单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-12-15	Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01030-x PMID:39147984	研究论文	本文介绍了一种名为邻近测序的步骤，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种细胞外膜上的蛋白质复合物	首次提出了一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的邻近测序方法	该方法需要用户具备基本的分子生物学和单细胞测序经验，且实验过程需要大约16小时，分散在几天内完成	开发一种新的技术，能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物	单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和蛋白质复合物	分子生物学	NA	邻近测序	NA	蛋白质、mRNA	单细胞
442	2024-12-15	Single-cell RNA sequencing reveals the CRTAC1+ population actively contributes to the pathogenesis of spinal ligament degeneration by SPP1+ macrophage 2024-Dec, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14320 PMID:39158018	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CRTAC1+细胞群通过SPP1+巨噬细胞在脊柱韧带退行性变中的致病作用	首次揭示了CRTAC1+软骨细胞样细胞和SPP1+巨噬细胞在脊柱韧带退行性变中的关键作用，并发现了ATF3作为调控CRTAC1软骨细胞样细胞致病性的关键转录因子	研究仅限于特定类型的韧带样本，未来需要进一步验证这些发现是否适用于其他类型的韧带或更广泛的退行性疾病	建立韧带组织的综合转录组图谱，识别韧带退行性变的治疗靶点	脊柱韧带退行性变中的细胞异质性和关键致病机制	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6个退行性韧带和3个创伤性韧带样本，共32,014个细胞
443	2024-12-15	Single-cell transcriptomic atlas of taste papilla aging 2024-Dec, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14308 PMID:39169434	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了味蕾衰老的分子和细胞特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了味蕾衰老过程中差异表达的基因及其功能，并识别了与衰老相关的转录枢纽	研究仅限于味蕾细胞，未涉及其他感官细胞或整体衰老机制	揭示味蕾衰老的分子和细胞特征	味蕾细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	老年和年轻味蕾细胞
444	2024-12-15	Unraveling the effects of prenatal anesthesia on neurodevelopment: A review of current evidence and future directions 2024-Dec, Neurotoxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.neuro.2024.09.003 PMID:39276873	综述	本文综述了当前关于产前麻醉对神经发育影响的证据，并提出了未来研究方向	引入脑类器官作为研究工具，结合单细胞测序技术，探索产前麻醉引发的潜在神经毒性机制	临床研究受伦理和技术限制，难以直接获取人类产前脑组织，导致结果与临床前数据存在差异	探讨产前麻醉对胎儿脑发育的影响，并总结现有证据	产前麻醉对人类胎儿脑发育的影响	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
445	2024-12-15	Reliable estrogen-related prognostic signature for uterine corpus endometrial carcinoma 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108216 PMID:39326337	研究论文	本研究探讨了子宫内膜癌中与雌激素相关的关键基因，并构建了预测患者预后的风险评分	首次基于8个与雌激素相关的基因构建了预测子宫内膜癌患者预后的风险评分，并验证了其可靠性和临床价值	研究仅基于公开数据集，未进行临床试验验证	探索子宫内膜癌中与雌激素相关的关键基因，并构建预测患者预后的风险评分	子宫内膜癌患者及其与雌激素相关的基因	数字病理学	妇科肿瘤	scRNA-seq, bulk RNA, 单因素Cox回归分析, LASSO Cox回归分析, 多因素Cox回归分析, GO, KEGG, GSVA富集分析, CCK8检测	Cox回归模型	RNA数据	来自GEO, TCGA和Molecular Signature Database的子宫内膜癌scRNA-seq数据和bulk RNA数据
446	2024-12-15	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-Dec, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	研究论文	本文通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光人胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能祖细胞Rgl1和ProgM	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光人胚胎干细胞系，用于分离特定的中脑多巴胺能祖细胞类型	NA	开发更精确的帕金森病细胞替代策略	中脑多巴胺能祖细胞Rgl1和ProgM	NA	帕金森病	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
447	2024-12-15	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了羟氯喹对T细胞的免疫调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了羟氯喹对T细胞的免疫调节机制，特别是其对效应CD8 T细胞的扩增和细胞毒性基因的上调作用	研究仅限于体外实验，尚未在临床试验中验证这些发现	探讨羟氯喹在T细胞中的免疫调节机制	T细胞，特别是CD4和CD8 T细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括来自系统性红斑狼疮患者的效应CD8 T细胞样本
448	2024-12-15	Batch effects correction in scRNA-seq based on biological-noise decoupling autoencoder and central-cross loss 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108261 PMID:39461162	研究论文	本文提出了一种基于生物噪声解耦自动编码器和中心交叉损失的单细胞RNA测序数据批次效应校正模型	该模型通过自动编码器重构数据，并使用层次聚类树逐步合并小簇，结合中心交叉损失在嵌入空间中形成更紧凑的聚类，从而在不丢失稀有细胞类型的情况下有效消除批次效应	NA	解决现有批次校正方法在降维过程中可能丢失稀有细胞类型的问题	单细胞RNA测序数据中的批次效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	数据	NA
449	2024-12-15	CopyMix: Mixture model based single-cell clustering and copy number profiling using variational inference 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108257 PMID:39500117	研究论文	本文提出了一种基于变分推断的混合模型CopyMix，用于单细胞聚类和拷贝数分析，旨在解决现有方法中存在的聚类伪影问题	CopyMix通过联合推断细胞簇及其拷贝数分布，避免了传统方法中预处理和后处理步骤引入的聚类伪影问题	NA	研究肿瘤异质性，通过单细胞测序技术揭示肿瘤细胞亚群的基因组特征	单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异和细胞聚类	数字病理学	癌症	单细胞DNA测序	混合模型	拷贝数数据	生物数据和模拟数据
450	2024-12-15	Choroid Plexus as a Mediator of CNS Inflammation in Multiple Sclerosis 2024-Dec, Multiple sclerosis (Houndmills, Basingstoke, England) DOI:10.1177/13524585241292974 PMID:39503321	综述	本文综述了脉络丛在多发性硬化症（MS）中枢神经系统炎症中的作用	本文探讨了脉络丛作为免疫反应的调控者，并通过脑脊液传播与MS相关的神经炎症的新观点	NA	探讨脉络丛在多发性硬化症中枢神经系统炎症中的作用	脉络丛及其在脑脊液中的作用	NA	多发性硬化症	空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学	NA	脑脊液样本	NA
451	2024-12-15	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-Dec, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	研究探讨了细胞通信网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）中的分子功能及其治疗潜力	首次揭示了CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA病理过程中的作用，并验证了靶向CCN3的抗体在实验性RA模型中的治疗潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中验证CCN3抗体的治疗效果	探讨CCN3在RA中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	CCN3在RA关节中的表达及其对细胞衰老和破骨细胞生成的影响	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	实验涉及RA模型小鼠和体外培养的滑膜细胞及单核细胞
452	2024-12-15	Brca1 haploinsufficiency promotes early tumor onset and epigenetic alterations in a mouse model of hereditary breast cancer 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01958-6 PMID:39528827	研究论文	本文通过新的遗传工程小鼠模型研究了Brca1杂合性在乳腺癌发生中的作用	揭示了Brca1杂合性不足通过表观遗传改变加速肿瘤发生的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨Brca1杂合性不足在乳腺癌发生中的机制	Brca1杂合性小鼠的乳腺上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	RNA、染色质可及性数据	Brca1杂合性小鼠的乳腺上皮细胞
453	2024-12-15	Consensus prediction of cell type labels in single-cell data with popV 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01993-3 PMID:39567746	研究论文	本文提出了一种名为popV的集成预测模型，用于单细胞数据中的细胞类型标签共识预测，并提供了不确定性评分	popV通过基于本体的投票机制，实现了细胞类型标签的准确预测和不确定性评估，解决了现有方法在不确定性估计方面的不足	NA	提出一种新的方法来改进单细胞数据中细胞类型标签的预测和不确定性评估	单细胞数据的细胞类型标签	生物信息学	NA	单细胞测序	集成模型	单细胞数据	NA
454	2024-12-15	A temporal cortex cell atlas highlights gene expression dynamics during human brain maturation 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01990-6 PMID:39567748	研究论文	本文通过单核RNA测序构建了人类颞叶组织中的细胞亚型图谱，揭示了基因表达在脑发育过程中的动态变化	首次使用单核RNA测序结合空间转录组学技术，构建了包括非洲裔样本在内的儿童和成人颞叶组织细胞亚型图谱	研究仅限于颞叶组织，未涵盖整个大脑的细胞类型	揭示人类大脑在发育过程中基因表达的动态变化	人类颞叶组织中的细胞亚型及其在儿童和成人阶段的差异	数字病理学	NA	单核RNA测序	NA	基因表达数据	包括非洲裔样本在内的颞叶组织样本
455	2024-12-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	研究探讨了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部血管平滑肌细胞的异质性，并分析了GATA4表达对主动脉根部扩张的影响	首次通过单细胞转录组学揭示了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部GATA4表达的血管平滑肌细胞具有较低的分化程度和促炎性特征，并发现Gata4缺失可减少主动脉根部的扩张	研究仅限于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在人类患者中进行验证	探讨Loeys-Dietz综合征中主动脉根部易扩张的分子机制	Loeys-Dietz综合征小鼠模型中的主动脉根部血管平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	RNA	小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
456	2024-12-15	EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification 2024-Dec, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341 PMID:39577129	研究论文	本研究探讨了EZH2在原发性干燥综合征（pSS）中通过METTL3介导的m6A修饰促进B细胞自身免疫反应的作用	首次揭示了METTL3通过m6A修饰增强EZH2表达，从而促进B细胞自身免疫反应的机制	研究主要基于动物模型和患者样本，缺乏更大规模的临床试验验证	阐明EZH2在pSS中B细胞自身免疫反应中的作用，并探索抑制EZH2在pSS治疗中的潜力	原发性干燥综合征患者的B细胞及唾液腺，以及三种不同的干燥综合征小鼠模型	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、染色质免疫共沉淀测序、流式细胞术、RNA免疫沉淀	NA	RNA	多个pSS患者的B细胞亚群及唾液腺样本，以及三种不同的干燥综合征小鼠模型
457	2024-12-15	Physical inactivity exacerbates pathologic inflammatory signalling at the single cell level in patients with systemic lupus 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105432 PMID:39531917	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者中体力活动对单细胞水平炎症信号的影响	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了体力活动对SLE患者免疫细胞频率和转录组特征的影响，并阐明了其通过CD4+和CD8+ T细胞加剧病理性炎症信号的机制	研究样本仅限于加州的SLE患者，可能限制了结果的普适性	探讨体力活动对系统性红斑狼疮患者免疫细胞频率和转录组特征的影响及其机制	系统性红斑狼疮患者的免疫细胞	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	123名系统性红斑狼疮患者
458	2024-12-15	Multi-omic characteristics of longitudinal immune profiling after breakthrough infections caused by Omicron BA.5 sublineages 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105428 PMID:39536392	研究论文	本研究通过临床评估、单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序和抗体质谱分析，监测了Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态	首次揭示了Omicron BA.5亚系突破性感染后个体免疫动态特征，包括免疫激活、抗病毒反应、抗体成熟和类别转换	研究样本量较小，可能无法完全代表所有突破性感染患者的免疫动态	探讨Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态变化	Omicron BA.5亚系突破性感染患者的免疫动态	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序、抗体质谱分析	NA	RNA序列、TCR/BCR序列、抗体数据	纵向队列中的多个时间点样本
459	2024-12-15	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	研究探讨了外周血单个核细胞中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症性疾病的关系	首次揭示了不同遗传背景下细胞类型特异性、性别偏向和祖先偏向的替代剪接现象，并验证了与自身免疫疾病相关的特定剪接变异	研究样本主要来自亚洲免疫多样性图谱的健康捐赠者，可能限制了结果的普适性	探讨替代剪接在不同遗传背景下的细胞类型特异性调控及其与自身免疫和炎症性疾病的关系	外周血单个核细胞中的替代剪接现象及其与疾病的关系	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	474名健康捐赠者的约100万外周血单个核细胞
460	2024-12-15	Cell state transitions are decoupled from cell division during early embryo development 2024-Dec, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01546-0 PMID:39516639	研究论文	本文研究了细胞分裂在早期胚胎发育中对细胞分化的作用	通过在斑马鱼胚胎中使用两种独立的方法阻断细胞周期，并在单细胞分辨率下进行分析，发现细胞分裂对从早期原肠胚形成到分节结束的所有胚胎组织的分化是可有可无的	阻断细胞分裂会减缓某些细胞类型的分化，并引发全局应激反应	确定细胞分裂在细胞分化中的作用	斑马鱼胚胎的细胞分裂和分化	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼胚胎