单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4461	2025-02-21	High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1516656 PMID:39968047	研究论文	本文验证了使用微流控和半透胶囊技术从污水和猪粪便样本中分离单个细菌细胞的方法，并通过高通量测序揭示了微生物多样性	结合微流控和半透胶囊技术，实现了单个细菌细胞的高通量测序，并成功应用于污水和粪便样本的微生物多样性研究	样本来源仅限于污水和猪粪便，未涉及其他环境或临床样本	开发并验证一种高通量单细胞测序方法，用于研究复杂微生物群落中的单个细菌细胞	污水和猪粪便样本中的微生物群落	微生物组学	NA	单细胞测序、微流控技术、半透胶囊技术、组合拆分-合并单扩增基因组（SAG）条形码技术、短读长测序	NA	基因组数据	污水样本：1,796 SAGs（深度测序）和12,731 SAGs（浅度测序）；猪粪便样本：1,220 SAGs（深度测序）和17,909 SAGs（浅度测序）
4462	2025-02-21	A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs 2022-07-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050 PMID:35793622	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了早期青春期猪胸腺的细胞图谱，揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞在细胞状态和类型上的保守特征及物种特异性差异	首次使用单细胞RNA测序技术对猪胸腺进行细胞图谱分析，揭示了猪iNKT细胞功能多样性与小鼠iNKT0/1/2/17亚群分化模式的不同	研究仅针对早期青春期猪胸腺，未涵盖其他发育阶段或不同生理状态下的胸腺细胞	改善猪的健康状况并利用猪作为临床前模型	早期青春期猪胸腺细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过11,000个分化中的不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）
4463	2025-02-21	Immunostimulatory Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations Can Predict Immunotherapy Response in Head and Neck Cancer 2022-05-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-3570 PMID:35262677	研究论文	本文通过高维单细胞RNA测序技术，研究了头颈癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群对免疫检查点治疗反应的预测作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与免疫治疗反应相关的CAF亚群，并验证了其功能相关性	研究样本量较小，仅包括4名患者的肿瘤样本，可能影响结果的普适性	探索头颈癌中CAF亚群在免疫检查点治疗中的免疫调节作用	头颈鳞状细胞癌患者	数字病理	头颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名患者的肿瘤样本（预处理和后处理）
4464	2025-02-21	Recent advances in spatially resolved transcriptomics: challenges and opportunities 2022-Mar, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35168703	综述	本文综述了空间分辨转录组学的最新技术进展，探讨了其在生物医学研究中的应用和潜力	介绍了保留空间信息的转录组学平台，以及结合其他数据模式的整合计算方法	成像技术和捕获方法均无法完全揭示组织中的空间转录组全貌	探讨空间分辨转录组学技术的现状及其在生物医学研究中的应用	空间分辨转录组学技术及其在生物组织中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间分辨转录组学	NA	转录组数据	NA
4465	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据和机器学习模型，识别患者来源的类器官中的药物耐受持久性（DTP）细胞，并通过计算筛选针对这些细胞的候选药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型，首次在家族性腺瘤性息肉病（FAP）相关的结直肠癌中识别并筛选针对DTP细胞的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小，可能限制结果的普适性	识别并筛选针对结直肠癌中药物耐受持久性（DTP）细胞的候选药物	患者来源的类器官（PDOs）中的DTP细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常组织）
4466	2025-02-20	scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047 PMID:39888860	研究论文	本文介绍了一个名为scatterbar的开源R包，用于在空间解析坐标上可视化比例数据	scatterbar通过散点堆叠条形图增强了比例数据的视觉显著性，相比传统的散点饼图更易于区分和比较空间位置上的比例差异	NA	开发一个工具以更有效地可视化空间解析的比例数据，特别是空间转录组数据	空间转录组数据中的细胞类型比例	数据可视化	NA	空间转录组学	NA	空间解析的转录组数据	成年小鼠大脑的空间转录组数据集
4467	2025-02-20	Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002166 PMID:39705130	研究论文	本研究通过荧光标记和空间转录组学技术，追踪了脂肪来源干细胞外泌体（ADSC-exos）在小鼠坐骨神经挤压伤模型中的应用效果	结合荧光标记和空间转录组学技术，揭示了ADSC-exos在神经再生中的复杂细胞类型和信号通路相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨ADSC-exos在神经再生中的具体机制	小鼠坐骨神经挤压伤模型	再生医学	神经损伤	荧光标记, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 荧光成像数据	小鼠模型
4468	2025-02-20	FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413525 PMID:39716892	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和临床样本，揭示了FGF19激活的肝星状细胞释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的机制	首次证明了FGF19/ANGPTL4轴对结直肠癌肝转移的影响，并提供了新的治疗策略	研究主要依赖于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗策略	结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	RNA测序数据	临床样本及多种结直肠癌转移小鼠模型
4469	2025-02-20	Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409398 PMID:39716898	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在牙周炎中的作用，揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡，加剧炎症和骨吸收的机制	首次通过孟德尔随机化分析确定了FAP水平与牙周炎易感性之间的正相关关系，并揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡的新机制	研究主要基于实验性牙周炎模型，临床样本的验证仍需进一步研究	探讨FAP在牙周炎中的作用及其机制	人类和小鼠的牙周炎组织、牙龈成纤维细胞（GFs）	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据、组织样本	人类和小鼠的牙周炎组织
4470	2025-02-20	CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409537 PMID:39716908	研究论文	本研究探讨了金黄色葡萄球菌（S. aureus）引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系	揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6相互作用增强免疫抑制的机制，并提出了通过干扰这一相互作用来减轻细菌负担的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者样本，可能无法完全反映人类PJI的复杂性	研究金黄色葡萄球菌引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系	假体周围感染（PJI）患者的滑膜组织和PJI小鼠模型	免疫学	假体周围感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Treg特异性CXCR6敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化数据	PJI患者的滑膜组织和PJI小鼠模型
4471	2025-02-20	Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408996 PMID:39731355	研究论文	本研究探讨了CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴在腹主动脉瘤（AAA）中形成纤维环的作用	揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在AAA发展中转分化为Periostin肌成纤维细胞，并参与纤维环形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	探讨CD34+细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学	心血管疾病	Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;(Apoe)谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	患者和小鼠模型的主动脉组织
4472	2025-02-20	Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis 2025-Feb, Glycoconjugate journal IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s10719-025-10177-y PMID:39883364	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组技术探讨了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用	首次整合空间和单细胞转录组数据，揭示了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的关键作用及其与代谢活性的关联	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	探讨ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用及其临床意义	卵巢癌上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组技术、空间转录组技术、RNA测序	RCTD（稳健细胞类型分解）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA测序数据	GSE130000（单细胞转录组数据集）、GSE211956（空间转录组数据集）、The Cancer Genome Atlas（RNA测序数据）
4473	2025-02-18	Spatial transcriptomics reveals regional characteristics of lupus nephritis in murine kidneys and immune response to prednisolone or Gancao Nourishing-Yin decoction therapies 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70236 PMID:39956926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4474	2025-02-20	A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01786-1 PMID:39695302	研究论文	本文通过单细胞质谱流式技术绘制了发育中鼠脑的图谱，揭示了不同细胞谱系的分子变化	首次使用单细胞质谱流式技术对发育中鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行表征，填补了单细胞RNA测序在蛋白质水平上的空白	研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑发育的复杂性	研究哺乳动物大脑发育过程中不同细胞谱系的分子变化	C57/BL6小鼠的胚胎期（E11.5-E12.5）和出生后（E13.5-P4）的脑组织	生物信息学	NA	单细胞质谱流式技术（mass cytometry），单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（immunohistochemistry），RNAscope原位杂交（ISH）	NA	单细胞蛋白质和RNA表达数据	24,290,787个细胞，每个样本2到4个生物学重复
4475	2025-02-20	Mendelian randomization and multiomics comprehensively reveal the causal relationship and potential mechanism between atrial fibrillation and gastric cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1446661 PMID:39963672	研究论文	本研究利用双样本孟德尔随机化方法和多组学数据，全面揭示了心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制	通过构建包含136个AF相关SNPs的遗传工具，揭示了AF对胃癌风险的潜在因果效应，并识别了62个AF-GC共关联基因，构建了关键基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络	研究依赖于遗传工具和现有数据，可能无法完全捕捉所有潜在的混杂因素	研究心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制	心房颤动（AF）和胃癌（GC）	生物信息学	胃癌	双样本孟德尔随机化方法、高通量测序、单细胞测序	NA	遗传数据、高通量测序数据、单细胞测序数据	包含136个AF相关SNPs的遗传工具
4476	2025-02-20	Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1519677 PMID:39963673	研究论文	本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析，预测肺腺癌患者的免疫治疗反应	构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值，并构建预后特征以预测免疫治疗疗效	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）分析	NA	基因表达数据	GSE26939和GSE19188芯片数据
4477	2025-02-20	Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491298 PMID:39963682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因	首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具，系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的分子机制研究	探索COPD中免疫浸润的关键基因，特别是NK细胞亚型的作用	COPD患者的免疫细胞，特别是NK细胞亚型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归	RNA测序数据	GSE57148作为训练集，GSE8581作为验证集
4478	2025-02-20	SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505237 PMID:39963684	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用	首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性，并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用	需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效	探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力	胶质瘤及其他癌症类型	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集
4479	2025-02-20	NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae747 PMID:39705170	研究论文	本文介绍了一种基于非负最小二乘的新型细胞类型反卷积方法NLSDeconv及其Python包，用于空间转录组数据的细胞类型贡献估计	NLSDeconv是一种新的基于非负最小二乘的细胞类型反卷积方法，具有竞争性的统计性能和卓越的计算效率	NA	开发一种高效的空间转录组数据细胞类型反卷积方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	非负最小二乘法	基因表达数据	多种空间转录组数据集
4480	2025-02-20	Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计	现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析	开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞