单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-06-27	Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution 2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01716-z PMID:40551145	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析胆管癌的异质性，并特别关注肝外胆管癌的特定祖细胞微环境	首次在单细胞分辨率下揭示了肝内胆管癌和肝外胆管癌的分子异质性，并鉴定了肝外胆管癌特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其相关微环境	样本量相对有限（28个样本），且需要进一步的功能验证	解析胆管癌的分子异质性并寻找新的预后标志物和治疗靶点	胆管癌（包括肝内和肝外亚型）及其微环境	单细胞组学	胆管癌	scRNA-seq, 空间RNA原位测序, 患者来源类器官(PDOs), 小鼠模型	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	28个样本（7个慢性胆道炎症，21个不同解剖部位的胆管癌），共109,071个单细胞
482	2025-06-27	CellMemory: hierarchical interpretation of out-of-distribution cells using bottlenecked transformer 2025-Jun-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03638-y PMID:40551223	research paper	介绍了一种名为CellMemory的瓶颈Transformer模型，用于单细胞组学研究中OOD细胞的层次解释	受认知神经科学中的全局工作空间理论启发，提出了一种无需预训练即可提高泛化能力的瓶颈Transformer模型	未提及具体的数据集或实验条件限制	提高单细胞组学研究中OOD细胞的解释性和表示准确性	单细胞组学数据中的OOD细胞	machine learning	NA	Transformer架构	bottlenecked Transformer	单细胞组学数据	未提及具体样本数量
483	2025-06-27	Predicting prognosis and immunotherapy response of ferroptosis-related genes in colorectal cancer 2025-Jun-23, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02779-x PMID:40551269	研究论文	本研究通过整合空间转录组、单细胞转录组和批量转录组数据，识别与结直肠癌预后和免疫反应相关的铁死亡标志物	采用多组学整合方法，区别于以往研究，识别出135个铁死亡相关基因，并构建了具有强预测能力的预后模型	未提及样本量是否足够大以支持结论的普遍性	识别结直肠癌中铁死亡相关基因作为预后标志物和免疫反应预测因子	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	空间转录组、单细胞转录组、批量转录组分析、免疫组化(IHC)检测	Lasso分析	转录组数据、免疫组化数据	NA
484	2025-06-27	Integrated single-cell RNA and ATAC sequencing of B-cell lymphoma-3(Bcl3) and endothelin-2(Edn2) proteins as targets to prevent glaucoma progression 2025-Jun-23, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145455 PMID:40562139	研究论文	通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，研究Bcl3和Edn2蛋白在青光眼进展中的作用	首次通过多组学整合分析，识别出Bcl3和Edn2作为青光眼进展中的关键蛋白，并验证了其在NF-κB和Hippo信号通路中的作用	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，尚未在临床患者中进行大规模验证	探索原发性开角型青光眼(POAG)的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	青光眼患者样本、动物模型(R28细胞、视网膜缺血再灌注和NMDA诱导的青光眼大鼠模型)	数字病理学	青光眼	scRNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA测序, ELISA, RT-qPCR	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个数据集(GSE203499, GSE212186, GSE241782, GSE212188)中的青光眼和对照样本
485	2025-06-27	The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts 2025-Jun-23, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011 PMID:40562236	研究论文	本研究探讨了m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的作用，特别是在心脏成纤维细胞中调节细胞外基质蛋白合成的机制	首次揭示了Alyref通过调控Fbln1/Loxl1通路影响心脏成纤维细胞的增殖和转分化，进而调节细胞外基质蛋白的合成	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性尚需进一步验证	探究m5C修饰在心肌梗死后心脏重塑中的作用机制	心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生心脏成纤维细胞	心血管疾病	心肌梗死	生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、腺相关病毒(AAV)感染、RNA免疫沉淀测序(RIP-seq)	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	未明确说明具体样本数量，使用了小鼠心肌梗死模型和原代心脏成纤维细胞
486	2025-06-27	Preclinical and first-in-human of purinostat mesylate, a novel selective HDAC I/IIb inhibitor, in relapsed/refractory multiple myeloma and lymphoma 2025-Jun-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02285-w PMID:40562746	研究论文	研究报道了一种新型选择性HDAC I/IIb抑制剂purinostat mesylate (PM)在复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的临床前和首次人体试验结果	PM是一种高选择性HDAC I/IIb抑制剂，在MM和淋巴瘤细胞系及小鼠模型中表现出优异的抗肿瘤活性，优于泛HDAC抑制剂panobinostat或一线/二线多药联合方案	样本量较小(N=29)，且仅进行了I期临床试验	评估PM在复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤中的安全性和有效性	复发/难治性多发性骨髓瘤和淋巴瘤患者	肿瘤学	多发性骨髓瘤, 淋巴瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	临床数据, 测序数据	29名患者(11名MM, 18名淋巴瘤)
487	2025-06-27	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，揭示了前庭毛细胞中动纤毛的分子特征及其在机械转导中的潜在作用	首次定义了动纤毛作为一种具有初级纤毛和运动纤毛分子特征的独特细胞器，并支持其作为毛束内主动力生成元件的新角色	研究主要集中在前庭毛细胞，对其他类型毛细胞的适用性尚不明确	阐明前庭毛细胞中动纤毛的结构、分子组成和功能特征	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
488	2025-06-27	Exploring the causal relationship between CX3CL1 and prostate cancer prognosis using Mendelian randomization 2025-Jun-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03001-4 PMID:40544418	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法探讨了CX3CL1与前列腺癌预后的因果关系	首次使用孟德尔随机化方法评估CX3CL1与前列腺癌风险的因果关系，并结合基因表达数据、免疫细胞浸润分析和单细胞测序进行深入探索	研究样本主要来自欧洲血统人群，可能限制结果在其他人群中的普适性	探索炎症介质CX3CL1在前列腺癌发展和预后中的作用	前列腺癌患者和对照组的基因组数据	生物医学研究	前列腺癌	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞测序	孟德尔随机化分析	基因组数据	GWAS数据涉及21,758名欧洲血统个体，前列腺癌病例数据包括ieu-b-4809(9,132例病例和173,493例对照)、ukb-b-1392(7,847例病例和455,163例对照)和ukb-d-C3_PROSTATE(6,321例病例和354,873例对照)
489	2025-06-27	Hyperglycemia induces an immunosuppressive microenvironment in colorectal cancer liver metastases by recruiting peripheral blood monocytes through the CCL3-CCR1 axis 2025-Jun-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011310 PMID:40550559	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2D）背景下结直肠癌肝转移（CRLM）的免疫微环境变化，并识别了潜在的CCL3-CCR1信号轴治疗靶点	揭示了高血糖通过CCL3-CCR1轴招募外周血单核细胞从而诱导免疫抑制微环境的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需进一步验证	探究T2D对CRLM免疫微环境的影响并寻找治疗靶点	结直肠癌肝转移患者及T2D患者的免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	高血糖CRLM小鼠模型	单细胞转录组数据	20例CRLM样本及匹配PBMC样本（含3组健康/T2D供体PBMC数据集）
490	2025-06-27	STS2 deficiency revives CD8+T cells from exhaustion and augments checkpoint blockade efficacy in cancer immunotherapy 2025-Jun-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010735 PMID:40550566	研究论文	本研究探讨了抑制T细胞信号传导的STS2在调节CD8+ T细胞衰竭中的作用，并发现STS2缺失可增强肿瘤控制和抗PD-1治疗的疗效	首次揭示了STS2在调节T细胞衰竭中的多重作用，并证明其缺失可增强抗肿瘤免疫和免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究STS2在调节CD8+ T细胞衰竭中的作用及其对肿瘤免疫治疗的影响	CD8+ T细胞和肿瘤微环境	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞转录组学、免疫共沉淀、蛋白质降解实验、内吞作用测量	小鼠模型	细胞和分子数据	NA
491	2025-06-27	A comprehensive review of spatial transcriptomics data alignment and integration 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf536 PMID:40568931	review	本文全面回顾了空间转录组学数据对齐和整合的方法，解释了问题、范围及挑战，并提出了一般性流程	提出了一个通用的空间转录组学数据对齐和整合流程，并对24种工具进行了分类和评估	仅关注多切片空间转录组学分析工具，排除了单切片分析和多组学整合工具	综述空间转录组学数据对齐和整合的方法，推动生物医学研究	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	24种工具
492	2025-06-27	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	research paper	MEBOCOST是一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法，用于检测单细胞间的代谢介导的细胞间通讯	开发了MEBOCOST算法，填补了代谢介导的细胞间通讯检测方法的空白	未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度	研究代谢介导的细胞间通讯（mCCC）在细胞功能和组织稳态中的作用	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织中的单细胞	生物信息学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢通量平衡分析	MEBOCOST算法	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括人类和小鼠的脂肪组织样本
493	2025-06-27	ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation 2025-Jun-19, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002 PMID:40562034	研究论文	本研究结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，开发了ChemPerturb-seq平台，用于系统性分析小分子处理后人β细胞的分子变化，并发现了一种能显著增强人β细胞皮下移植后存活和功能的小分子混合物	开发了ChemPerturb-seq平台，结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，系统性分析小分子处理后人β细胞的分子变化，并发现了一种能显著增强人β细胞皮下移植后存活和功能的小分子混合物	发现的小分子混合物在雌性小鼠中效果显著，但在雄性小鼠中效果不明显	探索小分子处理对人β细胞的影响，以提高皮下移植后的存活和功能	人β细胞和原代胰岛	生物医学工程	糖尿病	scRNA-seq, ChemPerturb-seq	NA	单细胞RNA测序数据	人β细胞和原代胰岛
494	2025-06-27	Diverse Landscape of Group 1 Innate Lymphoid Cells Predicts the Prognosis in Patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17122047 PMID:40563696	研究论文	通过单细胞RNA测序分析头颈部鳞状细胞癌患者中ILC亚群的多样性和功能状态，并开发预后预测模型	首次揭示了ieILC1/NK细胞在HNSCC患者中的多样性景观及其预后意义	研究依赖于公开数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索头颈部鳞状细胞癌患者中ILC亚群的多样性和功能状态，并开发预后预测模型	头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	生存预测模型	基因表达数据	95,809个免疫细胞(来自GSE164690数据集)
495	2025-06-27	The Role of Cardiac Fibroblast Heterogeneity in Myocardial Fibrosis and Its Novel Therapeutic Potential 2025-Jun-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26125882 PMID:40565343	综述	本文综述了心脏成纤维细胞异质性在心肌纤维化中的作用及其新的治疗潜力	揭示了心脏成纤维细胞的高度异质性和动态性，探讨了针对不同亚群的精准抗纤维化治疗策略	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探讨心脏成纤维细胞异质性在心肌纤维化中的作用及其治疗潜力	心脏成纤维细胞及其不同亚群	心血管疾病	心血管疾病	单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传分析	NA	NA	NA
496	2025-06-27	Identification Exploring the Mechanism and Clinical Validation of Mitochondrial Dynamics-Related Genes in Membranous Nephropathy Based on Mendelian Randomization Study and Bioinformatics Analysis 2025-Jun-17, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061489 PMID:40564208	研究论文	本研究通过孟德尔随机化研究和生物信息学分析，探讨了线粒体动力学相关基因在膜性肾病中的机制和临床验证	发现了四个关键线粒体动力学相关基因（RTTN、MYO9A、USP40和NFKBIZ）在膜性肾病中的重要作用，并构建了具有优异诊断性能的列线图模型	研究样本量有限，且主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索线粒体动力学相关基因在膜性肾病发病机制中的作用	膜性肾病患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	膜性肾病	孟德尔随机化、机器学习算法、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	列线图模型	转录组数据	三个转录组数据集（GSE200828、GSE73953和GSE241302）
497	2025-06-27	Progenitor Cell Dynamics in Androgenetic Alopecia: Insights from Spatially Resolved Transcriptomics 2025-Jun-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26125792 PMID:40565255	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究雄激素性脱发（AGA）中祖细胞动态变化的分子机制	首次使用GeoMX数字空间分析平台在维持组织空间背景的情况下比较AGA患者与健康对照的祖细胞区域转录组差异	未明确说明样本量大小及具体基因名称	揭示AGA中祖细胞耗竭的分子机制	雄激素性脱发患者的毛囊祖细胞区域	空间转录组学	雄激素性脱发	GeoMX Digital Spatial Profiling (DSP)	NA	空间转录组数据	NA
498	2025-06-27	The Transcriptomic Signature of Donkey Ovarian Tissue Revealed by Cross-Species Comparative Analysis at Single-Cell Resolution 2025-Jun-14, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15121761 PMID:40564314	研究论文	通过单细胞RNA测序和跨物种比较分析，揭示了驴卵巢组织的转录组特征及其在生殖效率中的分子机制	首次在单细胞分辨率下构建了驴卵巢的高分辨率转录组图谱，并鉴定了驴特有的基因表达模式	研究仅关注了驴卵巢的转录组特征，未涉及其他生殖器官或生理过程	探索驴卵巢生物学分子机制及其在生殖效率中的作用	驴卵巢组织	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17,423个细胞
499	2025-06-27	Chemokine CCL12 in trigeminal ganglion contributes to CFA-induced mechanical allodynia in mice 2025-Jun-13, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.026 PMID:40517940	研究论文	本研究探讨了CCL12在三叉神经节中对CFA诱导的小鼠机械性异常性疼痛的作用	揭示了CCL12通过促进巨噬细胞浸润和IL-6、TNF-α的产生来影响疼痛发展的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究CCL12在慢性炎症性疼痛中的作用机制	小鼠三叉神经节和脊髓三叉神经尾侧核	神经科学	慢性疼痛	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、腺相关病毒(AAV)干扰	小鼠CFA诱导的口面部疼痛模型	基因表达数据、行为学数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型
500	2025-06-27	Dissecting liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001427 PMID:40560812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术解析了急性-慢性肝衰竭(ACLF)的免疫景观，并发现ANXA1作为潜在的治疗靶点	首次全面描绘ACLF的免疫特征，并鉴定ANXA1-FPR1轴作为炎症调控的关键通路	临床样本量有限，ANXA1治疗机制仍需进一步验证	解析ACLF的免疫失调机制并寻找治疗靶点	ACLF患者肝脏组织及免疫细胞	免疫学	肝衰竭	单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 生物信息学分析	NA	基因表达数据	ACLF、ALF、DC患者及对照组的肝脏样本