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当前共找到 44757 篇文献,本页显示第 481 - 500 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
481 2026-10-24
MMP9 Genotype and Systemic T-Cell Subsets Correlate With Structural and Functional Outcomes in Neovascular Age-Related Macular Degeneration
2026-06-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本文重新分析单细胞RNA测序数据并结合ELISA和流式细胞术,在新生血管性年龄相关性黄斑变性(nvAMD)患者中研究MMP9基因型及T细胞亚群频率与结构和功能治疗结局的关系 首次揭示MMP9基因型(rs4810482)与nvAMD结构和功能治疗结局的关联,并提出MMP9-树突状细胞-T细胞轴在nvAMD免疫发病机制中的作用 临床队列样本量较小(38例患者,仅9例进行高维免疫表型分析),且为再分析研究,需要更大规模队列验证 探究MMP9基因型和T细胞亚群频率对nvAMD结构和功能治疗结局的影响 新生血管性年龄相关性黄斑变性(nvAMD)患者、THP-1来源的单核细胞及人脉络膜组织 数字病理学 年龄相关性黄斑变性 单细胞RNA测序、ELISA、流式细胞术、基因分型、深度学习OCT图像分析、高维免疫表型分析 深度学习 图像、文本、单细胞数据 38例nvAMD患者(其中9例进行高维免疫表型分析),以及THP-1来源的单核细胞和人脉络膜样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
482 2026-10-24
GeneMamba: Efficient and Effective Foundation Model on Single Cell Data
2026-Jun, Proceedings of ... International Joint Conference on Neural Networks. International Joint Conference on Neural Networks
研究论文 提出GeneMamba,一种基于双向状态空间模型的单细胞转录组基础模型,兼顾高效性与生物学先验 采用BiMamba双向状态空间块实现O(L)复杂度建模,并引入通路感知对比学习目标将生物学通路信息融入表征学习 摘要未明确说明模型在特定下游任务中的性能上限及对通路注释质量的依赖 构建高效且具生物学可解释性的单细胞转录组基础模型 单细胞RNA测序数据及多批次整合、细胞类型注释、基因排序重建等下游任务 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA-seq 状态空间模型(BiMamba) 基因表达文本/序列数据 约3000万个整理后的细胞(源自约5000万个CELLXGENE原始图谱) NA NA NA NA
483 2026-10-24
Robust identification of cell-cell communication heterogeneity in single cells
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了scRICH框架和软件包,将基于机制的多尺度数学建模与学习策略相结合,从单细胞和空间转录组数据中捕捉细胞间通讯的复杂性 整合了基于机制的多尺度数学建模与学习策略;能够揭示细胞类型内通讯行为的异质性;通过整合RNA剪接的动态信息将细胞间通讯与细胞命运决定联系起来;通过构建多层调控网络连接细胞间相互作用和细胞内响应的尺度 摘要中未明确提及研究的局限性 从高通量单细胞转录组学和空间转录组学数据中推断细胞间通讯,研究细胞间通讯如何在生物尺度间运作并影响细胞命运决定 单细胞转录组数据和空间转录组数据、皮肤等效类器官中的角质形成细胞 机器学习 NA 单细胞转录组测序, 空间转录组学 多尺度数学建模, 学习策略, 多层调控网络 文本(基因表达数据), 图像(空间转录组数据) NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
484 2026-10-24
PD-1 Blockade-Induced DKK1 Expression by CD8+ T Cells Promotes Blood-Brain Barrier Permeabilization
2026-May-01, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序表征脑转移微环境,发现抗PD-1治疗可通过激活CD8+ T细胞表达DKK1,诱导β-catenin/TCF和FOXM1通路导致血脑屏障通透性增加 首次揭示抗PD-1治疗在所有测试的免疫检查点抑制剂中独特地损害血脑屏障完整性,并阐明DKK1表达CD8+ T细胞介导血脑屏障通透化的机制,提出抗PD-1序贯顺铂可改善ICI耐药脑转移的治疗效果 摘要未明确说明具体样本量及研究设计的局限性 阐明抗PD-1治疗反应异质性的宿主驱动决定因素,探索血脑屏障调控在脑转移管理中的治疗潜力 脑转移患者的脑微环境及肺癌脑转移患者 肿瘤免疫学 肺癌脑转移 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、影像数据、血浆生物标志物数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
485 2026-10-24
Adenosine A2B Receptor Promotes Tumor Progression and Metastases in Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 该研究采用多组学方法分析配对的原发性和转移性未分化多形性肉瘤(UPS)样本,揭示腺苷A2B受体(ADORA2B)在促进肿瘤进展和转移中的关键作用 首次将ADORA2B鉴定为未分化多形性肉瘤转移进展的关键调控因子,并揭示其通过调控金属蛋白酶促进增殖、迁移、侵袭和基质重塑的机制 转录组分析仅纳入13例UPS患者,样本量较小,需要更大规模的队列验证 探究未分化多形性肉瘤(UPS)转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点 未分化多形性肉瘤(UPS)患者的配对原发性和转移性肿瘤样本及UPS细胞系 肿瘤生物学、多组学 软组织肉瘤(未分化多形性肉瘤) 空间转录组学、bulk RNA测序、去卷积分析、CRISPR-Cas9基因敲除 NA 转录组数据、空间转录组数据、图像 13例UPS患者的配对原发性和转移性肿瘤样本 NA 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
486 2026-10-24
scSurvival: Single-Cell Survival Analysis of Clinical Cancer Cohort Data at Cellular Resolution
2026-May-01, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 提出scSurvival框架,基于注意力机制的多实例Cox回归模型,从单细胞测序数据中直接预测患者生存结果并识别与生存相关的细胞亚群 首次实现对单细胞数据进行直接生存建模,将每个肿瘤样本建模为细胞集合,结合变分自编码器特征提取与生成建模增强特征鲁棒性和跨批次泛化能力,可在患者和单细胞两个层面预测生存结果 摘要中未明确说明研究局限性 解决单细胞队列数据缺乏有效生存分析建模策略的问题,实现细胞分辨率的癌症生存分析 黑色素瘤和肝癌单细胞RNA测序队列数据及临床生存数据 数字病理学, 机器学习 黑色素瘤, 肝癌 单细胞RNA测序 注意力机制多实例Cox回归, 变分自编码器 单细胞基因表达数据, 临床生存数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
487 2026-10-24
Immune cell annotation in the single-cell studies: technologies, challenges, and integrative solutions
2026-May-01, Immunologic research IF:3.3Q3
综述 该综述系统探讨了单细胞研究中免疫细胞注释面临的挑战,包括mRNA与蛋白质表达差异的生物学和技术因素,评述了转录组、蛋白质组及多模态单细胞分析技术的优缺点,并重点讨论了针对多组学数据的计算注释策略与整合方案 系统整合了免疫细胞注释中的关键挑战、前沿单细胞分析技术(特别是CITE-seq等多模态技术)与计算工具,强调标准化多模态免疫细胞分析的必要性,并深入剖析了mRNA与蛋白质数据整合的独特计算挑战及提高注释准确性的解决方案 作为综述文章,未提供原始实验数据验证;对现有计算工具的性能缺乏系统性基准比较;标准化多模态分析方案仍处于展望阶段,尚未形成广泛认可的实践标准 梳理单细胞免疫细胞注释领域的技术、挑战与整合解决方案,推动标准化多模态分析以提升细胞注释可靠性,进而促进疾病理解与治疗发现 单细胞研究中免疫细胞的注释问题,特别是外周血单核细胞等异质性群体 单细胞组学、免疫学、生物信息学 NA 单细胞RNA测序、蛋白质组学、多模态单细胞分析、CITE-seq NA 转录组数据、蛋白质组数据、多模态数据 NA NA 单细胞RNA-seq、单细胞多组学 NA NA
488 2026-10-24
Conventional type-1 DC density is associated with checkpoint inhibitor response across multiple types of cancer
2026-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究分析多项临床试验的RNA测序数据及组织免疫荧光和空间转录组数据,揭示cDC1密度与CD8+ T细胞浸润及免疫检查点抑制剂疗效的强关联 跨多种癌症类型系统整合7项关键临床试验的bulk RNA数据,并结合多重组织免疫荧光和Xenium空间转录组、GeoMX-DSP空间分析,揭示cDC1与CD8+ T细胞的空间邻近生态位决定免疫治疗应答 摘要中未明确说明研究的局限性 探究cDC1密度及其与CD8+ T细胞的空间关系是否与多种癌症中检查点抑制剂治疗反应相关 黑色素瘤、尿路上皮癌和非小细胞肺癌患者样本及临床试验数据 肿瘤免疫学、数字病理、空间转录组学 黑色素瘤、尿路上皮癌、非小细胞肺癌 bulk RNA-seq、多重组织免疫荧光、空间转录组学 NA RNA序列数据、图像、空间转录组数据 7项关键临床试验的bulk RNA序列样本,以及黑色素瘤、尿路上皮癌、NSCLC的组织样本 10x Genomics, NanoString bulk RNA-seq, 空间转录组学 10x Xenium, GeoMX-DSP 10x Xenium空间转录组平台用于黑色素瘤样本,GeoMX-DSP数字空间分析平台用于NSCLC样本
489 2026-10-24
Multi-organ single-cell analysis of preferential expression of CAKUT genes
2026-04-27, BMC nephrology IF:2.2Q2
研究论文 该文通过分析91个CAKUT相关基因在人类胎儿和成人肾脏、输尿管及膀胱单细胞RNA测序数据中的表达,揭示了CAKUT基因在间质和间充质细胞群中的优先表达模式 首次跨多器官(肾脏、输尿管、膀胱)系统分析CAKUT基因的单细胞表达谱,发现不同CAKUT基因汇聚于共享的间质-间充质细胞程序,并识别出早期峰值和晚期上升两种时序表达模式 仅基于公开单细胞RNA测序数据的生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数据批次可能存在异质性;未涉及CAKUT患者实际突变样本的功能验证 探究CAKUT相关基因是否在发育和不同组织中汇聚于共享的细胞程序 人类胎儿和成人肾脏、输尿管、膀胱组织以及早期胚胎转录组 数字病理学 先天性肾脏和尿路畸形 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
490 2026-10-24
SIV infection disrupts the spatial cellular and communication networks of pulmonary granulomas during SIV/Mtb co-infection
2026-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过空间转录组学比较了Mtb单独感染与SIV/Mtb共感染(含或不含ART)猕猴肺肉芽肿的免疫相互作用 揭示了Mtb肉芽肿中空间分化的转录谱(内环髓系细胞代谢/抗菌通路富集,外环T细胞共刺激/激活通路富集),并发现SIV共感染破坏这种空间组织结构且ART不能完全恢复 研究基于猕猴模型,样本量有限,且未完全阐明ART未能恢复空间免疫功能的机制 理解HIV/Mtb共感染背景下肺肉芽肿内的空间免疫相互作用及ART的影响 Mtb感染及SIV/Mtb共感染的猕猴肺肉芽肿组织 空间转录组学 结核病、HIV感染 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
491 2026-10-24
scSketch: Interactive Sketch-based Trajectory Exploration and Pathway-Aware Analysis of Single-Cell Data
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了 scSketch,一个支持用户在单细胞数据低维嵌入上交互式绘制轨迹并进行通路层面解释的工具 允许用户通过草图交互式绘制轨迹并检验轨迹假设,自动计算基因-轨迹相关性并采用在线FDR控制保持统计有效性,同时将显著基因映射到Reactome通路进行生物学解释 摘要未明确说明该工具的局限性 实现单细胞数据中基因表达梯度的交互式探索与通路感知分析 感染人巨细胞病毒的人口腔角质形成细胞的单细胞数据 单细胞数据分析 巨细胞病毒感染 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据、图像交互轨迹 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
492 2026-10-24
Interpreting and Validating a Deep Learning Model Predictive of Spatial Morphologic-Molecular Patterns in Lung Adenocarcinoma, Using Ground Truth Immunohistochemistry Images
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一个可解释的深度学习模型XpressO-Lung,在H&E全切片图像上预测肺腺癌肿瘤及其微环境中基因表达的空间异质性,并用免疫组化图像进行验证 结合组织形态学与bulk转录组数据,在诊断性H&E全切片图像上实现基因表达空间模式的可解释预测,并通过外部临床样本的免疫组化图像验证预测的空间模式与组织形态特征的一致性 仅使用bulk转录组数据作为训练标签,缺乏空间转录组学的直接验证;外部验证样本集规模有限;预测基因数量有限 弥合组织病理学与bulk转录组学之间的差距,实现可解释的空间形态-基因组分析,推动肺腺癌生物标志物发现、治疗分层和精准肿瘤学 肺腺癌(LUAD)患者肿瘤组织 数字病理学 肺癌 bulk RNA-seq,H&E全切片成像,免疫组化 可解释深度学习模型 图像,文本 200例TCGA肺腺癌病例用于训练,以及Dartmouth Health外部临床样本集用于验证 NA bulk RNA-seq NA NA
493 2026-10-24
Atypical memory B cell clonal expansion and inflammatory programs associate with platelet-activating antibody development in COVID-19
2026-04-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和单B细胞V(D)J测序,揭示了COVID-19中产生血小板活化抗体的患者具有非典型记忆B细胞克隆扩增和炎症程序的特征 首次将非典型记忆B细胞的克隆扩增、IFN-γ反应特征、RKH/Y5重链基序富集以及Th1偏向的T细胞激活与COVID-19中血小板活化抗体的产生联系起来 摘要中未明确说明样本量及具体验证方法,可能受限于样本规模,且未提及功能验证实验 定义区分COVID-19患者中产生或不产生血小板活化抗体的免疫特征 COVID-19患者(分为血小板活化抗体阳性PEA+和阴性PEA-两组)的B细胞和T细胞 免疫学 COVID-19 单细胞RNA-seq, 单B细胞V(D)J-seq, 血浆细胞因子和趋化因子分析 NA 单细胞转录组数据、V(D)J序列数据、血浆蛋白定量数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞V(D)J测序 NA NA
494 2026-10-24
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-04-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究利用人源化PD-1/PD-L1嵌合小鼠模型,评估免疫检查点抑制剂单独或联合促炎细胞因子对肾脏的影响,并测试选择性TNF-α阻断能否预防ICI相关急性间质性肾炎 建立了人源化PD-1/PD-L1嵌合小鼠模型来复现ICI-AIN的关键特征,揭示了ICIs与促炎细胞因子的协同作用,并首次证明选择性TNF-α阻断对ICI-AIN具有保护作用 摘要中未明确说明研究局限性 探究ICIs单独或联合促炎细胞因子对肾脏的影响机制,并验证选择性TNF-α阻断预防ICI-AIN的可行性 人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型 数字病理 肺癌 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 4组实验小鼠(对照组、ICI单药组、ICI-细胞因子组、ICI-TNF-α阻断组) NA 单细胞RNA-seq NA NA
495 2026-10-24
Spatial proteomic mapping of the human and mouse retina using IBEX
2026-04-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 利用IBEX高多重免疫组化技术构建人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,并比较跨物种蛋白表达差异 改进IBEX流程,结合抗体解离和化学漂白双策略,实现同一宿主物种抗体在多轮循环中的灵活使用,并结合去卷积超分辨率成像 摘要中未明确提及研究局限性 构建人和小鼠视网膜的比较空间蛋白质组图谱,揭示主要视网膜细胞群体的空间排列及外限制膜结构 健康人视网膜、野生型小鼠视网膜及Crb1rd8小鼠模型的视网膜组织切片 空间蛋白质组学 视网膜疾病 IBEX高多重免疫组化、去卷积超分辨率成像、scRNA-seq NA 图像、文本 健康人、野生型小鼠及Crb1rd8小鼠的视网膜组织切片 NA 空间蛋白质组学、单细胞RNA-seq NA NA
496 2026-10-24
FOSL2 regulates endothelial cell state and chromatin accessibility in systemic sclerosis pulmonary vascular remodeling
2026-04-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本文通过多组学数据和转基因小鼠模型,研究FOSL2在系统性硬化症肺血管重塑中调控内皮细胞状态和染色质可及性的作用 首次发现FOSL2是调控系统性硬化症肺血管内皮细胞表型的关键转录因子,并结合深度学习模型ChromBPNet在碱基对分辨率上推断AP-1结合增加 研究主要基于小鼠模型和推断分析,缺乏直接的人体治疗干预验证 探究系统性硬化症相关肺血管重塑中内皮细胞状态调控的转录因子机制 系统性硬化症间质性肺病相关肺动脉高压患者肺组织内皮细胞及Fosl2转基因小鼠 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 深度学习 CNN 图像, 文本 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 10x Chromium 10x Chromium单细胞多组学分析
497 2026-10-24
Ancestry-specific rewiring of BCR-MAPK signaling in sarcoidosis B cells
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示结节病B细胞中依赖祖先背景的BCR-MAPK信号通路重塑 首次发现结节病B细胞存在祖先特异性(非裔与欧裔)的即早反应改变和MAPK信号通路重塑,且其转录模式与SLE相反,提示不同的免疫应答机制 摘要中未明确说明样本量以外的技术局限,也未提及验证实验或功能研究 探究B细胞在结节病发病机制中的作用及不同祖先背景下的免疫应答差异 非裔和欧裔健康对照者、结节病患者及系统性红斑狼疮患者的PBMC 单细胞转录组学 结节病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 135例样本,包括48例健康对照、59例结节病患者和28例SLE患者 NA single-cell RNA-seq NA NA
498 2026-10-24
Generative AI-assisted Bayesian-frequentist Hybrid Inference in Single-cell RNA Sequencing Analysis for Genes Associated with Alzheimer's Disease
2026-Apr-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 提出了一种AI辅助的贝叶斯-频率混合推断框架,利用大语言模型ChatGPT-4o为每个基因生成信息先验,结合Yuan(2009)的混合推断理论,应用于阿尔茨海默病单细胞RNA测序数据分析 首次将大语言模型(ChatGPT-4o)用于全基因组水平的先验知识提取,通过标准化提示词评估基因与疾病的证据强度并映射为信息正态先验,与频率派混合推断理论结合,实现了可扩展的贝叶斯分析 框架依赖大语言模型评估基因-疾病关联的可靠性,可能存在偏差;仅在阿尔茨海默病ROSMAP队列上验证,需在更多疾病和组学平台中评估通用性 解决贝叶斯推断在高维组学研究中因先验获取成本过高而难以应用的问题,提出可扩展的AI辅助贝叶斯-频率混合推断方法 阿尔茨海默病相关基因及ROSMAP队列的单细胞RNA测序数据 机器学习, 生物信息学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 大语言模型, 线性模型 文本, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
499 2026-10-24
Plectin promotes an aggressive phenotype and represses cytotoxic T cell activity in pancreatic cancer
2026-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文揭示胰腺癌中细胞连接蛋白网蛋白(plectin)通过抑制细胞毒性T细胞活性促进侵袭性表型,并验证抗CSP单克隆抗体可恢复抗肿瘤免疫 首次发现网蛋白(PLEC)是胰腺癌T细胞抑制性肿瘤微环境的新型调控因子,并证明靶向细胞表面网蛋白(CSP)的单克隆抗体可在体内恢复抗肿瘤免疫、抑制肿瘤生长 研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型的功能验证,尚缺乏人体临床试验数据;抗CSP单抗的长期安全性和疗效仍需进一步评估 阐明网蛋白在胰腺癌T细胞抑制性肿瘤微环境中的调控机制,并评估靶向细胞表面网蛋白作为治疗策略的可行性 胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤样本及两种小鼠PDAC模型 肿瘤免疫学 胰腺癌 bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、生物信息学分析、免疫浸润分析、GSEA、免疫去卷积分析 NA 文本(基因表达数据)、图像(NA) TCGA-PAAD数据集肿瘤样本,229例PDAC患者的单细胞RNA-seq数据,两种小鼠PDAC模型 NA bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq NA NA
500 2026-10-24
Folate receptor beta drives NLRP3 inflammasome activation and pyroptosis in macrophages independent of folate binding
2026-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 本文揭示了叶酸受体β(FRβ,由FOLR2编码)以不依赖叶酸的方式调控巨噬细胞中NLRP3炎症小体激活和细胞焦亡 首次发现FRβ是NLRP3炎症小体的新型调控因子,且其功能独立于叶酸结合,可能通过调控DNA甲基化、基因转录和钾离子外流发挥作用 研究主要基于THP-1巨噬细胞系,缺乏原代巨噬细胞或体内实验验证;具体分子机制(FRβ如何影响钾通道表达和DNA甲基化)尚未完全阐明 探究FRβ在巨噬细胞先天免疫信号传导中的功能,特别是对NLRP3炎症小体激活和细胞焦亡的调控作用 人THP-1巨噬细胞(野生型及FOLR2敲除型) 免疫学 自身免疫性疾病 CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、全基因组甲基化测序 NA 文本(基因表达数据)、图像(甲基化图谱数据) NA NA 单细胞RNA-seq、全基因组甲基化测序 NA NA
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