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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5041 | 2026-05-20 |
Atopic dermatitis: Multi-omics insights into microbiota-driven modulation of the gut-skin axis
2026-Jul, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2026.108504
PMID:42019770
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综述 | 本文综述了多组学技术揭示的微生物群驱动肠-皮肤轴调控特应性皮炎的作用机制 | 整合了宏基因组学、代谢组学和单细胞转录组学等多组学数据,识别出以拟杆菌和普雷沃菌为主的特应性皮炎内型特征,为精准分层和靶向治疗提供了新框架 | 该综述主要基于现有文献总结,缺乏原始实验数据验证,且未详细讨论不同研究间方法学差异对结论一致性的影响 | 总结宿主遗传学、微生物群网络和多组学生物标志物在特应性皮炎内型中的作用,为精准诊断和靶向干预提供依据 | 特应性皮炎患者及其肠道微生物群、代谢产物和免疫反应特征 | 机器学习 | 特应性皮炎 | 宏基因组学, 代谢组学, 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5042 | 2026-05-20 |
Extracellular vimentin promotes neutrophil-dominant granulomatous inflammation in progressive pulmonary sarcoidosis
2026-Jun-10, Clinical science (London, England : 1979)
DOI:10.1042/CS20250651
PMID:42084847
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研究论文 | 本研究通过计算机分析和动物实验,发现细胞外波形蛋白在进展性肺结节病中促进中性粒细胞主导的肉芽肿性炎症 | 首次揭示细胞外波形蛋白可作为触发因子,驱动中性粒细胞介导的炎症通路,导致肺结节病进展和纤维化 | 未明确提及具体局限性 | 探索进展性肺结节病中中性粒细胞及其效应分子的作用机制 | 进展性肺结节病患者肺组织样本和波形蛋白诱导的小鼠模型 | 数字病理学 | 肺结节病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 进展性纤维化结节病患者与自愈性疾病患者的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5043 | 2026-05-20 |
Cuproptosis-Related Gene FDX1 Induces Malignant Progression and Immune Suppression in Triple-Negative Breast Cancer
2026-Jun, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11242-9
PMID:40911146
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研究论文 | 本文研究了铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌中诱导恶性进展及免疫抑制的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示铜死亡关键基因FDX1在三阴性乳腺癌上皮细胞中高表达,并通过体外实验和共培养模型证明其促进肿瘤细胞增殖、迁移并抑制CD8 T细胞免疫应答 | 研究仅基于公共单细胞RNA测序数据集和体外实验,缺乏临床样本验证及体内免疫微环境动态调控机制的深入探讨 | 探究铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌恶性进展及免疫抑制中的作用 | 三阴性乳腺癌细胞及小鼠肿瘤模型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、qPCR、细胞功能实验、共培养体系、免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据 | 公共单细胞RNA测序数据集及体外细胞系(未明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 公共scRNA-seq数据集(具体平台未说明) |
| 5044 | 2026-05-20 |
Integrating multiomic layers to decode psychiatric disease mechanisms
2026-Jun, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102451
PMID:41831411
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综述 | 整合多组学数据以解析精神疾病的分子机制 | 通过单细胞转录组学、表观组学、蛋白质组学和空间组学等多组学技术,系统连接遗传变异与基因调控、细胞类型脆弱性和环路功能障碍,推动从变异到机制和环路的转化 | 未提及具体局限性 | 利用新兴多组学技术整合分析精神疾病的遗传机制,为生物标志物发现、患者分层和精准治疗策略奠定基础 | 精神疾病,包括精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症 | 计算生物学 | 精神疾病 | NA | NA | 多组学数据(转录组、表观组、蛋白质组、空间组) | NA | NA | 单细胞 RNA-seq, 单细胞 ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5045 | 2026-05-01 |
Retraction notice to "Gene expression profile of human placental villous pericytes in the first trimester -an analysis by single-cell RNA sequencing" [Reprod. Biol. 24 (2024) 100919]
2026-06, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2026.101214
PMID:42055852
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5046 | 2026-05-20 |
Spatial transcriptomic profiling of decalcified murine musculoskeletal samples via Xenium Prime 5K
2026-Jun, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziag070
PMID:42124856
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研究论文 | 针对小鼠肌肉骨骼组织,开发了利用Xenium Prime 5K平台进行空间转录组分析的高质量样本处理流程,包括灌注、固定、脱钙、石蜡包埋和共嵌入策略,实现了多组织同时切片和高转录本检测 | 首次系统建立了适用于小鼠完整肌肉骨骼组织(包括矿化组织)的空间转录组样本处理流程,通过优化固定、脱钙和共嵌入步骤,在保持组织解剖结构的同时实现了高比例优质转录本检测 | 不同组织类型间检测到的转录本数量差异显著,矿化组织转录本数较低;且流程涉及多步骤处理,可能仍存在RNA降解风险 | 建立高质量空间转录组分析的标准流程,以解决小鼠肌肉骨骼组织因脱钙等处理导致的RNA完整性难题 | 成年小鼠的完整膝关节、胫骨和腰椎样本 | 空间转录组学 | 肌肉骨骼疾病 | 基于成像的空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年小鼠膝关节、胫骨和腰椎样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium Prime 5K | Xenium Prime 5K平台 |
| 5047 | 2026-05-20 |
Myeloid Mas drives pyruvate kinase M2-mediated Spi1 lactylation to fuel inflammatory senescence in MASLD
2026-May-19, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02704-6
PMID:42151117
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研究论文 | 揭示了髓系Mas通过驱动丙酮酸激酶M2介导的Spi1乳酰化促进MASLD炎症性衰老的机制 | 首次发现G蛋白偶联受体Mas作为MASLD的代谢检查点,并通过Mas-PKM2-Spi1乳酰化轴调控糖酵解重编程和单核前体细胞分化 | 未提及具体局限性 | 阐明免疫代谢与MASLD疾病进展之间的精确机制 | MASLD患者及饮食诱导小鼠模型的肝髓系细胞 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者肝组织样本及饮食诱导小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5048 | 2026-05-20 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal an arachidonic acid-related cellular atlas in lung adenocarcinoma
2026-May-19, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02251-4
PMID:42151495
|
研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学揭示肺腺癌中花生四烯酸相关的细胞图谱 | 整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,首次在肺腺癌中系统探索花生四烯酸代谢相关的关键生物标志物及其在肿瘤微环境中的作用 | 未明确说明局限性 | 探究肺腺癌中花生四烯酸代谢的关键生物标志物及其在肿瘤微环境中的调控机制 | 肺腺癌组织中的肿瘤细胞、T细胞和上皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5049 | 2026-05-20 |
Basal cell subsets, as biomarker to predict the therapeutic effect of neoadjuvant therapy for esophageal carcinoma
2026-May-19, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-026-06503-y
PMID:42151650
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research paper | 通过单细胞RNA测序分析食管癌新辅助治疗中基底细胞亚群作为疗效预测的生物标志物 | 首次发现基底细胞亚群Basal3、Basal8与病理完全缓解相关,Basal7与不完全病理反应相关,并识别了ATF3和JUN基因对生存的影响 | 样本量较小(仅22例患者),且包含多数食管鳞癌和1例腺鳞癌,统计结果代表性有限 | 探索食管癌新辅助治疗疗效预测的生物标志物 | 来自22例II-IV期接受新辅助化免疫治疗的食管癌患者的肿瘤及配对邻近组织 | 数字病理学 | 食管癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 22例食管癌患者(21例食管鳞癌,1例食管腺鳞癌) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5050 | 2026-05-20 |
Mastication-Induced Electrical Stimulation Activates Prg4+ Chondroprogenitors for Osteoarthritis Therapy
2026-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.75725
PMID:42153977
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研究论文 | 开发了一种咀嚼驱动的镁掺杂压电纳米纤维,通过将关节载荷转化为局部电刺激并释放镁离子来中和酸性微环境,用于骨关节炎治疗 | 首次利用咀嚼产生的机械载荷激活内源性电敏感软骨祖细胞,提出变废为宝的骨关节炎治疗策略 | 仅在动物模型验证,缺乏人体临床试验数据;遗传消融Prg4细胞显示疗效减弱但未完全消除,可能存在其他补偿机制 | 开发利用关节生物力学信号治疗骨关节炎的新疗法 | 大鼠颞下颌关节骨关节炎模型 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大鼠颞下颌关节组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 5051 | 2026-05-20 |
Decoding circulating neutrophil phenotypes in triple-negative breast cancer via optimized single-cell RNA sequencing
2026-May-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04345-8
PMID:42154046
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研究论文 | 通过优化的单细胞RNA测序解码三阴性乳腺癌中循环中性粒细胞的表型 | 开发了基于两个中性粒细胞标记基因面板和排除非中性粒细胞标记基因的稳健分析框架,实现了对单细胞数据中中性粒细胞的精准鉴定与功能表征 | 研究样本量较小(仅6名TNBC患者和6名对照),且中性粒细胞分离数量有限(TNBC组84个,对照组128个),可能限制结果的普适性 | 表征三阴性乳腺癌患者循环中性粒细胞的转录组差异,探究肿瘤对免疫细胞的影响机制 | 三阴性乳腺癌患者和非恶性供体的循环中性粒细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12例样本(6例TNBC患者和6例非恶性供体),共分离212个中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5052 | 2026-05-20 |
Multiscale domain identification for spatial transcriptomics via persistent homology
2026-May-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101376
PMID:41916308
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研究论文 | 利用持续同调方法对空间转录组数据进行多尺度域识别 | 首次将拓扑数据分析中的持续同调方法应用于空间转录组的多尺度域识别,解决了传统聚类方法仅能识别单一形态尺度域、忽略多尺度交互的问题 | 未对计算效率进行详细评估,且方法在异构区域与同质域之间的边界识别能力有待进一步验证 | 开发一种基于持续同调的多尺度空间域识别方法,以捕捉跨形态尺度的组织结构 | 空间转录组数据中的空间域 | 数字病理学, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 持续同调 | 基因表达数据 | 多组织类型与空间转录组技术的数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5053 | 2026-05-20 |
Decoding spatial transcriptomics across multicellular and subcellular resolutions
2026-May-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72872-0
PMID:42151140
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研究论文 | 提出STARS方法,利用Vision Transformer和对比学习,从多细胞和亚细胞分辨率空间转录组数据中重建单细胞水平基因表达 | 首次实现跨多细胞和亚细胞分辨率空间转录组平台的单细胞水平基因表达重建,结合组织学图像和转录组数据 | 未明确指出局限性 | 开发能准确从多细胞和亚细胞分辨率空间转录组数据中分解或聚合信号至单细胞水平的方法 | 小鼠肺组织、结直肠癌组织中的细胞类型,包括免疫细胞和成纤维细胞等 | 计算机视觉, 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌, 流感感染, 细菌继发感染 | 空间转录组学 | Vision Transformer, 对比学习 | 图像, 转录组数据 | 小鼠肺组织(3个平台:Visium、Visium HD、Stereo-seq)及额外公共数据集 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Visium HD, BGI Stereo-seq | 10x Visium多细胞分辨率平台, 10x Visium HD亚细胞分辨率平台, BGI Stereo-seq亚细胞分辨率平台 |
| 5054 | 2026-05-20 |
Durvalumab plus HAIC-FOLFOX followed by maintenance durvalumab for hepatocellular carcinoma with major portal invasion: phase 2 DurHope study
2026-May-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73131-y
PMID:42151180
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研究论文 | 一项单臂二期临床研究评估度伐利尤单抗联合FOLFOX方案肝动脉灌注化疗治疗伴门静脉主干癌栓的肝细胞癌患者的疗效和安全性 | 首次在Vp4门静脉癌栓患者中评估度伐利尤单抗联合HAIC-FOLFOX的疗效,并通过单细胞RNA测序揭示响应者与非响应者的免疫和耐药差异 | 单臂设计、样本量较小(30例),探索性生物标志物分析需要更大规模验证 | 评估度伐利尤单抗联合HAIC-FOLFOX作为伴门静脉主干癌栓肝细胞癌患者一线治疗的效果 | 伴Vp3/4门静脉癌栓的肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 体内模型 | NA | 转录组数据, 图像数据 | 30例患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞核RNA测序及外周血单细胞RNA测序 |
| 5055 | 2026-05-20 |
Single-cell transcriptomic profiling of patient-derived pancreatic ductal adenocarcinoma primary cell cultures
2026-May-18, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07380-3
PMID:42151196
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序技术对41例胰腺导管腺癌患者来源的原代细胞培养物进行异质性解析,构建可公开访问的转录组数据集 | 首次采用基于Split Pool连接的转录组测序技术对大量患者来源的胰腺癌细胞系进行高通量单细胞转录组分析,突破传统液滴微流控技术的通量限制 | 仅基于体外培养细胞系,可能无法完全反映体内肿瘤微环境的影响 | 解析胰腺导管腺癌的细胞异质性和转录调控程序,为开发单细胞分析计算工具和识别治疗靶点提供数据资源 | 41例胰腺导管腺癌患者来源的原代细胞培养物 | 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序(SPLiT-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 41例患者来源的细胞培养物 | Parse Biosciences | 单细胞RNA-seq | Evercode技术 | 基于Split Pool连接的转录组测序技术 |
| 5056 | 2026-05-20 |
Identification of diagnostic and therapeutic roles of programmed cell death-related proteins in dilated cardiomyopathy: a multi-omics and experimental validation study
2026-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-52624-2
PMID:42151293
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研究论文 | 通过多组学整合分析与实验验证,识别与程序性细胞死亡相关的扩张型心肌病的诊断和治疗分子特征 | 首次结合批量与单细胞RNA测序数据,利用六种机器学习算法构建基于程序性细胞死亡相关核心基因的预测模型,并鉴定两种具有不同免疫代谢特征的分子亚型 | 多数转录组数据集代表晚期疾病状态,发现可能反映心脏重塑的共同分子特征而非早期疾病特异性机制 | 揭示程序性细胞死亡在扩张型心肌病中的诊断和治疗潜力 | 扩张型心肌病患者和动物模型的心肌组织样本 | 机器学习 | 扩张型心肌病 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析、机器学习、分子对接 | 预测模型 | 转录组数据 | 五个独立队列 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5057 | 2026-05-20 |
From histology to spatial transcriptomics: establishing a lightweight single-patch baseline
2026-May-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06447-7
PMID:42151778
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研究论文 | 建立从H&E染色组织学图像预测空间基因表达的轻量级单斑块基线方法,并验证其跨组织泛化能力 | 首次系统建立了单孤立组织斑块的基因表达预测基线,通过高效架构EfficientNet-B0实现性能与效率的优越权衡,揭示预测准确性主要受H&E组织学中空间自相关强度驱动,而非转录本丰度或化学性质 | 仅在肝组织和乳腺癌数据集上验证,可能需在更多组织类型和条件下评估泛化性 | 为空间转录组学模型建立可重复的单斑块预测基线,量化空间上下文、多分辨率集成和模型复杂度对预测的贡献 | H&E染色组织学图像和空间转录组数据(包括正常肝组织和乳腺癌组织) | 数字病理学 | 肝癌, 乳腺癌 | 空间转录组学, H&E染色组织学 | EfficientNet-B0, ResNet, DenseNet | 图像(H&E染色组织切片), 基因表达数据 | 肝组织Visium数据集和独立乳腺癌空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 5058 | 2026-05-20 |
Single-cell Sequencing Unveils A Profibrotic Macrophage and Infiltrating Monocyte Niche in the Bronchoalveolar Lavage of Patients with Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2026-May-18, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1093/ajrccm/aamag206
PMID:42153326
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术,揭示了慢性阻塞性肺疾病患者支气管肺泡灌洗液中促纤维化巨噬细胞和浸润单核细胞微环境 | 首次在单细胞分辨率下全面解析COPD患者肺泡空间免疫细胞组成差异及其与气流受限严重程度的关系 | 样本量较小(17名参与者),且未进行功能验证实验 | 在单细胞水平上表征COPD患者与健康对照者肺泡空间免疫细胞组成差异及其与气流受限严重程度的关系 | COPD患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17名参与者(10名COPD患者,7名健康对照),共97,254个细胞 | 未明确说明 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5059 | 2026-05-20 |
Single-cell analysis reveals IL1B+ macrophages promote lung metastasis in adenoid cystic carcinoma
2026-May-16, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218590
PMID:42144099
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量转录组分析,结合多重免疫组化,揭示了IL1B+肿瘤相关巨噬细胞在腺样囊性癌肺转移中的作用机制 | 首次鉴定了IL1B TAMs在肺转移中的双重作用:在原发性病灶中促进血管生成和细胞外基质重塑以协助肿瘤细胞入血,在转移灶中通过IL-1R1/ACKR1/SELP轴吸引肿瘤细胞定植,并诱导CD8 T细胞耗竭 | 小鼠模型与人类患者之间的差异可能影响结论的普适性,机制验证主要基于相关性分析,缺乏直接的因果证据 | 探索腺样囊性癌肺转移的分子机制,特别是IL1B+肿瘤相关巨噬细胞的作用 | 腺样囊性癌患者的原发灶和肺转移灶样本,以及携带转移性ACC细胞的小鼠模型 | 单细胞生物学 | 腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,多重免疫组化,血浆细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,批量转录组数据,组织切片图像,血浆样本数据 | ACC患者原发灶和肺转移灶组织样本(具体数量未在摘要中说明),以及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 5060 | 2026-05-20 |
The temporal architecture of the seminiferous epithelial cycle revealed by spatial transcriptomics
2026-May-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.04.036
PMID:42143021
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研究论文 | 利用seqFISH+空间转录组学技术,对小鼠睾丸细胞进行分析,揭示了生精上皮周期的时空架构,并发现支持细胞的内在周期性程序是维持基线节律的关键,而生殖细胞信号则微调周期以协调精子发生 | 首次利用空间转录组学技术在单细胞分辨率下绘制生精上皮周期的时空转录图谱,并发现支持细胞本身具有不依赖生殖细胞的内在周期性转录程序 | 研究主要基于小鼠模型,其发现需在人类或其他物种中验证;且仅对部分基因进行检测,可能遗漏一些重要调控因子 | 探究哺乳动物精子发生过程中生精上皮周期的时空转录调控机制,特别是支持细胞与生殖细胞之间的相互作用 | 成年小鼠睾丸组织(正常及生殖细胞耗竭模型:白消安处理、W/W突变小鼠) | 空间转录组学、发育生物学 | NA | seqFISH+空间转录组学 | NA | 基因表达(转录组)数据、空间位置数据 | 867,062个小鼠睾丸细胞,2,653个基因 | NA | 空间转录组学 | seqFISH+ | 用于高多重空间单细胞基因表达分析的seqFISH+技术 |