单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-15	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	research paper	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并通过多独立队列验证了其预测准确性	研究依赖于公共数据库数据，可能受到样本选择和批次效应的影响	研究端粒和细胞衰老相关基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq, IHC	random survival forests, ridge regression	RNA sequencing data, protein expression data	来自TCGA和GEO数据库的多个独立队列数据
442	2025-05-15	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别出T1MP1、CXCL8和MGP在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的重要作用	首次探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的潜在作用，并识别出三个关键基因作为预后生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者和迁移体相关基因	生物信息学	结直肠癌	WGCNA, 单细胞RNA-seq, 回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
443	2025-05-15	Adhesion-Assisted Antioxidant-Engineered Mesenchymal Stromal Cells for Enhanced Cardiac Repair in Myocardial Infarction 2025-03-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c00820 PMID:40073336	research paper	本研究通过化学修饰间充质基质细胞（MSCs）增强其在心肌梗死（MI）中的存活和修复能力	使用抗VCAM1和聚多巴胺（PD）化学修饰MSCs，显著提高细胞存活率并促进心脏修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	提高MSCs在心肌梗死治疗中的疗效	间充质基质细胞（MSCs）和心肌梗死（MI）模型	再生医学	心血管疾病	化学修饰、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠模型
444	2025-05-15	An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2420466122 PMID:40096606	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学分析，建立了人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨时空图谱，揭示了其在下颌骨骨化中的作用	揭示了Meckel软骨通过两种不同机制参与下颌骨骨化，前部MC可分化为成骨细胞，中间MC通过细胞间通讯促进膜内骨化	研究主要基于人类胎儿样本，可能无法完全反映成人或疾病状态下的情况	探究Meckel软骨在下颌骨骨化中的作用机制	人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨	发育生物学	口腔颅面疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析	小鼠体内谱系追踪模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类胎儿7至15周后受孕的样本
445	2025-05-15	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3高甲基化在破骨细胞生成过程中促进氧化还原失衡的作用机制	首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响破骨细胞生成，为骨质疏松治疗提供了新的表观遗传靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用机制	FoxO3转录因子、Dnmt3a甲基转移酶、破骨细胞	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	基因表达数据、甲基化数据	人类股骨头样本和小鼠模型
446	2025-05-15	IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions 2025-Mar-24, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf051 PMID:40105689	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是导致细胞IGF1抵抗的新机制	研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂情况	探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元	神经科学	代谢性疾病	RT-qPCR, 单细胞RNA测序	小鼠和人类模型	基因表达数据	NA
447	2025-05-15	Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment 2025-Mar-22, International ophthalmology IF:1.4Q3 DOI:10.1007/s10792-025-03488-4 PMID:40119981	research paper	该研究构建了圆锥角膜(KC)的疾病特异性ceRNA共调控网络，用于KC的早期诊断和免疫环境分析	首次构建了KC的疾病特异性PPI和ceRNA网络，开发了基于ElasticNet算法的诊断模型和列线图，并揭示了KC患者的免疫微环境特征	研究依赖于公共数据库的转录组数据，样本量可能有限	确定KC的潜在疾病特异性基因标志物并分析其免疫环境	圆锥角膜(KC)患者	digital pathology	keratoconus	RNA-seq, 单细胞测序分析	ElasticNet	转录组数据	来自GEO和ArrayExpress数据库的KC患者和对照组数据
448	2025-05-15	Inhibition of stromal MAOA leading activation of WNT5A enhance prostate cancer immunotherapy by involving the transition of cancer-associated fibroblasts 2025-Mar-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010555 PMID:40121032	研究论文	该研究探讨了基质细胞中MAOA抑制通过激活WNT5A增强前列腺癌免疫治疗的机制	揭示了MAOA在基质细胞中通过WNT5A-Ca2+-NFATC1信号通路调节CD8+ T细胞活性的新机制，并提出了MAOA抑制剂与免疫检查点抑制剂联合治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明MAOA在前列腺癌免疫微环境中的作用并探索其治疗潜力	前列腺癌基质细胞和免疫微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞测序、体外共培养、小鼠移植瘤模型、双人源化小鼠模型	动物模型（C57BL/6J小鼠）	基因表达数据、免疫细胞活性数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和体外细胞实验
449	2025-05-15	EGFR-mediated local invasiveness and response to Cetuximab in head and neck cancer 2025-Mar-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02290-1 PMID:40121428	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了EGFR介导的头颈癌局部侵袭的基因调控网络，并探讨了其对西妥昔单抗治疗的响应	发现了一个由INHBA和SNAI2等基因组成的局部侵袭基因调控网络（invGRN），并验证了其与西妥昔单抗治疗响应的关联	研究主要基于细胞3D模型和公共数据集，尚未在大量临床样本中验证	探索EGFR驱动的头颈癌局部侵袭的分子网络，以寻找潜在的治疗靶点和预测标志物	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的局部侵袭机制	癌症生物学	头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	3D细胞模型	基因表达数据	NA
450	2025-05-15	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中糖脂代谢极化的异质性	识别了两种具有不同多组学特征和预后的HCC代谢亚型（glycan-HCC和lipid-HCC），并开发了用于亚型确定的基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物	未明确指出研究的局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, radiomics, contrast-enhanced ultrasound (CEUS)	NA	RNA sequencing data, single-cell RNA sequencing data, radiomics data, serum biomarkers	内部队列和公共HCC队列的RNA测序数据
451	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示糖尿病足溃疡内皮细胞异质性和愈合的新机制	首次通过单细胞RNA测序技术深入分析了糖尿病足溃疡患者足部皮肤的细胞异质性和内皮细胞的转录组特征，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的异质性，也未讨论其他潜在影响因素	探索糖尿病足溃疡的发病机制并寻找新的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的足部皮肤细胞，特别是内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
452	2025-05-15	Migrasome Marker Epidermal Growth Factor Domain-Specific O-GlcNAc Transferase: Pan-Cancer Angiogenesis Biomarker and the Potential Role of circ_0058189/miR-130a-3p/EOGT Axis in Hepatocellular Carcinoma Progression and Sorafenib Resistance 2025-Mar-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040773 PMID:40299340	研究论文	本研究系统性地探讨了EOGT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药中的作用	首次将EOGT确立为泛癌血管生成生物标志物，并揭示了外泌体circRNA介导的调控机制在治疗耐药中的作用	研究主要基于TCGA/GTEx数据和Huh7细胞模型，可能无法完全代表所有癌症类型的生物学特性	探索EOGT在癌症生物学中的作用及其治疗潜力	33种癌症类型，特别是肝细胞癌（HCC）	癌症生物学	肝细胞癌	多组学分析、RNA测序、ceRNA网络构建、药物敏感性分析	Huh7细胞模型	转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据，10个HCC队列
453	2025-05-15	Diversity and heterogeneity in human pancreaticobiliary maljunction revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-21, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-025-05997-w PMID:40116982	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胰胆管连接异常（PBM）的细胞多样性和微环境差异	首次在单细胞水平上揭示了PBM的细胞组成和信号通路差异，特别是成纤维细胞在PBM中的核心作用	样本量较小（仅6例患者），可能影响结果的普适性	阐明胰胆管连接异常（PBM）的发病机制	胰胆管连接异常患者和非患者的胆管组织	单细胞测序	胰胆管连接异常	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	6例患者（3例PBM患者和3例非PBM患者）的胆管组织
454	2025-05-15	AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression 2025-Mar-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8402 PMID:40117357	research paper	该研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，从而促进肿瘤进展的机制	发现了Parkin在调控肿瘤免疫微环境中的新功能，即通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，协调巨噬细胞与T细胞的相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限	探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的作用机制	小鼠模型和巨噬细胞	肿瘤免疫学	实体瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	NA
455	2025-05-15	Influence of experimental variables on spheroid attributes 2025-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92037-1 PMID:40118968	研究论文	本文通过系统分析32,000个球体图像，识别影响3D模型可靠性的关键参数	大规模分析揭示了氧气水平、培养基成分和血清水平对球体大小、坏死、细胞活力和结构完整性的显著影响，并整合单细胞RNA测序和自动图像分析揭示了与球体成熟和缺氧相关的动态基因表达模式	研究结果可能受到实验条件限制，未涵盖所有可能的变量组合	提高3D细胞培养系统的可重复性和临床转化	三维(3D)细胞培养系统中的球体	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序、自动图像分析	NA	图像、基因表达数据	32,000个球体图像
456	2025-05-15	Roles of TLR4 in macrophage immunity and macrophage-pulmonary vascular/lymphatic endothelial cell interactions in sepsis 2025-Mar-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07921-3 PMID:40119011	research paper	本研究探讨了TLR4在脓毒症中调控巨噬细胞免疫和代谢的作用，以及这些变化如何影响巨噬细胞与肺血管/淋巴管内皮细胞的相互作用	揭示了TLR4通过多种途径在内皮功能障碍中的作用，包括巨噬细胞TLR4介导的炎症损伤和内皮TLR4对脂多糖诱导损伤的直接敏感化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	深入探索TLR4在脓毒症中调控巨噬细胞免疫和代谢的作用，及其对巨噬细胞与内皮细胞相互作用的影响	TLR4敲除小鼠的巨噬细胞、肺血管内皮细胞(ECs)和淋巴管内皮细胞(LECs)	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序和实验验证	TLR4敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
457	2025-05-15	Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury 2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01142-4 PMID:40119274	research paper	本研究探讨了Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制	揭示了Runx2通过染色质重塑和转录因子激活调控雪旺细胞表型转换的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类细胞中的机制仍需进一步验证	探究Runx2在神经损伤后调控雪旺细胞表型转换的表观遗传机制	雪旺细胞	神经生物学	神经损伤	qPCR, ATAC测序, CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告实验	大鼠坐骨神经挤压损伤模型	转录组数据, 表观遗传数据, 单细胞RNA测序数据	健康成年SD大鼠(100-150g)
458	2025-05-15	B cells and energy metabolism in HER2-positive DCIS: insights into breast cancer progression from spatial-omics analyses 2025-Mar-21, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01990-2 PMID:40119362	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，探讨了HER2阳性DCIS与浸润性乳腺癌中癌细胞基因表达与免疫微环境的关联	发现B细胞在DCIS导管附近比浸润性肿瘤区域更多，揭示了B细胞可能在HER2阳性DCIS向浸润性乳腺癌进展中起保护作用	研究仅针对HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌，可能不适用于其他类型的乳腺癌	探讨HER2阳性DCIS向浸润性乳腺癌进展的机制	HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
459	2025-05-15	scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03519-4 PMID:40119479	研究论文	本文介绍了一种名为scVAEDer的深度学习模型，该模型结合了变分自编码器和深度扩散模型，用于单细胞转录组学分析	scVAEDer结合了变分自编码器和深度扩散模型，能够学习既保留全局结构又保留局部变化的低维表示	NA	改进单细胞数据的下游分析，通过学习低维嵌入来封装高级特征和低级变异	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器（VAE）和深度扩散模型	单细胞转录组数据	NA
460	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2025-Mar-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100796 PMID:40111904	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道中体腔上皮的多能性	首次通过scRNA-seq和杂交链反应荧光原位杂交技术识别了再生原基中的13个不同细胞群，并发现体腔上皮具有多能性	对再生原基中细胞分子特性的理解仍然有限	研究海参再生过程中肠道再生的分子机制	海参再生原基中的细胞群	单细胞测序	NA	scRNA-seq, 杂交链反应荧光原位杂交	NA	RNA-seq数据	识别了13个不同的细胞群