单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4581	2025-02-01	UBE2J1 is identified as a novel plasma cell-related gene involved in the prognosis of high-grade serous ovarian cancer 2025-Jan-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06135-9 PMID:39876019	研究论文	本研究通过单细胞测序数据识别了高浆液性卵巢癌（HGSOC）中的关键免疫细胞类型，并揭示了UBE2J1作为HGSOC的新型预后标志物和致癌基因	首次将UBE2J1识别为HGSOC的新型预后标志物和致癌基因，揭示了其在细胞增殖、侵袭、迁移和肿瘤生长中的关键作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立验证队列	识别HGSOC中的关键免疫细胞标志物并探索其在肿瘤进展和治疗反应中的作用	高浆液性卵巢癌（HGSOC）患者和细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、CCK-8、Transwell、克隆形成、伤口愈合、免疫荧光和体内肿瘤生长实验	NA	单细胞测序数据、批量测序数据	来自GEO和TCGA数据库的HGSOC样本
4582	2025-02-01	Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-Jan-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了Ush2a基因敲除小鼠模型，并进行了听觉脑干反应测试、视网膜电图、HE染色和视网膜单细胞RNA测序，以探索Usher综合征中视网膜退化的机制	成功构建了Ush2a基因敲除小鼠模型，并首次通过单细胞RNA测序构建了视网膜细胞的初步调控图谱	在20个月大的Ush2a基因敲除小鼠中未发现明显的视网膜形态和电生理表型	探索Usher综合征中视网膜退化的分子机制	Ush2a基因敲除小鼠和野生型小鼠	遗传学	Usher综合征	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	Ush2a基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	Ush2a基因敲除小鼠和野生型小鼠
4583	2025-02-01	Integrating representation learning, permutation, and optimization to detect lineage-related gene expression patterns 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56388-7 PMID:39870610	研究论文	本文开发了一种名为PORCELAN的方法，用于识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，并应用于小鼠肺癌模型和胚胎发育的单细胞RNA测序数据	PORCELAN方法结合了表示学习、排列和优化技术，能够识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，为研究细胞状态记忆提供了新工具	方法主要应用于小鼠模型和C. elegans的胚胎发育数据，尚未在更广泛的生物系统中验证	研究细胞谱系相关的基因表达模式，特别是在肺癌进展和胚胎发育中的细胞状态记忆	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	表示学习、排列和优化	单细胞RNA测序数据	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育数据
4584	2025-02-01	Computational Identification of Migrating T cells in Spatial Transcriptomics Data 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619870 PMID:39484480	研究论文	本研究开发了一种名为ReMiTT的计算方法，利用空间转录组数据追踪T细胞在肿瘤组织中的迁移模式	ReMiTT方法首次利用空间转录组数据追踪T细胞迁移，揭示了迁移路径上的关键基因和通路	研究主要基于计算模型，缺乏实验验证	研究T细胞在肿瘤微环境中的迁移模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	T细胞	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	ReMiTT	空间转录组数据	多个肿瘤样本
4585	2025-02-01	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	本文介绍了EukPhylo v1.0，一个模块化、用户友好的工具包，用于通过系统发育信息的数据整理和分析多样化的真核生物谱系	EukPhylo v1.0提供了一个模块化的管道，能够通过系统发育信息进行污染去除、同源基因家族估计以及多序列比对和基因树的生成，解决了微真核生物特别是不可培养谱系在系统发育分析中的挑战	尽管EukPhylo v1.0在数据整理和分析方面表现出色，但其依赖于用户提供的基因家族数据集，可能限制了其在某些特定研究中的适用性	旨在通过开发EukPhylo v1.0工具包，改进真核生物系统发育分析的数据整理和分析方法	多样化的真核生物、细菌和古菌	生物信息学	NA	单细胞测序、系统发育分析	NA	基因序列数据	1,000种多样化的真核生物、细菌和古菌
4586	2025-02-01	The Role of Dectin-1-Akt-RNF146 Pathway in β-Glucan Induced Immune Trained State of Monocyte in Sepsis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482213 PMID:39881796	研究论文	本文探讨了Dectin-1-Akt-RNF146通路在β-葡聚糖诱导的单核细胞免疫训练状态中的作用，特别是在脓毒症中的应用	揭示了RNF146和Akt在脓毒症免疫抑制期的作用，并发现β-葡聚糖预处理可通过Dectin-1-Akt-mTOR通路逆转免疫抑制，促进免疫训练状态	研究主要基于小鼠模型和细胞系，尚未在人类患者中进行验证	研究脓毒症中免疫训练状态的分子机制及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞、脓毒症小鼠模型及小鼠单核/巨噬细胞系RAW264.7	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠双打击模型、RAW264.7细胞系	RNA测序数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血单核细胞、小鼠模型及RAW264.7细胞系
4587	2025-02-01	Therapeutic potential and mechanisms of umbilical cord mesenchymal stem cells differentiating into tendon cells and promotion of rotator cuff tendon-bone healing 2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering IF:6.7Q1 DOI:10.1177/20417314251315185 PMID:39882545	研究论文	本文探讨了脐带间充质干细胞（UCMSCs）分化为肌腱细胞的机制及其在促进肩袖肌腱-骨愈合中的潜力	通过单细胞测序分析分化过程中的关键细胞亚群和信号通路，并发现Hes1基因的过表达显著促进了UCMSCs向肌腱细胞的分化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	探索UCMSCs分化为肌腱细胞的机制及其在肩袖损伤修复中的应用	脐带间充质干细胞（UCMSCs）和肩袖肌腱损伤	细胞治疗	肩袖损伤	单细胞测序	动物模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
4588	2025-02-01	TNFα has differential effects on the transcriptome profile of selected populations in murine cartilage 2024-Dec, Osteoarthritis and cartilage open DOI:10.1016/j.ocarto.2024.100528 PMID:39494399	研究论文	本文研究了肿瘤坏死因子α（TNFα）对小鼠软骨细胞转录组的影响，特别是在总RNA和单细胞分辨率下的差异	通过单细胞RNA测序技术，揭示了TNFα对不同细胞群体的转录组影响，特别是对炎症反应和基质生物合成的抑制作用	研究仅限于新生C57BL/6小鼠的软骨细胞，可能不适用于其他物种或年龄段的细胞	探讨TNFα在软骨细胞炎症反应中的作用	新生C57BL/6小鼠的软骨细胞	生物信息学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	14,239个细胞和24,320个基因
4589	2025-02-01	Spatial resolution of the head and neck cancer tumor microenvironment to identify tumor and stromal features associated with therapy response 2024-10, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12811 PMID:39048134	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，解析头颈癌肿瘤微环境中的特征，以识别与治疗反应相关的肿瘤和基质特征	首次结合NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler和Akoya PhenoCycler-Fusion技术，对头颈癌肿瘤微环境进行高精度空间转录组和蛋白质组分析，揭示了与免疫治疗反应相关的生物标志物	样本量较小，仅包含12名患者的25个肿瘤核心，可能限制结果的普适性	识别头颈癌肿瘤微环境中与免疫治疗反应相关的生物标志物	头颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	头颈癌	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	12名患者的25个肿瘤核心
4590	2025-02-01	Computational estimation of clonal diversity in autoimmunity 2024-09, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12801 PMID:39010261	综述	本文综述了当前用于从单细胞T细胞受体和B细胞受体测序中测量多样性的方法，并讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病发现和治疗创新中的突破	讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病研究中的应用及其重要性	NA	探讨适应性免疫系统中多样性的测量和解释方法，及其在自身免疫性疾病中的作用	单细胞T细胞受体和B细胞受体测序数据	生物信息学	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
4591	2025-02-01	Discovery of a monoclonal, high-affinity CD8+ T-cell clone following natural hepatitis C virus infection 2024-08, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12791 PMID:38855806	研究论文	本文报道了在自然感染丙型肝炎病毒（HCV）后，发现了一种单克隆、高亲和力的CD8+ T细胞克隆	首次在急性HCV感染后直接从体内分离出特异性针对HCV衍生HLA I类表位的单克隆CD8 T细胞群体，并发现其具有异常长的抗原解离时间	研究仅基于两个个体的样本，样本量较小，可能限制了结果的普遍性	研究HCV感染后CD8 T细胞的特异性反应及其TCR-pMHC相互作用的特性	HCV感染后的CD8 T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞测序，HLA-多聚体染色	NA	细胞数据	两个个体的样本
4592	2025-02-01	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.12.603155 PMID:39071344	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在单细胞水平上比较了早期妊娠胎盘细胞滋养层与滋养层干细胞的转录组差异，并揭示了不同胎盘区域CTB的异质性	样本量相对较小（6个正常胎盘和3个TSC系），且仅关注了早期妊娠阶段	探究早期妊娠胎盘细胞滋养层的转录多样性，并比较其与滋养层干细胞的异同	早期妊娠人胎盘细胞滋养层（CTB）和滋养层干细胞（TSC）	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6个正常胎盘（4个6-8周，2个12-14周）和3个TSC系
4593	2025-02-01	Control of goal-directed and inflexible actions by dorsal striatal melanocortin systems, in coordination with the central nucleus of the amygdala 2024-Jul, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2024.102629 PMID:38763506	研究论文	本文研究了背内侧纹状体（DMS）中多巴胺D1受体神经元表达的黑色素皮质素-4受体（MC4R）如何调控小鼠的灵活目标导向行为	发现了DMS中MC4R+神经元在调控行为灵活性中的关键作用，并揭示了其与杏仁核中央核的功能性连接	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究背内侧纹状体中MC4R在调控目标导向行为和习惯行为中的作用	小鼠的背内侧纹状体和杏仁核中央核	神经科学	NA	空间转录组学数据分析	NA	基因转录数据	未明确说明样本数量
4594	2025-02-01	Batf3+ DCs and the 4-1BB/4-1BBL axis are required at the effector phase in the tumor microenvironment for PD-1/PD-L1 blockade efficacy 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114141 PMID:38656869	研究论文	本文研究了Batf3+树突状细胞（DCs）和4-1BB/4-1BBL轴在肿瘤微环境（TME）中对PD-1/PD-L1阻断疗效的影响	首次明确了Batf3+ DCs在PD-1/PD-L1阻断疗效中的关键作用，并揭示了4-1BBL作为DCs提供的主要正向共刺激信号	研究主要基于小鼠模型和人类肿瘤样本的免疫荧光和空间转录组学分析，尚未在更大规模的人类临床试验中验证	探讨PD-1/PD-L1阻断疗效的细胞机制	Batf3+ DCs和CD8 T细胞	免疫学	癌症	流式细胞术、基因靶向小鼠、阻断抗体研究、免疫荧光、空间转录组学	NA	细胞数据、基因表达数据	人类肿瘤样本和小鼠模型
4595	2025-02-01	Short cell cycle duration is a phenotype of human epidermal stem cells 2024-Mar-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03670-y PMID:38475896	研究论文	本文通过活细胞成像和单细胞RNA测序技术，研究了人类表皮干细胞的细胞周期持续时间，发现干细胞比更分化的祖细胞具有更短的细胞周期	挑战了传统观点，即干细胞分裂缓慢，发现人类表皮干细胞的细胞周期持续时间比更分化的祖细胞更短	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	研究人类表皮干细胞的细胞周期持续时间及其与分化祖细胞的差异	人类表皮干细胞和分化祖细胞	细胞生物学	NA	活细胞成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列数据	NA
4596	2025-02-01	Characterization of NOD-like receptor-based molecular heterogeneity in glioma and its association with immune micro-environment and metabolism reprogramming 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1498583 PMID:39882240	研究论文	本研究揭示了NOD样受体（NLR）信号通路在高级别胶质瘤中的特征及其与胶质母细胞瘤（GBM）患者临床异质性的关联，并探讨了NLR通路核心基因在GBM发生和发展中的作用	首次基于NLR基因表达谱将GBM患者分为具有不同临床结果的两个亚型，并开发了基于NLR表达谱的GBM预后标志物	研究主要依赖于转录组数据，缺乏对NLR信号通路在GBM中具体机制的深入实验验证	揭示NLR信号通路在GBM中的特征及其与临床异质性的关联，并探索NLR通路核心基因在GBM发生和发展中的作用	496名具有完整预后信息的GBM患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组数据分析，单细胞测序	NMF聚类算法，LASSO和COX回归分析，随机森林算法	转录组数据	496名GBM患者
4597	2025-02-01	Mapping the landscape of lineage-specific dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to genetics of complex disease 2023-Dec-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.24.23297476 PMID:37961453	研究论文	本文利用单细胞转录组数据，开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，以量化基因表达的遗传调控动态，并估计其细胞类型特异性	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够检测与精神分裂症相关的已知和新基因，并提供了从UK Biobank中1500多种表型的基因组资源	单细胞RNA测序数据稀疏性以及个体细胞类型内复杂的细胞状态表达模式	研究基因变异如何影响人类生物学和疾病中的生物过程	中脑神经元在从诱导多能干细胞特化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	UK Biobank中1500多种表型
4598	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
4599	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
4600	2025-02-01	Costimulation of γδTCR and TLR7/8 promotes Vδ2 T-cell antitumor activity by modulating mTOR pathway and APC function 2021-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-003339 PMID:34937742	研究论文	本文探讨了通过共刺激γδTCR和TLR7/8来增强Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，并研究了其机制	提出了一种新的共刺激方法，通过激活γδTCR和TLR7/8来扩增Vδ2 T细胞，并展示了其在体外和体内模型中的抗肿瘤效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	研究旨在提高Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，以增强基于γδ T细胞的免疫疗法的疗效	Vδ2 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序、反相蛋白阵列	NA	NA	PBMCs和人源化NSG小鼠的脾脏