单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-15	Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis 2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00507-z PMID:40113778	研究论文	本文提出了一种名为spline-DV的统计框架，用于通过单细胞RNA测序数据（scRNA-seq）进行差异变异性（DV）分析，以探索细胞间变异性及其功能意义	spline-DV方法专注于分析单细胞基因表达数据的变异性，而不仅仅是平均表达，从而提供了对细胞系统的更深入理解	NA	开发一种新的统计方法来评估单细胞RNA测序数据中的变异性，以更好地理解细胞功能和状态	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	肥胖、纤维化、癌症	scRNA-seq	spline-DV	基因表达数据	NA
462	2025-05-15	RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93901-w PMID:40113900	研究论文	本研究首次通过整合生物信息学方法探索了m7G RNA甲基化调节因子在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的联合作用	首次发现METTL1-CAT轴在COPD中作为m7G甲基化的关键靶点，并鉴定出7个与临床指标相关的疾病特征基因	研究结果需要进一步的实验验证，样本量未明确说明	探究m7G RNA甲基化调节因子在COPD发病机制中的作用	慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、免疫浸润分析、qRT-PCR、GSEA	机器学习算法	基因表达数据	NA
463	2025-05-15	Cancer‑associated fibroblasts: a pivotal regulator of tumor microenvironment in the context of radiotherapy 2025-Mar-20, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02138-7 PMID:40114180	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在放疗背景下对肿瘤微环境的调控作用	详细探讨了CAFs在放疗后的表型和功能变化及其对肿瘤进展和免疫微环境的影响	放疗对CAFs的影响以及受辐射CAFs对肿瘤进展和TME的具体作用尚未明确	探讨CAFs在放疗背景下的作用及其对肿瘤微环境的调控	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其与肿瘤细胞和免疫细胞的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
464	2025-05-15	Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06369-7 PMID:40114207	research paper	开发一种基于瘤内微生物组和影像组学的融合模型，用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的病理完全缓解	首次结合瘤内微生物组特征和影像组学特征构建预测模型，并验证其在预测治疗效果方面的优越性	样本量相对有限（124例患者），需要更大规模的研究进一步验证	开发预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物	三阴性乳腺癌患者	digital pathology	triple-negative breast cancer	16S rDNA测序、单细胞RNA测序、MRI影像组学分析	fusion radiomics model	微生物组数据、单细胞RNA测序数据、MRI影像数据	124例患者（88例训练集，36例验证集）
465	2025-05-15	Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04014-2 PMID:40105941	研究论文	通过单细胞RNA测序分析新辅助化学免疫治疗对口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境的影响，以优化治疗策略	首次通过单细胞测序揭示口腔鳞状细胞癌对新辅助化学免疫治疗反应的肿瘤微环境特征，并识别出与治疗效果相关的特定细胞亚群和信号通路	样本量较小（仅4名患者），需要更大规模研究验证发现	优化口腔鳞状细胞癌的新辅助治疗策略	口腔鳞状细胞癌患者肿瘤组织和转移淋巴结	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	4名患者的活检组织、原发肿瘤、匹配转移淋巴结和正常淋巴结样本
466	2025-05-15	CHI3L1: a key driver in gastritis-to-cancer transformation 2025-Mar-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06352-2 PMID:40108688	research paper	该研究通过机器学习模型识别了胃炎向胃癌转变过程中的关键驱动基因CHI3L1，并验证了其在胃癌发生中的作用机制	首次将CHI3L1确定为胃炎向胃癌转变的核心驱动基因，并阐明其通过激活CD44-β-catenin通路促进恶性转化的新机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多临床样本验证CHI3L1的诊断价值	阐明胃癌发生的分子机制并寻找早期诊断生物标志物	胃炎向胃癌转变过程中的关键基因	digital pathology	gastric cancer	machine learning, single-cell RNA sequencing, multiplex immunohistochemistry	machine learning model	genomic data, tissue microarray, cell model data	未明确说明样本数量（包含组织芯片、大鼠模型、细胞和类器官模型）
467	2025-05-15	Screening and analysis of programmed cell death related genes and targeted drugs in sepsis 2025-Mar-19, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00403-w PMID:40108736	研究论文	本研究利用生物信息学技术识别与程序性细胞死亡相关的诊断基因，并探索脓毒症治疗的潜在药物	识别了五个与脓毒症中程序性细胞死亡相关的关键基因（IRAK3、S100A9、TXN、NFATC2和GSTO1），并预测了七种候选药物	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索脓毒症中程序性细胞死亡相关基因及其潜在治疗药物	脓毒症患者的基因表达谱	生物信息学	脓毒症	WGCNA、GO、KEGG、LASSO、RF、单细胞RNA测序、CIBERSORT、DGIdb、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
468	2025-05-15	SPARROW reveals microenvironment-zone-specific cell states in healthy and diseased tissues 2025-Mar-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101235 PMID:40112778	research paper	SPARROW是一种计算框架，用于在健康和患病组织中联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类	SPARROW通过联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类，解决了当前分析工具将细胞类型推断和细胞邻域识别作为分离和硬聚类过程的限制	NA	提供一个跨尺度、样本和条件的组织特征全面表征的计算框架	人类和小鼠组织中的细胞状态和微环境区域	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data, scRNA-seq data	human and mouse tissues
469	2025-05-15	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	分子水平定义了人类脂肪组织中的祖细胞群，并测试了人类壁细胞的脂肪生成潜力	NA	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群并测试其脂肪生成潜力	人类脂肪组织中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类脂肪组织（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
470	2025-05-15	Mediation of macrophage M1 polarization dynamics change by ubiquitin-autophagy-pathway regulated NLRP3 inflammasomes in PD-1 inhibitor-related myocardial inflammatory injury 2025-Mar-18, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01979-1 PMID:40097836	研究论文	探讨免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心肌炎症损伤的机制及潜在治疗方法	揭示了PD-1抑制剂通过STAT1/NF-κB/NLRP3信号通路激活M1型巨噬细胞极化，以及泛素-自噬途径调控NLRP3炎症小体的动态变化	研究样本量有限，且机制研究主要依赖动物和细胞模型	阐明ICIs引起心肌炎症损伤的病理机制并探索治疗策略	肺癌患者及动物和细胞模型	医学研究	肺癌与心肌炎	单细胞测序（scRNA-seq）	动物模型和细胞模型	临床数据和实验数据	肺癌患者及实验动物和细胞
471	2025-05-15	Spatial transcriptomics in the adult Drosophila brain and body 2025-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92618 PMID:40100257	研究论文	该研究利用空间转录组学技术在成年果蝇大脑和身体中定位了150种mRNA的位置，并开发了一套计算工具以整合空间转录组学和单细胞数据集	首次在成年果蝇中应用空间转录组学技术定位mRNA空间位置，并开发了相关计算工具	单核测序导致细胞空间位置信息和mRNA亚细胞定位信息丢失	解决Fly Cell Atlas中未完全表征的细胞簇空间定位问题	成年果蝇大脑和身体组织	空间转录组学	NA	空间转录组学、单核测序	NA	mRNA空间定位数据	成年果蝇全头和身体组织
472	2025-05-15	Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer 2025-Mar-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13901-x PMID:40102789	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了宫颈癌中CD8+T细胞的异质性，并构建了一个预后风险模型	首次在宫颈癌微环境中对CD8+T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络及细胞间通讯进行了全面表征，并基于CD8+T细胞相关基因构建了预后风险模型	研究样本量有限，且未在更大规模的独立队列中验证预后模型的普适性	探究宫颈癌微环境中CD8+T细胞的异质性及其功能多样性，并开发预后风险模型	宫颈癌微环境中的CD8+T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	转录组数据	整合了TCGA和GEO数据库的批量转录组数据及宫颈癌肿瘤样本的单细胞RNA测序数据
473	2025-05-15	Increased melanin induces aberrant keratinocyte - melanocyte - basal - fibroblast cell communication and fibrogenesis by inducing iron overload and ferroptosis resistance in keloids 2025-Mar-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02116-z PMID:40102920	research paper	本研究探讨了黑色素在促进瘢痕疙瘩纤维化中的作用及其机制，并评估了干预黑色素在治疗瘢痕疙瘩中的潜在治疗效果	揭示了黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡促进成纤维细胞纤维化的新机制，并提出了降低黑色素作为瘢痕疙瘩治疗新靶点的策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究黑色素在瘢痕疙瘩纤维化中的作用及其分子机制	瘢痕疙瘩患者的黑色素细胞、成纤维细胞和皮肤组织	皮肤病理学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Masson-Fontana染色、批量测序(bulk-seq)、Perl's染色	NA	RNA测序数据、染色图像、细胞活性数据	瘢痕疙瘩患者的原代成纤维细胞和皮肤组织，以及人源瘢痕疙瘩裸鼠模型
474	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the heterogeneity and intercellular communication of cancer-associated fibroblasts in gastric cancer 2025-Mar-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06376-8 PMID:40102930	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性和细胞间通讯	首次全面描述了胃癌中CAFs的异质性，并揭示了CAFs与恶性上皮细胞之间的复杂细胞间通讯网络	样本量相对较小（24例胃癌样本），可能限制结果的普遍性	深入了解胃癌肿瘤微环境中CAFs的特征和功能，为开发新的治疗策略提供依据	胃癌组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞（ECs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，多色免疫组化	CellChat（细胞间通讯分析工具），Seurat（单细胞数据分析工具）	单细胞测序数据，空间转录组数据，免疫组化图像数据	24例胃癌样本
475	2025-05-15	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	research paper	该研究通过单细胞测序和空间转录组学分析了22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本，探讨了肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	揭示了免疫化疗响应者中SELP高内皮小静脉和APOD肌纤维母细胞性癌症相关成纤维细胞的显著上调，以及STMN1毛细血管内皮细胞的下降，这些变化在免疫化疗组中具有特异性	样本量较小，仅包括22名患者，可能影响结果的普遍性	探讨肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本	digital pathology	oral squamous cell carcinoma	single-cell sequencing, spatial transcriptomics	NA	genomic data, spatial transcriptomic data	22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本
476	2025-05-15	BET inhibitor in combination with BCG vaccine enhances antitumor efficacy and orchestrates T cell reprogramming for melanoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101995 PMID:40107246	研究论文	该研究探讨了BET抑制剂NHWD-870与BCG疫苗联合治疗黑色素瘤的效果及其对T细胞重编程的影响	首次展示了NHWD-870与BCG疫苗联合使用在黑色素瘤治疗中的协同效应，并揭示了其对T细胞免疫激活状态的重编程作用	研究主要基于小鼠模型和PDX模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发更有效的黑色素瘤免疫治疗策略	黑色素瘤	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞转录组分析、PDX模型	人源化PDX小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了人源化荷瘤小鼠模型
477	2025-05-15	Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.399 PMID:40116022	研究论文	本研究通过单细胞测序分析揭示了m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用	首次揭示了YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新角色，并发现其通过识别m6A修饰的TULP1和DHX38 mRNA增强翻译效率的新调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜中验证	探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的作用机制	小鼠视网膜细胞	分子生物学	视网膜变性	单细胞RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、RIP测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
478	2025-05-15	Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.335 PMID:40116025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的细胞进行了转录组分析，鉴定出29种细胞类型，并揭示了近端小管细胞、厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	首次构建了猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱，揭示了近端小管细胞代谢相关转录因子的高表达，以及厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	研究仅基于12个猪肾脏样本，样本量相对较小，且未探讨不同生理状态下细胞功能变化的分子机制	构建猪肾脏的单细胞转录组图谱，研究不同生理时期和解剖部位的细胞异质性	猪肾脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	12个猪肾脏样本，共138,469个细胞
479	2025-05-15	Targeting HIF-2α in glioblastoma reshapes the immune infiltrate and enhances response to immune checkpoint blockade 2025-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05642-8 PMID:40095115	研究论文	该研究探讨了在胶质母细胞瘤中靶向HIF-2α如何重塑免疫浸润并增强对免疫检查点阻断的反应	研究发现HIF-2α抑制剂PT2385能够改变肿瘤微环境的免疫抑制状态，并与免疫检查点阻断疗法协同作用，显著提高生存率	研究仅在免疫活性GL261小鼠胶质母细胞瘤模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索HIF-2α在胶质母细胞瘤免疫抑制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	GL261小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	免疫活性GL261小鼠模型
480	2025-05-15	Transcriptional heterogeneity shapes stress-adaptive responses in yeast 2025-Mar-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57911-6 PMID:40097446	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了酵母在渗透适应过程中的转录动态，揭示了转录异质性在应激适应性反应中的作用	揭示了渗透应激诱导的转录组异质性的分子机制及其对细胞适应性决策的影响，并通过300多个RNA条形码缺失突变体的转录分析，确定了影响转录异质性的遗传因素	研究仅针对酵母的渗透应激反应，可能不适用于其他生物或应激类型	探究酵母在应激条件下的转录异质性及其对细胞适应性反应的影响	酵母细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	300多个RNA条形码缺失突变体