单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 35679 篇文献，本页显示第 4381 - 4400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4381 | 2025-11-15 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
|
研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，开发了一种使用逻辑门识别CAR开关组合靶抗原的方法 | 首次在单细胞水平构建整合140万细胞的表达图谱，并应用随机森林和卷积神经网络筛选最优基因对，开发AND、OR和NOT逻辑门评估肿瘤覆盖率和特异性 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证靶抗原的蛋白表达和功能有效性 | 解决CAR细胞疗法中区分癌细胞与正常组织细胞的最佳靶抗原识别难题 | 412个肿瘤和12个正常器官的肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌,结直肠癌 | 单细胞RNA测序,表位分析 | 随机森林,卷积神经网络 | 单细胞转录组数据 | 约140万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4382 | 2025-11-15 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
|
研究论文 | 提出一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同类别生物信号 | 使用拓扑先验知识解耦单细胞数据中交叉干扰的生物学信号，能够推断拓扑信息基因并推广到多样化的模板和系统 | NA | 开发能够分离和增强单细胞数据中特定生物信号的计算方法 | HeLa细胞、肝脏小叶、衣藻、视交叉上核 | 单细胞数据分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4383 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4384 | 2025-11-15 |
A lamprey neural cell type atlas illuminates the origins of the vertebrate brain
2023-10, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02170-1
PMID:37710042
|
研究论文 | 通过构建七鳃鳗全脑空间细胞类型图谱，揭示脊椎动物大脑的细胞和分子起源 | 首次建立无颌类脊椎动物七鳃鳗的全脑空间细胞类型图谱，通过跨物种比较重建了祖先脊椎动物大脑的细胞类型和基因表达程序 | 研究主要基于七鳃鳗与有颌脊椎动物的比较，可能无法完全代表所有脊椎动物祖先特征 | 系统追溯脊椎动物大脑的细胞和分子进化起源 | 七鳃鳗全脑组织及与其他脊椎动物（如小鼠）的神经数据比较 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,原位测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 七鳃鳗全脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 4385 | 2025-11-15 |
Integrating spatial transcriptomics data across different conditions, technologies and developmental stages
2023-10, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00528-w
PMID:38177758
|
研究论文 | 提出了一种名为STAligner的图注意力神经网络，用于整合和分析来自不同条件、技术和发育阶段的空间转录组数据 | 开发了首个能够同时实现空间感知数据整合、空间域识别和下游比较分析的图注意力神经网络方法 | 未提及方法在超大规模数据集上的计算效率限制 | 开发空间转录组数据的整合分析方法，实现跨条件、技术和发育阶段的比较研究 | 人类大脑皮层切片、小鼠嗅球切片、正常与阿尔茨海默病条件下的小鼠海马组织切片、小鼠器官发生时空图谱 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 图注意力神经网络(GAT) | 空间转录组数据 | 多个物种和条件的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4386 | 2024-08-07 |
STAligner enables the integration and alignment of multiple spatial transcriptomics datasets
2023-10, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00543-x
PMID:38177765
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4387 | 2025-11-15 |
Cell-intrinsic effects of clonal hematopoiesis in heart failure
2023-09, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00322-x
PMID:39196061
|
研究论文 | 本研究通过改进的单细胞测序技术探究了克隆性造血在心力衰竭中的细胞内在效应 | 开发了改进的单细胞测序流程MutDetect-Seq，首次在心力衰竭患者中揭示了CHIP突变细胞的细胞内在基因表达改变 | 研究样本量未明确说明，且仅关注了DNMT3A突变类型 | 探究克隆性造血突变细胞在心力衰竭中的细胞内在效应机制 | 心力衰竭患者中携带DNMT3A突变的单核细胞、CD4+ T细胞和NK细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | MutDetect-Seq（改进的单细胞测序流程） |
| 4388 | 2025-11-15 |
Single-cell meta-analysis of inflammatory bowel disease with scIBD
2023-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00464-9
PMID:38177426
|
研究论文 | 开发了一个用于炎症性肠病单细胞元分析的交互式可视化平台scIBD | 首次提供了炎症性肠病单细胞RNA测序数据集的综合集成分析平台，能够识别罕见细胞类型并解析溃疡性结肠炎与克罗恩病的异同 | 未提及具体的数据集规模限制或分析灵敏度限制 | 揭示炎症性肠病的异质性肠道微环境发病机制 | 炎症性肠病患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4389 | 2025-11-15 |
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice
2023-Jan-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.523241
PMID:36711968
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了凋亡识别受体在小鼠皮肤组织修复中的调控机制 | 首次在皮肤伤口炎症期间系统描绘细胞动态图谱，发现Axl和Timd4两种凋亡清除受体在组织修复中具有不同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口数据相对有限 | 探究凋亡细胞识别和清除机制如何调控组织修复过程 | 小鼠皮肤伤口模型和人类糖尿病足伤口 | 单细胞组学 | 皮肤创伤/糖尿病足 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4390 | 2025-11-14 |
Computational identification of FOXP3-associated spatial prognostic markers in HCC via digital pathology
2026-Jan, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.109119
PMID:41135296
|
研究论文 | 本研究通过计算分析数字病理切片，识别了肝细胞癌中与FOXP3相关的空间预后标志物 | 首次在点水平分辨率上计算识别空间差异基因，提供了一种经济高效且可扩展的空间生物标志物发现方法 | 样本量有限且统计功效可能不足，存在观察到的种族差异 | 识别肝细胞癌中具有预后意义的空间标志物 | TCGA-LIHC队列的肝细胞癌患者数字病理切片 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学分析，数字病理分析 | 计算流程，空间基因推断 | 数字病理切片，基因表达数据 | TCGA-LIHC队列样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4391 | 2025-11-14 |
Investigating the Shared Genetic Architecture of 3 Age-Related Ocular Disorders
2026-Jan, Ophthalmology science
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.xops.2025.100942
PMID:41211298
|
研究论文 | 本研究通过遗传关联分析探索年龄相关性黄斑变性、白内障和原发性开角型青光眼三种年龄相关性眼病的共享遗传结构、因果关系及细胞类型特异性表达模式 | 首次综合运用跨性状荟萃分析、孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术系统揭示三种年龄相关性眼病间的遗传关联和分子机制 | 依赖于公开可用的GWAS数据库数据，可能存在样本选择偏差 | 探索年龄相关性眼病的共享遗传结构和分子机制，为靶向治疗提供依据 | 年龄相关性黄斑变性(AMD)、白内障和原发性开角型青光眼(POAG)三种年龄相关性眼病 | 遗传学 | 眼科疾病 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化分析 | NA | 遗传数据、基因表达数据 | 来自公开GWAS数据库的三种眼病相关数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4392 | 2025-11-14 |
Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms
2025-Dec, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03198-4
PMID:40885845
|
研究论文 | 本研究通过脑类器官探究艾司氯胺酮对电生理和代谢重编程的影响 | 首次在人类脑类器官模型中系统研究艾司氯胺酮对电生理和代谢的浓度与时间依赖性影响 | 研究仅限于体外脑类器官模型，未进行体内验证 | 探究艾司氯胺酮的抗抑郁作用机制 | 健康对照和抑郁症患者来源的iPSC脑类器官 | 神经科学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序，电生理记录，代谢分析 | 脑类器官模型 | 电生理数据，单细胞转录组数据，代谢数据 | 健康对照和抑郁症患者来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4393 | 2025-11-14 |
Influence of Age on Fracture Healing in Young and Middle-Aged Mice in a Proximal Femur Fracture Model
2025-Dec, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.70063
PMID:40931376
|
研究论文 | 本研究通过小鼠股骨近端骨折模型探讨年龄对骨折愈合的影响 | 首次在年轻和中年小鼠中系统比较股骨近端骨折愈合差异，并发现衰老细胞和SASP因子在年龄相关愈合延迟中的作用 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未考虑性别差异和更老年齡组 | 确定年龄对小鼠股骨近端骨折愈合的影响及分子机制 | 12周和52周龄雄性C57BL/6J小鼠 | 骨生物学 | 骨质疏松性骨折 | 多重细胞因子分析,µCT分析,组织形态计量学,免疫染色,空间转录组学 | NA | 图像,分子表达数据 | 年轻和中年雄性C57BL/6J小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4394 | 2025-11-14 |
Time-Series Transcriptomics Identifies Xanthine Dehydrogenase in Injured Neurons Correlated With Orthodontic Pain
2025-Dec, Orthodontics & craniofacial research
IF:2.4Q2
DOI:10.1111/ocr.70036
PMID:41002069
|
研究论文 | 本研究通过时间序列转录组学分析，发现黄嘌呤脱氢酶(Xdh)在正畸疼痛高峰期的受损神经元中高表达，并开发了OTMPTGTA网络平台供研究人员探索疼痛相关基因 | 首次将时间序列转录组学应用于正畸疼痛研究，识别出Xdh在Atf3+受损神经元中的关键作用，并开发了用户友好的数据分析平台 | 研究基于小鼠模型，需要进一步验证其在人类中的适用性；样本量相对有限 | 探索正畸牙齿移动疼痛的分子和细胞机制 | 小鼠三叉神经节组织和神经元 | 转录组学 | 正畸疼痛 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 小鼠三叉神经节组织样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4395 | 2025-11-14 |
Esaxerenone inhibits renal macrophage proliferation through MR/TGF-β1 pathway in db/db mice
2025-Dec-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.124008
PMID:41067301
|
研究论文 | 本研究探讨了盐皮质激素受体阻滞剂esaxerenone通过MR/TGF-β1通路抑制db/db小鼠肾脏巨噬细胞增殖的作用机制 | 首次揭示esaxerenone通过MR/TGF-β1信号通路特异性抑制高糖诱导的巨噬细胞增殖，特别是M1亚型 | 研究仅使用db/db小鼠模型，未在其他糖尿病模型验证；体外实验使用骨髓来源巨噬细胞，与肾脏原位巨噬细胞存在差异 | 研究盐皮质激素受体阻滞对糖尿病肾病中巨噬细胞增殖的影响及其机制 | db/db糖尿病模型小鼠和骨髓来源巨噬细胞 | 分子病理学 | 糖尿病肾病 | 免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序 | 动物模型 | 分子标记表达数据、细胞表型数据、基因表达数据 | 8周龄db/db小鼠，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4396 | 2025-11-14 |
The epidermal immune microenvironment plays a central role in the pathogenesis of psoriasis
2025-Dec, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2025.102674
PMID:41072151
|
研究论文 | 本文探讨了表皮免疫微环境在银屑病发病机制中的核心作用 | 揭示了表皮免疫微环境作为银屑病核心致病机制，强调角质形成细胞既是炎症效应器又是疾病驱动者的双重角色 | NA | 阐明银屑病的发病机制并探索新的治疗靶点 | 银屑病患者的皮肤免疫微环境 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 4397 | 2025-11-14 |
A Tertiary Lymphoid Structure-Related Gene Signature Predicts Prognosis and Treatment Response in Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec, World journal of oncology
IF:2.1Q3
DOI:10.14740/wjon2646
PMID:41208844
|
研究论文 | 本研究开发并验证了一个与三级淋巴结构相关的六基因特征，用于预测肝细胞癌患者的预后和治疗反应 | 首次建立了基于三级淋巴结构的六基因特征评分系统，并在多个独立队列中验证了其对免疫治疗反应的预测价值 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，需要前瞻性临床试验进一步验证 | 开发预测肝细胞癌预后和治疗反应的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组分析，单细胞RNA测序，LASSO-Cox回归 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | 多个独立肝细胞癌队列（包括TCGA和GEO数据库） | NA | 单细胞RNA测序，转录组测序 | NA | NA |
| 4398 | 2025-11-14 |
Analysis of the SH3-Domain Kinase Binding Protein 1 Predictive Model for Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and CCCTC-Binding Factor Transcriptional Regulatory Study
2025-Dec, World journal of oncology
IF:2.1Q3
DOI:10.14740/wjon2668
PMID:41208840
|
研究论文 | 通过多组学整合分析系统评估SH3KBP1在胰腺导管腺癌中的表达模式、生物学功能及调控机制 | 首次通过机器学习算法结合多组学数据鉴定SH3KBP1作为胰腺癌关键预测生物标志物，并揭示CTCF转录因子对其的调控机制 | 样本量相对有限（179例肿瘤样本和171例非肿瘤样本），需更大规模验证 | 系统研究SH3KBP1在胰腺导管腺癌中的表达特征、生物学功能及转录调控机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤组织及细胞系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,CRISPR基因敲除,转录因子结合位点预测 | 支持向量机(SVM),LASSO回归,SHAP分析 | mRNA表达数据,蛋白质组学数据,单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 | 179例PDAC肿瘤样本,171例非肿瘤样本（包括4例癌旁组织和167例正常对照）,300对PDAC和非肿瘤样本的蛋白质组学数据 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 所有分析均在R平台上使用专业软件包完成 |
| 4399 | 2025-11-14 |
Bioinformatics driven in gene targeting platform for gold anticancer strategy delivery
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102438
PMID:41209699
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法识别TNBC中高表达基因SDC1，并构建金纳米簇靶向核酸递送系统抑制肿瘤血管生成 | 首次发现SDC1基因与TNBC预后及依托泊苷耐药性的正相关性，并开发了基于肿瘤微环境响应性的金纳米簇靶向递送系统 | NA | 发现新的靶向基因并开发核酸递送系统用于三阴性乳腺癌治疗 | 三阴性乳腺癌细胞及肿瘤微环境 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 基因芯片数据分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4400 | 2025-11-14 |
Probiotics derived sodium benzoate improves social behavior of offspring exposed in the maternal immune activation through regulation of histone lysine benzoylation in astrocytes
2025-Dec, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03164-0
PMID:40855005
|
研究论文 | 本研究揭示益生菌衍生的苯甲酸钠通过调控星形胶质细胞组蛋白赖氨酸苯甲酰化改善母体免疫激活后代社交行为 | 首次发现益生菌代谢物苯甲酸钠通过组蛋白赖氨酸苯甲酰化表观遗传机制调节星形胶质细胞功能，揭示微生物-肠-脑轴新作用通路 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床转化需进一步验证 | 探索益生菌代谢物改善自闭症谱系障碍社交行为的分子机制 | 母体免疫激活诱导的自闭症小鼠模型及星形胶质细胞 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序,RNA测序,Cut & Tag分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,表观遗传数据 | 自闭症队列人群及MIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,表观遗传分析 | NA | NA |