单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-20	Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance 2023-10-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699 PMID:37478171	研究论文	该研究探讨了通过组合免疫疗法激活树突状细胞表达IL12以克服PD-1抗性的机制	发现了一种新型CCL22+CCL5+ IL12分泌型树突状细胞亚群在克服PD-1抗性中的关键作用，并验证了IL12 mRNA疗法单独使用的有效性	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据验证有限	探索克服PD-1抗性的新型免疫治疗策略	小鼠黑色素瘤模型和人类患者样本	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞细胞因子分泌分析、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据、细胞因子分泌数据	多数小鼠显示完全肿瘤消退，人类患者数据有限
442	2025-07-20	MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad592 PMID:37740957	研究论文	开发了一种名为MuDCoD的方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测多主体动态基因网络中的社区	首次提出同时考虑多个主体和多个时间点的网络社区检测方法，填补了现有研究的空白	未明确说明方法在极端数据稀疏情况下的表现	开发能够分析多主体动态基因共表达网络的社区检测方法	人类诱导多能干细胞在分化为多巴胺能神经元过程中的基因网络，以及CD4+ T细胞激活过程中的基因网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于谱聚类的框架	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多主体和多时间点的数据
443	2025-07-20	Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05109-y PMID:37428249	研究论文	通过单细胞测序和大块RNA数据分析乳腺癌中双硫死亡相关基因的肿瘤微环境浸润特征及其对免疫治疗的潜在影响	首次构建基于双硫死亡相关基因的风险特征模型，用于预测乳腺癌患者的总体生存和免疫治疗反应，并发现TNFRSF14作为关键调控基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序, 大块RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析	风险特征模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
444	2025-07-20	Investigation and verification of GIMAP6 as a robust biomarker for prognosis and tumor immunity in lung adenocarcinoma 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04980-z PMID:37338641	研究论文	本研究探讨了GIMAP6作为肺腺癌预后和肿瘤免疫的稳健生物标志物的作用	首次验证GIMAP6在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要更多临床样本验证	探究GIMAP6在肺腺癌发展和肿瘤免疫中的作用	肺腺癌患者和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	RT-qPCR, western blotting, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据	TCGA和GTEx数据库中的数据集, 实验验证使用的细胞系
445	2025-07-20	Comprehensive landscape of the miRNA-regulated prognostic marker LAYN with immune infiltration and stemness in pan-cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04986-7 PMID:37335337	研究论文	本研究通过生物信息学方法全面分析了LAYN基因在泛癌中的表达、免疫浸润、干细胞特性及其预后标志物潜力	首次从泛癌角度系统研究LAYN基因的功能机制，揭示了其在肿瘤免疫逃逸、干细胞特性和预后中的新作用，并预测了其作为mRNA疫苗和分子治疗新靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证LAYN的具体功能机制	探究LAYN基因在泛癌中的表达特征、功能机制及其作为预后标志物的潜力	LAYN基因及其在多种癌症类型中的表达和功能	生物信息学	泛癌(包括HNSC、MESO、OV等多种癌症类型)	生物信息学分析、单细胞测序、机器学习	机器学习预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	来自GTEx和TCGA数据库的健康和癌症患者样本
446	2025-07-20	LncRNAs associated with vascular mimicry establish a novel molecular subtype and prognostic model for pancreatic cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05015-3 PMID:37400573	研究论文	本研究通过识别与血管拟态相关的长链非编码RNA，建立了胰腺癌的新型分子亚型和预后模型	首次开发了基于血管拟态相关lncRNA的胰腺癌分子亚型，并构建了新的预后风险模型	研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索血管拟态在胰腺癌中的作用并建立相关预后模型	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, NMF算法, lasso回归	预后风险模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
447	2025-07-20	Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05058-6 PMID:37410142	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了间充质干细胞相关特征在胃癌预后和药物敏感性评估中的价值	开发了一个基于间充质干细胞标记基因的风险特征模型，用于预测胃癌患者的预后和抗肿瘤治疗效果	研究依赖于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	评估间充质干细胞相关特征在胃癌中的预后价值和药物敏感性	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	风险特征模型	RNA测序数据	TCGA-STAD和GEO数据库中的胃癌患者数据
448	2025-07-20	Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05011-7 PMID:37369799	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别并验证了前列腺癌中与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型，并建立了一个与生化复发（BCR）相关的CAF特征模型，用于预测前列腺癌患者的预后	利用非负矩阵分解（NMF）聚类识别了两种与CAFs相关的前列腺癌亚型，并构建了一个新的BCR相关CAF特征模型，该模型能够独立预测前列腺癌患者的生化复发风险和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制，且未在独立队列中进行外部验证	研究前列腺癌中CAFs的特征，并开发一个预测前列腺癌患者预后的BCR相关CAF特征模型	前列腺癌患者及其肿瘤和癌旁组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NMF聚类，Lasso回归分析，COX回归分析	RNA测序数据，临床数据	来自TCGA和GEO数据库的前列腺癌患者数据，包括四对肿瘤和癌旁组织的scRNA-seq数据
449	2025-07-20	Identification a unique disulfidptosis classification regarding prognosis and immune landscapes in thyroid carcinoma and providing therapeutic strategies 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05006-4 PMID:37347261	研究论文	本研究探讨了二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并基于二硫键凋亡基因开发了一个预后指数	首次将二硫键凋亡与甲状腺癌预后联系起来，并开发了新的分类系统和预后模型	二硫键凋亡的机制和功能仍不完全清楚，研究主要基于生物信息学分析	研究二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	数字病理学	甲状腺癌	基因表达分析、单细胞转录组测序	NMF、Enet模型、列线图模型	基因表达数据、体细胞突变信息、拷贝数变异数据、临床数据	来自TCGA数据库的甲状腺癌患者数据和GEO数据库的GSE184362单细胞转录组数据
450	2025-07-20	Lung tumor-infiltrating Treg have divergent transcriptional profiles and function linked to checkpoint blockade response 2023-09-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg1487 PMID:37713507	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了调节性T细胞在非小细胞肺癌中对免疫检查点阻断治疗反应的调控作用	发现了调节性T细胞在肿瘤微环境中存在多种转录亚群，其中OX40GITR亚群与PD-1阻断治疗抵抗相关，并首次报道了TAA特异性T细胞在肿瘤内会发展为T1样表型	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗反应中的作用机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润T细胞和小鼠肿瘤模型中的TAA特异性T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、T细胞受体测序(TCRseq)	NA	单细胞转录组数据	超过73,000个肿瘤浸润T细胞样本(来自抗PD-1治疗和未治疗的NSCLC患者)
451	2025-07-20	A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics 2023-Sep-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384 PMID:37719153	研究论文	本文介绍了一个名为PIPEFISH的半自动化和通用化流程，用于处理基于荧光原位杂交(FISH)的空间转录组学数据	扩展并改进了starfish库，创建了一个标准化且通用的分析流程PIPEFISH，解决了当前空间转录组学数据分析工具缺乏标准化的问题	流程是半自动化的，可能需要一定的人工干预	开发一个标准化的分析流程来处理FISH空间转录组学数据	FISH空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, 靶向测序(ISS)	NA	图像	三个真实数据集
452	2025-07-20	An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice 2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0123 PMID:37432973	research paper	本研究探讨了α7烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRa7）在小鼠卵巢中的表达及其对卵巢功能的调控作用	首次揭示了nAChRa7在卵巢中的表达及其对原始卵泡数量和卵巢基质细胞的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究nAChRa7在卵巢功能中的潜在作用	成年Chrna7基因敲除（KO）小鼠和野生型（WT）小鼠的卵巢	分子生物学	NA	qPCR、原位杂交、单细胞测序、免疫组化、蛋白质组学分析	NA	分子数据、形态学数据	成年Chrna7敲除小鼠和野生型小鼠（3个月大，动情间期）
453	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04965-y PMID:37296316	research paper	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于NK细胞标记基因构建了一个预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的模型	首次结合单细胞测序和转录组数据分析NK细胞标记基因，构建了一个新的预后模型，并验证了其在预测免疫治疗反应中的有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且未进行前瞻性临床验证	开发一个基于NK细胞标记基因的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell RNA-sequencing, bulk RNA-sequencing	COX regression model	RNA-seq data	TCGA、GEO和ICGC数据库中的肝细胞癌患者数据
454	2025-07-20	A pairwise immune gene model for predicting overall survival and stratifying subtypes of colon adenocarcinoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04957-y PMID:37316691	研究论文	本研究利用免疫相关基因对构建了一个预测结肠腺癌（COAD）患者总体生存和分层的模型	开发了一个基于三对免疫基因对的预后相关模型，并验证了其在风险分层和预测免疫治疗效果方面的有效性	模型仅基于有限的数据库（TCGA和GEO）数据，可能需要更多外部数据验证	评估COAD预后并开发新的风险分层方法，以更好地预测患者的免疫治疗效果	结肠腺癌（COAD）患者	生物信息学	结肠癌	单细胞RNA测序，生物信息学分析，lasso cox回归分析	基因对模型	基因表达谱，生存随访信息	来自TCGA和GEO（GSE14333和GSE39582）数据库的COAD患者数据
455	2025-07-20	AHR, a novel inhibitory immune checkpoint receptor, is a potential therapeutic target for chemoresistant glioblastoma 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04894-w PMID:37233762	研究论文	本研究旨在阐明MGMT启动子低甲基化胶质母细胞瘤患者对替莫唑胺耐药的机制，并探索潜在的治疗靶点和药物	发现AHR作为一种新型抑制性免疫检查点受体，可作为替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤的治疗靶点，并验证了靶向AHR的草药成分七叶树种的显著治疗效果	研究为回顾性研究，需要进一步的前瞻性临床试验验证AHR靶向治疗的有效性	探索替莫唑胺耐药胶质母细胞瘤的治疗靶点和药物	MGMT启动子低甲基化胶质母细胞瘤患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	转录组测序、多组学数据分析、单细胞测序、多重免疫荧光染色	T细胞与肿瘤细胞共培养模型	测序数据、临床样本数据	457名胶质母细胞瘤患者的转录组测序数据
456	2025-07-20	Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04882-0 PMID:37247080	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，筛选结直肠癌(CRC)的诊断和预后生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，筛选出CRC的诊断和预后生物标志物，并构建风险评分模型	未提及样本来源的具体限制或潜在的偏倚问题	探索结直肠癌发展过程中上皮细胞特异性基因的作用，并筛选可靠的诊断和预后生物标志物	结直肠癌(CRC)患者样本	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), LASSO-Cox回归	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据, 甲基化数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个数据集(CRC scRNA-seq数据集、CRC meta数据集和外部验证数据集)
457	2025-07-20	A Bayesian multivariate mixture model for high throughput spatial transcriptomics 2023-09, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13727 PMID:35895854	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯多元混合模型的方法SPRUCE，用于高通量空间转录组学数据分析，以识别组织样本中的细胞亚群	SPRUCE模型结合了多元偏态正态分布和空间随机效应，能够在不依赖近似推理技术的情况下推断空间相关的混合成分成员概率	未明确提及具体局限性，但可能包括模型对数据质量和规模的敏感性	开发一种能够识别高通量空间转录组学数据中细胞亚群的统计模型	人类大脑和乳腺癌的高通量空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	高通量空间转录组学(HST)	贝叶斯空间多元有限混合模型(SPRUCE)	基因表达数据	公开可用的人类大脑HST数据和人类乳腺癌HST数据
458	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04881-1 PMID:37244876	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于T细胞标记基因构建了一个预测膀胱癌预后和免疫治疗反应的签名	首次在膀胱癌中基于T细胞标记基因构建预后签名，并验证其预测免疫治疗反应的能力	研究依赖于公开数据库数据，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发膀胱癌预后预测模型并评估其预测免疫治疗反应的能力	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后签名模型	基因表达数据	TCGA数据库和GEO数据库中的膀胱癌患者样本
459	2025-07-20	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	本研究探讨了从实体瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性及其对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细描述了DN-TILs的表型、功能及其MHC非依赖性的抗肿瘤活性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验	研究DN-TILs的特性和功能，探索其作为实体瘤治疗新方法的潜力	从胃癌组织中分离的DN-TILs	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、异种移植模型	NA	细胞表型数据、基因表达数据	从胃癌组织分离的DN-TILs，单细胞RNA测序分析了7028个细胞
460	2025-07-20	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	research paper	该研究探讨了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1诱导I型干扰素α在默克尔细胞癌中的抗肿瘤作用	揭示了domatinostat通过抑制HES1表达诱导IFNα的新机制，为默克尔细胞癌的治疗提供了新的理论依据	研究仅针对有限的细胞系进行，未涉及体内实验或临床试验	探究HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系（WaGa, MKL-1, UM-MCC 34）和原代成纤维细胞	肿瘤学	默克尔细胞癌	RT-qPCR, 流式细胞术, RNA干扰	NA	mRNA表达数据, 蛋白质水平数据	三种默克尔细胞癌细胞系和原代成纤维细胞