的缓解作用及其潜在临床意义 兔心房颤动模型及人源心外膜脂肪组织和右心耳样本 数字病理学 心血管疾病 RNA-seq,单细胞RNA测序,孟德尔随机化 动物模型(兔),未指定深度学习模型 转录组数据,单细胞表达数据,临床统计数据 兔模型(分组样本量未明确),人源样本(单细胞测序和右心耳组织) NA 单细胞RNA测序 NA 未指定具体平台或试剂盒
515 2026-09-05
Multiomic study of cutaneous T-cell lymphoma reveals single-cell clonal evolution in progression and therapy resistance
2026-May-21, Blood IF:21.0Q1
研究论文 通过多组学分析揭示皮肤T细胞淋巴瘤的克隆演化及其在疾病进展和治疗抵抗中的机制 首次在多患者队列中结合全外显子组、全基因组、表观基因组、bulk和单细胞RNA测序及单细胞TCR测序,以单细胞分辨率追踪CTCL进展中的克隆演化 未提供关于该多组学方法的局限性信息 定义CTCL在个体患者中进展的分子机制,识别临床有用的生物标志物和治疗靶点 来自34名CTCL患者的99个临床注释的连续皮肤、外周血和淋巴结样本 基因组学, 单细胞生物学 皮肤T细胞淋巴瘤 外显子组测序, 全基因组测序, 表观基因组测序, bulk RNA测序, 单细胞TCR测序, 单细胞RNA测序, CUT&RUN NA 基因组, 转录组, 表观组, 单细胞水平数据 34例患者的99个样本 NA 单细胞RNA测序, 全基因组测序, 外显子组测序, 表观基因组测序 NA NA
516 2026-09-05
Guidelines for evaluating endothelial function in vascular tissue
2026-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
综述 本文提供了评估血管组织中内皮功能的指南,整合了传统功能检测与现代分子方法,旨在建立最佳实践以增强研究严谨性和可重复性 由领域内领先专家达成共识,首次整合传统功能检测与现代分子方法以建立评估内皮功能的全面指南 未提及具体局限性 建立评估血管组织内皮功能的最佳实践指南,促进方法学一致性并鼓励创新,以增强对内皮生物学的理解 血管组织中的内皮细胞 生物医学 心血管疾病 bulk和单细胞转录组学、蛋白质组学、先进成像技术 NA 数据、图像 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
517 2026-09-05
Random Projection Methods Outperform Principal Component Analysis for Dimensionality Reduction in Single Cell RNA-Seq
2026 May-Jun, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2
研究论文 本研究系统比较了主成分分析(PCA)与多种随机投影(RP)方法在单细胞RNA测序数据降维中的性能,并引入了一种自适应稀疏随机投影算法 提出一种匹配稀疏随机投影算法,可根据输入数据稀疏模式自适应调整投影矩阵密度 未明确说明局限性 评估PCA和RP方法在单细胞RNA测序降维中的计算可扩展性和下游分析有效性,为选择合适的降维策略提供指导 多个公开可用的单细胞RNA测序数据集,包括标记和未标记场景 机器学习 NA 单细胞RNA测序 PCA、SVD、随机SVD、稀疏随机投影、高斯随机投影、匹配稀疏随机投影、层次聚类、球形K均值 单细胞RNA测序数据 多个公开数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
518 2026-09-05
The B7 family subgroup reflects tumor cell heterogeneity and patient post-operative prognosis in gallbladder cancer
2026-Apr-18, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析胆囊癌细胞的B7家族亚群表达,揭示肿瘤异质性并构建术后预后预测模型 首次在单细胞分辨率下解析B7家族成员(CD276、VTCN1、HHLA2)在胆囊癌中的异质性表达,并发现HHLA2通过RAC1/CDC42-PAK1-Cofilin信号促进上皮-间质转化,以及利用梯度提升机模型整合B7表达和临床变量进行预后分层 研究主要基于单一中心的回顾性数据,样本量有限,且单细胞分析仅基于七例原发肿瘤,可能限制结果的普适性 阐明胆囊癌细胞的生物学异质性并细化术后风险分层,探索B7家族免疫检查点分子的表达及下游信号机制 胆囊癌患者肿瘤组织的上皮细胞亚群,以及188例手术治疗的胆囊癌患者 数字病理学 胆囊癌 单细胞RNA测序 梯度提升机(GBM) 单细胞RNA测序数据及临床数据 7例原发性肿瘤用于单细胞分析,188例手术患者用于生存建模 NA 单细胞RNA测序 NA NA
519 2026-09-05
KRAS inhibition is an effective therapy for appendiceal adenocarcinoma
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究评估了KRAS抑制剂(MRTX1133和RMC-6236)在阑尾腺癌类器官和原位PDX模型中的疗效,并分析了六例患者的临床结局,发现KRAS抑制可有效减少肿瘤生长并重塑肿瘤微环境 首次在阑尾腺癌中系统评估KRAS抑制剂(包括G12D特异性和泛KRAS抑制剂)的临床前和转化相关性,并利用多组学分析揭示耐药机制和微环境重塑 临床队列规模小(仅6例),且缺乏长期随访数据;类器官和PDX模型不能完全反映患者异质性 明确KRAS抑制剂在阑尾腺癌中的治疗潜力及其作用机制,为临床开发提供依据 阑尾腺癌类器官、原位PDX模型以及6例重度预处理的阑尾腺癌患者 数字病理学 阑尾腺癌 类器官培养,原位PDX模型,多组学分析(包括RNA-seq和单细胞RNA-seq) 类器官模型,原位PDX模型 类器官和PDX模型的基因表达数据,单细胞RNA-seq数据,患者临床和生物标志物数据 多例KRAS突变类器官(包括G12D和G12V),两个PDX模型(TM00351和AAPDX-16),以及6例患者 NA RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
520 2026-09-05
Cell type-agnostic transcriptomic signatures enable uniform comparisons of neural maturation
2026-Apr, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 开发了一种基于单细胞转录组的细胞类型无关的“时钟”,以统一比较神经成熟度,跨研究、物种和模型系统预测发育年龄。 提出了一个基于462个基因的细胞类型无关预测器,能够在不同细胞类型和数据集间稳健追踪发育动态,并跨物种通用。 未明确提及局限性。 建立标准化的神经成熟度评估框架,实现对不同背景下神经发育时间的一致比较。 发育中的人类大脑细胞和人类神经类器官。 机器学习 神经发育疾病 单细胞RNA测序 机器学习模型 单细胞转录组数据 超过280万个细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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