单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-07-20	EasyCellType: marker-based cell-type annotation by automatically querying multiple databases 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad029 PMID:36998720	研究论文	开发了一个名为EasyCellType的用户友好计算工具，用于自动比对输入标记列表与数据库，并提供图形化注释推荐	提出了一个自动化方法，结合两种统计测试（基因集富集分析和改进的Fisher精确检验），并支持自定义数据库和组织类型选择	未提及具体性能比较或在大规模数据集上的验证	简化单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释过程	单细胞RNA测序数据中的细胞标记	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未提及具体样本数量
462	2025-07-20	Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854 PMID:36595885	研究论文	本文描述了处理和冷冻保存人类输尿管组织以进行单细胞和空间转录组学测定的优化协议	优化了从输尿管组织生成、冷冻保存和解冻单细胞悬浮液的协议，以及用于空间基因表达平台的冷冻保存协议	需要参考其他文献以获取完整的协议执行细节	为单细胞RNA测序和空间转录组学提供优化的组织处理和冷冻保存方法	人类输尿管组织	生物医学工程	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
463	2025-07-20	Single-cell transcriptional profiling reveals heterogeneity and developmental trajectories of Ewing sarcoma 2022-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04073-3 PMID:35713707	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示尤文肉瘤的异质性和发育轨迹	首次在单细胞分辨率上预测尤文肉瘤肿瘤细胞的起源，并模拟神经嵴细胞谱系分化的过程	样本量较小（仅4个尤文肉瘤组织样本），可能影响结果的普遍性	探究尤文肉瘤的异质性、发育轨迹及其潜在治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤细胞	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序	K-最近邻算法, Monocle2包	RNA测序数据	4个尤文肉瘤肿瘤组织样本
464	2025-07-20	Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4 2022-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007 PMID:36347256	research paper	该研究通过小鼠遗传学和单细胞RNA测序技术，揭示了Bmp2和CXCL12/CXCR4信号在心脏发育和再生过程中对心内膜向冠状动脉分化的调控作用	发现了Bmp2和CXCL12/CXCR4信号在心脏发育和再生过程中的新作用，为心脏损伤后的血管再生提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索心脏发育和再生过程中心内膜向冠状动脉分化的分子机制	小鼠心内膜细胞和冠状动脉内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 小鼠遗传学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个发育阶段的小鼠心脏组织
465	2025-07-20	A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine 2022-11-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641 PMID:36384107	research paper	研究高脂饮食对肠道上皮细胞的快速适应反应	揭示了高脂饮食在短时间内对肠道上皮细胞的转录组和生理指标的快速影响	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探讨饮食改变对肠道上皮细胞的即时响应机制	小鼠肠道上皮细胞	生理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
466	2025-07-20	ClampFISH 2.0 enables rapid, scalable amplified RNA detection in situ 2022-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01653-6 PMID:36280724	research paper	介绍了一种名为clampFISH 2.0的新方法，用于原位快速、可扩展的RNA检测	采用倒置的padlock设计，能够高效检测多种RNA并同时指数级放大信号，同时减少了时间和成本	未明确提及具体限制	开发一种高效、低成本的原位RNA检测方法	RNA分子	分子生物学	NA	clampFISH 2.0	NA	RNA检测数据	超过100万个细胞
467	2025-07-20	Single-cell transcriptome highlights a multilayer regulatory network on an invasive trajectory within colorectal cancer progression 2022-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04020-2 PMID:35523976	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了结直肠癌进展中从癌症干细胞到侵袭性细胞的多层调控网络	构建了癌症干细胞到侵袭性细胞的转化路径（'stem-to-invasion path'）并揭示了多层调控网络，同时发现了一种新的组合生物标志物用于评估结直肠癌患者的预后	研究结果需要在更大规模的独立数据集中进一步验证	探索结直肠癌中癌症干细胞向侵袭性细胞转化的过程及其调控机制	结直肠癌中的癌症干细胞和侵袭性细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、生物信息学方法（聚类、伪时间分析、基因集变异分析、基因本体富集分析）	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了独立的验证数据集
468	2025-07-20	The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: insights from single-cell RNA sequencing 2022-Aug, International journal of hematology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s12185-022-03406-9 PMID:35759181	综述	本文综述了早期红细胞祖细胞CFU-e向终末分化ETD转变的调控机制，重点探讨了单细胞RNA测序和流式细胞术研究的最新发现	揭示了CFU-e/ETD转变是一个快速的S期依赖性转录开关，并发现细胞周期速度和S期缩短在细胞命运决定中的新发育作用	主要基于已有研究的综述，缺乏新的实验数据验证	探讨红细胞谱系发育过程中特化细胞周期的调控机制	早期红细胞祖细胞CFU-e及其向终末分化ETD的转变过程	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	NA
469	2025-07-20	α Cell dysfunction in islets from nondiabetic, glutamic acid decarboxylase autoantibody-positive individuals 2022-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156243 PMID:35642629	研究论文	本研究探讨了非糖尿病但谷氨酸脱羧酶自身抗体阳性（GADA+）个体胰岛中α细胞功能异常的现象	发现α细胞功能异常在胰岛自身免疫早期阶段即已存在，而此时β细胞质量仍正常	样本量有限，且仅针对GADA+个体进行研究	探究早期胰岛自身免疫阶段α细胞功能异常的作用	非糖尿病GADA+和1型糖尿病（T1D）捐赠者的胰岛	糖尿病研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	分子和细胞水平数据	GADA+和T1D捐赠者的胰岛样本
470	2025-07-20	Generation of human islet cell type-specific identity genesets 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29588-8 PMID:35440614	研究论文	通过单细胞转录组学元分析，鉴定人类胰岛α、β、γ和δ细胞的身份基因集	构建了比以往更准确描述胰岛细胞身份的基因集，并展示了其在追踪细胞身份变化和揭示遗传机制方面的有效性	未提及具体样本量或实验验证的局限性	开发可靠的胰岛细胞身份评估工具，以支持基于细胞的糖尿病治疗研究	人类胰岛α、β、γ和δ细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞转录组学元分析	NA	转录组数据	NA
471	2025-07-20	NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI 2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac108 PMID:35176143	研究论文	介绍了一个基于神经网络的单细胞RNA测序数据注释工具NeuCA web server，提供网页应用和图形用户界面	首个基于神经网络架构的网页应用工具，提供20多种预训练分类器用于常见组织类型	未提及具体性能比较或适用范围限制	开发自动标注单细胞RNA测序数据的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本量
472	2025-07-20	Single-cell transcriptomic landscapes of a rare human laryngeal chondrosarcoma 2022-Apr, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-021-03883-1 PMID:34931260	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究罕见人类喉软骨肉瘤的细胞类型组成和分子机制	首次系统研究了喉软骨肉瘤的细胞类型组成和分子机制，并发现SLAMF9基因在非免疫细胞中的特异性表达	样本量较小，仅基于一名74岁男性患者的肿瘤组织	解析喉软骨肉瘤的肿瘤异质性和肿瘤微环境组成的潜在机制	一名74岁男性患者的喉软骨肉瘤及其癌旁软骨组织	数字病理学	喉软骨肉瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	5455个单细胞
473	2025-07-20	Mechanotherapy Reprograms Aged Muscle Stromal Cells to Remodel the Extracellular Matrix during Recovery from Disuse 2022, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqac015 PMID:35434632	研究论文	该研究探讨了机械疗法在老年肌肉恢复期间如何通过重编程肌肉基质细胞来重塑细胞外基质（ECM）	揭示了机械疗法在老年肌肉恢复期间通过调节免疫反应促进ECM重塑的新机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究机械疗法是否能在老年肌肉废用性萎缩恢复期间促进ECM重塑	成年和老年大鼠的腓肠肌	肌肉生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），同位素示踪，组织学评分	NA	基因表达数据，组织学图像	成年和老年大鼠的腓肠肌样本
474	2025-07-20	IFN-γ transforms the transcriptomic landscape and triggers myeloid cell hyperresponsiveness to cause lethal lung injury 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1011132 PMID:36203588	研究论文	该研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了IFN-γ受体信号在流感与MRSA共感染引起的炎症性肺损伤中的作用机制	首次证明IFN-γ信号通过上调髓系细胞（特别是CD11c单核吞噬细胞）的炎症基因表达，导致TNF-α过度产生和致死性肺损伤	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明ARDS发病初期IFN-γ信号通路的分子机制	流感与MRSA共感染的小鼠模型及气道免疫细胞	免疫学	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
475	2025-07-20	Longitudinal Analysis of Biologic Correlates of COVID-19 Resolution: Case Report 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.915367 PMID:35783607	研究论文	本文报告了一例因恢复期血浆输注而完全缓解的重症COVID-19病例，并通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了与疾病缓解相关的关键生物学过程	首次通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了COVID-19缓解过程中的关键生物学动态，特别是发现了特定单核细胞亚群的消失与疾病缓解相关	仅为单病例报告，结果需要更大样本量验证	研究COVID-19缓解过程中的生物学相关因素	重症COVID-19患者	生物医学	COVID-19	蛋白质组学分析，单细胞转录组学	NA	血浆蛋白质组数据，外周血单细胞转录组数据	1例重症COVID-19患者
476	2025-07-20	Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.837842 PMID:35392082	研究论文	研究发现循环B细胞通过同时表达多种TNF超家族配体介导先天抗肿瘤细胞毒性	首次揭示B细胞通过表达多种TNF超家族配体参与先天抗肿瘤免疫机制	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证B细胞的抗肿瘤效果	探究B细胞在先天抗肿瘤免疫中的作用机制	人类外周血B细胞及多种白血病和实体瘤细胞	免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	健康个体和头颈鳞癌患者的B细胞样本
477	2025-07-20	Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets 2022-01, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025 PMID:34871816	研究论文	开发了一个增强的单细胞RNA测序工作流程，用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点	结合了自动细胞标记、伪时间排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的即用型工作流程，并开发了交互式网络应用PlaqView	工作流程主要基于已有的冠状动脉单细胞数据集，未来需要扩展到更多疾病和发育系统	研究冠状动脉疾病的细胞微环境和潜在治疗方法	人类冠状动脉单细胞数据集	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据	基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集
478	2025-07-20	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	research paper	该研究通过小鼠模型揭示了CCR2信号在限制SARS-CoV-2感染中的作用	首次在小鼠模型中证实CCR2信号通过促进单核细胞浸润肺部来限制SARS-CoV-2病毒载量	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	阐明COVID-19期间先天免疫机制对病毒的控制作用	SARS-CoV-2病毒感染的小鼠模型	免疫学	COVID-19	scRNA-Seq，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，流式细胞数据	未明确说明小鼠数量
479	2025-07-20	NK and CD8+ T cell phenotypes predict onset and control of CMV viremia after kidney transplant 2021-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.153175 PMID:34609965	研究论文	该研究通过分析肾移植受者的免疫反应，探讨了NK细胞和CD8+ T细胞表型对CMV病毒血症发作和控制的预测作用	发现了IL-15水平升高与未成熟CD56bright NK细胞扩增在病毒血症前的关联，以及成熟CD56dim NK细胞和CD28-CD8+ T细胞在病毒血症后的扩增	样本量较小（31名肾移植受者），且研究仅针对肾移植受者，结果可能不适用于其他类型的器官移植	探讨CMV病毒血症在肾移植受者中的免疫机制及其对移植结果的影响	31名肾移植受者（包括CMV病毒血症患者和匹配的非病毒血症患者）	免疫学	CMV感染	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, Luminex	NA	转录组数据, 蛋白质数据	31名肾移植受者
480	2025-07-20	Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes 2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021 PMID:34217893	研究论文	本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSCs和iHeps中的Z突变，减少错误折叠蛋白积累及其毒性	首次在AATD患者iPSCs和iHeps中应用腺嘌呤碱基编辑器纠正Z突变，并证实其减少错误折叠蛋白积累和ER应激的效果	未提及长期安全性和体内治疗效果评估	探索碱基编辑技术在纠正AATD致病突变中的可行性和效果	AATD患者来源的iPSCs和iPSC分化的肝细胞(iHeps)	基因编辑	α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AATD)	腺嘌呤碱基编辑(ABE), 单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	患者来源的iPSCs及其分化的肝细胞