单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
4641	2026-01-03	Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis 2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.15494 PMID:39592394	研究论文	本研究利用Visium空间转录组学和蛋白质组学技术，识别了酒精性肝炎中的新型肝细胞群及其转录组和蛋白质组变化	首次结合空间转录组学和蛋白质组学分析人类酒精性肝炎，揭示了细胞类型、转录组和蛋白质组的全局性改变，并识别了疾病相关肝细胞的基因和蛋白质特征	样本量较小（仅2例AH患者和2例非ALD对照），可能限制结果的普遍性和统计效力	研究酒精性肝炎的细胞群和分子变化，以识别新型治疗靶点	人类酒精性肝炎患者的肝组织样本	数字病理学	酒精性肝炎	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	空间转录组数据，空间蛋白质组数据	4例样本（2例AH患者，2例非ALD对照）	10x Genomics	空间转录组学，空间蛋白质组学	10x Visium	10x Visium FFPE（用于福尔马林固定石蜡包埋组织）
4642	2026-01-03	Inhibition of A2AR alleviates adenosine-mediated suppression of plasma cell differentiation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1702402 PMID:41472728	研究论文	本研究探讨了A2AR在腺苷介导的B细胞向抗体分泌细胞分化抑制中的作用，并评估了A2AR拮抗剂inupadenant的逆转效果	首次通过空间转录组学分析揭示inupadenant治疗患者肿瘤活检中抗体分泌细胞在三级淋巴结构中特异性增加	样本量较小（10个肿瘤样本用于质谱成像，5名患者用于体内评估），且主要基于体外和临床前模型	研究A2AR对人类B细胞在肿瘤微环境中分化的影响	人类B细胞、浆细胞、肿瘤浸润免疫细胞、扁桃体和肿瘤相关B细胞	免疫学	癌症	定量质谱成像、GeoMx分析、免疫组化、多重免疫荧光、scRNA-seq、流式细胞术、LegendPLEX、Visium空间转录组学	NA	图像、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	10个肿瘤样本用于质谱成像，5名癌症患者肿瘤活检用于体内评估	10x Genomics	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	10x Visium	Visium空间转录组学平台用于肿瘤活检分析
4643	2026-01-03	EGR3 as a dual tumor-immune regulator: a machine learning-driven prognostic target for cold breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1627133 PMID:41472745	研究论文	本研究通过整合多组学方法和机器学习，识别并验证了EGR3作为乳腺癌预后标志物和免疫调节靶点	利用机器学习优化的3基因预后模型，并首次验证EGR3在肿瘤抑制和免疫调节中的双重功能	研究基于多个公共数据集，可能受数据异质性影响，且需进一步临床验证	识别乳腺癌的关键分子驱动因子并验证其临床相关性	乳腺癌患者的多组学数据及临床样本	机器学习	乳腺癌	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	StepCox-Random Survival Forest	基因表达数据、临床数据	TCGA、GEO（GSE42568、GSE9893、GSE7390）和METABRIC数据集中的多个队列	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
4644	2026-01-03	The Neuroimmune Axis in Atopic Dermatitis: From Pathogenic Mechanisms to Targeted Neuroimmunotherapy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S578036 PMID:41473600	综述	本文综述了神经免疫轴在特应性皮炎发病机制中的核心作用，并探讨了基于该机制的靶向神经免疫疗法	将神经免疫轴置于AD发病机制的核心位置，系统整合了从分子机制到多组学、系统生物学方法的最新发现，并强调了生物标志物指导下的精准治疗策略	文中提到的生物标志物和新型疗法的临床验证、长期安全性、可及性以及在多样化患者群体中的实施仍面临挑战	阐明特应性皮炎的神经免疫发病机制，并探索基于该机制的精准诊断和靶向治疗策略	特应性皮炎	NA	特应性皮炎	单细胞转录组学、空间转录组学、神经影像学、微生物组分析	NA	多组学数据、神经影像数据、微生物组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
4645	2026-01-03	DIAPH3 is upregulated in high-grade gliomas and linked to chromosomal instability 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf233 PMID:41473744	研究论文	本研究探讨了DIAPH3在胶质瘤中的表达及其与染色体不稳定性的关联	首次在临床胶质瘤样本中确认DIAPH3在高级别胶质瘤中特异性上调，并验证其与染色体不稳定性及不良预后的关联	DIAPH3的预后价值未超越WHO CNS5胶质瘤分类，且研究主要依赖公开数据集和细胞系实验	研究DIAPH3在胶质瘤中的表达模式及其对染色体稳定性的影响	胶质瘤样本（包括低级别和高级别）及胶质母细胞瘤细胞系	癌症生物学	胶质瘤	RNA-seq	NA	基因表达数据	来自公开数据集的胶质瘤样本及胶质母细胞瘤细胞系	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4646	2026-01-03	Deciphering the immune landscape of head and neck squamous cell carcinoma: A single-cell transcriptomic analysis of regulatory T cell responses to PD-1 blockade therapy 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0295863 PMID:38096229	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了PD-1阻断疗法（Nivolumab）对头颈鳞状细胞癌中调节性T细胞（Treg）的影响	首次在单细胞水平上揭示了Nivolumab治疗后HNSCC肿瘤微环境中Treg数量增加、抑制活性增强的机制，并识别了CD44-SSP1轴、NKG2C/D-HLA-E轴及KRAS信号通路等关键变化	样本量较小（仅4名供体的8个组织），且为观察性研究，需进一步验证机制	研究PD-1阻断疗法如何影响HNSCC肿瘤微环境中的Treg细胞	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤组织	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	4名HNSCC供体的8个组织（治疗前后配对样本）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4647	2026-01-02	Single-Cell RNA Sequencing of Murine Limbal Epithelia Reveals Gas1 as a Novel Stem/Progenitor Cell Marker for the Corneal Epithelium 2026-Feb-01, Cornea IF:1.9Q2 DOI:10.1097/ICO.0000000000003938 PMID:40704715	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠角膜缘上皮中Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新标记物	首次将Gas1鉴定为角膜缘上皮干细胞/祖细胞的统一表面标记物，并验证其在年轻和年老小鼠中的表达及损伤后的上调	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证Gas1的标记功能	识别角膜缘上皮干细胞/祖细胞的特定标记物，以促进角膜疾病的细胞治疗	小鼠角膜缘上皮细胞	数字病理学	角膜疾病	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, PCR	NA	转录组数据, 图像数据	5至60周龄的小鼠	NA	单细胞RNA-seq	SmartSeq-2	SmartSeq-2单细胞转录组学技术
4648	2026-01-02	Meningioma cell reprogramming and microenvironment interactions underlie brain invasion 2025-Dec-31, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf292 PMID:41476144	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了脑膜瘤脑侵袭的分子机制，包括肿瘤细胞重编程与微环境相互作用	首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据，结合功能实验验证脑膜瘤脑侵袭界面的关键分子特征和细胞间通讯	样本量相对有限（特别是脑侵袭肿瘤仅33例），功能机制研究仍需进一步深入验证	探究脑膜瘤脑侵袭的分子和细胞机制	脑膜瘤患者肿瘤组织（包括肿瘤核心和脑-肿瘤界面）	数字病理学	脑膜瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光, 共培养实验	NA	转录组数据, 图像数据, 电生理数据	199例脑膜瘤（含33例脑侵袭肿瘤）的bulk RNA-seq数据，患者匹配的单细胞RNA-seq和空间转录组样本	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq	NA	NA
4649	2026-01-02	LAPTM5 drives omental metastasis in high-grade serous ovarian cancer via TGF-β/Smad-mediated epithelial plasticity 2025-Dec-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07319-z PMID:41462255	研究论文	本研究通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了LAPTM5在高级别浆液性卵巢癌网膜转移中的关键作用机制	首次发现LAPTM5作为转移相关上皮亚群的标志物，通过激活TGF-β/Smad信号通路驱动上皮可塑性和网膜转移	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本验证和机制深度有待进一步扩展	探究高级别浆液性卵巢癌网膜转移的分子机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞和组织样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、免疫荧光、qPCR、Western blot、Transwell迁移/侵袭实验、伤口愈合实验、流式细胞术、单核苷酸变异（SNV）和可变剪接（AS）分析	NA	单细胞RNA测序数据、基因表达数据、蛋白质表达数据	正常卵巢、原发性肿瘤和网膜转移组织的单细胞RNA测序数据，TCGA数据集，以及小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4650	2026-01-02	Single-cell and spatial transcriptome sequencing analysis reveals characteristics of a unique subpopulation in high-grade IDH-mutant astrocytoma 2025-Dec-29, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01139-5 PMID:41460424	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组测序技术，分析了高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个独特亚群的特征	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组测序以及TCGA和CGGA数据库，系统识别了高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个具有免疫抑制表型且富集于发育生物学和钙信号通路的独特肿瘤细胞亚群	未明确说明样本的具体数量，且研究主要基于测序数据分析，缺乏实验验证	识别高级别IDH突变型星形细胞瘤中独特肿瘤细胞亚群的特征，以期为治疗策略开发提供新见解	高级别（WHO 3-4级）和低级别（WHO 2级）IDH突变型星形细胞瘤样本	数字病理学	星形细胞瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组测序	NA	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
4651	2026-01-02	Geometry-preserving vector field reconstruction of high-dimensional cell-state dynamics using ddHodge 2025-Dec-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67782-6 PMID:41461643	研究论文	本文开发了一种基于Hodge分解的ddHodge框架，用于从稀疏高维单细胞RNA测序数据中精确重建细胞状态动力学的向量场，并揭示发育过程中的基因表达动态遵循由势能景观塑造的梯度系统	首次提出基于Hodge分解的ddHodge框架，能够从稀疏高维数据中准确恢复向量场的所有基本分量（梯度、旋度、散度），包括作为二阶导数的细胞状态加速度，并将方法扩展到在低维数据流形上近似高维基因表达动态	未明确说明方法在计算效率或处理超大规模数据集时的具体限制	开发计算框架以分析复杂生物系统中的细胞命运决定，特别是从单细胞RNA测序数据中重建细胞状态动力学	小鼠胚胎发生过程中的单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	Hodge分解框架	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4652	2026-01-02	Construction of an early diagnostic model for pulmonary hypertension based on aging-related signature genes and identification of potential therapeutic targets 2025-Dec-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-28921-7 PMID:41461777	研究论文	本研究基于衰老相关特征基因构建了肺动脉高压的早期诊断模型，并识别了潜在的治疗靶点	首次整合多个转录组数据集，结合三种机器学习算法筛选特征基因，构建了高精度的诊断列线图，并通过单细胞测序和体外模型验证了核心基因，同时利用cMAP分析和分子对接识别了潜在的多靶点治疗化合物	研究主要基于生物信息学分析和体外模型，缺乏体内实验和临床样本的直接验证，潜在治疗化合物的疗效尚未经过实验验证	开发肺动脉高压的早期诊断工具并寻找新的治疗靶点	肺动脉高压相关的衰老相关基因和潜在治疗小分子	生物信息学	肺动脉高压	转录组分析，单细胞RNA测序，qPCR，分子对接	LASSO回归，随机森林，支持向量机	基因表达数据	多个公共数据集（具体数量未明确说明），体外缺氧模型	NA	单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq	NA	NA
4653	2026-01-02	Robust subspace structure discovery for cell type identification in scRNA-seq data 2025-Dec-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06317-8 PMID:41462067	研究论文	本文提出了一种新颖的深度子空间聚类方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型	该方法采用鲁棒的自表示学习框架，并结合结构引导方法与最优传输算法的集成优化策略，以捕获更可靠的子空间结构，从而提升聚类过程的鲁棒性	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度子空间聚类	基因表达数据	18个真实单细胞RNA测序数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4654	2026-01-02	Single-cell RNA sequencing identifies PD-L1 + mesenchymal stem cells with enhanced immunomodulatory capacity and alleviated the degree of ectopic new bone formation in ankylosing spondylitis 2025-Dec-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04701-y PMID:41462465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定PD-L1阳性间充质干细胞，并评估其在强直性脊柱炎小鼠模型中的免疫调节和抑制病理性骨形成的作用	利用单细胞RNA测序识别PD-L1阳性间充质干细胞亚群，并首次系统评估其在强直性脊柱炎模型中的免疫调节和骨形成调控功能	研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；样本量有限（48只SKG小鼠）	评估PD-L1阳性间充质干细胞的免疫调节功能及其在强直性脊柱炎中抑制炎症和病理性骨形成的作用	PD-L1阳性间充质干细胞、SKG强直性脊柱炎小鼠模型	数字病理学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据、组织学图像、免疫组化数据	48只SKG小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4655	2026-01-02	Th17-like cells and immunosuppressive macrophages infiltrate tertiary lymphoid structures with distinct maturation status in soft-tissue sarcoma 2025-Dec-22, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-08376-4 PMID:41429763	研究论文	本研究通过整合免疫组织化学和转录组学分析，揭示了软组织肉瘤中三级淋巴结构的异质性及其与Th17样细胞和免疫抑制性M2样巨噬细胞空间分布的关系	首次在软组织肉瘤中系统描述了三级淋巴结构的异质性，并发现了Th17样细胞与M2样巨噬细胞在三级淋巴结构成熟过程中具有相反的空间分布模式和潜在功能作用	样本量相对较小（31例），且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性队列验证	探究软组织肉瘤中三级淋巴结构的形成机制、细胞组成及其在抗肿瘤免疫中的作用	软组织肉瘤患者肿瘤组织中的三级淋巴结构	数字病理学	软组织肉瘤	免疫组织化学、转录组学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	图像数据、转录组数据	31例初治软组织肉瘤标本，并利用5个公开数据集进行验证	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学, bulk RNA-seq	NA	NA
4656	2026-01-02	Unveiling the ZNF384-INTS13-hnRNPC axis as a therapeutic vulnerability in cervical cancer 2025-Dec-22, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-08374-6 PMID:41429980	研究论文	本研究揭示了INTS13在宫颈癌中的致癌作用，并确定了ZNF384-INTS13-hnRNPC信号轴作为潜在治疗靶点	首次全面阐明INTS13在宫颈癌进展中的关键角色，并发现了其上游调控因子ZNF384和下游效应分子hnRNPC，构建了新的信号轴	研究主要基于体外细胞实验和动物模型，缺乏临床干预试验验证，且信号轴的具体分子机制细节有待进一步探索	识别宫颈癌的新型治疗靶点，以克服当前治疗的局限性	宫颈癌组织、原发性人宫颈癌细胞、裸鼠异种移植模型	癌症生物学	宫颈癌	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因编辑、TCGA数据分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA的宫颈癌数据集、手术患者的宫颈癌组织、多种原发性宫颈癌细胞系	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4657	2026-01-02	Single-cell RNA sequencing identifies ZBP1-dependent mechanisms in OSCC progression 2025-Dec-22, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-08349-7 PMID:41430036	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了ZBP1通过调控CAFs中CCL7的表达，激活肿瘤细胞中的CCR1信号通路，从而促进口腔鳞状细胞癌进展的分子机制	首次在OSCC中系统阐明了ZBP1通过调控CAFs中的CCL7表达，激活CCR1信号轴，从而介导CAF-肿瘤细胞通讯并促进肿瘤进展的新机制	研究主要基于小鼠模型，其结论在人类OSCC中的普适性有待进一步验证；ZBP1调控CCL7表达的具体上游信号通路尚未完全阐明	探究Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中通过调控癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分子机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境中的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	单细胞组学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Transwell共培养系统，体内重组蛋白拯救和拮抗剂干预	NA	单细胞转录组数据	使用Zbp1基因敲除小鼠建立的MOC1原位移植和4NQO诱导的OSCC模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
4658	2026-01-02	Distinct immune cell dynamics associated with immune-related adverse events during combined chemoradiation and immune checkpoint inhibitor therapy 2025-Dec-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-67689-2 PMID:41430079	研究论文	本研究通过纵向单细胞多组学分析，揭示了局部晚期宫颈癌患者在接受放化疗联合免疫检查点抑制剂治疗期间，免疫相关不良事件（irAEs）发生时的独特免疫细胞动态变化	首次在局部晚期宫颈癌患者中，结合纵向单细胞多组学与空间转录组学分析，系统阐明了irAEs发生时的免疫细胞动态变化，并开发了预测模型和数据门户	研究样本可能有限，且机制探索仍需进一步验证	探究放化疗联合免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）的免疫机制	局部晚期宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	单细胞多组学分析，空间转录组学，免疫荧光分析	预测模型	单细胞多组学数据，空间转录组数据，图像数据	局部晚期宫颈癌患者队列	NA	单细胞多组学，空间转录组学	NA	NA
4659	2026-01-02	SLC25A39 identified as a key regulator of hepatocellular carcinoma progression through the mitochondrial ROS-cytochrome c-caspase signaling axis 2025-Dec-22, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00829-0 PMID:41430562	研究论文	本研究通过多组学分析发现SLC25A39是肝细胞癌进展的关键调控因子，通过线粒体ROS-细胞色素c-半胱天冬酶信号轴发挥作用	首次将SLC25A39鉴定为肝细胞癌进展的关键调控因子，并揭示了其通过线粒体ROS-细胞色素c-半胱天冬酶信号轴促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外细胞系和体内异种移植模型，缺乏临床样本的深入验证；机制研究虽深入，但未涉及SLC25A39上游调控网络	探索肝细胞癌的新型诊断和治疗靶点	肝细胞癌细胞系、异种移植模型及临床组织样本	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、蛋白质组学分析、线粒体功能测定	NA	多组学数据、细胞功能实验数据、动物模型数据	多个回顾性独立队列的临床组织样本、HCC细胞系及异种移植模型	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
4660	2026-01-02	Exploring the expression and prognostic roles of LAD1 in lung adenocarcinoma 2025-Dec-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-33277-z PMID:41423496	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，探索了LAD1在肺腺癌中的表达及其预后作用	首次在单细胞水平上识别LAD1在肺腺癌细胞亚群中的特异性表达，并构建了结合LAD1表达和临床参数的列线图模型	样本量相对较小（10例单细胞数据，36例组织样本），且功能验证仅在A549细胞系中进行	识别肺腺癌的新型生物标志物并理解其潜在机制	肺腺癌患者组织样本及A549细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，免疫组织化学染色，siRNA敲低，划痕愈合实验，Transwell实验	列线图模型	RNA测序数据，图像数据	10例肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据，36例肺腺癌患者的癌组织及癌旁组织样本	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA