单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 41935 篇文献，本页显示第 4641 - 4660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4641 | 2026-05-28 |
Collection and preprocessing of fine needle aspirate patient samples for single cell profiling and data analysis
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100581
PMID:34151301
|
研究论文 | 本文描述了对皮肤细针穿刺样本进行采集、预处理以用于单细胞RNA测序和数据分析的协议 | 提出了一种从细针穿刺样本中获取高质量单细胞测序数据的系统方法，包括活细胞生物库建立和预处理流程 | 未提及具体的局限性 | 建立细针穿刺样本的单细胞分析方法，实现临床样本中细胞异质性的高通量检测 | 皮肤细针穿刺样本中的单细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4642 | 2026-05-28 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
|
研究论文 | 通过构建多内胚层器官图谱和类器官模型，描绘人类发育过程中的细胞动态和分子机制 | 首次整合多器官单细胞转录组图谱与类器官模型，系统揭示呼吸和胃肠道内胚层器官发育的细胞状态、转录因子及间质-上皮互作，并利用图谱作为高维搜索空间评估类器官培养条件 | 未提及具体限制，可能包括样本数量有限、类器官模型无法完全模拟体内复杂环境等 | 利用单细胞图谱和类器官技术解析人类内胚层器官发育的细胞多样性和分子调控 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育中的人体呼吸和胃肠道内胚层器官样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 4643 | 2026-05-28 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
|
研究论文 | 通过自我组织生成人类胚胎模型（囊胚样结构），模拟自然囊胚的谱系分离 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层在3天内形成具有三种组织层的囊胚样结构，且单细胞转录组分析证实其高保真度模拟人类胚胎 | 未在摘要中提及模型在长期发育或植入后阶段的适用性及潜在局限性 | 建立可扩展的体外人类胚胎模型以研究早期谱系分离 | 人类原始多能细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确样本数量，但涉及多批次囊胚样结构 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4644 | 2026-05-28 |
Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing
2021-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf0787
PMID:34039601
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析生物合成支架周围微环境在小鼠皮肤伤口愈合中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序全面解析不同表面形貌的静电纺丝支架周围的免疫细胞异质性，并发现定向支架促进适应性免疫主导阶段、揭示T细胞调节毛囊再生的新机制 | 仅在小鼠和大鼠模型中验证，缺乏临床人体数据验证 | 研究生物材料表面形貌对伤口愈合和免疫调节特性的影响 | 小鼠和大鼠的背部皮肤全层伤口 | 数字病理学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和大鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序系统 |
| 4645 | 2026-05-28 |
In vitro characterization of the human segmentation clock
2020-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1885-9
PMID:31915384
|
研究论文 | 在体外表征人类分节时钟，发现人类前体节中胚层细胞再现分节时钟的振荡，且其周期是小鼠的两倍 | 首次在人类体外模型中鉴定出分节时钟的存在，并揭示其振荡周期比小鼠长两倍，同时发现FGF信号调控振荡的相位和周期，扩展了经典'时钟与波前'模型 | 研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全反映体内复杂环境；振荡机制的具体分子细节尚需进一步探索 | 验证人类是否存在与模式生物类似的分节时钟，并比较其与小鼠的差异 | 人类和小鼠的前体节中胚层体外分化细胞 | 数字病理学 | 脊椎分节缺陷所致疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠体外前体节中胚层细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 4646 | 2026-05-27 |
Granulocyte heterogeneity in immune-mediated and inflammatory diseases: Insights from single-cell transcriptomic analyses
2026-May-26, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxag026
PMID:42186818
|
综述 | 通过单细胞转录组分析揭示免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的最新进展与当前局限 | 利用单细胞RNA测序技术突破传统分类，定义基于转录组的粒细胞亚群，揭示多种疾病中粒细胞的异质性，并探讨临床相关生物标志物和靶向治疗策略的开发 | 疾病相关粒细胞群体在疾病病理生理学中的因果作用尚不明确，缺乏实验验证功能和临床适用的替代标志物 | 总结免疫介导和炎症性疾病中粒细胞异质性的研究进展与局限，讨论整合性单细胞方法如何支持临床生物标志物和靶向治疗策略的开发 | 粒细胞（中性粒细胞和嗜酸性粒细胞）及其在各种疾病中的异质性 | 单细胞转录组学 | 免疫介导和炎症性疾病（如微观多血管炎、COVID-19、败血症、心血管疾病、过敏性疾病） | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 4647 | 2026-05-27 |
Toward simultaneous pseudo-space reconstruction and cell-type deconvolution of single-cell spatial transcriptome using SpaDicer
2026-May-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101465
PMID:42184831
|
科研论文 | 介绍SpaDicer，一个统一伪空间重建和细胞类型反卷积的单细胞空间转录组端到端深度学习框架 | 通过跨域特征解耦提取细胞身份和空间定位的域不变特征，并采用自适应损失加权策略协调多个目标任务 | 未明确提及局限性 | 桥接单细胞RNA测序和空间转录组之间的差距，同时实现单细胞伪空间重建和空间点位细胞类型反卷积 | 模拟数据集和五个真实人类组织样本 | 机器学习 | 不适用 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据，空间转录组数据 | 两个模拟数据集和五个真实人类组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 4648 | 2026-05-27 |
CNet-Cox for interpretable network biomarker discovery and survival risk scoring in precise breast cancer prognosis
2026-May-25, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-026-02756-6
PMID:42185445
|
研究论文 | 提出CNet-Cox框架，一种结合先验网络连接性的正则化Cox比例风险模型，用于在乳腺癌预后中识别具有生物学可解释性的网络生物标志物并进行生存风险评分 | 将基因共定位关系整合到稀疏特征选择中，发现连接性预后模块，提高了生物标志物的可解释性和临床转化潜力 | 仅在乳腺癌数据集上验证，虽声称可扩展至其他疾病，但缺乏多疾病泛化性评估 | 开发一种疾病无关的网络感知生存模型，用于系统性发现连接生物标志物并实现可解释的风险预测 | 乳腺癌患者的基因表达数据，包括发现数据集（TCGA，n=1080）、内部测试数据集、7个独立批量转录组数据集（GEO，n=1602）和空间转录组数据集（Visium，4992个点） | 机器学习和数字病理学 | 乳腺癌 | 批量RNA-seq、空间转录组学 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据 | 发现数据集1080个样本，内部测试数据集若干（未具体说明），7个独立数据集共1602个样本，空间转录组数据集4992个点 | Illumina | 批量RNA-seq、空间转录组学 | Illumina NovaSeq、10x Visium | TCGA样本的批量RNA-seq（平台未具体说明）、空间转录组学使用10x Visium平台 |
| 4649 | 2026-05-27 |
Integrating single-cell and bulk transcriptomic analyses to explore key lactylation-related genes in benign prostatic hyperplasia
2026-May-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-54516-x
PMID:42185567
|
研究论文 | 整合单细胞和批量转录组分析，探究良性前列腺增生中关键乳酸化相关基因 | 首次在单细胞分辨率下描绘良性前列腺增生中乳酸化相关基因的活性图谱，并识别出ANXA2和IFI27作为关键候选基因，揭示了ANXA2与代谢和炎症之间的潜在联系 | 基于公开数据集和体外细胞实验，缺乏体内验证和更大样本量的确认 | 探究蛋白质乳酸化在良性前列腺增生发病机制中的作用及相关分子特征 | 良性前列腺增生组织与正常前列腺组织的单细胞和批量转录组数据，以及BPH-1细胞系 | 生物信息学 | 良性前列腺增生 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开数据集，具体样本数未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4650 | 2026-05-27 |
Identifying potential ligand-receptor interactions by integrating LSTM network and the attention mechanism for cell-cell communication prediction
2026-May-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08033-0
PMID:42185831
|
研究论文 | 提出CellAL框架，利用LSTM网络和注意力机制从蛋白质序列数据预测配体-受体相互作用，并结合单细胞RNA测序数据推断细胞间通讯 | 通过整合LSTM网络与注意力机制，直接基于蛋白质序列预测配体-受体相互作用，克服了对静态数据库的依赖，并能够捕获氨基酸的序列依赖性，从而发现新的信号对 | 未明确说明 | 开发一个稳健的计算框架，直接从蛋白质序列数据识别潜在配体-受体相互作用，克服对静态数据库的依赖，并发现新的信号对 | 配体-受体相互作用对、细胞间通讯网络 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | LSTM | 序列数据 | 四个标准配体-受体相互作用数据集和人类黑色素瘤单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4651 | 2026-05-27 |
DNA demethylation of ANXA4 is associated with atrial fibrillation risk through myeloid immune mechanisms: evidence from Mendelian randomization and multi-omics analyses
2026-May-25, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-026-02131-y
PMID:42185861
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和多组学分析，发现ANXA4的DNA去甲基化通过髓系免疫机制与心房颤动风险相关 | 首次整合孟德尔随机化、DNA甲基化QTL、单细胞转录组学和机器学习，系统揭示ANXA4表观遗传调控在心房颤动发病中的免疫机制 | 结果主要基于欧洲人群，且mQTL分析的部分位点可能与ANXA4基因无关 | 探索ANXA4的表观遗传调控及其在心房颤动发病中的机制和诊断价值 | 心房颤动患者和窦性心律对照者（共130名参与者：77名房颤患者，53名窦性心律对照） | 数字病理学 | 心血管疾病 | NGS | 机器学习模型 | 图像 | 130名参与者（77名房颤患者，53名窦性心律对照） | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 4652 | 2026-05-27 |
Hallmarks of epithelial-mesenchymal plasticity in cancer
2026-May-25, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02690-x
PMID:42185888
|
综述 | 综述了癌症中上皮-间质可塑性的特征及其在肿瘤进化中的核心作用 | 提出上皮-间质可塑性是肿瘤进化的主要驱动因素，强调其超越传统二元局限制的中间表型谱，并整合代谢重编程、肿瘤微环境和先进模型（如双荧光报告系统、单细胞/空间转录组学）的协同作用 | 由于冗余性和可塑性，靶向上皮-间质可塑性的治疗面临挑战，且当前组合疗法仍需基于生物标志物和理性模型进一步优化 | 阐明上皮-间质可塑性在癌症可塑性、异质性和治疗耐药中的机制，为精准干预提供框架 | 癌症干细胞、肿瘤微环境、代谢通路、高级模型及治疗靶点 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学、双荧光报告系统、微流控肿瘤芯片、基因工程小鼠模型、生物发光成像、活体显微成像、机器学习、基于代理的建模 | 机器学习模型 | 转录组数据、空间数据、图像 | 不适用 | 不适用 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 4653 | 2026-05-27 |
Semaglutide targets the Isg15-FUNDC1 axis: suppressing IFN-β overactivation and attenuating blood-brain barrier injury in diabetic intracerebral hemorrhage
2026-May-25, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03877-1
PMID:42186030
|
research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术，发现司美格鲁肽通过上调Isg15表达、稳定FUNDC1蛋白、改善线粒体自噬，从而抑制IFN-β过度激活并减轻糖尿病性脑出血后血脑屏障损伤 | 首次揭示Isg15-FUNDC1-线粒体自噬轴在糖尿病性脑出血后维持血脑屏障稳态中的保护作用，并发现司美格鲁肽通过非ISGylation依赖性方式稳定FUNDC1发挥保护功能 | 研究结果在雌性动物中的适用性尚需进一步验证 | 探讨Isg15缺乏在糖尿病性脑出血中线粒体自噬障碍和IFN-β失调中的作用，并评估GLP-1受体激动剂司美格鲁肽的治疗潜力 | 脑微血管内皮细胞（BMECs）、糖尿病患者并发症中的血脑屏障损伤 | machine learning | diabetic intracerebral hemorrhage | single-cell RNA sequencing, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 雄性大鼠模型、人脑微血管内皮细胞系hCMEC/D3 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 4654 | 2026-05-27 |
PVNOXT regulates acinar cell-mediated inflammatory response via DMVACh projections to the acinar cell
2026-May-25, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03870-8
PMID:42186091
|
研究论文 | 本研究揭示了PVNOXT神经元通过DMVACh投射调控胰腺腺泡细胞介导的炎症反应 | 首次发现下丘脑室旁核中特定催产素神经元亚群通过迷走神经背运动核胆碱能神经元直接支配胰腺腺泡细胞，并鉴定Wdfy1基因在该神经环路中的关键作用 | 仅在小鼠模型中验证，尚需在人类中验证该神经环路的保守性 | 探究大脑与胰腺腺泡细胞之间的解剖和功能连接及其在急性胰腺炎中的作用 | 高甘油三酯血症相关的急性胰腺炎小鼠模型 | 机器学习 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 4655 | 2026-05-27 |
Epithelial YPEL3 Modulates CD8+ T-Cell Infiltration and Tumor Progression Through CREB1-CXCL16 Signaling in HNSCC
2026-May-25, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70409
PMID:42186216
|
研究论文 | 整合多组学数据揭示YPEL3通过CREB1-CXCL16信号轴调节头颈鳞癌中CD8阳性T细胞浸润与肿瘤进展 | 首次发现YPEL3在头颈鳞癌中作为肿瘤抑制因子，通过CREB1而非TFAP2C调控CXCL16表达，建立上皮分化状态与抗肿瘤免疫之间的分子联系 | 未提及 | 探究YPEL3在头颈鳞癌中的表达、预后价值及免疫调节机制 | 头颈鳞癌患者肿瘤组织及细胞系，包括上皮细胞和CD8阳性T细胞 | 机器学习，数字病理学 | 头颈鳞癌 | 转录组测序，DNA甲基化测序，单细胞RNA测序，功能实验 | NA | 转录组数据，DNA甲基化数据，单细胞RNA测序数据，临床病理数据 | 来自TCGA/GEO数据库的多中心HNSCC队列，具体样本量未提及 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序使用10x Genomics平台，具体配置未详细说明 |
| 4656 | 2026-05-27 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2026-May-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04112-z
PMID:42174697
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研究论文 | 利用空间转录组学和单细胞RNA测序揭示黑色素瘤治疗耐药性中微环境对内在命运的影响 | 通过共识非负矩阵分解识别细胞系共有的内在耐药程序，并在患者样本中发现这些程序与不同免疫特征共存，结合单细胞分辨率的空间转录组学揭示内在决定和外在影响的耐药命运 | 未提及具体局限性 | 研究癌症治疗耐药性中细胞内在因素和微环境因素的相互作用机制 | 黑色素瘤细胞系、患者样本和异种移植模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 共识非负矩阵分解 | 转录组数据 | 黑色素瘤细胞系、患者样本和异种移植模型的多重样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台, 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 4657 | 2026-05-27 |
Systemic IgE promotes allergic rhinitis by licensing Th2-to-Tfh conversion and local IgE production
2026-May-23, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2026.100351
PMID:42178092
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研究论文 | 本文通过小鼠模型研究系统性IgE如何通过促进Th2向Tfh细胞转化及局部IgE产生来加剧过敏性鼻炎症状 | 首次揭示系统性IgE通过激活肥大细胞/嗜碱性粒细胞，许可Th2细胞向Tfh细胞转化，进而驱动局部IgE产生，从而贡献于过敏性鼻炎症状的发生机制 | 研究基于小鼠模型，其发现是否完全适用于人类过敏性鼻炎仍需验证；未涉及其他免疫细胞或环境因素在其中的潜在作用 | 探究系统性过敏原特异性IgE在过敏性鼻炎症状发展和局部2型炎症中的机制性作用 | 小鼠模型，包括野生型小鼠及多种基因敲除小鼠（Rag2、Aid、Stat6） | 分子生物学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4658 | 2026-05-27 |
Targeted suppression of SPP1 inhibits tumor invasion and metastasis in NRF2 hyperactivated cisplatin resistant HNSCC
2026-May-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08292-x
PMID:42174609
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研究论文 | 探究靶向抑制SPP1在NRF2激活的顺铂耐药头颈部鳞状细胞癌中抑制肿瘤侵袭和转移的作用 | 首次揭示SPP1在NRF2激活的顺铂耐药HNSCC中驱动肿瘤进展和转移的具体作用，并通过空间转录组学分析发现SPP1、整合素和CD44受体之间的潜在机制相互作用 | 研究主要在细胞系和小鼠模型中进行，尚需在更大规模临床样本中验证 | 研究靶向SPP1能否抑制HNSCC的肿瘤侵袭性并改善顺铂疗效 | NRF2激活的顺铂耐药头颈部鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据 | 人源HNSCC细胞系和小鼠模型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率空间转录组学分析 |
| 4659 | 2026-05-27 |
DGAT: a dual-graph attention network for inferring spatial protein landscapes from transcriptomics
2026-May-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73114-z
PMID:42168176
|
研究论文 | 提出一种双图注意力网络DGAT，从空间转录组数据推断空间蛋白景观 | 首次利用双图注意力网络整合转录组、蛋白质组和空间信息，从转录组数据中准确推断空间蛋白表达 | 依赖空间转录组和蛋白质组配对数据集进行训练，可能受限于数据可用性 | 开发一种深度学习框架，从空间转录组数据中推断空间蛋白表达，实现蛋白水平的组织解析 | 空间转录组和蛋白质组数据集，包括公开和内部数据集 | 深度学习，空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 双图注意力网络 | 空间基因表达数据，空间蛋白表达数据 | 多个公开和内部数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4660 | 2026-05-27 |
Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics
2026-May-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-51501-2
PMID:42168596
|
研究论文 | 利用近50万个单核和单细胞转录组数据，系统评估皮层细胞类型标志物的表达保真度和背景表达，并扩展了经典标志物集合 | 首次大规模跨研究量化不同脑区中经典细胞类型标志物的表达保真度和背景表达，提出统计框架整合伪批量分析以识别高保真度、低背景且跨区域表达一致的标志物 | 依赖已有研究的单细胞数据，可能受数据整合偏差影响；未涉及功能验证实验 | 阐明皮层细胞类型经典标志物的表达特征，并提供优化后的标志物资源 | 人类大脑皮层六大主要细胞类型（如神经元、星形胶质细胞等） | 转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 19个研究，近50万个高质量单核和单细胞表达谱 | 多项（根据19个研究不等，可能包括10x Genomics等） | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 多项（如10x Chromium等） | 来自19个研究的不同平台配置，具体未说明 |